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FMO法による体内揺らぎを考慮した相互作用法の構築とプリオンタンパクへの応用

研究課題

研究課題/領域番号 20850020
研究種目

若手研究(スタートアップ)

配分区分補助金
研究分野 物理化学
研究機関岐阜大学

研究代表者

石川 岳志  岐阜大学, 人獣感染防御研究センター, 助教 (80505909)

研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
2,106千円 (直接経費: 1,620千円、間接経費: 486千円)
2009年度: 624千円 (直接経費: 480千円、間接経費: 144千円)
2008年度: 1,482千円 (直接経費: 1,140千円、間接経費: 342千円)
キーワード量子化学 / フラグメント分子軌道法 / プリオンタンパク質 / RI-MP2法 / Fragment Molecular Orbital法 / PAICS
研究概要

本研究の目的は、生体分子内の相互作用を量子化学的に解析するための手法を構築し、それをプリオンタンパク質と薬剤候補化合物の相互作用解析に応用することである。研究期間を通じて、自身が開発しているFMO計算プログラム「PAICS」に相互作用を高速に計算するルーチンを導入し、少ない時間で複数構造に対し相互作用解析を行うことが可能となった。これらの計算結果を平均的に取り扱うことで、体内揺らぎを考慮しかつ量子化学的に相互作用を議論することができた。

報告書

(3件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (6件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations2010

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, K. Kuwata
    • 雑誌名

      J. Chem. Theor Comput. 6

      ページ: 538-547

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations2010

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ishikawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation 6

      ページ: 538-547

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method2010

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ishikawa
    • 雑誌名

      Chem-Bio Informatics Journal 10

      ページ: 24-31

    • NAID

      130004138110

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method2009

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, T. Ishikura, K. Kuwata
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem. 30

      ページ: 2594-2601

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fragment molecular orbital calculation with RI-MP2 method, T. Ishikawa2009

    • 著者名/発表者名
      K. Kuwata
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett. 474

      ページ: 195-198

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fragment molecular orbital calculation with RI-MP2 method2009

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ishikawa
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 474

      ページ: 195-198

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical Study of the Prion Protein Based on the Fragment Molecular Orbital Method2009

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ishikawa
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry (印刷中)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, K. Kuwata
    • 雑誌名

      C.B.I.J. (inpress)

    • NAID

      130004138110

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ランチョンセミナー:「次世代創薬への挑戦」2010

    • 著者名/発表者名
      石川岳志
    • 学会等名
      第130回日本薬学会
    • 発表場所
      岡山
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] ランチョンセミナー「次世代創薬への挑戦」:生体分子量子化学計算プログラム「PAICS」の開発と応用2010

    • 著者名/発表者名
      石川岳志
    • 学会等名
      第130回 日本薬学会
    • 発表場所
      岡山
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Quantum chemical calculation of biomolecular systems based on fragment molecular orbital method2009

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa
    • 学会等名
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Fromations and Function
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [学会発表] シンポジウム「レアイベントから創薬へ」:量子化学計算に基づく創薬研究へのアプローチ~プログラム開発と生体分子への応用-2008

    • 著者名/発表者名
      石川岳志
    • 学会等名
      第46回生物物理学会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Theoretical study of molecular interaction in prion protein based on fragment molecular orbital method2008

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ishikawa
    • 学会等名
      The Chem-Bio Informations (CBI) Society
    • 発表場所
      Tokyo, Japan
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 量子化学計算に基づく創薬研究へのアプローチ -プログラム開発と生体分子への応用-2008

    • 著者名/発表者名
      石川岳志
    • 学会等名
      第46回生物物理学会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] The FRAGMENT MOLECULAR ORBIAL METHOD: Practical Applications to Large Molecular Systems2009

    • 著者名/発表者名
      T. Nakano, Y. Mochizuki, A. Kato, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, S. Amaari, I. Kurisaki, S. Tanaka
    • 出版者
      CRC Press, Boca Raton, FL
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] PAICSのホームページ

    • URL

      http://www.paics.net/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2016-04-21  

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