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細胞内環境を想定した反応拡散系モデリング

研究課題

研究課題/領域番号 20740243
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物物理・化学物理
研究機関神戸大学 (2011)
大阪大学 (2008-2010)

研究代表者

冨樫 祐一  神戸大学, 大学院・システム情報学研究科, 講師 (50456919)

研究期間 (年度) 2008 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2010年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2009年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード生物物理学 / 分子機械 / 細胞 / 超分子混雑 / 自己組織化 / 反応拡散系 / 位相振動子系 / 時空間パターン / 酵素反応 / 数理モデル / シミュレーション
研究概要

細胞の活動は主として化学反応により維持されている。ところが、細胞内は、タンパク等の高分子で非常に混雑し、膜・細胞骨格などの構造や、酵素をはじめ動き(構造変化)を通じて機能する分子機械が存在するなど、特異な環境にある。このような、これまでの研究で捨象されがちであった細胞内環境の特徴が、反応過程にどのような影響を及ぼしうるかを考察した。反応が活発に起こる領域と不活性な領域との分離など、分子混雑と分子機械の動きの双方が関与した時空間パターンが観察され、細胞内における分子の「動き」の重要性が示唆された。

報告書

(6件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (22件) 備考 (6件)

  • [雑誌論文] Modeling Bio-Molecular Machinery in the Complex Environment inside the Cell2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 雑誌名

      Proceedings of 2011 IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet

      巻: 266 ページ: 266-266

    • DOI

      10.1109/saint.2011.50

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Modeling of Molecular Networks in the Cell : Minority and Crowd2012

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      Brock-Kobe Bilateral Workshop on Scientific Computation
    • 発表場所
      神戸大学(兵庫県)
    • 年月日
      2012-05-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子機械システムの構造形成~障壁と分子構造変化の効果2012

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会第67回年次大会
    • 発表場所
      関西学院大学(兵庫県)
    • 年月日
      2012-03-25
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 混雑した分子機械システムにおける反応・輸送・力学的応答2011

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会2011年秋季大会
    • 発表場所
      富山大学(富山県)
    • 年月日
      2011-09-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Modeling Bio-Molecular Machinery in the Complex Environment inside the Cell2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      The 11th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet(SAINT2011)
    • 発表場所
      Holiday Inn Munich City Centre(ドイツ)
    • 年月日
      2011-07-19
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Modeling Bio-Molecular Machinery in the Complex Environment inside the Cell2011

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Togashi
    • 学会等名
      The 11th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet
    • 発表場所
      Holiday Inn Munich City Centre(ドイツ)(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Abstract and Coarse-Grained Modeling Toward Understanding of the Biomolecular Machinery in the Crowded Intracellular Environment2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      RIKEN Quantitative Biology Center (Tentative) Kick-off meeting
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府)
    • 年月日
      2010-10-26
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子機械の構造変化と非線形性2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一, 柳田敏雄, Alexander S. Mikhailov
    • 学会等名
      日本機械学会第23回計算力学講演会(CMD2010)
    • 発表場所
      北見工業大学(北海道)
    • 年月日
      2010-09-23
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 生体分子機械の構造変化と非線形性2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一(共著)
    • 学会等名
      日本機械学会 計算力学講演会CMD2010
    • 発表場所
      北見工業大学(北海道)
    • 年月日
      2010-09-23
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Formation of Reaction-Diffusion Pathways by Molecular Machines in the Crowded Intracellular Environment2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Formation of Reaction-Diffusion Pathways by Molecular Machines in the Crowded Intracellular Environment2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第48回年会
    • 発表場所
      東北大学(宮城県)
    • 年月日
      2010-09-21
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 混雑環境下での生体分子機械の動作と反応拡散パターン2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理II」
    • 発表場所
      理化学研究所 基幹研究所(埼玉県)
    • 年月日
      2010-04-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 混雑した反応拡散系における分子の内部状態と粒子性の効果2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会第65回年次大会
    • 発表場所
      岡山大学(岡山県)
    • 年月日
      2010-03-21
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 混雑した反応拡散系における分子の内部状態と粒子性の効果2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会 第65回年次大会
    • 発表場所
      岡山大学(岡山県)
    • 年月日
      2010-03-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子機械システムの動作原理~抽象的・粗視的モデルの側から2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      定量生物学の会 第2回年会
    • 発表場所
      大阪大学(大阪府)
    • 年月日
      2010-01-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システム~反応拡散と力学的相互作用が交錯する系のモデリング2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      定量生物学の会第3回年会
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システム~反応拡散と力学的相互作用が交錯する系のモデリング2010

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      定量生物学の会 第3回年会
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システムの振舞い2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本生物物理学会第47回年会
    • 発表場所
      アスティとくしま(徳島県)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システムの振舞い2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第47回年会
    • 発表場所
      アスティとくしま(徳島県)
    • 年月日
      2009-10-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内分子機械システムの反応拡散系モデリング2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理」
    • 発表場所
      理化学研究所基幹研究所(埼玉県)
    • 年月日
      2009-04-10
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 細胞内分子機械システムの反応拡散系モデリング2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      理研シンポジウム「細胞システムの動態と論理」
    • 発表場所
      理化学研究所 基幹研究所(埼玉県)
    • 年月日
      2009-04-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システムの反応拡散過程2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会第64回年次大会
    • 発表場所
      立教大学(東京都)
    • 年月日
      2009-03-30
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 混雑した細胞内環境における分子機械システムの反応拡散過程2009

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一
    • 学会等名
      日本物理学会第64回年次大会
    • 発表場所
      立教大学
    • 年月日
      2009-03-30
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考] 研究成果Webページ

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考] WebページURL

    • URL

      http://www.togashi.tv/lab/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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