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人工塩基対システムによる機能性RNAの培養細胞への導入とその効果の解析

研究課題

研究課題/領域番号 20710176
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物分子科学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

木本 路子  独立行政法人理化学研究所, 核酸合成生物学研究チーム, 研究員 (20415144)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2009年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2008年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワード生体分子 / 核酸 / バイオテクノロジー / 人工塩基対 / 転写 / RNA干渉 / 培養細胞 / 培養
研究概要

申請者のグループで開発された人工塩基対システムを利用して、転写により種々の人工塩基を特定部位に組み込んだ機能性RNAの一種、shRNA、を培養細胞に導入し、その効果と機能を解析することで、人工塩基が細胞内でどのように認識されるかを調べた。その結果、天然型のミスマッチの変異が許容されてshRNAの活性が保持された特定の領域では、天然型塩基の大きさに近い人工塩基であれば、shRNAの活性は損なわれないことがわかった。

報告書

(3件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (15件) 図書 (4件) 備考 (3件) 産業財産権 (7件)

  • [雑誌論文] Site-specific fluorescent probing of RNA molecules by unnatural base-pair transcription for local structural conformation analysis.2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Hikida, M. Kimoto, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      Nature Protocols (in press)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A unique fluorescent base analogue for the expansion of the genetic alphabet.2010

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, T. Mitsui, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 132

      ページ: 4988-4989

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An unnatural base pair system for efficient PCR amplification and functionalization of DNA molecules.2009

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, R. Kawai, T. Mitsui, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 37

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Site-specific incorporation of functional components into RNA by transcription using unnatural base pair systems.2009

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, A. Sato, R. Kawai, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Ser. 53

      ページ: 73-74

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Site-specific incorporation of functional components into RNA by transcription using unnatural base pair systems2009

    • 著者名/発表者名
      Michiko Kimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp.Ser. 53

      ページ: 73-74

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [雑誌論文] An unnatural base pair system for efficient PCR amplification and functionalization of DNA molecules.2009

    • 著者名/発表者名
      木本路子
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 37

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient PCR amplification by an unnatural base pair system.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, R. Kawai, T. Mitsui, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Ser. 52

      ページ: 469-470

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Sequences around the unnatural base pair in DNA templates for efficient replication.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, R. Kawai, T. Mitsui, S. Yokoyama, I. Hirao
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Ser. 52

      ページ: 457-458

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Efficient PCR amplification by an unnatural base pair system.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Ser. 52

      ページ: 469-470

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [雑誌論文] Sequences around the unnatural base pair in DNA templates for efficient replication.2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Symp. Ser. 52

      ページ: 457-458

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] PCR amplification and transcription by a hydrophobic unnatural base pair system for site-specific RNA labeling2010

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      EVOLVING DNA POLYMERASES: CHEMISTRY MEETS BIOLOGY
    • 発表場所
      スイスモンテベリタ
    • 年月日
      2010-05-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific fluorescent labling of shRNA by an unnatural base pair system2009

    • 著者名/発表者名
      S. Liu
    • 学会等名
      第19回アンチセンス-第5回OTS(Oligonucleotide Therapeutics Society)年会合同国際学会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-11-04
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific fluorescent labeling of shRNA by an unnatural base pair system2009

    • 著者名/発表者名
      Shuang Liu
    • 学会等名
      第19回アンチセンス-第5回OTS(Oligonucleotide Therapeutics Society)年会合同国際学会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-11-04
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Site-specific incorporation of functional components into RNA by transcription using unnatural base pair systems2009

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 発表場所
      岐阜県高山市
    • 年月日
      2009-10-01
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific incorporation of functional components into RNA by transcription using unnatural base pair systems2009

    • 著者名/発表者名
      木本路子
    • 学会等名
      第6回国際核酸化学シンポジウム
    • 発表場所
      岐阜県高山市
    • 年月日
      2009-10-01
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] PCRと転写で機能する人工塩基対による機能性コンポーネントのRNA中への位置選択的取り込み2009

    • 著者名/発表者名
      木本路子
    • 学会等名
      第11回rnaミーティング
    • 発表場所
      新潟
    • 年月日
      2009-07-29
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] PCRと転写で機能する人工塩基対による機能性コンポーネントのRNA中への位置選択的取り込み2009

    • 著者名/発表者名
      木本路子
    • 学会等名
      第11回RNAミーティング
    • 発表場所
      新潟
    • 年月日
      2009-07-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Efficient PCR amplification functionalization by an unnatural base pair system2009

