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人工光スイッチングをもちいたタンパク質分子運動計測

研究課題

研究課題/領域番号 20H02695
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関京都大学 (2023)
大阪大学 (2020-2022)

研究代表者

水野 操  京都大学, 理学研究科, 准教授 (10464257)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2023年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2022年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2021年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2020年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード時間分解共鳴ラマン分光法 / タンパク質 / 分子光スイッチング / タンパク質ダイナミクス / 時間分解共鳴ラマン分光計測 / 時間分解紫外共鳴ラマン分光法
研究開始時の研究の概要

タンパク質機能発現の分子機構を明らかにするため、これまでに光受容タンパク質を対象とした時間分解分光計測が行われてきた。本研究では、光受容タンパク質以外の普遍的なタンパク質反応に対して、小分子の光化学反応に伴う構造変化を機能発現スイッチとして利用した時間分解共鳴ラマン分光計測により、原子レベルの空間スケールかつピコ秒からサブ秒までの幅広い時間スケールで過渡的なタンパク質分子運動の観測方法を確立する。

研究成果の概要

広範なタンパク質中の構造変化をともなう化学反応に対して、高速な反応スイッチングによる時間分解共鳴ラマン分光計測法の開発を行った。反応スイッチングには、タンパク質分子に導入したアゾベンゼンなどの小分子の光反応を利用した。光スイッチングタンパク質の作製は、分光測定に必要な試料を十分に得ることができなかった。時間分解分光システムは、既存装置の改良を行い、対象とするタンパク質反応の追跡に十分な性能を持つことを実証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

分子光スイッチングは、生体分子の高速な構造制御を可能にする。ダイナミクス計測技術が進展し、スイッチ分子の多岐化・導入部位のノウハウの蓄積により、より汎用性の高い実験手法へと拡張できる。光スイッチングは、機能性高分子に対する応用も可能である。これにより、光を利用した機能性分子の反応制御が大いに期待できる。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (45件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (32件) (うち国際学会 6件、 招待講演 9件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Weizmann Institute of Science(イスラエル)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Cis-Trans Reisomerization Preceding Reprotonation of the Retinal Chromophore Is Common to the Schizorhodopsin Family: A Simple and Rational Mechanism for Inward Proton Pumping2024

    • 著者名/発表者名
      Taito Urui, Kouhei Hayashi, Misao Mizuno, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 128 号: 3 ページ: 744-754

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c07510

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Unique Vibrational Characteristics and Structures of the Photoexcited Retinal Chromophore in Ion-Pumping Rhodopsins2023

    • 著者名/発表者名
      Li Zixuan、Mizuno Misao、Ejiri Tomo、Hayashi Shigehiko、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 46 ページ: 9873-9886

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c02146

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Heme Pocket Structure and Its Functional Implications in an Ancestral Globin Protein2023

    • 著者名/発表者名
      Yu Iritani, Haruto Ishikawa, Misao Mizuno, and Yasuhisa Mizutani,
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 62 号: 18 ページ: 2727-2737

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.3c00203

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dependence of Vibrational Energy Transfer on Distance in a Four-helix Bundle Protein: Equidistant Increments with the Periodicity of α Helices2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yamashita,Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Yasuhisa Mizutani
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: - 号: 17 ページ: 3283-3290

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c00956

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cis-Trans Reisomerization Precedes Reprotonation of the Retinal Chromophore in the Photocycle of Schizorhodopsin 42022

    • 著者名/発表者名
      Hayashi Kouhei、Mizuno Misao、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 33

    • DOI

      10.1002/anie.202203149

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Contact-Mediated Retinal-Opsin Coupling Enables Proton Pumping in Gloeobacter Rhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Shionoya Tomomi、Mizuno Misao、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 40 ページ: 7857-7869

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c04208

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origin of a Double-Band Feature in the Ethylenic C=C Stretching Modes of the Retinal Chromophore in Heliorhodopsins2022

    • 著者名/発表者名
      Urui Taito、Das Ishita、Mizuno Misao、Sheves Mordechai、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 43 ページ: 8680-8688

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c04883

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] High Suitability of Tryptophan Residues as a Spectroscopic Thermometer for Local Temperature in Proteins under Nonequilibrium Conditions2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, Yasuhisa Mizutani
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 156 号: 7 ページ: 075101-075101

    • DOI

      10.1063/5.0079797

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Resonance Raman Determination of Chromophore Structures of Heliorhodopsin Photointermediates2021

    • 著者名/発表者名
      Urui Taito、Mizuno Misao、Otomo Akihiro、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 26 ページ: 7155-7162

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c04010

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Strongly hydrogen-bonded Schiff base and adjoining polyene twisting in the retinal chromophore of schizorhodopsins2021

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Shionoya, Misao Mizuno, Manish Singh, Hideki Kandori, and Yasuhisa Mizutani
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 60 号: 41 ページ: 3050-3057

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.1c00529

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 時間分解共鳴ラマン分光法によるイオンポンプロドプシンの構造ダイナミクス観測2023

    • 著者名/発表者名
      水野 操
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Observing of structural changes critical to the functioning of ion-pumping rhodopsins2023

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno
    • 学会等名
      9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex Systems (9IDMRCS)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 時間分解アンチストークスラマン分光法によるタンパク質分子内振動エネルギー移動の観測2023

    • 著者名/発表者名
      水野 操
    • 学会等名
      第23回日本光生物学協会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Unique vibrational characters and structures of the photoexcited retinal chromophore in ion-pumping rhodopsins2023

