全細胞オミクスによる骨格筋組織を構築するシステムの解明

• 研究課題/領域番号: 20H00456
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 大川 恭行 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
• 研究期間 (年度): 2020-04-01 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 45,110千円 (直接経費: 34,700千円、間接経費: 10,410千円); 2022年度: 14,820千円 (直接経費: 11,400千円、間接経費: 3,420千円); 2021年度: 14,820千円 (直接経費: 11,400千円、間接経費: 3,420千円); 2020年度: 15,470千円 (直接経費: 11,900千円、間接経費: 3,570千円)
• キーワード: 骨格筋分化 / クロマチン構造 / 単一細胞解析 / 空間オミクス

研究開始時の研究の概要

全細胞オミクスによる骨格筋組織を構築するシステムの解明遺伝子発現は細胞の機能を構築、維持する根源的なシステムの一つである。生体内における遺伝子発現はクロマチン構造上で制御され、膨大な数の遺伝子が秩序だった制御を受けることで特定の形質を獲得する。本研究課題ではクロマチン構造上の遺伝子発現制御により集約化される生体構築情報を全細胞レベルで習得し、組織固有の細胞の集団の獲得と細胞間で伝達されるコミュニケーションの全貌を解き明かす。以って生命の普遍的な謎であった細胞の集合体としての組織機能の獲得を網羅的解析と高度の情報科学を融合させた解析により迫る。

研究成果の概要

骨格筋組織再生モデルを用いて独自のChILSeq法で単一細胞レベルのトランスクリプトーム、プロテオーム、エピゲノムデータを取得し、新たなマルチオミクス解析を実施した。開発した技術は、論文発表と特許申請を準備中である。プロテオームとエピゲノムデータの解析に必要な抗体プローブの開発に成功し、プロテオームにより細胞集団の区分けを行い、エピゲノムデータによる転写制御情報の網羅的な情報を取得した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、骨格筋再生過程における細胞集団の詳細な同定を可能にし、それにより筋肉損傷や筋萎縮症などの筋肉疾患の治療法開発に対する重要なデータとなるであろう。単一細胞レベルでのトランスクリプトーム、プロテオーム、エピゲノムデータの取得は、患者の病態理解とパーソナライズド医療の進展に資する。また、この独自のマルチオミクス解析法は生体組織のエピゲノム変化を詳細に解析可能で、がんなど他の疾患の研究にも応用可能な可能性がある。論文の公開と特許申請により、これら技術は更なる研究と開発の基盤となることが期待できる。

研究成果

• [雑誌論文] Design and implementation of a hybrid cloud system for large-scale human genomic research. (2023)
  • 著者名/発表者名: Masao Nagasaki, Yayoi Sekiya, Akihiro Asakura, Ryo Teraoka, Ryoko Otokozawa, Hiroki Hashimoto, Takahisa Kawaguchi, Keiichiro Fukazawa, Yuichi Inadomi, Ken T Murata, Yasuyuki Ohkawa, Izumi Yamaguchi, Takamichi Mizuhara, Katsushi Tokunaga, Yuji Sekiya, Toshihiro Hanawa, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda.
  • 雑誌名: Hum Genome Var. 巻: 10 号: 1 ページ: 6-6
  • DOI: 10.1038/s41439-023-00231-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Senescence atlas reveals an aged-like inflamed niche that blunts muscle regeneration. (2023)
  • 著者名/発表者名: Moiseeva V, Cisneros A, Sica V, Deryagin O, Lai Y, Jung S, Andres E, An J, Segales J, Ortet L, Lukesova V, Volpe G, Benguria A, Dopazo A, Benitah SA, Urano Y, Del Sol A, Esteban MA, Ohkawa Y, Serrano AL, Perdiguero E, Munoz-Canoves P.
  • 雑誌名: Nature 巻: 613 号: 7942 ページ: 169-178
  • DOI: 10.1038/s41586-022-05535-x
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity (2022)
  • 著者名/発表者名: Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 13 号: 1 ページ: 7672-7672
  • DOI: 10.1038/s41467-022-35286-2
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Prostaglandin E2 receptor Ptger4b regulates female-specific peptidergic neurons and female sexual receptivity in medaka (2022)
  • 著者名/発表者名: Fleming Thomas、Kikuchi Yukiko、Nakajo Mikoto、Tachizawa Masaya、Inazumi Tomoaki、Tsuchiya Soken、Sugimoto Yukihiko、Saito Daisuke、Suyama Mikita、Ohkawa Yasuyuki、Baba Takashi、Morohashi Ken-ichirou、Okubo Kataaki
  • 雑誌名: Communications Biology 巻: 5 号: 1 ページ: 1215-1215
  • DOI: 10.1038/s42003-022-04195-x
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Drosophila transcription factor NF-Y suppresses transcription of the lipase 4 gene, a key gene for lipid storage. (2022)
  • 著者名/発表者名: Yasuhide Yoshioka, Keisuke Anzai, Ryosuke Kowada, Ken Hiratsuka, Teppei Hirayabu, Masashi Yasuda, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hideki Yoshida, Masamitsu Yamaguchi.
