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コピー数多型データを解析するコンピュータツールの開発

研究課題

研究課題/領域番号 20790269
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 人類遺伝学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

加藤 護  理研, 研究員 (40391916)

研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2009年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワードコピー数多型 / SNP / アルゴリズム / ハプロタイプ推定 / コンピュータツール / CNV
研究概要

本研究の目的は、コピー数多型データを解析するアルゴリズムやコンピュータツールの開発である。本年度、CNVデータ及びCNV-SNP混合データからハプロタイプを推定するアルゴリズムの開発、及びコマンドライン・ツールへの実装、幾つかの集団遺伝学的分析ツールの開発(推定されたハプロタイプから連鎖不平衡を計算するツール、タグSNPを選定するツール、Mendelian inconsistencyを計算するツール、Fstを計算するツール)、ウェブサーバの立ち上げ、を達成した。特筆すべきは、ハプロタイプを推定するアルゴリズムであり、これは世界初の特徴を持つ2つのコンピュータツールに実装されている。その特徴とは、最初のツールにおいては、コピー数が暖昧なまま実験的に得られた場合でも推定可能、SNPとの混合データに適用可能、であり、二番目のツールにおいては、コピー数多型において数の違いだけでなく塩基にも違いがあるような複雑な場合でも推定可能、である。これらのツールは疾患関連遺伝子を探索する研究において、今後極めて有用となる。またこれらのアルゴリズムとツールは、The American Journal of Human Genetics誌、Bioinformatics誌において論文発表され、ツールは掲載されているURLから、研究用に利用可能である。またこの研究成果は、2つの国際会議、カナダにおけるHuman Genome Variation Meeting、アメリカにおけるThe American Society of Human Genetics 58th Annual Meetingにおいて発表された。

報告書

(1件)
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (4件)

すべて 2008

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] An Algorithm for Inferring Complex Haplotypes in a Region of Copy-Number Variation2008

    • 著者名/発表者名
      Mamoru Kato
    • 雑誌名

      The American Journal of Human Genetics 83

      ページ: 157-169

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MOCSphaser: a haplotype inference tool from a mixture of copy number variation and single nucleotide polymorphism data2008

    • 著者名/発表者名
      Mamoru Kato
    • 雑誌名

      Bioinformatics 24

      ページ: 1645-1646

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] An algorithm for phasing copy number variations (CNVs)2008

    • 著者名/発表者名
      Mamoru Kato
    • 学会等名
      Human Genome Variation Meeting
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Haplotype inference of copy number variations2008

    • 著者名/発表者名
      Mamoru Kato
    • 学会等名
      The American Society of Human Genetics 58th Annual Meeting
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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