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      ACS 237th National Meeting
    • 発表場所
      米国ユタ
    • 年月日
      2009-03-23
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 高効率でPCR増幅可能な人工塩基対システムの構築2008

    • 著者名/発表者名
      木本路子
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] Efficient PCR amplification by an unnatural base pair system2008

    • 著者名/発表者名
      I. Hirao
    • 学会等名
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRTXVIII) and 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (SNAC)
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2008-09-09
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Sequences around the unnatural base pair in DNA templates for efficient replication2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRTXVIII) and 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (SNAC)
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2008-09-09
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific fluorescent labeling of RNA fragments by transcription using an unnatural base pair system2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      ACS 236th National Meeting
    • 発表場所
      米国フィラデルフィア
    • 年月日
      2008-08-20
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific fluorescent labeling of RNA fragments by transcription using an unnatural base pair system2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      ACS 236th National Meeting
    • 発表場所
      Philadelphia
    • 年月日
      2008-08-20
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Site-specific incorporation of fluorescent 2-amino-6-(2-thienyl)purine into RNA by transcription using an unnatural base pair system2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      XIVth symposium on chemistry of nucleic acid components
    • 発表場所
      チェコチェスキークルムロフ
    • 年月日
      2008-06-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Site-specific incorporation of fluorescent 2-amino-6-(2-thienyl)purine in to RNA by transcription using an unnatural base pair2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto
    • 学会等名
      XIVth symposium on chemistry of nucleic acid components
    • 発表場所
      Czech Republic
    • 年月日
      2008-06-10
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] Methods in Molecular Biology(Site-Specific Incorporation of Extra Components into RNA by Transcription Using Unnatural Base Pair Systems.)2010

    • 著者名/発表者名
      M. Kimoto, I. Hirao
    • 出版者
      The Humana Press Inc.(in press)
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] The Chemical Biology of Nucleic Acids(Expansion of the Genetic Alphabet in Nucleic Acids by Creating New Base Pairs.)2010

    • 著者名/発表者名
      I. Hirao, M. Kimoto
    • 出版者
      John Wiley & Sons(in press)
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] The Chemical Biology of Nucleic Acids, Expansion of the Genetic Alphabet in Nucleic Acids by Creating New Base Pairs2010

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Hirao
    • 出版者
      John Wiley & Sons(in press)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] Methods in Molecular Biology, Site-Specific Incorporation of Extra Components into RNA by Transcription Using Unnatural Base Pair Systems2010

    • 著者名/発表者名
      Ichiro Hirao
    • 出版者
      The Humana Press Inc., NJ, USA(in press)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] 研究室ホームページURL

    • URL

      http://protein.gsc.riken.jp/hirao/index.html

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://protein.gsc.riken.jp/hirao/index.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://protein.gsc.riken.go.jp/hirao/index.html

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [産業財産権] 消光性ならびに蛍光性の核酸塩基類似体とその応用2010

    • 発明者名
      尾一郎、平尾路子、横山茂之、三井雅雄、山重りえ
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクス・バイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2010-098319
    • 出願年月日
      2010-04-21
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [産業財産権] 機能性核酸分子の安定化法2010

    • 発明者名
      平尾一郎、平尾路子、劉爽、野澤巌
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクス・バイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2010-965201
    • 出願年月日
      2010-04-19
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [産業財産権] 新規蛍光人工塩基対2009

    • 発明者名
      平尾一郎, 平尾路子, 横山茂之, 三井雅雄
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクス・バイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2009-232776
    • 出願年月日
      2009-10-06
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [産業財産権] 特異な塩基対を形成する人工塩基対2009

    • 発明者名
      :平尾一郎,平尾路子,横山茂之
    • 権利者名
      :理化学研究所、タグシクス・バイオ株式
    • 産業財産権番号
      2009-232851
    • 出願年月日
      2009-10-06
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [産業財産権] 特異な塩基対を形成する人工塩基対2009

    • 発明者名
      平尾一郎, 平尾路子, 横山茂之
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクス・バイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2009-232851
    • 出願年月日
      2009-10-06
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [産業財産権] 高選択性・高効率でPCR増幅が可能なDNA2008

    • 発明者名
      平尾一郎, 平尾路子, 横山茂之
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクス・バイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2008-094255
    • 出願年月日
      2008-03-27
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [産業財産権] 高選択性・高効率でPCR増幅が可能なDNA2008

    • 発明者名
      平尾一郎, 木本路子, 横山茂之
    • 権利者名
      理化学研究所、タグシクスバイオ株式会社
    • 産業財産権番号
      2008-094255
    • 出願年月日
      2008-03-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

URL: 

公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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