  • 雑誌名: Exp Cell Res. 巻: 420 号: 1 ページ: 113307-113307
  • DOI: 10.1016/j.yexcr.2022.113307
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway. (2022)
  • 著者名/発表者名: Miki Inoue, Takashi Baba, Fumiya Takahashi, Miho Terao, Shogo Yanai, Yuichi Shima, Daisuke Saito, Kei Sugihara, Takashi Miura, Shuji Takada, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Ken-Ichirou Morohashi.
  • 雑誌名: Commun Biol. 巻: 5 号: 1 ページ: 974-974
  • DOI: 10.1038/s42003-022-03941-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of a drug-response gene in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing (2022)
  • 著者名/発表者名: Masuda Toru、Haji Shojiro、Nakashima Yasuhiro、Tsuda Mariko、Kimura Daisaku、Takamatsu Akiko、Iwahashi Norifusa、Umakoshi Hironobu、Shiratsuchi Motoaki、Kikutake Chie、Suyama Mikita、Ohkawa Yasuyuki、Ogawa Yoshihiro
  • 雑誌名: iScience 巻: 25 号: 8 ページ: 104781-104781
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.104781
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Uterus-specific transcriptional regulation underlies eggshell pigment production in Japanese quail (2022)
  • 著者名/発表者名: Ishishita Satoshi、Kitahara Shumpei、Takahashi Mayuko、Iwasaki Sakura、Tatsumoto Shoji、Hara Izumi、Kaneko Yoshiki、Kinoshita Keiji、Yamaguchi Katsushi、Harada Akihito、Ohmori Yasushige、Ohkawa Yasuyuki、Go Yasuhiro、Shigenobu Shuji、Matsuda Yoichi、Suzuki Takayuki
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 17 号: 3 ページ: 0265008-0265008
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0265008
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Photo-isolation chemistry for high-resolution and deep spatial transcriptome with mouse tissue sections (2022)
  • 著者名/発表者名: Honda Mizuki、Kimura Ryuichi、Harada Akihito、Maehara Kazumitsu、Tanaka Kaori、Ohkawa Yasuyuki、Oki Shinya
  • 雑誌名: STAR Protocols 巻: 3 号: 2 ページ: 101346-101346
  • DOI: 10.1016/j.xpro.2022.101346
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Tenogenic Induction From Induced Pluripotent Stem Cells Unveils the Trajectory Towards Tenocyte Differentiation (2022)
  • 著者名/発表者名: Yoshimoto Yuki、Uezumi Akiyoshi、Ikemoto-Uezumi Madoka、Tanaka Kaori、Yu Xinyi、Kurosawa Tamaki、Yambe Shinsei、Maehara Kazumitsu、Ohkawa Yasuyuki、Sotomaru Yusuke、Shukunami Chisa
  • 雑誌名: Frontiers in Cell and Developmental Biology 巻: 10 ページ: 780038-780038
  • DOI: 10.3389/fcell.2022.780038
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Direct Conversion of Human Endothelial Cells Into Liver Cancer-Forming Cells Using Nonintegrative Episomal Vectors. (2022)
  • 著者名/発表者名: Goya T, Horisawa K, Udono M, Ohkawa Y, Ogawa Y, Sekiya S, Suzuki A.
  • 雑誌名: Hepatol Commun. 巻: - 号: 7 ページ: 1725-1740
  • DOI: 10.1002/hep4.1911
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Uhrf1 governs the proliferation and differentiation of muscle satellite cells. (2022)
  • 著者名/発表者名: Sakai H, Sawada Y, Tokunaga N, Tanaka K, Nakagawa S, Sakakibara I, Ono Y, Fukada SI, Ohkawa Y, Kikugawa T, Saika T, Imai Y.
