蛋白質エンジニアリングにおけるローカルフラクチュエーションの解明とその制御

• 研究課題/領域番号: 20H02531
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 審査区分: 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 津本 浩平 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (90271866)
• 研究分担者: 長門石 曉 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (30550248) ; 黒田 大祐 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (60756732) ; 中木戸 誠 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 講師 (80784511)
• 研究期間 (年度): 2020-04-01 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円); 2022年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円); 2021年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円); 2020年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
• キーワード: 抗体 / 抗原 / 受容体 / 物理化学 / 計算科学 / ペプチド / フラクチュエーション / CDR / 金属イオン / 分子動力学計算 / 蛋白質エンジニアリング / ダイナミクス

研究開始時の研究の概要

本研究では、変異導入、柔軟性変化、小型化、コンジュゲーションにおける蛋白質エンジニアリングに伴うローカルなフラクチュエーション変化が、新しい相互作用界面の出現、分子認識の多様性を生み出すのではないかと考え、標的蛋白質の分子認識に関するフラクチュエーションの物理化学的パラメータを解析し、動力学計算と共に相互作用に関する精密な議論を行うことにより、標的とする蛋白質の機能性向上、分子認識変化、反応場適合を考察、ローカルフラクチュエーションという独自の観点からの分子設計並びに実験的検証を通じて、新規な分子デザインの指針を提案する。

研究成果の概要

本研究では、蛋白質のローカルフラクチュエーションという独自の観点から、新規な分子デザインの指針を提案することを試みた。抗原-抗体相互作用においては、柔軟性の高い抗原に対して、結合親和性を向上させる抗体を設計することに成功した。またVHHにおいては、CDRのコンフォメーションを厳密に使い分けている可能性が示唆された。Fc受容体蛋白質の解析では、抗体のダイナミクスが結合活性に重要な役割を果たしていることが明らかとなった。さらに抗体結合ならびに細胞接着に関わる受容体では、局所部位における揺らぎの変化が、機能に関わる構造体を決めている可能性が示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

蛋白質間相互作用において、互いのローカルフラクチュエーションならびにコンフォメーショナル変化は、相互作用界面に影響を与え、その結合親和性と密接に関与していることが明らかとなった。したがって正確にローカルフラクチュエーション状態を捉えることにより、蛋白質相互作用の特異性や選択性を制御できることが期待される。またローカルフラクチュエーションは機能発現とも深く関わっていることから、計算科学を駆使してダイナミクスを考慮した分子制御および分子設計が必須となることを強く示唆している。これらの成果は、今後の機械学習等のインシリコを活用した蛋白質設計ならびに蛋白質制御を飛躍的に進展させる。

研究成果

• [雑誌論文] In vitro validation of chromogenic substrate assay for evaluation of surrogate FVIII-activity of emicizumab (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Tomoko、Shinozawa Keiko、Nagatoishi Satoru、Mitsuhashi Ayano、Bingo Masato、Inaba Hiroshi、Amano Kagehiro、Tsumoto Kohei、Kinai Ei
  • 雑誌名: Thrombosis Research 巻: 222 ページ: 131-139
  • DOI: 10.1016/j.thromres.2023.01.007
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• [雑誌論文] Inactivation and spike protein denaturation of novel coronavirus variants by CuxO/TiO2 nano-photocatalysts (2023)
  • 著者名/発表者名: Tatsuma Tetsu、Nakakido Makoto、Ichinohe Takeshi、Kuroiwa Yoshinori、Tomioka Kengo、Liu Chang、Miyamae Nobuhiro、Onuki Tatsuya、Tsumoto Kouhei、Hashimoto Kazuhito、Wakihara Toru
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 13 号: 1 ページ: 4033-4033
  • DOI: 10.1038/s41598-023-30690-0
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Agarose native gel electrophoresis analysis of thermal aggregation controlled by Hofmeister series (2023)
  • 著者名/発表者名: Tomioka Yui、Sato Ryo、Takahashi Ryo、Nagatoishi Satoru、Shiba Kohei、Tsumoto Kouhei、Arakawa Tsutomu、Akuta Teruo
  • 雑誌名: Biophysical Chemistry 巻: 296 ページ: 106977-106977
  • DOI: 10.1016/j.bpc.2023.106977
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Affinity Purification of Antibodies (2023)
  • 著者名/発表者名: Arakawa Tsutomu、Tomioka Yui、Nakagawa Masataka、Sakuma Chiaki、Kurosawa Yasunori、Ejima Daisuke、Tsumoto Kouhei、Akuta Teruo
  • 雑誌名: Antibodies 巻: 12 号: 1 ページ: 15-15
  • DOI: 10.3390/antib12010015
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Peripheral administration of nanomicelle-encapsulated anti-Aβ oligomer fragment antibody reduces various toxic Aβ species in the brain (2023)
  • 著者名/発表者名: Amano A, Sanjo N, Araki W, Anraku Y, Nakakido M, Matsubara E, Tomiyama T, Nagata T, Tsumoto K, Kataoka K, Yokota T.
