癌免疫治療におけるタンパク質間相互作用解析に基づいた創薬インターフェースの開発

• 研究課題/領域番号: 20700419
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 医用システム
• 研究機関: 独立行政法人水産総合研究センター
• 研究代表者: 中村 洋路 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所・水産遺伝子解析センター, 研究員 (90463182)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2009年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2008年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
• キーワード: 医療情報システム / 免疫治療 / アルゴリズム / 癌 / 蛋白質 / 免疫学 / バイオインフォマティクス / タンパク質 / パイオインフォマティクス

研究概要

がん免疫関連遺伝子のアミノ酸配列とその文献情報を網羅したデータベースCancer-related Immunological Gene Database(CIG-DB)を構築した。このデータベースにある論文文献情報を用いてテキストマイニングを行った結果、現在までに報告されているがんに関連する免疫遺伝子の文献は、免疫治療や抗体医薬関連の文献と血液がん関連の文献の二つに大別できることを発見した。この知見に基づいて、がん・免疫関連文献の自動分類アルゴリズムを開発しデータベースの品質を向上させることができた。本データベースは、ウェブ上で一般公開されている(http://www.scchr-cigdb.jp/)
また、がん抗原エピトープペプチドを挟んだヒト白血球型抗原(HLA)とT細胞受容体の結合アフィニティを予測することを目的として、まず始めにHLAタンパク質に対するがん抗原エピトープの結合アフィニティおよび立体配座を計算機で推定する「インシリコアッセイ系」を開発した。がん胎児性抗原やメラノーマ抗原などのエピトープ候補に対して、インシリコアッセイ系は従来までの予測手法と比べて高い性能を示した。さらに、他の研究者が簡便に利用できることを目的として、HLAタンパク質に対して任意のエピトープ候補ペプチドの予測アフィニティを自動で取得することができるパイプラインを構築した。

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of HLA-A24-restricted peptides of carcinoembryonic antigen using a novel structure-based peptide-HLA docking algorithm. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Tai S, Oshita C, Iizuka A, Ashizawa T, Saito S, Yamaguchi S, Kondo H, Yamaguchi K, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Cancer Science. Vol.102 ページ: 690-696
  • NAID: 10029291846
• [雑誌論文] Analysis of HLA-A24-restricted peptides of carcinoembryonic antigen using a novel structure-based peptide-HLA docking algorithm. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Tai S, Oshita C, Iizuka A, Ashizawa T, Saito S, Yamaguchi S, Kondo H, Yamaguchi K, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: Vol.102 ページ: 690-696
  • NAID: 10029291846
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of melanoma antigens using a Serological Proteome Approach (SERPA). (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki A, Iizuka A, Komiyama M, Takikawa M, Kume A, Tai S, Ohshita C, Kurusu A, Nakamura Y, Yamamoto A, Yamazaki N, Yoshikawa S, Kiyohara Y, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Cancer Genomics Proteomics. Vol.7 ページ: 17-23
• [雑誌論文] CIG-DB : the database for human or mouse immunoglobulin and T cell receptor genes available for cancer studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Komiyama T, Furue M, Gojobori T, Akiyama Y
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics. Vol.11 ページ: 398-398
• [雑誌論文] CIG-DB : the database for human or mouse immunoglobulin and T cell receptor genes available for cancer studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakamura Y, Komiyama T, Furue M, Gojobori T, Akiyama Y
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol.11 ページ: 398-398
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of melanoma antigens using a Serological Proteome Approach(SERPA). (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki A, Iizuka A, Komiyama M, Takikawa M, Kume A, Tai S, Ohshita C, Kurusu A, Nakamura Y, Yamamoto A, Yamazaki N, Yoshikawa S, Kiyohara Y, Akiyama Y.
  • 雑誌名: Cancer Genomics Proteomics 7巻 ページ: 17-23
  • 査読あり
• [学会発表] 血清中のMAGE抗原及びCMV-pp65抗原に対する抗体価の測定及び標準化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯塚明、久米亜希子、小宮山優、中村洋路、来栖亜弓、清原祥夫、山口建、秋山靖人
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 年月日: 2009-10-03
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.scchr-cigdb.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.scchr-cigdb.jp/
• [備考] がん・免疫データベースのURL
  • URL: http://www.scchr-cigdb.jp/