  • 雑誌名: iScience. 巻: 25 号: 3 ページ: 103928-103928
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.103928
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe. (2022)
  • 著者名/発表者名: Uchino S, Ito Y, Sato Y, Handa T, Ohkawa Y, Tokunaga M, Kimura H.
  • 雑誌名: J Cell Biol. 巻: 221 号: 2 ページ: 1-23
  • DOI: 10.1083/jcb.202104134
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant (2021)
  • 著者名/発表者名: Hirai Seiya、Tomimatsu Kosuke、Miyawaki-Kuwakado Atsuko、Takizawa Yoshimasa、Komatsu Tetsuro、Tachibana Taro、Fukushima Yutaro、Takeda Yasuko、Negishi Lumi、Kujirai Tomoya、Koyama Masako、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 50 号: 1 ページ: 72-91
  • DOI: 10.1093/nar/gkab1137
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Relayed signaling between mesenchymal progenitors and muscle stem cells ensures adaptive stem cell response to increased mechanical load. (2021)
  • 著者名/発表者名: Kaneshige A, Kaji T, Zhang L, Saito H, Nakamura A, Kurosawa T, Ikemoto-Uezumi M, Tsujikawa K, Seno S, Hori M, Saito Y, Matozaki T, Maehara K, Ohkawa Y, Potente M, Watanabe S, Braun T, Uezumi A, Fukada SI.
  • 雑誌名: Cell Stem Cell. 巻: 29 号: 2 ページ: 265-280
  • DOI: 10.1016/j.stem.2021.11.003
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Recent advances in single-cell epigenomics. (2021)
  • 著者名/発表者名: Harada A, Kimura H, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: Curr Opin Struct Biol. 巻: 71 ページ: 116-122
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] High-throughput single-cell epigenomic profiling by targeted insertion of promoters (TIP-seq). (2021)
  • 著者名/発表者名: Bartlett DA, Dileep V, Handa T, Ohkawa Y, Kimura H, Henikoff S, Gilbert DM.
  • 雑誌名: J Cell Biol. 巻: 220 号: 12
  • DOI: 10.1083/jcb.202103078
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Chromatin loading of MCM hexamers is associated with di-/tri-methylation of histone H4K20 toward S phase entry. (2021)
  • 著者名/発表者名: Hayashi-Takanaka Y, Hayashi Y, Hirano Y, Miyawaki-Kuwakado A, Ohkawa Y, Obuse C, Kimura H, Haraguchi T, Hiraoka Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 49 号: 21 ページ: 12152-12166
  • DOI: 10.1093/nar/gkab1068
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Discriminative feature of cells characterizes cell populations of interest by a small subset of genes. (2021)
  • 著者名/発表者名: Fujii T, Maehara K, Fujita M, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: PLoS Comput Biol. 巻: 17 号: 11 ページ: e1009579-e1009579
  • DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009579
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Sex differences in metabolic pathways are regulated by Pfkfb3 and Pdk4 expression in rodent muscle. (2021)
  • 著者名/発表者名: Christianto A, Baba T, Takahashi F, Inui K, Inoue M, Suyama M, Ono Y, Ohkawa Y, Morohashi KI.
  • 雑誌名: Commun Biol. 巻: 4 号: 1 ページ: 1264-1264
  • DOI: 10.1038/s42003-021-02790-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Neural stem/precursor cells dynamically change their epigenetic landscape to differentially respond to BMP signaling for fate switching during brain development. (2021)
  • 著者名/発表者名: Katada S, Takouda J, Nakagawa T, Honda M, Igarashi K, Imamura T, Ohkawa Y, Sato S, Kurumizaka H, Nakashima K.
