腸管出血性大腸菌の新規DNA 修復機構の同定と機能解析

• 研究課題/領域番号: 20790338
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 細菌学(含真菌学)
• 研究機関: 宮崎大学
• 研究代表者: 大岡 唯祐 宮崎大学, 医学部, 助教 (50363594)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2009年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2008年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 微生物 / 細菌 / ゲノム / 遺伝子

研究概要

腸管出血性大腸菌においてトランスポゾンの一種である挿入配列(IS)のexcisionを促進する新規因子として、IEE (IS excision enhancer)を同定した。また、腸管出血性大腸菌O157におけるIEEの機能解析から、その反応がIS3にコードされている転移酵素との相互作用により起こることを明らかにした。加えて、このIEEのホモログが、腸管出血性大腸菌だけでなく系統関係を超えた様々な菌種に存在し、遺伝子水平伝播により多種多様な菌種にその分布を拡大したことを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of candidate pathogens of papillomatous digital dermatitis in dairy cattle from quantitative 16S rRNA clonal analysis. (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Yano, et al.
  • 雑誌名: Vet.Microbiol. (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polymorphisms in Escherichia coli O157 genomes (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Ooka, Y. Ogura, Md. Asadulghani, M. Ohnishi, K. Nakayama, J. Terajima, H. Watanabe, T. Hayashi
  • 雑誌名: Genome Res. 19 ページ: 1809-1816
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a multiplex PCR-based rapid typing method 1 for enterohemorrhagic Escherichia coli O157 strains (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Ooka, J. Terajima, M. Kusumoto, A. Iguchi, K. Kurokawa, Y. Ogura, M. Asadulghani, K. Nakayama, K. Murase, M. Ohnishi, S. Iyoda, H. Watanabe, T. Hayashi
  • 雑誌名: J. Clin. Microbiol 47(9) ページ: 2888-2894
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, T. Ooka, A. Iguchi, H. Toh, Md. Asadulghani, K. Oshima, T. Kodama, H. Abe, K. Nakayama, K. Kurokawa, T. Tobe, M. Hattori, T. Hayashi
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106(42) ページ: 17939-17944
  • 査読あり
• [雑誌論文] The defective prophage pool of Escherichia coli O157: prophage-prophage interactions potentiate horizontal transfer of virulence determinants (2009)
  • 著者名/発表者名: Md. Asadulghani, Y. Ogura, T. Ooka, T. Itoh, A. Sawaguchi, A. Iguchi, K. Nakayama, T. Hayashi
  • 雑誌名: PLoS Pathog 5(5)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enterohemorrhagic Escherichia coli effector EspL2 induces actin microfilament aggregation through annexin 2 activation (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Miyahara, N. Nakanishi, T. Ooka, T. Hayashi, N. Sugimoto, T. Tobe
  • 雑誌名: Cell Microbiol 11(2) ページ: 337-350
  • 査読あり
• [雑誌論文] The complete genome sequence and comparative genome analysis of enteropathogenic E.coli O127:H6 strain E2348/69 (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Iguchi, N.R. Thomson, Y. Ogura, D. Saunders, T. Ooka, I.R. Henderson, D. Harris, Asadulghani, K. Kurokawa, P. Dean, B. Kenny, M.A. Quail, S. Thurston, G. Dougan, T. Hayashi, J. Parkhill, *G. Frankel
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 191(1) ページ: 347-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム解析から見えてきた腸管出血性大腸菌の毒素及び病原因子の新知見 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小椋義俊, 大岡唯祐, 林哲也
  • 雑誌名: 化学療法の領域 25(5) ページ: 767-777
• [雑誌論文] Inference of the impact of insertion sequence (IS) elements on bacterial genome diversification through analysis of small-size structural polvmornhisms in Escherichia coli O157 genomes. (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Ooka, et al.
  • 雑誌名: Genome Res. 19 ページ: 1809-1816
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a multiplex PCR-based rapid typing method 1 for enterohemorrhagic Escherichia coli O157 strains. (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Ooka, et al.
  • 雑誌名: J.Clin.Microbiol. 47(9) ページ: 2888-2894
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli. (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Ogura, et al.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 106(42) ページ: 17939-17944
  • 査読あり
• [雑誌論文] The defective prophage pool of Escherichia coli O157 : prophage-prophage interactions potentiate horizontal transfer of virulence determinants. (2009)
  • 著者名/発表者名: Md.Asadulghani, et al.
  • 雑誌名: PLoS Pathog. 5(5)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enterohemorrhagic Escherichia coli effector EspL2 induces actin micr ofilament aaereaation through annexin 2 activation (2009)
  • 著者名/発表者名: Miyahara A., et.al.
  • 雑誌名: Cell. Microbiol 11(2) ページ: 337-350
  • 査読あり
• [雑誌論文] The complete genome sequence and comparative genome analysis of enteropathogenic E. coli 0127 : H6 strain E2348/69 (2009)
  • 著者名/発表者名: Iguchi A., et.al.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 191(1) ページ: 347-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult (2008)
  • 著者名/発表者名: K. Oshima, H. Toh, Y. Ogura, H. Sasamoto, H. Morita, S. -H. Park, T. Ooka, S. Iyoda, T.D. Taylor, T. Hayashi, K. Itoh, M. Hattori
  • 雑誌名: DNA Res 15(6) ページ: 375-386
