| 研究課題/領域番号 |
20H00429
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
浅川 修一 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (30231872)
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| 研究分担者 |
黒河内 寛之 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (00609000)
稲野 俊直 近畿大学, 水産研究所, 准教授 (50604609)
川村 猛 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (70306835)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
45,500千円 (直接経費: 35,000千円、間接経費: 10,500千円)
2022年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2021年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
2020年度: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
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| キーワード | ハプロイド連鎖解析法 / ハイブリッド連鎖解析法 / アユ / ニホンウナギ / トゲウオ / クロマグロ / チョウザメ / マツタケ / ハイブリッドゲノムシーケンシング / ハプロイドゲノムシーケンシング / アユ半数体 / チョウザメ・ヘラチョウザメ / ナマズ・ギギ / マツタケゲノム解読 / シイタケゲノム / 全ゲノムSNPタイピング / ハプロイド / ハイブリッド / 連鎖解析 / ゲノム解析 / 非モデル生物 / 連鎖地図 / SNPタイピング / ハイブリッド個体 / 雑種個体 / 半数体 / エクソソーム / ダブルハプロイド / ハプロイドシーケンシング / ハイブリッドシーケンシング / クロマグロ×スマ / ニホンウナギ×マアナゴ / ニホンウナギ×オオウナギ / ブリ×ヒラマサ / 食用性キノコ / 雌性発生・単為発生 / 超高精度連鎖地図 / SELDLA / ゲノムアセンブル |
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| 研究開始時の研究の概要 |
申請者らは雑種個体やハプロイド個体等を利用して、高分解能の連鎖地図を作製する手法を確立し、そのための専用のソフトSELDLAを開発した。本研究では魚介類、樹木、菌類、哺乳類などでその手法を応用する。雑種生物の作製に加え、自然界の雑種のサンプリング、花粉由来カルスや一核菌糸の作製、哺乳類雑種胚盤胞の作製などの試みを行う。雑種作製のアクセプターとなるマスター種を定める。シーケンシングに関してBAC作製の技術を活用する。高精度ドラフトゲノムを構築し、魚類、樹木、菌類の種分化メカニズム、魚性決定遺伝子の同定、樹木・菌間組合せのメカニズム解明、有用遺伝子の探索とゲノム育種、ゲノミックセレクションに取り組む。
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| 研究成果の概要 |
ハプロイド法、ハイブリッド法の実験材料を作出し、それらのDNAタイピング、SELDRAをもちいた連鎖地図作成とコンティグ・スキャホールドの整列化、ゲノムドラフトシーケンス、ゲノム完成シーケンスの構築を行った。ニホンウナギ×マアナゴ等の雑種形成を行い、ナマズ、各種チョウザメにおいて半数体及び雌性発生2倍体、アユにおいて半数体を誘導した。ニシキゴイにおいて雄性発生を誘導した。マツタケのT2T解読を行った。スマ・クロマグロの連鎖地図をハイブリッド法で作成した。精子を用いたハプロイドタイピングへ展開を試み、トゲ魚で実施した。他にもハイブリッドやハプロイド個体についてタイピングに向けたシーケンスを得た。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ゲノム情報は生物学にとって最も重要な基盤の一つである。２００５年に出現した次世代シーケンサは、あらゆる生物のゲノム解析を容易にしたが、ゲノムシーケンスを染色体レベルにまで構築するのは未だ容易ではない。我々は染色体レベルにゲノムシーケンスを整列化させる効率的な２つの方法を確立し、その有用性を実証した。これらの手法はHi-C法等とともに、あらゆる真核生物のゲノム解析にとって有用な手法であり、高品質のゲノム配列の構築に貢献できる。得られる高品質ゲノム配列の有用性は基礎的な生物学の諸分野だけでなく、農林水産学などの応用分野においても極めて高く、今後、基礎的な学術分野や諸応用分野への貢献が期待できる。
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