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神経細胞内シグナル伝達の静的解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20700272
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

菊地 進一  慶應義塾大学, 環境情報学部, 専任講師 (50348851)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2008年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード生体生命システム情報学 / シグナル伝達 / マイクロアレイ / 神経細胞 / 海馬 / 静的解析ネットワーク / ネットワーク / システム生物学 / バイオインフォマティクス
研究概要

本研究は神経細胞のシグナル伝達をモデル化するための方法論、特に代数的、離散的な解析法の開発である。微分方程式による定式化には修飾状態の違いから組み合わせ爆発の問題点がある。そこで化学量論行列の核空間ベクトルに基づく解析結果から主経路の意味付けを行った。また重み付き有向グラフのk最短経路解析により静的特性を検出した。これらより、シグナル伝達の新しい静的解析法の提案およびその有効性の検証を行った。

報告書

(3件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (12件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Network features and pathway analyses in signal transduction cascade2009

    • 著者名/発表者名
      R. Yanashima, N. Kitagawa, Y. Matsubara, R. Weatheritt, K. Oka, S. Kikuchi, M. Tomita, S. Ishizaki.
    • 雑誌名

      3

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network features and pathway analyses in signal transduction cascade2009

    • 著者名/発表者名
      R.Yanashima, et al.
    • 雑誌名

      Frontiers in Neuroscience 3

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Network features and pathway analyses in signal transduction cascade2009

    • 著者名/発表者名
      R. Yanashima
    • 雑誌名

      Frontiers in Neuroscience (in press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algebraic method for the analysis of signaling crosstal2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Matsubara, S. Kikuchi, M. Sugimoto, K. Oka, M. Tomita.
    • 雑誌名

      Artificial Life 14(1)

      ページ: 81-94

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of metabolite production capability indices generated by network analysis methods2008

    • 著者名/発表者名
      K. Ishii, S. Nakamura, M. Morohashi, M. Sugimoto, Y. Ohashi, S. Kikuchi, M. Tomita.
    • 雑誌名

      Biosystems 91(1)

      ページ: 166-170

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Algebraic method for the analysis of signaling crosstalk2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Matsubara
    • 雑誌名

      Artificial Life 14(1)

      ページ: 81-94

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparison of metabolite production capability indices generated by net work analysis methods2008

    • 著者名/発表者名
      K. Ishii
    • 雑誌名

      Biosystems 91(1)

      ページ: 166-170

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 哺乳類海馬CA1部位シグナル伝達経路の主経路抽出法2009

    • 著者名/発表者名
      簗島亮次
    • 学会等名
      日本神経回路学会全国大会(JNNS)
    • 発表場所
      東北大学(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2009-09-25
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 哺乳類海馬CA1部位シグナル伝達経路の主経路抽出法2009

    • 著者名/発表者名
      簗島亮次, 菊地進一, 石崎俊
    • 学会等名
      日本神経回路学会全国大会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2009-08-15
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Robustness and differentiation of signal transduction networks(招待講演)2009

    • 著者名/発表者名
      S.Kikuchi
    • 学会等名
      Intl Workshop on Logical Aspects of Fault Tolerance( LAFT)
    • 発表場所
      UCLA(アメリカ合衆国ロサンゼルス市)
    • 年月日
      2009-08-15
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Temporal-specific optimization of k-shortest paths and network motifs in neuronal signaling cascades2009

    • 著者名/発表者名
      S. Kikuchi, Y. Matsubara, K. Ishii, M. Sugimoto, K. Oka, M. Tomita
    • 学会等名
      INCF Congress of Neuroinformatics
    • 発表場所
      Stockholm.
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病における海馬シグナル伝達経路のネットワーク解析2008

    • 著者名/発表者名
      簗島亮次, 北川統之, 菊地進一, 石崎俊
    • 学会等名
      日本神経回路学会大会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(つくば市).
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Significance for hippocampal memory of context-like information generated in hippocampal CA3c2008

    • 著者名/発表者名
      T. Samura, M. Hattori, S. Kikuchi, S. Ishizaki.
    • 学会等名
      Proc. Intl Conf on Neural Information Processing (ICONIP)
    • 発表場所
      Auckland.
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 海馬CA3の空間・時間選択性の相互作用によるT字迷路課題を想定したループ時系列の曖昧性解消2008

    • 著者名/発表者名
      佐村俊和, 服部元信, 菊地進一, 石崎俊
    • 学会等名
      情報科学技術フォーラム(FIT)
    • 発表場所
      慶應義塾大学(藤沢市)
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 海馬CA3の空間・時間選択性の相互作用による丁字迷路課題を想定したループ時系列の曖昧性解消2008

    • 著者名/発表者名
      佐村俊和
    • 学会等名
      情報科学技術フォーラム(FIT)
    • 発表場所
      慶應義塾大学(藤沢市)
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Temporal-specific optimization of k-shortest paths and network motifs in neuronal signaling cascades2008

    • 著者名/発表者名
      S. Kikuchi
    • 学会等名
      INCF Congress of Neuroinformatics
    • 発表場所
      Stockholm, Sweaden
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病における海馬シグナル伝達経路のネットワーク解析2008

    • 著者名/発表者名
      簗島亮次
    • 学会等名
      日本神経回路学会大会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(つくば市)
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Significance for Hippocampal Memory of Context-like Information Gener ated in Hinnoesmnal CA3c2008

    • 著者名/発表者名
      Samura, T.
    • 学会等名
      nternational Conference on Neural Information ProcessinE (ICONIP)
    • 発表場所
      Auckland, New Zealand
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Robustness and differentiation of signal transduction networks

    • 著者名/発表者名
      S. Kikuchi
    • 学会等名
      Intl Workshop on Logical Aspects of Fault Tolerance (LAFT)
    • 発表場所
      UCLA(サンフランシスコ)(Invited talk)
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://web.sfc.keio.ac.jp/~kikuchi/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://web.sfc.keio.ac.jp/~kikuchi/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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