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic identification and sequence analysis of the genomic islands of the enteropathogenic Escherichia coli strain B171-8 by the combined use of Whole Genome PCR Scanning and fosmid mapping (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Ogura, H. Abe, K. Katsura, K. Kurokawa, Asadulghani, A. Iguchi, T. Ooka, K. Nakayama, A. Yamashita, M. Hattori, T. Tobe, T. Hayashi
  • 雑誌名: J. Bacteriol 190(21) ページ: 6948-6960
  • 査読あり
• [雑誌論文] The whole-genome sequencing of the obligate intracellular bacterium Orientia tsutsugamushi revealed massive gene amplification during reductive genome evolution. (2008)
  • 著者名/発表者名: K. Nakayama, A. Yamashita, K. Kurokawa, T. Morimoto, M. Ogawa, M. Fukuhara, H. Urakami, M. Ohnishi, I. Uchiyama, Y. Ogura, T. Ooka, K. Oshima, A. Tamura, M. Hattori, T. Hayashi
  • 雑誌名: DNA Res. 15 ページ: 185-199
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distribution, functional expression genetic organization of Cif, a phageencoded type III-secreted effector from enteropathogenic and enterohaemorraaic Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Loukiadis E., et.al.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 190(1) ページ: 275-285
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) 0125 : H6 triggers attaching and effacing lesions on human intestinal biopsies independentlyof Nck (2008)
  • 著者名/発表者名: Bai L., et.al.
  • 雑誌名: Infect. Immun 76(1) ページ: 361-368
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic comparison of the Oantigen biosynthesis gene clusters of Escherichia coli 055 strains belonging to three distinct lineages (2008)
  • 著者名/発表者名: Iguchi A., et.al.
  • 雑誌名: Microbiology 154(2) ページ: 559-570
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic identification and sequence analysis of the genomic islands of the enteropathogenic Escherichia coli strain B171-8 by the combined use of Whole Genome PCR Scanning and fosmid manning (2008)
  • 著者名/発表者名: Ogura Y, et.al.
  • 雑誌名: J. Bacteriol 190(21) ページ: 6948-6960
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult (2008)
  • 著者名/発表者名: Oshima K., et.al.
  • 雑誌名: DNA Res 15(6) ページ: 375-386
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of candidate pathogens of papillomatous digital dermatitis in dairy cattle from quantitative 16S rRNA clonal analysis
  • 著者名/発表者名: T. Yano, K.K. Moe, K. Yamazaki, T. Ooka, T. Hayashi, N. Misawa
  • 雑誌名: Vet. Microbiol. (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The defective prophage pool of Escherichia coli 0157 : prophage-prophage interactions potentiate horizontal transfer of virulence deter minants
  • 著者名/発表者名: Asadulghani, et.al.
  • 雑誌名: PLoS Pathog (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)における3型分泌系(T3SS)の進化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 中山恵介, 小林秀樹, 林哲也
  • 学会等名: 第83回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 病原性大腸菌における3型分泌系(T3SS)の進化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 中山恵介, 小林秀樹, 林哲也
  • 学会等名: 第4回ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 病原性大腸菌における3型分泌系(T3SS)の進化. (2010)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 他
  • 学会等名: 第4回ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)における3型分泌系(T3SS)の進化. (2010)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 他
  • 学会等名: 第83回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるIII型分泌系コード領域(LEE)の構造比較解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 村瀬一典, Islam Md. Rakibul, 中山恵介, 林哲也
  • 学会等名: 若手研究者育成のためのワークショップ～若手コロセウム(III) in宮崎～
  • 発表場所: 宮崎
  • 年月日: 2009-10-27
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるIII型分泌系コード領域(LEE)の構造比較解析. (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 他
  • 学会等名: 若手研究者育成のためのワークショップ～若手コロセウム(III)in宮崎～
  • 発表場所: 宮崎
  • 年月日: 2009-10-27
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるLEE領域の多様性解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 井口純, Md Asadulghani, 中山恵介, 小林秀樹, 寺嶋淳, 渡邉治雄, 林哲也
  • 学会等名: 日本分子生物学会第9回春季シンポジウム
  • 発表場所: 宮崎
  • 年月日: 2009-05-11
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるLEE領域の多様性解析. (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 他
  • 学会等名: 日本分子生物学会 第9回春季シンポジウム
  • 発表場所: 宮崎
  • 年月日: 2009-05-11
• [学会発表] 腸管出血性大腸菌(EHEC)及び腸管病原性大腸菌(EPEC)におけるLEE領域の多様性解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 井口純, Asadulghani, 中山恵介, 小林秀樹, 寺嶋淳, 渡邉治雄, 林哲也
  • 学会等名: 第82回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] STECにおいてISの転移に関与する因子の同定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 楠本正博, 大岡唯祐, 西矢芳昭, 小椋義俊, 林哲也
  • 学会等名: 第82回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] 病原性大腸菌のIII型分泌システムをコードするLEE領域に関する多様性解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大岡唯祐, 小椋義俊, 井口純, Asadulghani, 中山恵介, 小林秀樹, 寺嶋淳, 渡邉治雄, 林哲也
  • 学会等名: 第3回ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [備考] 商品化された製品:O157 IS-printing system ((発売元:TOYOBO)
• [産業財産権] 微生物の識別方法、及び該方法に使用するプライマー並びに識別キット (2006)
  • 発明者名: 大岡唯祐、林哲也
  • 権利者名: 大岡唯祐、林哲也
  • 産業財産権番号: 2006-155279
  • 出願年月日: 2006-06-02