  • 雑誌名: Genes Dev. 巻: 35 ページ: 1431-1444
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Modeling population size independent tissue epigenomes by ChIL-seq with single thin sections. (2021)
  • 著者名/発表者名: Maehara K, Tomimatsu K, Harada A, Tanaka K, Sato S, Fukuoka M, Okada S, Handa T, Kurumizaka H, Saitoh N, Kimura H, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: Mol Syst Biol. 巻: 17
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-wide analysis of chromatin structure changes upon MyoD binding in proliferative myoblasts during the cell cycle (2021)
  • 著者名/発表者名: Wu Qianmei、Fujii Takeru、Harada Akihito、Tomimatsu Kosuke、Miyawaki-Kuwakado Atsuko、Fujita Masatoshi、Maehara Kazumitsu、Ohkawa Yasuyuki
  • 雑誌名: The Journal of Biochemistry 巻: - 号: 6 ページ: 653-661
  • DOI: 10.1093/jb/mvab001
  • NAID: 40022687719
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Integrated Analysis of Transcriptome and Histone Modifications in Granulosa Cells During Ovulation in Female Mice (2021)
  • 著者名/発表者名: Shirafuta Yuichiro、Tamura Isao、Ohkawa Yasuyuki、Maekawa Ryo、Doi-Tanaka Yumiko、Takagi Haruka、Mihara Yumiko、Shinagawa Masahiro、Taketani Toshiaki、Sato Shun、Tamura Hiroshi、Sugino Norihiro
  • 雑誌名: Endocrinology 巻: 162 号: 9 ページ: 1-17
  • DOI: 10.1210/endocr/bqab128
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An extensive and dynamic trans-omic network illustrating prominent regulatory mechanisms in response to insulin in the liver. (2021)
  • 著者名/発表者名: Matsuzaki F, Uda S, Yamauchi Y, Matsumoto M, Soga T, Maehara K, Ohkawa Y, Nakayama KI, Kuroda S, Kubota H.
  • 雑誌名: Cell Rep. 巻: 36 ページ: 109569-109569
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Targeted inhibition of EPAS1-driven IL-31 production by a small-molecule compound. (2021)
  • 著者名/発表者名: Kamikaseda Y, Uruno T, Kunimura K, Harada A, Saiki K, Oisaki K, Sakata D, Nakahara T, Kido-Nakahara M, Kanai M, Nakamura S, Ohkawa Y, Furue M, Fukui Y.
  • 雑誌名: J Allergy Clin Immunol. 巻: 148 号: 2 ページ: 633-638
  • DOI: 10.1016/j.jaci.2021.03.029
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry. (2021)
  • 著者名/発表者名: Honda M, Oki S, Kimura R, Harada A, Maehara K, Tanaka K, Meno C, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: Nat Commun. 巻: 12 号: 1 ページ: 4416-4416
  • DOI: 10.1038/s41467-021-24691-8
  • NAID: 120007141968
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcriptome analysis of gene expression changes upon enzymatic dissociation in skeletal myoblasts. (2021)
  • 著者名/発表者名: Miyawaki-Kuwakado A, Wu Q, Harada A, Tomimatsu K, Fujii T, Maehara K, Ohkawa Y.
  • 雑誌名: Genes Cells. 巻: 26 号: 7 ページ: 530-540
  • DOI: 10.1111/gtc.12870
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Hoxa10 mediates positional memory to govern stem cell function in adult skeletal muscle. (2021)
  • 著者名/発表者名: Yoshioka K, Nagahisa H, Miura F, Araki H, Kamei Y, Kitajima Y, Seko D, Nogami J, Tsuchiya Y, Okazaki N, Yonekura A, Ohba S, Sumita Y, Chiba K, Ito K, Asahina I, Ogawa Y, Ito T, Ohkawa Y, Ono Y.
  • 雑誌名: Sci Adv. 巻: 7 号: 24
  • DOI: 10.1126/sciadv.abd7924
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Totipotency of mouse zygotes extends to single blastomeres of embryos at the four-cell stage. (2021)
  • 著者名/発表者名: Maemura M, Taketsuru H, Nakajima Y, Shao R, Kakihara A, Nogami J, Ohkawa Y, Tsukada YI.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 11 号: 1 ページ: 11167-11167
  • DOI: 10.1038/s41598-021-90653-1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Chromatin structure-dependent histone incorporation revealed by a genome-wide deposition assay (2021)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Tachiwana, Mariko Dacher, Kazumitsu Maehara, Akihito Harada, Yosuke Seto, Ryohei Katayama, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura, Hitoshi Kurumizaka, Noriko Saitoh
  • 雑誌名: eLife 巻: 10
  • DOI: 10.7554/elife.66290
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcription factor C/EBPβ induces genome-wide H3K27ac and upregulates gene expression during decidualization of human endometrial stromal cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Tamura Isao、Maekawa Ryo、Jozaki Kosuke、Ohkawa Yasuyuki、Takagi Haruka、Doi-Tanaka Yumiko、Shirafuta Yuichiro、Mihara Yumiko、Taketani Toshiaki、Sato Shun、Tamura Hiroshi、Sugino Norihiro
  • 雑誌名: Molecular and Cellular Endocrinology 巻: 520 ページ: 111085-111085
  • DOI: 10.1016/j.mce.2020.111085
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Subnuclear gene positioning through lamina association affects copper tolerance (2020)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto Yuki、Sato Mayuko、Sato Yoshikatsu、Harada Akihito、Suzuki Takamasa、Goto Chieko、Tamura Kentaro、Toyooka Kiminori、Kimura Hiroshi、Ohkawa Yasuyuki、Hara-Nishimura Ikuko、Takagi Shingo、Matsunaga Sachihiro
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 11 号: 1 ページ: 5914-5914
  • DOI: 10.1038/s41467-020-19621-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Direct reprogramming of human umbilical vein- and peripheral blood-derived endothelial cells into hepatic progenitor. (2020)
  • 著者名/発表者名: Hiroki Inada, Miyako Udono , Kanae Matsuda-Ito, Kenichi Horisawa, Yasuyuki Ohkawa, Shizuka Miura, Takeshi Goya, Junpei Yamamoto, Masao Nagasaki, Kazuko Ueno, Daisuke Saitou, Mikita Suyama, Yoshihiko Maehara, Wataru Kumamaru, Yoshihiro Ogawa, Sayaka Sekiya, Atsushi Suzuki.