  • 雑誌名: J Nanobiotechnology 巻: 21 号: 1 ページ: 36-50
  • DOI: 10.1186/s12951-023-01772-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structural insights into 3Fe?4S ferredoxins diversity in M. tuberculosis highlighted by a first redox complex with P450 (2023)
  • 著者名/発表者名: Gilep A、Varaksa T、Bukhdruker S、Kavaleuski A、Ryzhykau Y、Smolskaya S、Sushko Ta、Tsumoto K、Grabovec I、Kapranov I、Okhrimenko I、Marin E、Shevtsov M、Mishin A、Kovalev K、Kuklin A、Gordeliy V、Kaluzhskiy L、Gnedenko O、Yablokov E、Ivanov A、Borshchevskiy V、Strushkevich N
  • 雑誌名: Frontiers in Molecular Biosciences 巻: 9 ページ: 1100032-1100032
  • DOI: 10.3389/fmolb.2022.1100032
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Human antibody recognition and neutralization mode on the NTD and RBD domains of SARS-CoV-2 spike protein (2022)
  • 著者名/発表者名: Otsubo Ryota、Minamitani Takeharu、Kobiyama Kouji、Fujita Junso、Ito Toshihiro、Ueno Shiori、Anzai Itsuki、Tanino Hiroki、Aoyama Hiroshi、Matsuura Yoshiharu、Namba Keiichi、Imadome Ken-Ichi、Ishii Ken J.、Tsumoto Kouhei、Kamitani Wataru、Yasui Teruhito
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 号: 1 ページ: 20120-20120
  • DOI: 10.1038/s41598-022-24730-4
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• [雑誌論文] Repression of the PRELP gene is relieved by histone deacetylase inhibitors through acetylation of histone H2B lysine 5 in bladder cancer (2022)
  • 著者名/発表者名: Shozu Kanto、Kaneko Syuzo、Shinkai Norio、Dozen Ai、Kosuge Hirofumi、Nakakido Makoto、Machino Hidenori、Takasawa Ken、Asada Ken、Komatsu Masaaki、Tsumoto Kouhei、Ohnuma Shin-Ichi、Hamamoto Ryuji
  • 雑誌名: Clinical Epigenetics 巻: 14 号: 1 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1186/s13148-022-01370-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Analytical Method for Experimental Validation of Computer-Designed Antibody (2022)
  • 著者名/発表者名: Tanabe Aki、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Methods Mol Biol. 巻: 2552 ページ: 409-433
  • DOI: 10.1007/978-1-0716-2609-2_23
  • ISBN: 9781071626085, 9781071626092
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Classification of CDR-H3 in Single-Domain VHH Antibodies (2022)
  • 著者名/発表者名: Kuroda Daisuke、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Methods Mol Biol. 巻: 2552 ページ: 61-79
  • DOI: 10.1007/978-1-0716-2609-2_2
  • ISBN: 9781071626085, 9781071626092
  • 査読あり
• [雑誌論文] PRELP Regulates Cell-Cell Adhesion and EMT and Inhibits Retinoblastoma Progression (2022)
  • 著者名/発表者名: Hopkins Jack、Asada Ken、Leung Alex、Papadaki Vasiliki、Davaapil Hongorzul、Morrison Matthew、Orita Tomoko、Sekido Ryohei、Kosuge Hirofumi、Reddy M. Ashwin、Kimura Kazuhiro、Mitani Akihisa、Tsumoto Kouhei、Hamamoto Ryuji、Sagoo Mandeep S.、Ohnuma Shin-ichi
  • 雑誌名: Cancers 巻: 14 号: 19 ページ: 4926-4926
  • DOI: 10.3390/cancers14194926
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Performance Comparison of Spectral Distance Calculation Methods (2022)
  • 著者名/発表者名: Oyama Taiji、Suzuki Satoko、Horiguchi Yasuo、Yamane Ai、Akao Kenichi、Nagamori Koushi、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Applied Spectroscopy 巻: 76 号: 12 ページ: 1482-1493
  • DOI: 10.1177/00037028221121687
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular basis for thermal stability and affinity in a VHH: Contribution of the framework region and its influence in the conformation of the CDR3 (2022)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita Seisho、Nakakido Makoto、Mori Chinatsu、Kuroda Daisuke、Caaveiro Jose M.M.、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 31 号: 11 ページ: 1-12
  • DOI: 10.1002/pro.4450
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Nucleic acid-triggered tumoral immunity propagates pH‐selective therapeutic antibodies through tumor‐driven epitope spreading (2022)
  • 著者名/発表者名: Furuya G, Katoh H, Atsumi S, Hashimoto I, Komura D, Hatanaka R, Senga S, Hayashi S, Akita S, Matsumura H, Miura A, Mita H, Nakakido M, Nagatoishi S, Sugiyama A, Suzuki R, Konishi H, Yamamoto A, Abe H, Hiraoka N, Aoki K, Kato Y, Seto Y, Yoshimura C, Miyadera K, Tsumoto K, Ushiku T, Ishikawa S
  • 雑誌名: Cancer Science 巻: 114 号: 1 ページ: 321-338
  • DOI: 10.1111/cas.15596
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Residue-based program of a β-peptoid twisted strand shape via a cyclopentane constraint (2022)
  • 著者名/発表者名: Kim J, Kobayashi H, Yokomine M, Shiratori Y, Ueda T, Takeuchi K, Umezawa K, Kuroda D, Tsumoto K, Morimoto J, Sando S.
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 巻: 20 号: 35 ページ: 6994-7000
  • DOI: 10.1039/d2ob01300b
  • 査読あり
• [雑誌論文] Correction: Antibody recognition of complement factor H reveals a flexible loop involved in atypical hemolytic uremic syndrome pathogenesis (2022)
  • 著者名/発表者名: Yokoo Takanori、Tanabe Aki、Yoshida Yoko、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Ikeda Yoichiro、Fujimura Yoshihiro、Matsumoto Masaneori、Entzminger Kevin、Maruyama Toshiaki、Okumura C.J.、Nangaku Masaomi、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 298 号: 8 ページ: 102262-102262
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102262
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Analysis of bovine serum albumin unfolding in the absence and presence of ATP by SYPRO Orange staining of agarose native gel electrophoresis (2022)
  • 著者名/発表者名: Tomioka Yui、Nakagawa Masataka、Sakuma Chiaki、Kurosawa Yasunori、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Arakawa Tsutomu、Akuta Teruo
  • 雑誌名: Analytical Biochemistry 巻: 654 ページ: 114817-114817
  • DOI: 10.1016/j.ab.2022.114817
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ladder observation of bovine serum albumin by high resolution agarose native gel electrophoresis (2022)
  • 著者名/発表者名: Tomioka Yui、Nakagawa Masataka、Sakuma Chiaki、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Arakawa Tsutomu、Akuta Teruo
  • 雑誌名: International Journal of Biological Macromolecules 巻: 215 ページ: 512-520
  • DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2022.06.118
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mirror-image streptavidin with specific binding to L-biotin, the unnatural enantiomer (2022)
  • 著者名/発表者名: Suganuma Masatoshi、Kubo Takuya、Ishiki Kengo、Tanaka Kota、Suto Kouzou、Ejima Daisuke、Toyota Masahiro、Tsumoto Kouhei、Sato Toshiyuki、Nishikawa Youichi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 号: 1 ページ: 9568-9568
  • DOI: 10.1038/s41598-022-13763-4
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Biophysical Characterization of the Contribution of the Fab Region to the IgG-FcγRIIIa Interaction (2022)
  • 著者名/発表者名: Kosuge Hirofumi、Nagatoishi Satoru、Kiyoshi Masato、Ishii-Watabe Akiko、Terao Yosuke、Ide Teruhiko、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 62 号: 2 ページ: 262-269
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.1c00832
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Experimental Comparison of Bond Lifetime and Viscoelastic Relaxation in Transient Networks with Well-Controlled Structures (2022)
  • 著者名/発表者名: Katashima Takuya、Kudo Ryota、Naito Mitsuru、Nagatoishi Satoru、Miyata Kanjiro、Chung Ung-il、Tsumoto Kouhei、Sakai Takamasa
  • 雑誌名: ACS Macro Letters 巻: 11 号: 6 ページ: 753-759
  • DOI: 10.1021/acsmacrolett.2c00152
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structure and role of the linker domain of the iron surface-determinant protein IsdH in heme transportation in Staphylococcus aureus. (2022)
  • 著者名/発表者名: Valenciano-Bellido Sandra、Caaveiro Jose M.M.、Morante Koldo、Sushko Tatyana、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: - 号: 6 ページ: 101995-101995
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2022.101995
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Development of a high-throughput method to screen novel antiviral materials (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakakido Makoto、Tanaka Naoki、Shimojo Ayako、Miyamae Nobuhiro、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 17 号: 4 ページ: e0266474-e0266474
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0266474
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Antibody recognition of complement Factor H reveals a flexible loop involved in Atypical Hemolytic Uremic Syndrome pathogenesis (2022)
  • 著者名/発表者名: Yokoo Takanori、Tanabe Aki、Yoshida Yoko、Caaveiro Jose M.M.、Nakakido Makoto、Ikeda Yoichiro、Fujimura Yoshihiro、Matsumoto Masanori、Entzminger Kevin、Maruyama Toshiaki、Okumura C.J.、Nangaku Masaomi、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: - 号: 6 ページ: 101962-101962
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2022.101962
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Addition of arginine hydrochloride and proline to the culture medium enhances recombinant protein expression in Brevibacillus choshinensis: The case of RBD of SARS-CoV-2 spike protein and its antibody (2022)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga Ryo、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Protein Expression and Purification 巻: 194 ページ: 106075-106075
  • DOI: 10.1016/j.pep.2022.106075
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Improvement of the affinity of an anti-rat P2X4 receptor antibody by introducing electrostatic interactions (2022)
  • 著者名/発表者名: Shinozaki Chinatsu、Kohno Keita、Shiroishi Mitsunori、Takahashi Daisuke、Yoshikawa Yu、Abe Yoshito、Hamase Kenji、Nakakido Makoto、Tsumoto Kohei、Inoue Kazuhide、Tsuda Makoto、Ueda Tadashi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 号: 1 ページ: 131-131
  • DOI: 10.1038/s41598-021-03784-w
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Development of an Outward Proton Pumping Rhodopsin with a New Record in Thermostability by Means of Amino Acid Mutations (2022)
  • 著者名/発表者名: Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Kunishima Naoki、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 126 号: 5 ページ: 1004-1015
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c08684
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Current advances in biopharmaceutical informatics: guidelines, impact and challenges in the computational developability assessment of antibody therapeutics (2022)
  • 著者名/発表者名: Khetan R, Curtis R, Deane CM, Hadsund JT, Kar U, Krawczyk K, Kuroda D, Robinson SA, Sormanni P, Tsumoto K, Warwicker J, Martin ACR.
