初期胚発生のHoxを中心とした転写調節ネットワークのシステム進化解析

• 研究課題/領域番号: 20700266
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京医科歯科大学
• 研究代表者: 荻島 創一 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教 (40447496)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円); 2009年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2008年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: システム生物 / システム進化 / 初期胚発生 / Hox / 生命情報学

研究概要

初期胚発生のファイロティピック段階において、前後軸に沿った領域分化のマスター遺伝子Hoxを中心とした転写調節ネットワークの同定とその進化解析を行った。公共の遺伝子発現データベースから各発生段階・各組織で発現する遺伝子を取得し、これらのHox転写因子の転写上流解析等のバイオインフォマティクスの方法により、マウス、ホヤ、ショウジョウバエのHox転写調節ネットワークを同定し、その比較解析を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Combined in silico and in vivo analyses reveal role of Hes1 in taste cell differentiation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ota MS, Kaneko Y, Kondo K, Ogishima S, Tanaka H, Eto K, Kondo T
  • 雑誌名: PLoS Genetics 5(4)
  • 査読あり
• [雑誌論文] BioCichlid: central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ishiwata RR, Morioka MS, Ogishima S†, Tanaka H
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(4) ページ: 543-4
• [雑誌論文] Combined in silico and in vivo analyses reveal role of Hes1 in taste cell differentiation (2009)
  • 著者名/発表者名: Ota, MS., Kaneko, Y., Kondo, K., Ogishima, S., Tanaka, H., Eto, K., Kondo, T.
  • 雑誌名: PLoS Genetics 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] BioCichlid : central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ryosuke R Ishiwata, Masaki S Morioka, Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 543-544
  • 査読あり
• [学会発表] Preliminary analysis on systems evolution of the putative Hox transcriptional network (2009)
  • 著者名/発表者名: Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 学会等名: OWECS 2009
  • 発表場所: OIST(Okinawa, Japan)
  • 年月日: 2009-12-08
• [学会発表] 酵母タンパク質問相互作用ネットワークにおける機能モジュールの進化的拘束 (2009)
  • 著者名/発表者名: 菊地正隆, 荻島創一, 新村芳人, 田中博
  • 学会等名: 日本進化学会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 2009-09-03
• [学会発表] Systems evolutionary analysis on the putative Hox transcriptional networks. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ogishima S, Tanaka H
  • 学会等名: European Society for Evolutionary Biology 2009
  • 発表場所: Politecnico di Torino, Italy
  • 年月日: 2009-08-25
• [学会発表] Systems evolutionary analysis on the putative Hox transcriptional networks (2009)
  • 著者名/発表者名: Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 学会等名: European Society for Evolutionary Biology 2009
  • 発表場所: Politecnico di Torino(Italy)
  • 年月日: 2009-08-25
• [学会発表] Preliminary analysis on systems evolution of the putative Hox transcriptional network. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ogishima S, Tanaka H
  • 学会等名: OWECS 2009
  • 発表場所: OIST, Okinawa
  • 年月日: 2009-08-08
• [学会発表] Preliminary analysis on systems constraints in the putative Hox transcriptional network. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ogishima S, Tanaka H
  • 学会等名: 2nd meeting of Euro EvoDevo
  • 発表場所: Ghent University, Belgium
  • 年月日: 2008-07-31
• [学会発表] Preliminary analysis on systems constraints in the putative Hox transcriptional network. (2008)
  • 著者名/発表者名: Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 学会等名: 2nd meeting of Euro EvoDevo
  • 発表場所: Ghent University (Belgium)
  • 年月日: 2008-07-31
• [学会発表] Systems biology and evolution: toward understanding of the grand design of biological systems. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ogishima S, Tanaka H
  • 学会等名: Bioinformatik-Kolloquium
  • 発表場所: Goettingen University, Germany
  • 年月日: 2008-07-14
• [学会発表] Systems biology and evolution : toward understanding of the grand design of biological systems. (2008)
  • 著者名/発表者名: Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 学会等名: Bioinformatik-Kolloquium
  • 発表場所: Goettingen University (Gemany)
  • 年月日: 2008-07-14
• [学会発表] Systems biology and evolution: toward understanding of the grand design of biological systems. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ogishima S, Tanaka H
  • 学会等名: BIOQUANT iBioS Meeting
  • 発表場所: Heidelberg University, Germany
  • 年月日: 2008-05-27
• [学会発表] Systems biology and evolution : toward understanding of the grand design of biological systems. (2008)
  • 著者名/発表者名: Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka
  • 学会等名: BIOQUANT iBioS Meeting
  • 発表場所: Heidelberg University (Gemany)
  • 年月日: 2008-05-27
• [図書] オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス (2008)
  • 著者名/発表者名: オープンバイオ研究会(編), 片山俊明, 荒川和晴, 二階堂愛, 荻島創一, 田中伸也, 中尾光輝
  • 出版者: 東京電機大学出版局
• [図書] マイクロアレイデータ統計解析プロトコール (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤渕航(編), 堀本勝久(編), 荻島創一, ほか
  • 出版者: 羊土社