  • 雑誌名: cellsNat Commun. 巻: 11 号: 1 ページ: 5292-5292
  • DOI: 10.1038/s41467-020-19041-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The role of galanin in the differentiation of mucosal mast cells in mice. (2020)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi T., Ikeda Y., Tashiro K., Ohkawa Y., Kawabata K.
  • 雑誌名: Eur. J. Immunol. 巻: 50 号: 1 ページ: 110-118
  • DOI: 10.1002/eji.201848061
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] TKIs induce alternative spliced BCR-ABLIns35bp variant via inhibition of RNA polymerase Ⅱ on genomic BCR-ABL. (2020)
  • 著者名/発表者名: Yuda J, Odawara J, Minami M, Muta T, Kohno K, Tanimoto K, Eto T, Shima T, Kikushige Y, Kato K, Takenaka K, Iwasaki H, Minami Y, Ohkawa Y, Akashi K, Miyamoto T.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 111 号: 7 ページ: 2361-2373
  • DOI: 10.1111/cas.14424
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Dynamics of Transcriptional Activation by Hepatic Reprogramming Factors. (2020)
  • 著者名/発表者名: Kenichi Horisawa, Miyako Udono, Kazuko Ueno, Yasuyuki Ohkawa, Masao Nagasaki, Sayaka Sekiya, Atsushi Suzuki Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input.
  • 雑誌名: Mol Cell. 巻: S1097-2765 号: 4 ページ: 30502-30505
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2020.07.012
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells (2020)
  • 著者名/発表者名: Ochiai Hiroshi、Hayashi Tetsutaro、Umeda Mana、Yoshimura Mika、Harada Akihito、Shimizu Yukiko、Nakano Kenta、Saitoh Noriko、Liu Zhe、Yamamoto Takashi、Okamura Tadashi、Ohkawa Yasuyuki、Kimura Hiroshi、Nikaido Itoshi
  • 雑誌名: Science Advances 巻: 6 号: 25
  • DOI: 10.1126/sciadv.aaz6699
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteins and modifications with low input. (2020)
  • 著者名/発表者名: Tetsuya Handa, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Shoko Sato, Masaru Nakao, Naoki Goto, Hitoshi Kurumizaka, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Kimura.