  • 雑誌名: mAbs 巻: 14 号: 1 ページ: 2020082-2020082
  • DOI: 10.1080/19420862.2021.2020082
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Elaboration of Non-naturally Occurring Helical Tripeptides as p53–MDM2/MDMX Interaction Inhibitors (2021)
  • 著者名/発表者名: Su Aoze、Tabata Yuko、Aoki Kiyono、Sada Akane、Ohki Rieko、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Wang Siyuan、Otani Yuko、Ohwada Tomohiko
  • 雑誌名: ＣＨＥＭＩＣＡＬ ＆ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＢＵＬＬＥＴＩＮ 巻: 69 号: 7 ページ: 681-692
  • DOI: 10.1248/cpb.c21-00238
  • NAID: 130008060029
  • ISSN: 0009-2363, 1347-5223
  • 年月日: 2021-07-01
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] B cell-intrinsic TBK1 is essential for germinal center formation during infection and vaccination in mice (2021)
  • 著者名/発表者名: Lee MSL, Inoue T, Ise W, Matsuo-Dapaah J, Wing JB, Temizoz B, Kobiyama K, Hayashi T, Patil A, Sakaguchi S, Simon AK, Bezbradica JS, Nagatoishi S, Tsumoto K, Inoue J, Akira S, Kurosaki T, Ishii KJ, Coban C
  • 雑誌名: Journal of Experimental Medicine 巻: 219 号: 2
  • DOI: 10.1084/jem.20211336
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF1 (2021)
  • 著者名/発表者名: Kori Satomi、Shibahashi Yuki、Ekimoto Toru、Nishiyama Atsuya、Yoshimi Sae、Yamaguchi Kosuke、Nagatoishi Satoru、Ohta Masateru、Tsumoto Kouhei、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem 巻: 52 ページ: 116500-116500
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2021.116500
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Optimization of anti-ADAMTS13 antibodies for the treatment of ADAMTS13-related bleeding disorder in patients receiving circulatory assist device support (2021)
  • 著者名/発表者名: Ito Toshihiro、Minamitani Takeharu、Hayakawa Masaki、Otsubo Ryota、Akiba Hiroki、Tsumoto Kouhei、Matsumoto Masanori、Yasui Teruhito
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 22341-22341
  • DOI: 10.1038/s41598-021-01696-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Peptoid-based reprogrammable template for cell-permeable inhibitors of protein?protein interactions (2021)
  • 著者名/発表者名: Fukuda Y, Yokomine M, Kuroda D, Tsumoto K, Morimoto J, Sando S.
  • 雑誌名: Chemical Science 巻: 12 号: 40 ページ: 13292-13300
  • DOI: 10.1039/d1sc01560e
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• [雑誌論文] The transcriptional corepressor CtBP2 serves as a metabolite sensor orchestrating hepatic glucose and lipid homeostasis (2021)
  • 著者名/発表者名: Sekiya Motohiro、Kainoh Kenta、Sugasawa Takehito、Yoshino Ryunosuke、Hirokawa Takatsugu、Tokiwa Hiroaki、Nakano Shogo、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Takeuchi Yoshinori、Miyamoto Takafumi、Matsuzaka Takashi、Shimano Hitoshi
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 12 号: 1 ページ: 1-19
  • DOI: 10.1038/s41467-021-26638-5
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• [雑誌論文] Unfolding is the driving force for mitochondrial import and degradation of the Parkinson's disease-related protein DJ-1 (2021)
  • 著者名/発表者名: Queliconi BB, Kojima W, Kimura M, Imai K, Udagawa C, Motono C, Hirokawa T, Tashiro S, Caaveiro JMM, Tsumoto K, Yamano K, Tanaka K, Matsuda N
  • 雑誌名: J Cell Sci 巻: 134 号: 22 ページ: 1-1
  • DOI: 10.1242/jcs.258653
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• [雑誌論文] Delicate balance among thermal stability, binding affinity, and conformational space explored by single-domain VHH antibodies (2021)
  • 著者名/発表者名: Ikeuchi E, Kuroda D, Nakakido M, Murakami A, Tsumoto K.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 20624-20624
  • DOI: 10.1038/s41598-021-98977-8
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• [雑誌論文] Structural and thermodynamical insights into the binding and inhibition of FIH-1 by the N-terminal disordered region of Mint3. (2021)
  • 著者名/発表者名: Ten T, Nagatoishi S, Maeda R, Hoshino M, Nakayama Y, Seiki M, Sakamoto T, Tsumoto K.
  • 雑誌名: J Biol Chem. 巻: 297 号: 5 ページ: 101304-101304
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2021.101304
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• [雑誌論文] Microsecond molecular dynamics suggest that a non-synonymous mutation, frequently observed in patients with mild symptoms in Tokyo, alters dynamics of the SARS-CoV-2 main protease (2021)
  • 著者名/発表者名: Kuroda D, Tsumoto K.
