アミノアシルtRNA の革新的精密有機化学合成

• 研究課題/領域番号: 20750129
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 大窪 章寛 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (60376960)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2008年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: アミノシルtRNA / 核酸合成 / 保護基 / tRNA / 核酸 / 有機化学 / 高分子化学

研究概要

我々は、ヌクレオシドやオリゴヌクレオチドに導入したアミジン型保護基を1-ヒドロキシベンゾトリアゾールまたはイミダゾリウムトリフラートを含む弱酸溶媒で、加熱脱保護する新手法を開発した。さらに、この手法を用いて塩基性条件下非常に不安定なアデニン塩基にアシル基を有するオリゴヌクレオチドの合成にも成功した。現在は、この手法を駆使し、様々な人工アミノアシルRNA の合成をおこなっている。

研究成果

• [雑誌論文] Synthesis and hybridization properties of oligonucleotides incorporating Bi- and Tri-cyclic cytosine derivatives (2010)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, T. Sakaue, H. Tsunoda, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Chem. Lett. (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides using the oxidatively cleavable 4-methoxytritylthio (MMTrS) group for protection of the 5 '-hydroxyl group (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Seio, M. Shiraishi, E. Utagawa, A. Ohkubo, M. Sekine;
  • 雑誌名: New J. Chem. 34 ページ: 984-992
  • 査読あり
• [雑誌論文] Oligonucleotide synthesis involving deprotection of amidine-type protecting groups for nucleobases under acidic conditions (2010)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, Y. Kuwayama, Y. Nishino, H. Tsunoda, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Lett. 12 ページ: 2496-2499
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linear relationship between deformability and thermal stability of 2 '-O-modified RNA hetero duplexes (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Masaki, H.A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B. 114 ページ: 2517-2524
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of 6-N( benzothiazol-2-yl)deoxyadenosine and its exciton-coupled circular dichroism (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Masaki, H.A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 18 ページ: 567-572
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microwave-assisted synthesis of 2 '-O-aryluridine derivatives (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Oeda, Y. Iijima, H. Taguchi, A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Lett. 11 ページ: 5682-5585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and hybridization of 2'-O-methyl-RNAs incorporating 2'-O-carbamoyluridine and unique participation of the carbamoyl group in U-G base pair (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Seio, R. Tawarada, T. Sasami, M. Serizawa, M. Ise, A. Ohkubo, M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem 17 ページ: 7275-7280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and properties of nucleoside derivatives acylated by chemically stable 2-(trimethylsilyl)benzoyl group (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Yamada, H. Taguchi, A. Ohkubo, K. Seio, M.
  • 雑誌名: Sekine; Bioorg. Med. Chem. 17 ページ: 5928-5932
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluorescence properties of pyrimidopyrimidoindole nucleoside dC(PPI) incorporated into oligodeoxynucleotides. (2009)
  • 著者名/発表者名: M. Mizuta, K. Seio, A. Ohkubo, M. Sekine
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B. 113 ページ: 9562-9569
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient solid-phase synthesis of oligodeoxynucleotides having a 5'-terminal 2, 2, 7-trimethylguanosine pyrophosphate linkage (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, R. Kasuya, K. Aoki, A. Kobori, H. Taguchi, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 17 ページ: 4819-4824
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of terminally modified oligonucleotides and their hybridization dependence on the size of the target RNAs (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Seio, Y. Takaku, K. Miyazaki, S. kurohagi, Y. Masaki, A. Ohkubo, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 7 ページ: 2440-2451
  • 査読あり
• [雑誌論文] Introduction of 3 '-terminal nucleosides having a silyl-type linker into polymer supports without base protection (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, Y. Noma, K. Aoki, H. Tsunoda, K. Seio, Sekine
  • 雑誌名: J. Org. Chem. 74 ページ: 2817-2823
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and triplex formation of oligonucleotides containing 8-thioxodeoxyadenosine (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Miyata, R. tamamushi, H. Tsunoda, A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Lett. 11 ページ: 605-608
  • 査読あり
• [雑誌論文] New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, R. Kasuya, K. Miyata, H. Tsunoda, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 7 ページ: 687-694
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient solid-phase synthesis of oligodeoxynucleotides having a 5'-terminal 2,2,7-trimethylguanosine pyrophosphate linkage (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, R.Kasuya, K.Aoki, A.Kobori, H.Taguchi, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Bioorg.Med.Chem. 17 ページ: 7275-7280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluorescence properties of pyrimidopyrimidoindole nucleoside dC(PPI)incorporated into oligodeoxynudeotides (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Mizuta, K.Seio, A.Ohkubo, M.Sekine
