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機械学習が道先案内する進化分子工学:がん治療抗体のスマート成熟プロセス提案

研究課題

研究課題/領域番号 20H00315
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分27:化学工学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

梅津 光央  東北大学, 工学研究科, 教授 (70333846)

研究分担者 亀田 倫史  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40415774)
齋藤 裕  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 主任研究員 (60721496)
津田 宏治  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90357517)
伊藤 智之  東北大学, 工学研究科, 助教 (40987880)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
44,720千円 (直接経費: 34,400千円、間接経費: 10,320千円)
2023年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2022年度: 9,230千円 (直接経費: 7,100千円、間接経費: 2,130千円)
2021年度: 10,010千円 (直接経費: 7,700千円、間接経費: 2,310千円)
2020年度: 16,250千円 (直接経費: 12,500千円、間接経費: 3,750千円)
キーワード進化分子工学 / 機械学習 / タンパク質 / 抗体
研究開始時の研究の概要

20種類のアミノ酸が重合したタンパク質は、アミノ酸の配列に従って構造と機能が決まる。しかし、アミノ酸配列が取り得る「場合の数」(配列空間)は膨大で、その配列空間から目的機能をもつアミノ酸配列を見つけだすことは確率の低い作業である。その中で研究代表者らは近年、自然界の進化を試験管内で模倣する進化分子工学において、人工知能である機械学習が小規模な配列集団の情報から進化の方向性を示し、目的機能をもつアミノ酸配列を予測できることを実証した。本研究では、本手法をさらに高度化させることで、抗体医薬の開発を加速するプロセスを開発する。

研究成果の概要

本研究では、機械学習を利用して小規模な配列集団の情報から進化の方向性を示すことができる進化分子工学を高度化し、複数の機能・物性が最適化したアミノ酸配列を予測できる技術を開発した。ラクダ科の重鎖抗体可変領域断片を対象に、発現量・標的結合性・構造安定性・ヒト性などを特性として、100程度の変異体のそれらの特性を教師データとして機械学習で予測器を作成することによって、対象特性を同時に最適化できる抗体医薬の開発を加速するプロセスを開発した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

バイオ医薬品などを中心に50兆円の市場規模をもつ機能タンパク質の機能と物性は反相関することが多い。特に抗体へのアミノ酸配列の改変では、標的結合性と構造安定性の反相関性は社会実装において課題なることが多い。本研究の成果は、タンパク質の複数の機能・物性を同時に最適化できる機械学習の潜在性を示すと共に、機能タンパク質の開発課題である開発時間・労力・コストの問題解決への可能性も示すことができた。

報告書

(3件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Association behavior and control of the quality of cancer therapeutic bispecific diabodies expressed in Escherichia coli2020

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Nakazawa, Tomoko Onodera-Sugano, Aruto Sugiyama, Yoshikazu Tanaka, Takamitsu Hattori, Teppei Niide, Hiromi Ogata, Ryutaro Asano, Izumi Kumagai, Mitsuo Umetsu
    • 雑誌名

      Biochemical Engineering Journal

      巻: 160 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.bej.2020.107636

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of a Circularly Connected VHH Bispecific Antibody (Cyclobody) for the Desirable Positioning of Antigen-Binding Sites.2020

    • 著者名/発表者名
      Hemmi S, Asano R, Kimura K, Umetsu M, TNakanishi T, Kumagai I, Makabe K.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 523(1) 号: 1 ページ: 72-77

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.12.018

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemically Crosslinked Bispecific Antibodies for Cancer Therapy: Breaking from the Structural Restrictions of the Genetic Fusion Approach2020

    • 著者名/発表者名
      Ueda Asami, Umetsu Mitsuo, Nakanishi Takeshi, Hashikami Kentaro, Nakazawa Hikaru, Hattori Shuhei, Asano Ryutaro, Kumagai Izumi
    • 雑誌名

      Int. J. Mol. Sci.

      巻: 21 号: 3 ページ: 711-714

    • DOI

      10.3390/ijms21030711

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 機械学習の試行設計によるタンパク質のスマート進2020

    • 著者名/発表者名
      梅津 光央
    • 雑誌名

      極限環境微生物学会誌

      巻: 18 ページ: 1-7

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Identification of Indium Tin Oxide Nanoparticle-Binding Peptides via Phage Display and Biopanning Under Various Buffer Conditions2019

    • 著者名/発表者名
      Hikaru Nakazawa, Mitsuo Umetsu, Hirose Tatsuya, Takamitsu Hattori, Izumi Kumagai
    • 雑誌名

      Protein and peptide letters

      巻: 1 号: 6 ページ: 27-37

    • DOI

      10.2174/0929866526666191113151934

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] がん細胞選択的遺伝子治療を想定した抗体-膜貫通ペプチド酵素的架橋設計2021

    • 著者名/発表者名
      中澤 光, 安藤 優, 三浦 大輔, 梅津 光央
    • 学会等名
      日本農芸化学会 2021 大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Application of next-generation sequencing analysis in the directed evolution for creating antibody mimic2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Ito, Hafumi Nishi, Thuy Duong Nguyen, Yutaka Saito, Tomoshi Kameda, Hikaru Nakazawa, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu
    • 学会等名
      65th Biophysical Society Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Library design cycle for efficient exploring in sequence space -design assist for enzyme and antibody-2020

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Umetsu
    • 学会等名
      第58回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein-based molecular evolution for nano-bioengineering2020

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Umetsu
    • 学会等名
      The 4th Symposium for The Core Research Cluster for Materials Science andthe 3rd Symposium on International Joint Graduate Program in Materials Science
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 機械学習支援による進化分子工学:機械学習が求める実験データの質2020

    • 著者名/発表者名
      梅津 光央
    • 学会等名
      新化学技術推進協会ライフサイエンス技術部会反応分科会勉強会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗体をタンパク質工学する:成熟操作と二重特異化2020

    • 著者名/発表者名
      梅津 光央
    • 学会等名
      理研ー星薬科大学ー東北大学大学院薬学研究科シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗体の開発・生産に向けた効率的スクリーニング技術開発2020

    • 著者名/発表者名
      梅津 光央
    • 学会等名
      2021年日本農芸化学会大会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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