  • 雑誌名: Biophysics and Physicobiology 巻: 18 号: 0 ページ: 215-222
  • DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v18.022
  • NAID: 130008088919
  • ISSN: 2189-4779
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• [雑誌論文] Production of IgG1-based bispecific antibody without extra cysteine residue via intein-mediated protein trans-splicing (2021)
  • 著者名/発表者名: Akiba Hiroki、Ise Tomoko、Nagata Satoshi、Kamada Haruhiko、Ohno Hiroaki、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 19411-19411
  • DOI: 10.1038/s41598-021-98855-3
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• [雑誌論文] A glutamine sensor that directly activates TORC1 (2021)
  • 著者名/発表者名: Tanigawa Mirai、Yamamoto Katsuyoshi、Nagatoishi Satoru、Nagata Koji、Noshiro Daisuke、Noda Nobuo N.、Tsumoto Kouhei、Maeda Tatsuya
  • 雑誌名: Communications Biology 巻: 4 号: 1 ページ: 1093-1093
  • DOI: 10.1038/s42003-021-02625-w
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• [雑誌論文] Epitope-dependent thermodynamic signature of single-domain antibodies against hen egg lysozyme (2021)
  • 著者名/発表者名: Akiba Hiroki、Tamura Hiroko、Caaveiro Jose M M、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: The Journal of Biochemistry 巻: 170 号: 5 ページ: 623-629
  • DOI: 10.1093/jb/mvab082
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Author Correction: Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis (2021)
  • 著者名/発表者名: Chiba Shuntaro、Tanabe Aki、Nakakido Makoto、Okuno Yasushi、Tsumoto Kouhei、Ohta Masateru
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 18153-18153
  • DOI: 10.1038/s41598-021-97892-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A DNA Aptamer That Inhibits the Aberrant Signaling of Fibroblast Growth Factor Receptor in Cancer Cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Eguchi Akihiro、Ueki Ayaka、Hoshiyama Junya、Kuwata Keiko、Chikaoka Yoko、Kawamura Takeshi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Ueki Ryosuke、Sando Shinsuke
  • 雑誌名: JACS Au 巻: n/a 号: 5 ページ: 578-585
  • DOI: 10.1021/jacsau.0c00121
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An integrated computational pipeline for designing high-affinity nanobodies with expanded genetic codes (2021)
  • 著者名/発表者名: Aditya K Padhi, Ashutosh Kumar, Ken-ichi Haruna, Haruna Sato, Hiroko Tamura, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Atushi Yamaguchi, Fumie Iraha, Mihoko Takahashi, Kensaku Sakamoto, Kam Y J Zhang
  • 雑誌名: Briefings in Bioinformatics 巻: 22 号: 6
  • DOI: 10.1093/bib/bbab338
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Electrostatic-triggered exothermic antibody adsorption to the cellulose nanoparticles (2021)
  • 著者名/発表者名: Murakami Keisuke、Nagatoishi Satoru、Kasahara Keisuke、Nagai Hirokazu、Sasajima Yoshiyuki、Sasaki Ryo、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Analytical Biochemistry 巻: 632 ページ: 114337-114337
  • DOI: 10.1016/j.ab.2021.114337
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin (2021)
  • 著者名/発表者名: Yui Anna、Caaveiro Jose M.M.、Kuroda Daisuke、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Goda Shuichiro、Maruno Takahiro、Uchiyama Susumu、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 297 号: 3 ページ: 101054-101054
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2021.101054
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Single-chain variable fragment (scFv) targeting streptolysin O controls group A Streptococcus infection. (2021)
  • 著者名/発表者名: Aikawa C, Kawashima K, Fukuzaki C, Nakakido M, Murase K, Nozawa T, Tsumoto K, Nakagawa I
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 20 ページ: 177-183
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.06.021
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Novel neutralizing human monoclonal antibodies against tetanus neurotoxin (2021)
  • 著者名/発表者名: Minamitani Takeharu、Kiyose Karin、Otsubo Ryota、Ito Toshihiro、Akiba Hiroki、Furuta Rika A.、Inoue Tsuyoshi、Tsumoto Kouhei、Satake Masahiro、Yasui Teruhito
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 12134-12134
  • DOI: 10.1038/s41598-021-91597-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Characterization of a putative maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes, SPs0871 and the development of a VHH inhibitor (2021)
  • 著者名/発表者名: Yamawaki T, Nakakido M, Ujiie K, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 6 ページ: 1-7
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.05.056
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Anion solvation enhanced by positive supercharging mutations preserves thermal stability of an antibody in a wide pH range (2021)
  • 著者名/発表者名: Kasahara Keisuke、Kuroda Daisuke、Tanabe Aki、Kawade Raiji、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Biochemical and Biophysical Research Communications 巻: 563 ページ: 54-59
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2021.05.053
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Novel Cell-Based Intracellular Protein?Protein Interaction Detection Platform (SOLIS) for Multimodality Screening (2021)
  • 著者名/発表者名: Kashima Daiki、Kageoka Miho、Kimura Yosuke、Horikawa Makiko、Miura Masashi、Nakakido Makoto、Tsumoto Kouhei、Nagamune Teruyuki、Kawahara Masahiro
  • 雑誌名: ACS Synthetic Biology 巻: 10 号: 5 ページ: 990-999
  • DOI: 10.1021/acssynbio.0c00483
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heme controls the structural rearrangement of its sensor protein mediating the hemolytic bacterial survival (2021)
  • 著者名/発表者名: Nishinaga Megumi、Sugimoto Hiroshi、Nishitani Yudai、Nagai Seina、Nagatoishi Satoru、Muraki Norifumi、Tosha Takehiko、Tsumoto Kouhei、Aono Shigetoshi、Shiro Yoshitsugu、Sawai Hitomi
  • 雑誌名: Communications Biology 巻: 4 号: 1 ページ: 467-467
  • DOI: 10.1038/s42003-021-01987-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Development of biparatopic bispecific antibody possessing tetravalent scFv-Fc capable of binding to ROBO1 expressed in hepatocellular carcinoma cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Yuji、Tanabe Aki、Hamakubo Takao、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: The Journal of Biochemistry 巻: 170 号: 2 ページ: 307-315
