哺乳動物細胞における翻訳後修飾を受けた転写制御因子結合部位の網羅的解析法の確立

• 研究課題/領域番号: 20710150
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 窪崎 敦隆 独立行政法人理化学研究所, LSAシステム構築ユニット, 研究員 (30425673)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2009年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2008年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
• キーワード: ChIP-chip / 転写因子 / ユビキチン様蛋白質 / IRF8 / IFN刺激応答配列 / ISG15 / 翻訳後修飾 / 転写制御

研究概要

ユビキチン様蛋白質ISG15の発現を阻害したTHP-1細胞をPMAで単球様細胞へ分化を誘導すると、48時間で多くの死細胞が出現することを見いだした。ISG15遺伝子のプロモーター領域にIFN刺激応答配列があること、THP-1細胞でIRF8の発現が有為に高いことから、ISG15遺伝子発現にIRF8の関与が考えられた。IRF8発現阻害時の発現網羅解析およびIRF8に対するChIP-chip解析を行った結果、IRF8がISG15や84種類の様々な遺伝子の発現を直接制御していることが明らかになった。

研究成果

• [雑誌論文] The combination of gene perturbation assay and ChIP-chip reveals functional direct target genes for IRF8 in THP-1 cells. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kubosaki, A., Lindgren, G., Tagami, M., Simon, C., Tomaru, Y., Miura, H., Suzuki, T., Arner, E., Forrest, A.R.R., Irvine, K.M., Schroder, K., Hasegawa, Y., Kanamori-Katayama, M., Rehli, M., Hume, D.A., Kawai, J., Suzuki, M., Suzuki, H., Hayashizaki, Y.
  • 雑誌名: Mol Immunol (In press)
  • 査読あり
• [学会発表] The combination of ChIP-chip and gene perturbation assay reveals high confidence target genes for ICSBP and PU.1 in THP-1 cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Kubosaki, A., Tagami, M., Tomaru, Y., Simon, C., Suzuki, M., Suzuki, H., Hayashizaki, Y
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] The combination of ChIP-chip and gene perturbation assay reveals high confidence target genes for ICSBP and PU. 1 in THP-1 cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kubosaki, A., Tagami, M., Tomaru, Y., Simon, C., Suzuki, M., Suzuki, H., Hayashizaki, Y
  • 学会等名: The 32nd Annual Meeting of MBSJ
  • 発表場所: Yokohama, Kanagawa, Japan