| 研究課題/領域番号 |
20H00429
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
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| 研究分担者 |
黒河内 寛之 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (00609000)
稲野 俊直 近畿大学, 水産研究所, 准教授 (50604609)
川村 猛 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (70306835)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
45,500千円 (直接経費: 35,000千円、間接経費: 10,500千円)
2022年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2021年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2020年度: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
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| キーワード | ハイブリッドゲノムシーケンシング / ハプロイドゲノムシーケンシング / アユ半数体 / チョウザメ・ヘラチョウザメ / ナマズ・ギギ / マツタケゲノム解読 / シイタケゲノム / 全ゲノムSNPタイピング / ハプロイド / ハイブリッド / 連鎖解析 / ゲノム解析 / 非モデル生物 / 連鎖地図 / SNPタイピング / ハイブリッド個体 / 雑種個体 / 半数体 / エクソソーム / ダブルハプロイド / ハプロイドシーケンシング / ハイブリッドシーケンシング / クロマグロ×スマ / ニホンウナギ×マアナゴ / ニホンウナギ×オオウナギ / ブリ×ヒラマサ / 食用性キノコ / 雌性発生・単為発生 / 超高精度連鎖地図 / SELDLA / ゲノムアセンブル |
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| 研究開始時の研究の概要 |
申請者らは雑種個体やハプロイド個体等を利用して、高分解能の連鎖地図を作製する手法を確立し、そのための専用のソフトSELDLAを開発した。本研究では魚介類、樹木、菌類、哺乳類などでその手法を応用する。雑種生物の作製に加え、自然界の雑種のサンプリング、花粉由来カルスや一核菌糸の作製、哺乳類雑種胚盤胞の作製などの試みを行う。雑種作製のアクセプターとなるマスター種を定める。シーケンシングに関してBAC作製の技術を活用する。高精度ドラフトゲノムを構築し、魚類、樹木、菌類の種分化メカニズム、魚性決定遺伝子の同定、樹木・菌間組合せのメカニズム解明、有用遺伝子の探索とゲノム育種、ゲノミックセレクションに取り組む。
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| 研究実績の概要 |
アユの半数体、ブリ・ヒラマサのハイブリッド、チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドの３系統のサンプルについてDNAタイピングの準備を進めた。アユ半数体の各個体（稚魚）からは約120ngのDNAが得られた。そのうち192個体に対して、全ゲノムシーケンシングのライブラリー調製が完了した。チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドに対して70個体のライブラリー調製が完了した。ブリ・ヒラマサのハイブリッドについては各個体から得られるDNA量が60ng以下であったため、良質なライブラリー調製のための実験条件の検討を進めた。
ナマズ雌とギギ（Pelteobagrus nudiceps）雄を交配した結果、若干数の授精胚が得られた。またコチョウザメ（Acipenser ruthenus）に関して半数体胚、および第二極体放出阻止型の雌性発生胚が得られた。また、コチョウザメ雌（2n=120）とシベリアチョウザメ雄(2n=240)の交配を試みたが卵質不良のため発生しなかった。
長野県産のマツタケ子実体から抽出したDNAを最新のロングリード配列解析装置を使って解析することで、本種がもつ13本の染色体の塩基配列（合計1.6億塩基対）と、ミトコンドリアの環状DNA（7.6万塩基対）を端から端までひとつづきで決定することに初めて成功した。マツタケが21,887個の遺伝子をもつこと、ゲノムの71.6%は転移因子などのリピート配列が占めることを明らかにした。マツタケゲノムの高頻度のリピート配列に着目し、野外サンプルからのマツタケDNAの効果的検出方法について検討し、20分以内に在不在の判断がつく可能性が示された。シイタケに関してアガロースゲルマイクロカプセル中に単離した胞子のDNAのMDA法による増幅等を試みたが、DNA増幅にバイアスがかかるなどして全ゲノムを満遍なく増幅する手法の確立には至らなかった。
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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