  • DOI: 10.1093/jb/mvab049
  • NAID: 40022722450
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new twist of rubredoxin function in M. tuberculosis (2021)
  • 著者名/発表者名: Sushko Tatsiana、Kavaleuski Anton、Grabovec Irina、Kavaleuskaya Anna、Vakhrameev Daniil、Bukhdruker Sergey、Marin Egor、Kuzikov Alexey、Masamrekh Rami、Shumyantseva Victoria、Tsumoto Kouhei、Borshchevskiy Valentin、Gilep Andrei、Strushkevich Natallia
  • 雑誌名: Bioorganic Chemistry 巻: 109 ページ: 104721-104721
  • DOI: 10.1016/j.bioorg.2021.104721
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Molecular basis for the activation of actinoporins by lipids (2021)
  • 著者名/発表者名: Caaveiro Jose M.M.、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Methods Enzymol. 巻: 649 ページ: 277-306
  • DOI: 10.1016/bs.mie.2021.01.008
  • ISBN: 9780128238585
• [雑誌論文] Anti-EGFR antibody 528 binds to domain III of EGFR at a site shifted from the cetuximab epitope (2021)
  • 著者名/発表者名: Makabe Koki、Yokoyama Takeshi、Uehara Shiro、Uchikubo-Kamo Tomomi、Shirouzu Mikako、Kimura Kouki、Tsumoto Kouhei、Asano Ryutaro、Tanaka Yoshikazu、Kumagai Izumi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 5790-5790
  • DOI: 10.1038/s41598-021-84171-3
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Thermodynamic Dissection of Potency and Selectivity of Cytosolic Hsp90 Inhibitors (2021)
  • 著者名/発表者名: Yoshimura Chihoko、Nagatoishi Satoru、Kuroda Daisuke、Kodama Yasuo、Uno Takao、Kitade Makoto、Chong-Takata Khoontee、Oshiumi Hiromi、Muraoka Hiromi、Yamashita Satoshi、Kawai Yuichi、Ohkubo Shuichi、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Medicinal Chemistry 巻: 64 号: 5 ページ: 2669-2677
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c01715
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for selective inhibition of human serine hydroxymethyltransferase by secondary bile acid conjugate (2021)
  • 著者名/発表者名: Ota Tomoki、Senoo Akinobu、Shirakawa Masumi、Nonaka Hiroshi、Saito Yutaro、Ito Sho、Ueno Go、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sando Shinsuke
  • 雑誌名: iScience 巻: 24 号: 2 ページ: 102036-102036
  • DOI: 10.1016/j.isci.2021.102036
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Proteomic identification and validation of novel interactions of the putative tumor suppressor PRELP with membrane proteins including IGFI-R and p75NTR (2021)
  • 著者名/発表者名: Kosuge Hirofumi、Nakakido Makoto、Nagatoishi Satoru、Fukuda Tetsuya、Bando Yasuhiko、Ohnuma Shin-ichi、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 296 ページ: 100278-100278
  • DOI: 10.1016/j.jbc.2021.100278
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structural basis for antigen recognition by methylated lysine?specific antibodies (2021)
  • 著者名/発表者名: Ishii M, Nakakido M, Caaveiro JMM, Kuroda D, Okumura CJ, Maruyama T, Entzminger K, Tsumoto K.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 296 ページ: 100176-100176
  • DOI: 10.1074/jbc.ra120.015996
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structural Basis for the Binding Mechanism of Human Serum Albumin Complexed with Cyclic Peptide Dalbavancin (2020)
  • 著者名/発表者名: Ito Sho、Senoo Akinobu、Nagatoishi Satoru、Ohue Masahito、Yamamoto Masaki、Tsumoto Kouhei、Wakui Naoki
  • 雑誌名: Journal of Medicinal Chemistry 巻: 63 号: 22 ページ: 14045-14053
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c01578
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structure-based design and discovery of novel anti-tissue factor antibodies with cooperative double-point mutations, using interaction analysis (2020)
  • 著者名/発表者名: Chiba Shuntaro、Tanabe Aki、Nakakido Makoto、Okuno Yasushi、Tsumoto Kouhei、Ohta Masateru
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 10 号: 1 ページ: 17590-17590
  • DOI: 10.1038/s41598-020-74545-4
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unique Electronic Structures of the Highly Ruffled Hemes in Heme-Degrading Enzymes ofStaphylococcus aureus, IsdG and IsdI, by Resonance Raman and Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopies (2020)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Satoshi、Nambu Shusuke、Matsui Toshitaka、Fujii Hiroshi、Ishikawa Haruto、Mizutani Yasuhisa、Tsumoto Kouhei、Ikeda-Saito Masao
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 59 号: 40 ページ: 3918-3928
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.0c00731
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Kg‐antigen, RhAG with a Lys164Gln mutation, gives rise to haemolytic disease of the newborn (2020)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Mitsunobu、Abe Takaaki、Minamitani Takeharu、Akiba Hiroki、Horikawa Toshihiro、Tobita Ryutaro、Isa Kazumi、Ogasawara Kenichi、Takahashi Hideo、Tateyama Hidemi、Tone Satomi、Tsumoto Kouhei、Yasui Teruhito、Kimura Takafumi、Fujimura Yoshihiro、Hirayama Fumiya、Tani Yoshihiko、Takihara Yoshihiro
  • 雑誌名: British Journal of Haematology 巻: 191 号: 5 ページ: 920-926
  • DOI: 10.1111/bjh.16955
• [雑誌論文] Polymeric Nanocarriers with Controlled Chain Flexibility Boost mRNA Delivery In Vivo through Enhanced Structural Fastening (2020)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki Takuya、Uchida Satoshi、Nagatoishi Satoru、Koji Kyoko、Hong Taehun、Fukushima Shigeto、Tsumoto Kouhei、Ishihara Kazuhiko、Kataoka Kazunori、Cabral Horacio
  • 雑誌名: Advanced Healthcare Materials 巻: 9 号: 16 ページ: 2000538-2000538
  • DOI: 10.1002/adhm.202000538
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Dual-Sensitive Nanomicelles Enhancing Systemic Delivery of Therapeutically Active Antibodies Specifically into the Brain (2020)
  • 著者名/発表者名: Jinbing Xie, Daniel Gonzalez-Carter, Theofilus A. Tockary, Noriko Nakamura, Yonger Xue, Makoto Nakakido, Hiroki Akiba, Anjaneyulu Dirisala, Xueying Liu, Kazuko Toh, Tao Yang, Zengtao Wang, Shigeto Fukushima, Junjie Li, Sabina Quader, Kouhei Tsumoto, Takanori Yokota, Yasutaka Anraku*, and Kazunori Kataoka
