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酵母1遺伝子摂動株ライブラリによる表現型変化の網羅的解析とその予測システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 20700270
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関大阪大学

研究代表者

古澤 力  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00372631)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2008年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード生体生命システム情報学 / 分子育種 / 網羅的表現型解析 / 酵母 / マイクロアレイ / 相関解析
研究概要

細胞内の遺伝子を破壊・増強することによって,どのように細胞の表現型が変化するかを理解することが出来れば,目的の表現型を持った細胞をデザインする為の基盤となる.そこで本研究は,酵母の1遺伝子破壊・1遺伝子増強株ライブラリを用いて,その遺伝子破壊・増強の効果を網羅的に測定した.その結果を用いて,遺伝子破壊摂動に対して頑強あるいは脆弱な細胞機能の同定と,発現量変化との相関解析を行った.

報告書

(3件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (11件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in L-lactate production by Saccharomyces cerevisiae2009

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa, Aki Ookubo, Katsunori Yoshikawa, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Hideki Sawai, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology vol.84(6)

      ページ: 1149-1159

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA Microarray2009

    • 著者名/発表者名
      Thai Nho Dinh, Keisuke Nagahisa, Katsunori Yoshikawa, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Bioprocess and Biosystems Engineering vol.32(5)

      ページ: 681-688

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development and experimental verification of a genome-scale metabolic model for Corynebacterium glutamicum2009

    • 著者名/発表者名
      Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories vol.8(1)

      ページ: 43-43

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae2009

    • 著者名/発表者名
      Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Research vol.9(1)

      ページ: 17-30

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Investigating the effectiveness of DNA microarray analysis for identifying the genes involved in L-lactate production by Saccharomyces cerevisiae2009

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology 84(6)

      ページ: 1149-1159

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of adaptation to high ethanol concentration in Saccharomyces cerevisiae using DNA Microarray2009

    • 著者名/発表者名
      Thai Nho Dinh
    • 雑誌名

      Bioprocess and Biosystems Engineering 32(5)

      ページ: 681-688

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development and Experimental Verification of a Genome-Scale Metabolic Model for Corynebacterium glutamicum2009

    • 著者名/発表者名
      Yohei Shinfuku
    • 雑誌名

      Microbial Cell Factories 8

      ページ: 43-43

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comprehensive phenotypic analysis for identification of genes affecting growth under ethanol stress in Saccharomyces cerevisiae2009

    • 著者名/発表者名
      K. Ybshikawa, C. Furusawa, ら6名
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Research 9(1)

      ページ: 32-44

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of metabolic network based on conservation of molecular structure2009

    • 著者名/発表者名
      T. Hogiri, C. Furusawa, ら5名
    • 雑誌名

      Biosystems 95(3)

      ページ: 175-178

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Model-based analysis of non-specific binding for background correction of high-density oligonucleotide microarrays2009

    • 著者名/発表者名
      C. Furusawa, ら6名
    • 雑誌名

      Bioihfbmatics 25(1)

      ページ: 36-41

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of the effects of location and number of stress response elements on gene expression in Saccharomyces cerevisiae2008

    • 著者名/発表者名
      Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering vol.106(6)

      ページ: 507-510

    • NAID

      110007005179

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adaptation of Saccharomyces cerevisiae cells to high ethanol concentration and changes in fatty acid composition of membrane and cell size2008

    • 著者名/発表者名
      T. N. Dinh, C. Furusawa, ら5名
    • 雑誌名

      PloS One 3(7)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gemme-wide analysis of the effbcts of location and number of stressresponse elements on gene expression in Saccharomuces cerevisiae2008

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshikawa, C. Furusawa, ら4名
    • 雑誌名

      Jour. Biosci. Bioeng 106(5)

      ページ: 507-510

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Improvement of L-lactate production by CYB2 gene disruption in a recombinant Saccharomyces cerevisiae strain under low pH condition2008

    • 著者名/発表者名
      A. Ookubo, C. Furusawa, ら6名
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 72(11)

      ページ: 3063-3066

    • NAID

      10027534549

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology?

    • 著者名/発表者名
      Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology (published online)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 酵母を用いたL-乳酸生産に関連する遺伝子のゲノムワイドな同定2009

    • 著者名/発表者名
      平沢敬, 大久保亜紀, 竹國正矩, 吉川勝徳, 古澤力, 清水浩
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-09
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 酵母を用いた遺伝子破壊によるL-乳酸生産に重要な遺伝子の同定, 酵母を用いたL-乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析2009

    • 著者名/発表者名
      竹國正矩, 平沢敬, 吉川勝徳, 大久保亜紀, 古澤力, 清水浩
    • 学会等名
      生物工学会61回年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] メイトペア情報に基づいた次世代シーケンサによるresequencillg解析アルゴリズムの開発2009

    • 著者名/発表者名
      小野直亮
    • 学会等名
      第61回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 酵母を用いたL-乳酸生産における遺伝子破壊の影響の網羅的解析2009

    • 著者名/発表者名
      竹國正矩
    • 学会等名
      第61回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 年月日
      2009-09-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ラガービール酵母の発酵過程における重複遺伝子の網羅的解析2009

    • 著者名/発表者名
      堀之内貴明
    • 学会等名
      化学工学会第41回秋季大会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2009-09-18
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム情報を基盤とする代謝予測システム開発と実験検証2009

    • 著者名/発表者名
      清水浩
    • 学会等名
      化学工学会第41回秋季大会
    • 発表場所
      広島大学
    • 年月日
      2009-09-16
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムスケール代謝反応モデルを用いた酵母の代謝解析2008

    • 著者名/発表者名
      井田祥弘、古澤力, ら6名
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2008-12-11
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Comprehensive phenotypic analysis of yeast under ethanol stress condition2008

    • 著者名/発表者名
      Katsunori Yoshikawa, Tadamasa Tanaka, Chikara Furusawa, Keisuke Nagahisa, Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
    • 学会等名
      The 13th international Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2008)
    • 発表場所
      Dalian, China
    • 年月日
      2008-10-15
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種2008

    • 著者名/発表者名
      平沢敬、大久保亜紀、吉川勝徳、永久圭介、古澤力、清水浩
    • 学会等名
      化学工学会 第40回秋季大会シンポジウム
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2008-09-24
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] ゲノムスケール代謝モデルを用いたCorynebacterium glutamicumの代謝解析2008

    • 著者名/発表者名
      新福洋平、古澤力, ら4名
    • 学会等名
      第60回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2008-08-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 物理モデルを用いたマイクロアレイの非特異的ハイブリダイゼーションの解析2008

    • 著者名/発表者名
      古澤力, ら6名
    • 学会等名
      第60回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2008-08-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/furusawa/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/furusawa/index.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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