| 研究課題/領域番号 |
20710149
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
基礎ゲノム科学
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| 研究機関 | 独立行政法人農業生物資源研究所 |
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研究代表者 |
坂井 寛章 独立行政法人農業生物資源研究所, 研究員 (20455322)
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| 研究期間 (年度) |
2008 – 2010
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| 研究課題ステータス |
完了 (2010年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2009年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | 遺伝子 / ゲノム / 植物 / 進化 / レトロトランスポジション / トランスクリプトーム / 次世代シーケンサー |
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| 研究概要 |
20度に予測したレトロコピーを精査した結果、親遺伝子、レトロコピー中に信頼性の低い候補が含まれていることが明らかになった。そこで、解析フローの見直しを行い、親遺伝子、レトロコピーの再同定を行った。その結果、親遺伝子として12,928遺伝子座を同定し、これらから1,394のレトロコピーを予測することが出来た。既存の発現データの検証を行った結果、いくつかの転写型のレトロコピーについて、親遺伝子が全.組織で発現するのに対し、レトロコピーは生殖関連組織で特異的に発現している;とが明らかになった。イネにおいても、転写型のレトロコピーが生殖機能に重要な役割を果たしていることが示唆される。そこで、レトロコピーの転写活性を網羅的に解析するため、当初予定していたRT-PCRによる解析から、.次世代シーケンサーを使用したトランスクリプトーム解析へ実験計画を変更することにした。実験の対象とする組織については、葉、根、茎、カルス、開花前後の穂、種子の全7組織に決定した。現在までにIlluminaのGA2xシーケンサーによるRNA-seq解析データを3ラン分取得し、ゲノム配列にマッピンダして発現パターンを見た結果、親遺伝子とレトロコピーで異なるパターンを示すものが見つかった。
今後は、さらに配列データを増やし、各親遺伝子とレトロコピーの発現パターンを網羅的に解析し、異なるパターンを示す遣伝子について、組織特異性や種間比較解析を行い、自然選択が見られる遺伝子の同定を目指す。
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