  • 雑誌名: ACS Nano 巻: - 号: 6 ページ: 6729-6742
  • DOI: 10.1021/acsnano.9b09991
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Highly sensitive HPLC analysis and biophysical characterization of N‐glycans of IgG‐Fc domain in comparison between CHO and 293 cells using FcγRIIIa ligand (2020)
  • 著者名/発表者名: Kosuge Hirofumi、Nagatoishi Satoru、Kiyoshi Masato、Ishii‐Watabe Akiko、Tanaka Toru、Terao Yosuke、Oe Seigo、Ide Teruhiko、Tsumoto Kouhei
  • 雑誌名: Biotechnology Progress 巻: 36 号: 6
  • DOI: 10.1002/btpr.3016
  • 査読あり
• [雑誌論文] 64Cu-labeled minibody D2101 visualizes CDH17-positive gastric cancer xenografts with short waiting time (2020)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara Kentaro、Akiba Hiroki、Tsuji Atsushi B.、Sudo Hitomi、Sugyo Aya、Nagatsu Kotaro、Zhang Ming-Rong、Iwanari Hiroko、Kusano-Arai Osamu、Kudo Shota、Kikuchi Chika、Tsumoto Kouhei、Momose Toshimitsu、Hamakubo Takao、Higashi Tatsuya
  • 雑誌名: Nuclear Medicine Communications 巻: Publish Ahead of Print 号: 7 ページ: 688-695
  • DOI: 10.1097/mnm.0000000000001203
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] 抗体医薬の技術革新 ～ 多様化する抗体薬のメカニズムを解き明かす ～ (2023)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 第20回日本臨床腫瘍学会
  • 招待講演
• [学会発表] Analytical Solutions for Research, Development & CMC of Novel Modalities of Drugs (I) ～Comprehensive Understanding of Molecular Structure, Dynamics and Function (2023)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平,長門石曉
  • 学会等名: PITTCON 2023
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Commitment to drug development in the center for drug design research(CDDR) 創薬デザイン研究センター（CDDR)の取り組み (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 日本組織培養学会 第94回大会
  • 招待講演
• [学会発表] 創薬モダリティ開発を加速させる相互作用解析支援と技術開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: BINDSシンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] モダリティ創薬と抗体 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 第72回日本電気泳動学会シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] 物理化学解析を駆使した Protein-Protein Interaction阻害剤開発への挑戦 (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 創薬懇話会2022
  • 招待講演
• [学会発表] 抗体創薬のための物性解析：これまでとこれから (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉、津本浩平
  • 学会等名: 第1回 日本抗体学会設立記念学術大会
  • 招待講演
• [学会発表] VHH抗体の概要と医療応用の可能性 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 第32回日本リウマチ学会関東支部学術集会
  • 招待講演
• [学会発表] Capturing the Physical Properties of Highly-Concentrated Antibody Solutions from Raman Spectroscopic Analysis (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: Pittcon 2022 Virtual Highlights JAIMA Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Search for Small Molecule Ligands That Functionally Regulate Proteins Based on Calorimetric Analysis (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 11th Japan-China Joint Symposium on Calorimetry and Thermal Analysis (CATS-2022)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 計算科学により強化される 蛋白質のリガンド結合に関する物理化学解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Monomer-Dimer Equilibrium of a Tumor Suppressor PRELP Driven by the Hydrophobic Interface Regulates the Multi-Specific Interactions (2022)
  • 著者名/発表者名: Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 化膿レンサ球菌のマルトース/マルトデキストリン結合蛋白質SPs0871の機能を阻害するVHH抗体による基質結合阻害機構の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 山脇 つくし、中木戸 誠、相川 知宏、カアベイロ ホセ、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 新規抗体の機能解析に基づく抗CFH自己抗体によるaHUS発症機構モデルの提案 (2022)
  • 著者名/発表者名: 横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、カアベイロ ホセ、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Physicochemical analysis of receptor recognition mechanism of anti-OX40 agonist antibodies (2022)
  • 著者名/発表者名: 氏家 寛、田部 亜季，長門石 曉，津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Superchargingデザインは溶媒選択により抗体の物性を制御できる (2022)
  • 著者名/発表者名: 笠原 慶亮、黒田 大祐、河出 来時、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] CDR-Graftingによるヒト化VHHの物性機能解析に基づくヒト化VHH人工合成ライブラリ構築 (2022)
  • 著者名/発表者名: 木下 清晶、中木戸誠、黒田大祐、Jose M.M. Caaveiro、津本浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 化膿レンサ球菌由来金属結合蛋白質MtsAに対するバイパラトピック抗体の設計と機能評価 (2022)
  • 著者名/発表者名: 淺野 梨紗、中木戸 誠、竹内 美結、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 化膿レンサ球菌細胞表面由来金属結合タンパク質に対する機能阻害剤探索 (2022)
  • 著者名/発表者名: 中木戸 誠、淺野 梨紗、竹内 美結、伊藤 翔、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第22回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 足場蛋白質を活用した特定のエピトープ領域に対する抗体取得 (2022)
  • 著者名/発表者名: 住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
  • 学会等名: 日本化学会 生体機能関連化学会若手の会 第33回サマースクール
• [学会発表] FcγRIIIa受容体の固定化系と溶液系における抗体認識機構の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石 曉、木下 清晶, 黒田 大祐, 小菅 啓史, 木吉 真人, 石井 明子, 寺尾 陽介, 井出 輝彦, 津本 浩平
  • 学会等名: 第16回 バイオ関連化学シンポジウム
• [学会発表] 生命分子に対する多元機能解明のための物理化学的相互作用解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 第95回 日本生化学会大会
• [学会発表] Development of Molecular Inhibitors against Iron Transporters from Streptococcus pyogenes (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakakido M, Asano R, Fernandez P.J., Takeuchi M, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K
  • 学会等名: 10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
  • 国際学会
• [学会発表] Rubredoxin A from M. tuberculosis (2022)
  • 著者名/発表者名: Sushko T, J.M.M. Caaveiro, Nagatoishi S, Tsumoto K
  • 学会等名: 10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10)
  • 国際学会
• [学会発表] Development of Humanized Single-Domain Antibody Synthetic Libraries Based on Physicochemical Analyses (2022)
  • 著者名/発表者名: 木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 東京大学生命科学シンポジウム
• [学会発表] Characterization of the regulatory system of multi-specific interactions of a novel tumor suppressor PRELP through the hydrophobicity-driven dimerization (2022)
  • 著者名/発表者名: Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S,Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
  • 学会等名: 第21回 東京大学生命科学シンポジウム