  • 雑誌名: J.Phys.Chem.B 113 ページ: 9562-9569
  • 査読あり
• [雑誌論文] Microwave-assisted synthesis of 2'-O-aryluridine derivatives (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Oeda, Y.Iijima, H.Taguchi, A.Ohkubo, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Org.Lett. 11 ページ: 5682-5585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Introduction of 3'-terminal nucleosides having a silyl-type linker into polymer supports with out base protection (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohkubo A, Noma Y, Aoki K, Tsunoda H, Seio K, Sekine M
  • 雑誌名: Journal of the Organic Chemistry 74 ページ: 2817-23
  • 査読あり
• [雑誌論文] New thermolytic carbamoyl groups for the protection of nucleobases (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohkubo A, Kasuya R, Miyata K, Tsunoda H, Seio K, Sekine M.
  • 雑誌名: Organic & biomolecular chemistry 7 ページ: 687-694
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hybridization-dependent fluorescence of oligodeoxynucleotides incorporating new pyrene-modified adenosine residues (2008)
  • 著者名/発表者名: K. Seio, M. Mizuta, K. Tasaki, K. Tamaki, A. Ohkubo, M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 16 ページ: 8287-8293
  • 査読あり
• [雑誌論文] New nucleotide pairs for stable DNA triplexes stabilized by stacking interaction (2008)
  • 著者名/発表者名: M. Mizuta, J. Banba, T. Kanamori, R. Tawarada, A. Ohkubo, M. Sekine, K. Seio
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc. 130 ページ: 9622-9623
  • 査読あり
• [雑誌論文] O-selective condensation using P-N bond cleavage in RNA synthesis without base protection (2008)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, Y. Kuwayama, T. Kudo, H. Tsunoda, K. Seio, M
  • 雑誌名: Org. Lett. 10 ページ: 2793-2796
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficient synthesis of functionalized oligodeoxyribonucleotides with base-labile groups using a new silyl linker (2008)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, R. Kasuya, K. Aoki, A. Kobori, H. Taguchi, K. Seio, M.
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. 16 ページ: 5345-5351
  • 査読あり
• [雑誌論文] "Protected DNA Probes (PDP)" capable of strong hybridization without removal of base protecting groups (2008)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, R. Kasuya, K. Sakamoto, K. Miyata, H. Taguchi, H. Nagasawa, T. Tsukahara, T. Watanobe, Yoshiyuki Maki, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: 1952-1964
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and properties of DNA oligomers containing 2'-deoxynucleoside-N-oxide derivatives (2008)
  • 著者名/発表者名: H. Tsunoda, A. Ohkubo, H. Taguchi, K. Seio, Sekine
  • 雑誌名: J. Org. Chem. 73 ページ: 1217-1224
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protected DNA Probes' capable of strong hybridization without removal of base protecting groups (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohkubo A, Kasuya R, Sakamoto K, Miyata K, Taguchi H, Nagasawa H, Tsukahara T, Watanobe T, Maki Y, Seio K, Sekine M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36 ページ: 1952-1964
  • 査読あり
• [学会発表] 次世代のRNAテクノロジーを支える革新的核酸合成法の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛
  • 学会等名: 日本化学会 第90回春季年会
  • 発表場所: 近畿大学(近畿大学)
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] ホスホロアミダイト化合物を利用した新規ピロリン酸化反応の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛、西野雄大、角田浩佑、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 日本化学会第90春季年会
  • 発表場所: 近畿大学
  • 年月日: 2010-03-26
• [学会発表] Synthesis and triplex formation of oligonucleotides containing 8-thioxodeoxyadenosine and 5-methyl-2-thiodeoxycytosine (2009)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Kenichi Miyata, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: 国際核酸医薬シンポジウム第5回OTS年会第19回アンチセンスシンポジウム合同シンポジウム
  • 発表場所: 九州大学
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] Synthesis and triplex formation of oligonucleotides containing 8-thioxodeoxyadenosine and 5-methyl-2-thiodeoxycytosine (2009)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Kenichi Miyata, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: 第6回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 岐阜県高山市民文化会館
  • 年月日: 2009-09-28
• [学会発表] Evaluation of base recognition abilities of 2'-deoxynucleoside N-oxide derivatives by polymerase reactions (2009)
  • 著者名/発表者名: Hirosuke Tsunoda, Akihiro Ohkubo, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: 第6回国際核酸化学シンポジウム
  • 発表場所: 岐阜県高山市民文化会館
  • 年月日: 2009-09-28
• [学会発表] 末端にジリン酸結合を介してアデニル化されたオリゴヌクレオチドの効率合成法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛、西野雄大、野間靖弘、桑山靖和、角田浩佑、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 第11回RNAミーティング
  • 発表場所: 朱鷺メッセ・新潟コンベンションセンター
  • 年月日: 2009-07-28
• [学会発表] 機能性RNA分子の合成を指向した酸脱保護RNA合成法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桑山靖和、大窪章寛、西野雄大、角田浩佑、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 第11回RNAミーティング
  • 発表場所: 朱鷺メッセ・新潟コンベンションセンター
  • 年月日: 2009-07-28
• [学会発表] Development of new methods for the synthesis of RNA oligonucleotides having base-labile functional groups (2008)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛
  • 学会等名: 18^<th> International roundtable on nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2008-09-09
• [備考]
  • URL: http://www.skn.bio.titech.ac.jp/