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno
    • 学会等名
      8th Asian Spectroscopy Conference (ASC2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Spatiotemporal mapping of vibrational energy flow in proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 時間分解共鳴ラマン分光法で観るタンパク質ダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      水野 操
    • 学会等名
      レーザー学会学術講演会第43回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 無蛍光性色素タンパク質による分子ヒーターの開発2023

    • 著者名/発表者名
      徳 さくらこ、水野 操、今村 博臣、村越 秀治、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ナトリウムイオン輸送タンパク質の多量体形成に依存した分子内水素結合変化2023

    • 著者名/発表者名
      中村 大輝、水野 操、大友 章裕、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] シゾロドプシンに共通する内向きプロトン輸送に重要な構造変化の同定2022

    • 著者名/発表者名
      潤井 泰斗、林 航平、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved resonance Raman observation of the photoexcited retinal chromophore in halorhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Zixuan Li, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ヘムタンパク質を用いた分子ヒーターの開発2022

    • 著者名/発表者名
      渡瀬 太郎、水野 操、石川 春人、水谷 泰久
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 祖先型グロビンフォールドタンパク質の構造ダイナミクスの解明2022

    • 著者名/発表者名
      入谷 悠、石川 春人、水野 操、水谷 泰久
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of intramolecular heat transfer mechanism for construction of highly effective photothermal protein heaters(高 効率光熱変換タンパク質ヒーター創出に向けた分子内熱伝導機構の解明)2022

    • 著者名/発表者名
      水野 操
    • 学会等名
      日本生物物理学会第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved anti-Stokes Raman Study on vibrational energy flow in proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno
    • 学会等名
      Taiwan-Japan International Symposium on Raman Spectroscopy / Development of Advanced Raman Spectroscopy in Japan and Taiwan
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Contact-Mediated Retinal-Opsin Coupling Enables Proton Pumping in Gloeobacter Rhodopsin2022

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Shionoya, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Identification of Structural Changes Essential to Inward Proton Transport Common to Schizorhodopsins2022

    • 著者名/発表者名
      Taito Urui, Kouhei Hayashi, Misao Mizuno, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis on the M intermediates of inward proton-pumping xenorhodopsins2022

    • 著者名/発表者名
      Kouhei Hayashi, Taito Urui, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yuki Sudo, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      19th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved Resonance Raman Observation of Quaternary Structural Changes of Dimeric Hemoglobin2022

    • 著者名/発表者名
      Xiang Gao, Misao Mizuno, Haruto Ishikawa, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved resonance Raman observation of the chromophore structure in primary intermediates of microbial rhodopsins2022

    • 著者名/発表者名
      Zixuan Li, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 共鳴ラマン分光法による祖先型グロビンフォールドタンパク質のヘム-軸配位子構造の解明2022

    • 著者名/発表者名
      入谷 悠、石川 春人、水野 操、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 内向きプロトンポンプシゾロドプシンにみられる複数のM中間体の発色団構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      林 航平、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of the chromophore structure in the photocycle of a new type of chloride ion-pumping rhodopsin2021

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno, Naito Ishimoto, Sam-Yong Park, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      Twentieth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction between retinal chromophore and opsin to enable proton transport in a light-driven proton pump GR2021

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Shionoya, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      Twentieth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Resonance Raman Determination of Chromophore Structures of Heliorhodopsin Photointermediates2021

    • 著者名/発表者名
      Taito Urui, Misao Mizuno, Akihiro Otomo, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      Twentieth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 新規光駆動塩化物イオンポンプの光反応中間体の発色団構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      水野操、石本 直偉士、朴 三用、水谷 泰久
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] レチナールアナログ置換によるヘリオロドプシン発色団の構造特異性の解明2021

    • 著者名/発表者名
      潤井 泰斗、水野 操、水谷 泰久
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Role of atomic contacts in vibrational energy transfer in protein2021

    • 著者名/発表者名
      Misao Mizuno
    • 学会等名
      Pacifichem2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光駆動プロトンポンプGRのプロトン輸送を誘起する発色団-オプシン相互作用2021

    • 著者名/発表者名
      塩谷 智巳、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ヘリオロドプシンの光サイクルにおけるレチナールシッフ塩基の水素結合強度の変遷2021

    • 著者名/発表者名
      潤井 泰斗、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 紫外共鳴ラマン分光法によるプロトンポンプGRのプロトン輸送過程におけるタンパク質構造変化2020

    • 著者名/発表者名
      塩谷 智巳、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      分子科学会オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 新規光受容タンパク質ヘリオロドプシンが持つ光反応中間体の発色団構造2020

    • 著者名/発表者名
      潤井泰斗、水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • 学会等名
      分子科学会オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Chromophore structure in a long-lived intermediate of heliorhodopsins: switching of a hydrogen bonding partner of protonated Schiff base2020

    • 著者名/発表者名
      Taito Urui, Akihiro Otomo, Misao Mizuno, Hideki Kandori, Yasuhisa Mizutani
    • 学会等名
      Asian Spectroscopy Conference 2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 京都大学大学院理学研究科化学専攻 量子化学分科 水野グループ

    • URL

      https://sites.google.com/kyoto-u.ac.jp/kuchem-mizuno/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 大阪大学大学院理学研究科化学専攻生物物理化学研究室

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/mizutani/index-jp.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書 2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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