• [学会発表] Acquisition of novel VHH antibodies to synaptic organizers for application to molecular imaging (2022)
  • 著者名/発表者名: 横尾 尚典、中木戸 誠、松田 恵子、柚﨑 通介、津本 浩平
  • 学会等名: Neuro2022
• [学会発表] Molecular Basis of Contribution of Intramolecular Interactions between Complementarity Determining Region 3 (CDR3) and Framework Region on Biophysical Properties in Camelid Single-Domain Antibody (2022)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita S, Nakakido M, Kuroda D, Jose M. M. Caaveiro, Tsumoto K
  • 学会等名: The 36th Annual Symposium of The Protein Society
  • 国際学会
• [学会発表] 抗OX40アゴニスト小唄の相互作用に関する速度論的研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: 氏家 寛、田部 亜季，長門石 曉，津本 浩平
  • 学会等名: 第16回 バイオ関連化学シンポジウム
• [学会発表] In silico design of cross-reactive antibodies binding to SARS-CoV and SARS-CoV-2 spike RBDs (2022)
  • 著者名/発表者名: 安田 佳生、黒田 大祐、佐々木 慈英、中木戸 誠、松長 遼、橋口 隆生、津本 浩平
  • 学会等名: 第60回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] 表面電荷改変抗体のコロイド安定性・結合親和性とその溶媒依存性の解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 笠原 慶亮、黒田 大祐、長門石 曉、津本 浩平
  • 学会等名: 第60回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] Identification and validation of multi-specific interactions of a tumor suppressor protein PRELP (2022)
  • 著者名/発表者名: Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
  • 学会等名: The 17th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences & International Symposium on Tumor Biology in Kanazawa 2022 (Hybrid Conference)
  • 国際学会
• [学会発表] ハイスループットな抗体変異体スクリーニング系の構築 (2022)
  • 著者名/発表者名: 稲垣 万優子、松長 遼、奥村 繁、丸山 俊昭、Entzminger K、津本 浩平
  • 学会等名: 第95回 日本生化学会大会
• [学会発表] Functional Evaluation of Molecule-Linked Antibodies against Metal-Binding Protein of Streptococcus pyogenes, MtsA (2022)
  • 著者名/発表者名: 淺野 梨紗、中木戸 誠、竹内 美結、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
  • 国際学会
• [学会発表] A群レンサ球菌の表層蛋白質の機能を阻害する抗体の探索 (2022)
  • 著者名/発表者名: 山脇つくし、中木戸 誠、相川 知宏、カアベイロ ホセ、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第96回 日本細菌学会総会
• [学会発表] 様々なIgG型抗体に関するFcγRIIIaの物理化学的相互作用解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉, 小菅啓史, 木吉真人, 石井明子, 寺尾陽介, 井出輝彦, 津本浩平
  • 学会等名: 日本薬学会第142年会
• [学会発表] Interaction analysis between small-molecules and proteins using HDX-MS in physicochemical screening (2021)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉, 津本浩平
  • 学会等名: 第69回質量分析総合討論会
  • 招待講演
• [学会発表] 蛋白質科学が社会へ与えるインパクト：AMED-BINDSから次のステージへ (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 第21回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 抗体工学のモダリティ創薬への貢献 (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 日本プロテオーム学会 2021年大会
  • 招待講演
• [学会発表] 滴定型熱量測定 (2021)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 第7回蛋白質工学研究会(日本蛋白質科学会創立20周年記念シンポジウム）
  • 招待講演
• [学会発表] 抗体の抗原特異性創出機構の解明と親和性向上指針の提案 (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: CBI学会2021大会
  • 招待講演
• [学会発表] Drug Delivery System技術開発へのタンパク質工学の貢献：現状と今後 (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 立命館大学 製剤技術研究コンソーシアム 2021年度 第4回研究会
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代抗体開発と物理化学 (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 有機合成化学協会「ニューモダリティと有機合成化学」第6回勉強会
  • 招待講演
• [学会発表] 熱力学および速度論を基点とした蛋白質を制御する低分子リガンドの開発 (2021)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉
  • 学会等名: 日本化学会 第102春季年会（若い世代の特別講演）
  • 招待講演
• [学会発表] 化膿連鎖球菌由来金属トランスポーターに対する機能阻害剤探索 (2021)
  • 著者名/発表者名: 中木戸 誠、竹内 美結、伊藤 翔、相川 知宏、長門石 曉、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 抗体表面への正荷電残基変異導入による抗体のpH非依存的な熱安定性獲得機構 (2021)
  • 著者名/発表者名: 笠原 慶亮、黒田 大祐、河出 来時、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
  • 学会等名: 第59回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] Physicochemical studies of mutations in framework regions of VHH focusing on intramolecular interactions with CDR3 (2021)
  • 著者名/発表者名: 木下 清晶、中木戸 誠,、黒田 大祐、 カアベイロ ホセ、 津本 浩平
  • 学会等名: 第59回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] How SNPs in LI-cadherin gene increases the risk of cancer metastasis (2021)
  • 著者名/発表者名: Yui A, Kikuchi C, Goda S, Kudo S, Akiba H, Nakakido M, Kuroda D, Nagatoishi S, Arai O, Iwanari H, Hamakubo T, Tsumoto K
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
  • 国際学会
• [学会発表] 化膿レンサ球菌のマルトース/マルトデキストリン結合蛋白質SPs0871の特性評価及びその機能を阻害するVHH抗体の探索 (2021)
  • 著者名/発表者名: 山脇 つくし、中木戸 誠、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] aHUSに関連する補体抑制因子CFHと診断薬取得に向けた特異的抗体の機能解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 発表者名： 横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、カアベイロ ホセ、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 抗OX40抗体の受容体機能制御に関わる分子メカニズム解明 (2021)
  • 著者名/発表者名: 氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 膜蛋白質の膜外領域を認識する抗体の取得 (2021)
  • 著者名/発表者名: 住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Proteomic Identification and Validation of Novel Interactions of a Tumor Suppressor PRELP with the Growth Factor Receptors IGFI-R and p75NTR (2021)
  • 著者名/発表者名: Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
  • 学会等名: 第21回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] VHHにおけるCDR3-Framework region間分子内相互作用に着目したフレームワーク改変の物理化学的解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、 津本 浩平
  • 学会等名: 第21回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] VHH抗体の構造特徴を利用したβ-hairpin型ペプチド設計手法の探索 (2021)
  • 著者名/発表者名: 山本 晃一、中木戸 誠、黒田 大祐、長門石 曉、森本 淳平、山東 信介、津本 浩平
  • 学会等名: 第21回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] A novel homodimerization mechanism of LI-cadherin (2021)
  • 著者名/発表者名: Yui A, Caaveiro J.M.M, Kuroda D, Nakakido M, Nagatoishi S, Maruno T, Uchiyama S, Tsumoto K
  • 学会等名: The Protein Society 35th Annual Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] Acquisition of novel VHH antibodies to synaptic organizers for application to molecular imaging (2021)
  • 著者名/発表者名: 横尾 尚典、中木戸 誠、柚﨑 通介、津本 浩平
  • 学会等名: 第44回 日本神経科学大会 CJK 第１回国際会議
• [学会発表] プロテオーム解析に基づく腫瘍抑制蛋白質PRELPと膜蛋白質の新規相互作用探索と機能解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 小菅 啓史、中木戸 誠、長門石 曉、福田 哲也、板東 泰彦、大沼 信一、津本 浩平
