研究課題/領域番号 |
20800023
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研究種目 |
若手研究(スタートアップ)
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配分区分 | 補助金 |
研究分野 |
生体生命情報学
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研究機関 | 京都大学 |
研究代表者 |
加藤 有己 京都大学, 化学研究所, 研究員(科学研究) (10511280)
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研究期間 (年度) |
2008 – 2009
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研究課題ステータス |
完了 (2009年度)
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配分額 *注記 |
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2009年度: 1,352千円 (直接経費: 1,040千円、間接経費: 312千円)
2008年度: 1,508千円 (直接経費: 1,160千円、間接経費: 348千円)
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キーワード | RNA2次構造 / RNA-RNA相互作用 / 形式文法 / タンパク質2次構造 / βシート / 動的計画法 / RNA-タンパク質相互作用 / RNAタンパク質相互作用 / 多重文脈自由文法 |
研究概要 |
本研究ではまず、形式文法を用いたRNA-RNA相互作用予測を行った。次に、形式文法によるタンパク質の2次構造のモデル化と、タンパク質配列における2次構造領域予測のための高速なアルゴリズムを開発した。さらに、RNA配列における結合部位予測のための、プロファイルに基づく効率的なアルゴリズムの開発を行った。いずれの手法に対しても実際の生物データを用いて予測性能評価を行い、既存研究に勝るとも劣らない予測精度を上げることに成功した。
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