部分順序情報を用いた遺伝子発現量検索エンジンの構築

• 研究課題/領域番号: 20700268
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: お茶の水女子大学
• 研究代表者: 瀬々 潤 お茶の水女子大学, 大学院・人間文化創成科学研究科, 准教授 (40361539)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2009年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2008年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: 遺伝子発現 / 情報推薦 / 遺伝子オントロジー / 遺伝子発現量 / 検索エンジン / データベース / 推薦システム / 次元削減 / 順位情報

研究概要

近年マイクロアレイをはじめとする網羅的遺伝子発現量の観測が盛んになり,データベースには40万件を超える量の遺伝子発現量が蓄積されている.その一方でその検索インタフェースは実験者の付けた注釈情報からの検索が主であり,注釈が適切な単語でない限り検索難しい.本研究では,遺伝子発現量を基に1.特徴ある機能情報の検索,2.類似した遺伝子発現量の検索を実装する事で,異なる視点からの検索手法を提案した.

研究成果

• [雑誌論文] GOMA: Web Utility for Direct Finding of Enriched Gene Ontology Terms from Gene Expression Profile (2008)
  • 著者名/発表者名: Eriko Muzutani, Jun Sese.
  • 雑誌名: 8th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE2008)
  • NAID: 110006967153
  • 査読あり
• [学会発表] 超高次元データのリアルタイム検索への試み (2010)
  • 著者名/発表者名: ユスフムカルラマー
  • 学会等名: DEIM Forum 2010
  • 発表場所: 淡路島
  • 年月日: 2010-02-28
• [学会発表] 距離木とk近傍グラフを用いた超高次元データの近傍検索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 渡辺知恵美, 瀬々潤
  • 学会等名: ユスフムカルラマー
  • 発表場所: DEIM, 淡路島
• [学会発表] Nearest Neighbor for a High-dimensional Data (2009)
  • 著者名/発表者名: ユスフムカルラマー
  • 学会等名: IPSJ SIGBIO
  • 発表場所: 電通大
  • 年月日: 2009-12-18
• [学会発表] MARE : 遺伝子発現量検索エンジンの構築に関する一考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 梅澤香矢乃, 瀬々潤
  • 学会等名: DEIM 2009
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 2009-03-09
• [学会発表] NearestNeighbors for a High-dimensi onal Data (2009)
  • 著者名/発表者名: 辺知 恵美, 瀬々潤
  • 学会等名: ユスフムカルラマー
  • 発表場所: SIGBIO, 東京
• [学会発表] 遺伝子発現量検索エンジンの構築に関する一考察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 梅澤香矢乃, 瀬々潤
  • 発表場所: DEIM, 静岡
• [学会発表] GOMA : 遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷絵理子, 瀬々潤
  • 学会等名: 分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] GOMA : Web utility for direct finding of enriched gene ontology terms from gene expression profile (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷枝理子、瀬々潤
  • 学会等名: IEEE BIBE 2008
  • 発表場所: ギリシア(アテネ)
  • 年月日: 2008-10-09
• [学会発表] GOMA : 遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷絵理子, 瀬々潤
  • 学会等名: 情報処理学会SIGBIO
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2008-09-18
• [学会発表] GOMA:遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷枝理子, 瀬々潤
  • 学会等名: 分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] GOMA:遺伝子発現量の簡便機能解析Webアプリケーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 水谷枝理子, 瀬々潤
  • 学会等名: SIGBIO
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] GOMA:複雑な遺伝子オントロジーの分かりやすい表示
  • 著者名/発表者名: 水谷枝理子, 瀬々潤
  • 学会等名: 第7回オープンバイオ研究会
• [学会発表] 遺伝子群の共通機能に着目したGO表示の研究
  • 著者名/発表者名: 水谷枝理子, 瀬々潤
  • 学会等名: 第69回情報処理学会全国大会
• [備考]
  • URL: http://goma.sel.is.ocha.ac.jp/