| 研究課題/領域番号 |
20F20760
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 沖縄科学技術大学院大学 |
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研究代表者 |
ラスカム ニコラス 沖縄科学技術大学院大学, ゲノム・遺伝子制御システム科学ユニット, 教授 (70724087)
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| 研究分担者 |
MANSFIELD MICHAEL 沖縄科学技術大学院大学, ゲノム・遺伝子制御システム科学ユニット, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2020-09-25 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2021年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2020年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
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| キーワード | genomics / bioinformatics / marine biology / zooplankton / Oikopleura / functional genomics / ecology / evolution |
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| 研究開始時の研究の概要 |
Larvaceans are a group of filter-feeding zooplankton found in all the world’s oceans, but surprisingly little is known about their population structure and genetic diversity. The larvacean that we most specialize in is Oikopleura dioica. It is one of the smallest larvaceans known - both in size and genetic composition - and its life cycle in the lab is only 4 days, making it an ideal model for our experiments. In our lab, we analyze the genetic information of O. dioica and other larvaceans and use this to understand how these mysterious organisms survive and evolve.
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| 研究実績の概要 |
In FY2021, I contributed to two studies on genetic variation in O. dioica. The first reports that the species O. dioica may in fact be a species complex representing multiple lineages. The second demonstrates a considerable degree of genetic rearrangement in these species, which is unique among chordates and perhaps all metazoa.
We began follow-up studies to examine the effects of this rearrangement on gene expression, achieving two important milestones in FY2021. In FY2020, we established the ATACseq method. In FY2021 we completed sampling and sequencing for RNAseq and ATACseq in two O. dioica populations, across developmental time points. We also established the hybridization chain reaction in O. dioica to accurately observe the spatiotemporal patterns of expression in real time.
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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