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代謝ネットワークの再構築による天然化合物の設計原理の抽出

研究課題

研究課題/領域番号 20710156
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 ゲノム情報科学
研究機関京都大学

研究代表者

荒木 通啓  京都大学, 先端技術グローバルリーダー養成ユニット, 准教授 (40396867)

研究期間 (年度) 2008 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2010年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2009年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2008年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード代謝工学 / 合成生物学 / バイオインフォマティクス / ケモインフォマティクス / 生合成 / 生体生命情報学 / ゲノム / 生物・生体工学 / synthetic biology / バイオラクノロジー
研究概要

天然化合物の設計には、化合物構造に記録された設計情報を抽出し、代謝ネットワーク情報の再構築をもとにした体系的な設計フレームを構築する必要がある。このために本研究では、天然化合物の表現方法の開発、代謝ネットワーク情報の再構築、解析アルゴリズムの開発、について検討を行った。この結果、本研究で提案する体系的な化合物表現方法が、従来方法よりも生合成情報を反映しており、任意の天然化合物に対して設計ルートの提案が可能であることを示した。

報告書

(4件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2011 2010 2009 2008

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (7件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] A Web Tool for Expression Pattern-Based Data Retrieval and Relevant Network Discovery fromvast Public Microarray Database2009

    • 著者名/発表者名
      Feng, C., Araki, M., etal.
    • 雑誌名

      GIW2009,PosterAbstracts P056

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GEM-TREND : a web tool for gene expression datamining toward relevant network discovery2009

    • 著者名/発表者名
      Feng, C., Araki, M., etal.
    • 雑誌名

      BMCG enomics 10

      ページ: 411-411

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drugdevelopment2009

    • 著者名/発表者名
      Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., etal.
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling 49(4)

      ページ: 1122-1129

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of Chemical Modification Patterns Extracted from KEGG Drug Structure Maps2009

    • 著者名/発表者名
      Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., etal.
    • 雑誌名

      IBSB2009 Boston

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GEM-TREND : a web tool for gene expression data mining toward relevant network discovery.2009

    • 著者名/発表者名
      Feng C, Araki M, Kunimoto R, Tamon A, Makiguchi H, Niijima S, Tsujimoto G, Okuno Y.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 10

      ページ: 411-411

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drug development.2009

    • 著者名/発表者名
      Shigemizu D, Araki M, Okuda S, Goto S, Kanehisa M.
    • 雑誌名

      J Chem Inf Model. 49(4)

      ページ: 1122-1129

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predictionof drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces2008

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., etal.
    • 雑誌名

      Bioin for matics(ISMB2008) 24

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] KEGG for linking genomes to life and the environment2008

    • 著者名/発表者名
      Kanehisa, M., Araki, M., etal.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 36

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces2008

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., Honda, W., and Kanehisa, M.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 合成生物事始め2011

    • 著者名/発表者名
      荒木通啓
    • 発表場所
      三菱化学科学技術センター横浜
    • 年月日
      2011-03-05
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] retrobiosynthesisに向けた天然化合物のアーキテクチャ解析2010

    • 著者名/発表者名
      荒木通啓
    • 学会等名
      第3回医薬品研究会
    • 発表場所
      東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2010-08-02
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書 2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 医薬品-臨床知識統合データベースの構築2010

    • 著者名/発表者名
      馮春来、荒木通啓、他
    • 学会等名
      日本薬学会第130年会
    • 発表場所
      岡山
    • 年月日
      2010-03-29
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] 医薬品-疾病作用情報データベース2009

    • 著者名/発表者名
      荒木通啓、馮春来, 多門啓子, 薮内弘昭, 奥野恭史
    • 学会等名
      日本薬学会129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 医薬品-疾病作用情報データベース2009

    • 著者名/発表者名
      荒木通啓、馮春来、他
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発2009

    • 著者名/発表者名
      多門啓子、牧口大旭、荒木通啓、他
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] ケミカルゲノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      藤田淳人、藪内弘昭、小川哲平、荒木通啓、他
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [産業財産権] 合成経路作成装置、合成経路作成方法及び合成経路作成プログラムならびに3‐ヒドロキシプロピオン酸の製造方法2010

    • 発明者名
      荒木通啓、宮奥康平、谷口岳志
    • 権利者名
      三菱化学株式会社
    • 出願年月日
      2010-12-17
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [産業財産権] 合成経路作成装置、合成経路作成プログラムならびに3-ヒドロキシプロピオン酸の製造方法2010

    • 発明者名
      荒木通啓、宮奥康平、谷口岳志
    • 権利者名
      荒木通啓、宮奥康平、谷口岳志
    • 産業財産権番号
      2010-281794
    • 出願年月日
      2010-12-17
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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