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オロチジン-リン酸脱炭酸酵素の反応に伴う構造変化と触媒機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 20770081
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 構造生物化学
研究機関京都大学

研究代表者

藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2008年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード酵素 / 触媒反応機構 / X線結晶構造解析 / 基質構造の歪み / ODCase / OMPDC / OMPDCase / 反応中間体構造 / 反応機構 / 酵素基質複合体 / ピリミジン新規合成
研究概要

オロチジンーリン酸脱炭酸酵素(ODCase)の、6-cyano-UMPをBMPに変換する副反応について、反応進行にともなう基質の構造変化をとらえた。反応中間体構造では、6-cyano-UMPのcyano基はODCaseとの複合体中でピリミジン環平面から大きく屈曲しており、その後ヒドロキシ基に置換されることが明らかになった。他の解析結果も併せて考えると、ODCaseはその反応を触媒する過程で、基質を強く歪めて反応を進行させることがわかった。

報告書

(3件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (11件)

  • [雑誌論文] Structural Characterization of the Molecular Events during a Slow Substrate-Product Transition in Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Lianhu Wei, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol 387

      ページ: 1199-1210

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Characterization of the Molecular Events during a Slow Substrate-Product Transition in Orotidine2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Lianhu Lakshmi P. Kotra. Emil F. Pai
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol 387

      ページ: 1199-1210

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Distortion in Substrate-Product Transition in Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase.2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Lianhu Wei, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai
    • 学会等名
      2009 American Crystallographic Assosiation Meeting
    • 発表場所
      Sheraton City Centre Hotel, Toronto
    • 年月日
      2009-07-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 触媒反応進行中のオロチジン一リン酸脱炭酸酵素の構造2009

    • 著者名/発表者名
      藤橋雅宏, Angelica M. Bello, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • 年月日
      2009-05-22
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 触媒反応進行中のオロチジンーリン酸脱炭酸酵素の構造2009

    • 著者名/発表者名
      藤橋雅宏, Angelica M.Bello, Lakshmi P.Kotra, Emil F.Pai
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテルニュースカイ
    • 年月日
      2009-05-22
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Molecular events of a slow substrate-product transition in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Angelica M. Bello, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai
    • 学会等名
      237th American Chemical Society National Meeting & Exposition
    • 発表場所
      Salt Lake City, UT, USA
    • 年月日
      2009-03-23
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular events of a slow substrate-product transition in ototidine 5'-mononhosnhate decarboxylase2009

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Angelica M. Bello, Lakshmi P. Kotra. Emil F
    • 学会等名
      237th American Chemical Society National Meeting & Exposition
    • 発表場所
      Salt Lake City, UT, USA
    • 年月日
      2009-03-23
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Structural investigation of orotidine monophosphate decarboxylase: the role of the catalytic lysine2008

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kuroda, Masahiro Fujihashi, Lakshmi, P. Kotra, Emil F. Pai, Kunio Miki
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場・福岡
    • 年月日
      2008-12-03
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Structural investigation of orotidine monophosphate decarboxylase : the role of the catalytic lysine2008

    • 著者名/発表者名
      Shingo Kuroda, Masahiro Fujihashi, Lakshmi, P. Kotra
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場, 福岡
    • 年月日
      2008-12-03
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Catalytic promiscuity and mechanistic determinants of ODCase - a high-resolution investigation -2008

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Shingo Kuroda, Lakshmi P. Kotra, Kunio Miki
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the Interational Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2008-08-29
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Catalytic promiscuity and mechanistic determinants of ODCase-a high-resolution investigation-2008

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Fujihashi, Shingo Kuroda, Lakshmi P. Kotra, Kunio
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the Interational : Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka, Japan
    • 年月日
      2008-08-29
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 求電子反応・求核反応をともに触媒する、オロチジン一リン酸脱炭酸酵素の反応機構の研究2008

    • 著者名/発表者名
      藤橋雅宏, 黒田新悟, Angelica M. Bello, Ewa Poduch, Wanda Gillon, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai, 三木邦夫
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀・東京
    • 年月日
      2008-06-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 求電子反応・求核反応をともに触媒する、オロチジンーリン酸脱炭酸酵素の反応機構の研究2008

    • 著者名/発表者名
      藤橋雅宏, 黒田新悟, Angelica M. Bello, Ewa Poduch, Wanda Gillon, Lakshmi P. Kotra, Emil F. Pai 三木邦夫
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀・東京
    • 年月日
      2008-06-10
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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