  • 雑誌名: Nat Protoc. 巻: 15 号: 10 ページ: 3334-3360
  • DOI: 10.1038/s41596-020-0375-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genomic Profiling by ALaP-Seq Reveals Transcriptional Regulation by PML Bodies through DNMT3A Exclusion (2020)
  • 著者名/発表者名: Kurihara Misuzu、Kato Kagayaki、Sanbo Chiaki、Shigenobu Shuji、Ohkawa Yasuyuki、Fuchigami Takeshi、Miyanari Yusuke
  • 雑誌名: Molecular Cell 巻: 78 号: 3 ページ: 493-505
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2020.04.004
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 単一細胞マルチオミクスによる骨格筋分化制御機構の解明 (2023)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第6回運動器と健康研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Spatial multi-omics for understanding chromatin dynamics (2023)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 2023年度高深度オミクスシンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] データから変化を取り出す新たな単一細胞解析技術 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 【富士フイルム】講演
  • 招待講演
• [学会発表] Single-cell multi-targeted chromatin integration labeling technology for understanding chromatin dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: CSHA meeting on Integrative Epigenetics in Plants
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 空間オミクス技術によるクロマチン構造制御メカニズムの解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第95回日本生化学会大会
  • 招待講演
• [学会発表] 細胞恒常性を担うシグナルと遺伝子発現の制御 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第16回日本臨床ストレス応答学会
  • 招待講演
• [学会発表] 高深度解析による全ゲノムレベルの単一細胞オミクスへの挑戦 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: NGS EXPO 2022
  • 招待講演
• [学会発表] 単一細胞軌跡追跡によるクロマチンダイナミクスの解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 2022年度国立遺伝学研究所クロマチン研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Chromatin regulation during skeletal muscle regeneration (2022)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: 第17回生命医科学研究所ネットワーク国際シンポジウム
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 骨格筋分化のクロマチンダイナミクス (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 日本遺伝学会第94回大会
  • 招待講演
• [学会発表] トランスクリプトミクスで迫る細胞分化能 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 大阪大学産業科学研究所セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] Spatial multi-omics for understanding gene expression regulated by cell-cell interaction. (2022)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: Japan-UK Regulation through Chromatin Conference
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 空間オミクスによる骨格筋組織老化機序の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第8回日本筋学会学術集会
  • 招待講演
• [学会発表] クロマチン解析のための新技術開発の現状と今後の展開 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第15回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 骨格筋再性能を制御するクロマチン構造等その破綻 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第94回日本生化学会大会
  • 招待講演
• [学会発表] 空間マルチオミクスの展開～エピゲノム, トランスクリプトームからプロテオームの空間計測の試み～ (2021)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: がん研セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] Identification and Analysis of Minor Histone Variants (2021)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Ohkawa
  • 学会等名: EMBO Workshop Physiology and function of histone variants
• [学会発表] 骨格筋特異的なヒストンが構成するクロマチン構造の解明. (2021)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第8回骨格筋生物学会
• [学会発表] クロマチンダイナミクスの理解に向けた同時マルチオミクスの開発. (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 『配偶子インテグリティの構築』『全能性プログラム』合同公開シンポジウム
• [学会発表] クロマチンダイナミクスの理解に向けた同時マルチオミクスの開発. (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会
  • 招待講演
• [学会発表] トランスクリプトミクスによる骨格筋細胞分化能の解明. (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第19回日本再生医療学会総会
  • 招待講演
• [学会発表] Chromatin integration labeling Technology for expanding multi-omics. (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 理研エピゲノム操作プロジェクトセミナー
  • 招待講演
• [学会発表] 単一細胞マルチオミクスに向けたクロマチン挿入標識法の開発. (2020)
  • 著者名/発表者名: 大川恭行
  • 学会等名: 第19回日本再生医療学会総会
  • 招待講演
• [図書] 少数細胞エピゲノム解析技術の開発 (2021)
  • 著者名/発表者名: 原田 哲仁，大川 恭行
  • 出版者: 日本生化学会
• [図書] 実験医学2021年9月号 (2021)
  • 著者名/発表者名: 沖 真弥、大川 恭行
  • 総ページ数: 131
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758125475
• [図書] 遺伝子医学MOOK36 (2021)
  • 著者名/発表者名: 富松航佑, 大川 恭行
  • 総ページ数: 218
  • 出版者: 株式会社メディカルドゥ
• [図書] 1細胞エピゲノム解析技術開発の最前線 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大川 恭行,原田 哲仁,前原 一満
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 医歯薬出版株式会社 週刊医学のあゆみ
• [図書] scRNA-seqを用いた細胞系譜の軌跡推定-データの背後の流れを読み取る技術-. (2020)
  • 著者名/発表者名: 前原一満, 大川恭行
  • 総ページ数: 8
  • 出版者: 羊土社 実験医学 増刊
• [図書] 骨格筋研究のための最先端解析技術. (2020)
  • 著者名/発表者名: 原田 哲仁，大川 恭行
  • 総ページ数: 7
  • 出版者: 羊土社 実験医学
• [図書] シングルセルでのエピゲノム情報の計測技術. (2020)
  • 著者名/発表者名: 原田 哲仁，大川 恭行
  • 総ページ数: 8
  • 出版者: 羊土社 実験医学
• [図書] 空間オミクス実現に向けたエピゲノム解析技術. (2020)
  • 著者名/発表者名: 小松 哲郎，大川 恭行
  • 総ページ数: 4
  • 出版者: ニューサイエンス社 月刊細胞
• [備考] 九州大学 トランスクリプトミクス分野ホームページ
  • URL: https://tx.bioreg.kyushu-u.ac.jp/