マルチスケールシミュレーションのための統合データベース

• 研究課題/領域番号: 20800025
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 木戸 善之 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任助教(常勤) (70506310)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 2,249千円 (直接経費: 1,730千円、間接経費: 519千円); 2009年度: 936千円 (直接経費: 720千円、間接経費: 216千円); 2008年度: 1,313千円 (直接経費: 1,010千円、間接経費: 303千円)
• キーワード: マルチスケールシミュレーション / フィジオーム / オントロジー / データベース統合 / 統合データベース

研究概要

生体機能を解明するためには,ゲノム,化合物,タンパク質,細胞,器官を統合したマルチスケールシミュレーションがフィジオーム・システムバイオロジーとして必要不可欠となる.しかし実現するためには各分野間での専門用語の差異や,単語の意味の齟齬,データの互換性などの問題がある.そこで本研究ではマルチスケールシミュレーションのためのデータベースの統合を目指し,MeSH TermやGene Ontologyなどのオントロジーを用いた他分野とのデータベース統合,連携を図った.

研究成果

• [雑誌論文] A Data Management and Visualization System towards Online Microscopic Imaging (2009)
  • 著者名/発表者名: Eisaku Sakane, Yoshiyuki Kido, Susumu Date, Shinji Simojo
  • 雑誌名: Proc of MIPRO Vol.1 ページ: 139-148
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Method for Efficient Execution of Bioinformatics Workflows (2009)
  • 著者名/発表者名: Junya Seo, Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
  • 雑誌名: Genome Informatics Vol.23 ページ: 139-148
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Data Management and Visualization System towards Online Microscopic Imaging (2009)
  • 著者名/発表者名: Eisaku Sukane, Yoshiyuki Kido, Susumu Date, Shinji Simojo
  • 雑誌名: Proceedings of 32nd International Convention MIPRO Vol.1 ページ: 335-340
  • 査読あり
• [雑誌論文] Specifications of insilico ML 1. 0: A Multilevel Biophysical Model Description Language (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Asai, Yasuyuki Suzuki, Yoshiyuki Kido, et. al. (員数:18名中3番目)
  • 雑誌名: The Journal of Physiological Sciences Vol.58,No.7 ページ: 447-458
  • 査読あり
• [雑誌論文] Specifications of insilico ML 1.0 : A Multilevel Biophysical Model Description Language (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Asai, Yasuyuki Suzuki, Yoshiyuki Kido, et al.
  • 雑誌名: The Journal of Physiological Sciences Vol. 58 No. 7 ページ: 447-458
  • NAID: 10027710778
  • 査読あり
• [学会発表] マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木戸善之
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 石川
  • 年月日: 2010-03-05
• [学会発表] マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木戸善之
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北陸先端科学技術大学院大学
  • 年月日: 2010-03-05
• [学会発表] insilicoML and integrated environment (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Asai, Yoshiyuki Kido, et. al.
  • 学会等名: XXXVI International Congress of Physiological Sciences
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Discovery of relation between modeling data using in-silico modeling ontology and meta-ontology (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Kido
  • 学会等名: XXXVI International Congress of Physiological Sciences
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations (2008)
  • 著者名/発表者名: Masahiko Hamada, Yoshiyuki Kido, et. al.
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of JSBi
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Shimizu, Yoshiyuki Kido, et. al.
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of JSBi
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Shimizu
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター, 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] A Method for Making a New Reference Set of PDB Entriesfor Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations (2008)
  • 著者名/発表者名: Masahiko Hamada
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター, 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] A Biological Analysis System using Data-Staging with GridFTP (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Kido
  • 学会等名: The 5th Korea-Japan Grid Symposium
  • 発表場所: Jeju, Korea
  • 年月日: 2008-10-10
• [学会発表] A Biological Analysis System using Data-Staging with GridFTP (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Kido
  • 学会等名: The 5^<th> Korea-Japan Grid Symposium
  • 発表場所: Jeju, Korea
  • 年月日: 2008-10-10
• [学会発表] ISMO: in-Silico Modeling Ontologyの提案 (2008)
  • 著者名/発表者名: 木戸善之
  • 学会等名: 生体医工学シンポジウム2008
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-09-19
• [学会発表] ISMO : in-Silico Modeling Ontologyの提案 (2008)
  • 著者名/発表者名: 木戸善之
  • 学会等名: 生体医工学シンポジウム2008 (BMES2008)
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2008-09-19