  • 学会等名: 第94回 日本生化学会大会
• [学会発表] 膜蛋白質Glut1の細胞外領域を認識する抗体取得法の提案 (2021)
  • 著者名/発表者名: 住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
  • 学会等名: 第94回 日本生化学会大会
• [学会発表] Analysis of the molecular mechanisms involved in the recognition of antigen and the regulation of function by antibodies (2021)
  • 著者名/発表者名: 氏家 寛、田部 亜季、長門石 曉、津本 浩平
  • 学会等名: 第44回 日本分子生物学会
• [学会発表] 化膿連鎖球菌由来金属獲得蛋白質MtsAに対する機能阻害剤の探索 (2021)
  • 著者名/発表者名: 中木戸 誠、竹内 美結、長門石 曉、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第94回 日本細菌学会総会
• [学会発表] 次世代医薬品開発と蛋白質科学 (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: CIBoG特別
• [学会発表] バイオスペリア時代の抗体エンジニアリリング (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: BioJapan 2020
  • 招待講演
• [学会発表] 相互作用の熱力学的解析とCOVID-19 (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: CBI学会2020年大会
  • 招待講演
• [学会発表] 抗体医薬と蛋白質物性：製剤技術研究への期待 (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 製剤機械技術学会30周年記念大会
  • 招待講演
• [学会発表] 病原性微生物における金属動態の分子機構解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: 2020年度iBIX-JAXA-KEK物構研-QST合同研究会
  • 招待講演
• [学会発表] 日米セッション/先端創薬への分析ソリューション-その先にあるもの（Beyond Biopharma Analysis） (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: JASIS WebExpoライフサイエンスイノベーションゾーン企画
  • 招待講演
• [学会発表] 新興・再興感染症対策への抗体エンジニアリングの貢献 (2020)
  • 著者名/発表者名: 津本浩平
  • 学会等名: ナノメディシン交流協会臨時会議「コロナウィルス感染症とナノメディシン」
  • 招待講演
• [学会発表] 蛋白質-蛋白質間相互作用の速度論的制御に基づくP-カドヘリンの細胞接着形成阻害 (2020)
  • 著者名/発表者名: 妹尾 暁暢、長門石 曉、黒田 大祐、伊藤 翔、上野 剛、齋藤 雄太朗、吉田 浩平、田島 卓実、工藤 翔太、山東 信介、津本 浩平
  • 学会等名: 第14回 バイオ関連化学シンポジウム
• [学会発表] 化膿連鎖球菌の金属獲得蛋白質MtsAに対する機能阻害剤の探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 竹内 美結、中木戸 誠、長門石 曉、河出 来時、相川 知宏、中川 一路、津本 浩平
  • 学会等名: 第93回 日本生化学会大会
• [学会発表] aHUSに関連する補体抑制因子CFHと特異的抗体の機能解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 横尾 尚典、田部 亜季、中木戸 誠、長門石 曉、吉田 瑶子、池田 洋一郎、南学 正臣、津本 浩平
  • 学会等名: 第93回 日本生化学会大会
• [学会発表] 計算デザイン Supercharging 抗体の物性機能解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 笠原 慶亮、黒田 大祐 、河出 来時 、田部 亜季 、長門石 曉 、津本 浩平
  • 学会等名: 第48回 構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] HDX-MSを活用したP-カドヘリンのホモ複合体に対する低分子阻害剤開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: 妹尾 暁暢、長門石 曉、伊藤 翔、上野 剛、津本 浩平
  • 学会等名: 第16回 日本臨床プロテオゲノミクス研究会
• [学会発表] Obtaining antibodies against Staphyloccus aureus (2020)
  • 著者名/発表者名: Valenciano S, Sandra Bellido, Jose M.M. Caaveiro, Nakakido M, Nagatoishi S, Tsumoto K
  • 学会等名: 2020年度 医科学研究所G2発表会
• [学会発表] Application of β-hairpin structure of VHH CDR3 for peptide designs (2020)
  • 著者名/発表者名: 山本 晃一、中木戸 誠、黒田 大祐、長門石 曉、森本 淳平、山東 信介、津本 浩平
  • 学会等名: 2020年度 医科学研究所G2発表会
• [学会発表] Proteomic Identification And Validation Of New Interactions Of Novel Tumor Suppressor PRELP With Membrane Proteins (2020)
  • 著者名/発表者名: Kosuge H, Nakakido M, Nagatoishi S, Fukuda T, Bando Y, Ohnuma S, Tsumoto K
  • 学会等名: 第20回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Structural analysis of a peptide fragment grafted onto the Adhiron scaffold (2020)
  • 著者名/発表者名: 住川 太一、中木戸 誠、黒田 大祐、津本 浩平
  • 学会等名: 第20回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Inhibition of P-cadherin-mediated cell contact formation through the kinetic effect of chemical fragment (2020)
  • 著者名/発表者名: 妹尾 暁暢、齋藤 雄太朗、伊藤 翔、長門石 曉、上野 剛、吉田 浩平、田島 卓実、工藤 翔太、山東 信介、津本 浩平
  • 学会等名: 第20回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] The Molecular Basis of How SNP in LI-cadherin Affected Cancer Metastasis (2020)
  • 著者名/発表者名: 由井 杏奈、菊池 智佳、郷田 秀一郎、工藤 翔太、秋葉 宏樹、中木戸 誠、黒田大祐、長門石 曉、新井 修、岩成 宏子、浜窪 隆雄、津本 浩平
  • 学会等名: 第20回 日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたCDR-Graftingによる合成VHHにおける分子挙動の解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 木下 清晶、中木戸 誠、黒田 大祐、カアベイロ ホセ、津本 浩平
  • 学会等名: 第58回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] Molecular basis of increased risk of colorectal cancer metastasis caused by SNPs in LI-cadherin (2020)
  • 著者名/発表者名: 由井 杏奈、菊池 智佳、郷田 秀一郎、丸野 孝浩、内山 進、中木戸 誠、黒田大祐、長門石 曉、新井 修、岩成 宏子、浜窪 隆雄、津本 浩平
  • 学会等名: 第58回 日本生物物理学会年会
• [学会発表] VHH抗体β-hairpin型CDR3を利用したペプチド設計手法の探索 (2020)
  • 著者名/発表者名: 山本晃一、中木戸 誠、黒田 大祐、長門石 曉、森本 淳平、山東 信介、津本 浩平
  • 学会等名: 第43回 日本分子生物学会年会
• [図書] ヘムタンパク質の科学 (2022)
  • 著者名/発表者名: （分担）中木戸誠，津本浩平、（監修）城 宜嗣、青野 重利、齋藤 正男
  • 総ページ数: 472
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
  • ISBN: 9784860437787
• [図書] 創薬研究のためのスクリーニング学実践テキスト (2022)
  • 著者名/発表者名: （分担）長門石曉，津本浩平、（編）スクリーニング学研究会
  • 総ページ数: 374
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758122580
• [図書] 品質評価のカギをにぎる バイオ医薬品の分析法 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本 浩平、石井 明子、内山 進、本田 真也
  • 総ページ数: 180
  • 出版者: じほう
  • ISBN: 9784840754606
• [図書] 医薬品開発のための分光法 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本 浩平、長門石 曉、半沢 宏之
  • 総ページ数: 272
  • 出版者: 講談社
  • ISBN: 9784065295823
• [図書] 治療の可能性が広がる 抗体医薬 (2022)
  • 著者名/発表者名: 津本 浩平
  • 総ページ数: 231
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758104074
• [図書] 医用工学ハンドブック (2022)
  • 著者名/発表者名: 佐久間 一郎、秋吉 一成、津本 浩平
  • 総ページ数: 544
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
  • ISBN: 9784860437350
• [図書] 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト (2021)
  • 著者名/発表者名: 津本 浩平、前仲 勝実
  • 総ページ数: 368
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758122566
• [図書] 生命金属ダイナミクス～生体内における金属の挙動と制御～ (2021)
  • 著者名/発表者名: 中木戸誠, 津本浩平
  • 総ページ数: 564
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
  • ISBN: 9784860437060
• [図書] 膜タンパク質工学ハンドブック (2020)
  • 著者名/発表者名: 由井杏奈, 妹尾暁暢, 長門石曉, 津本浩平
  • 総ページ数: 624
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
  • ISBN: 9784860435370
• [図書] 熱量測定・熱分析ハンドブック 第3版 (2020)
  • 著者名/発表者名: 長門石曉, 津本浩平
  • 総ページ数: 363
  • 出版者: 日本熱測定学会
  • ISBN: 9784621305072
• [図書] 機器分析ハンドブック 2 高分子・分離分析編 (2020)
  • 著者名/発表者名: 中木戸誠, 長門石曉, 津本浩平
  • 総ページ数: 192
  • 出版者: 化学同人
  • ISBN: 9784759820225
• [備考] 低用量抗体医薬によるアルツハイマー型認知症の治療を可能にするスマートナノマシン®の分子設計
  • URL: https://www.t.u-tokyo.ac.jp/soe/press/setnws_202005221518051384769979.html
• [備考] 環状ペプチドのヒト血清アルブミンに対する結合様式を解明～環状ペプチド創薬の加速に期待～
  • URL: https://www.t.u-tokyo.ac.jp/foe/press/setnws_202011131700347992632312.html