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三重鎖形成ポリペプチド核酸プローブによる次世代RNA解析技術の創成

研究課題

研究課題/領域番号 20H02761
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分34020:分析化学関連
研究機関東北大学

研究代表者

西澤 精一  東北大学, 理学研究科, 教授 (40281969)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2021年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2020年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
キーワードペプチド核酸 / 三重鎖核酸形成 / リボソームRNA A-site / A型インフルエンザウイルスRNA / FIDアッセイ / 検出 / ノンコーディングRNA / 蛍光プローブ / 三重鎖形成
研究開始時の研究の概要

A型インフルエンザウイルスRNAプロモーター領域及びリボソームRNA A-siteは、阻害剤開発の重要なターゲットとなっている。本研究では、ペプチド核酸による三重鎖核酸形成に着目することで、RNA結合タンパクに匹敵する結合力と結合選択性、さらには深赤色蛍光検出機能を併せ持つRNA結合リガンドを開発、阻害剤開発支援のための蛍光インジケーターとしての有用性を実証する。さらに、阻害剤そのものとしての機能を評価するとともに、ウイルスRNA検出・細胞内RNAイメージングプローブとしての活用法を提案・実証する。以上により、生命科学研究に資する新しいRNA解析・制御技術(RNA結合リガンド)の創成を目指す。

研究成果の概要

リボソームRNAのA-site及びA型インフルエンザウイルス(IAV)RNAのプロモーター領域は、阻害剤開発の重要なターゲットとなっている。本研究では、ペプチド核酸による三重鎖核酸形成に着目することで、世界最強クラスの結合力を有する蛍光プローブを開発、阻害剤スクリーニング(FID法)における蛍光インジケーターとしての活用を提案した(Chem. Commun. 2020; Anal. Chem. 2022; Org. Biomol. Chem. 2023)。さらに、IAV RNA検出に適用できるのみならず、IAV RNAの転写・複製を阻害できることを示した(特願2020-129884)。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で開発した「三重鎖形成ペプチド核酸蛍光プローブ」は、既存プローブの性能を遥かに凌ぐ結合機能と検出機能を発現しており、阻害剤開発の要となる技術基盤(スクリーニング法)の発展のみならず、RNAを標的とする核酸医薬設計への貢献、さらにはRNA検出に基づくウイルス感染診断技術の創製など、RNA biology研究における強力な分子ツールになると期待できる。なお、本研究成果の一部は、英国王立化学会速報誌(Chem. Commun.)のFront Coverおよび米国化学会誌(Anal. Chem.)のSuppl. Cover Artとしてハイライトされた。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 7件、 招待講演 3件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Classical thiazole orange and its regioisomer as fluorogenic probes for nucleolar RNA imaging in living cells2023

    • 著者名/発表者名
      Mengmeng He, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      Analyst

      巻: 148 号: 3 ページ: 636-642

    • DOI

      10.1039/d2an01804g

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cationic oligopeptides with amino groups as synthetic nuclear localization signal (NoLS) for the rational design of nucleolus-staining probes2023

    • 著者名/発表者名
      Michiyuki Suzuki, Yusuke Sato, Nao Togashi, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 8 号: 10 ページ: 9592-9596

    • DOI

      10.1021/acsomega.3c00116

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Kinetic analysis for highly effective triplex formation between small molecule-peptide nucleic acid conjugate probe and Influenza A virus RNA promoter region at neutral pH2023

    • 著者名/発表者名
      Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      Org. Biomol. Chem.

      巻: - 号: 16 ページ: 3402-3410

    • DOI

      10.1039/d3ob00262d

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] シアニン色素擬塩基を有する三重鎖形成ペプチド核酸プローブによるRNA二重鎖構造蛍光検出2022

    • 著者名/発表者名
      西澤精一, 佐藤貴哉, LEE En Ting Tabitha, 坂本直柔, 千葉年輝, 田邉貴昭, 芳野幸奈, 高橋勇樹, 佐藤雄介
    • 雑誌名

      分析化学

      巻: 71 号: 3 ページ: 133-144

    • DOI

      10.2116/bunsekikagaku.71.133

    • ISSN
      0525-1931
    • 年月日
      2022-03-05
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fluorescence sensing of the panhandle structure of the influenza A virus RNA promoter by thiazole orange base surrogate-carrying PNA conjugated with small molecule2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Hiromasa Miura, Takaaki Tanabe, Chioma Uche Okeke, Akiko Kikuchi, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      Anal. Chem.

      巻: 94 号: 22 ページ: 7814-7822

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c05488

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] rRNAを標的とする蛍光プローブの分子設計: FID法における蛍光インジケータと生細胞核小体イメージング蛍光色素2021

    • 著者名/発表者名
      西澤精一, LEE En Ting Tabitha, 芳野幸奈, 矢島さやか, 六川正文, 佐藤雄介
    • 雑誌名

      分析化学

      巻: 70 号: 12 ページ: 703-714

    • DOI

      10.2116/bunsekikagaku.70.703

    • NAID

      130008162176

    • ISSN
      0525-1931
    • 年月日
      2021-12-05
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] HIV-1 TAR RNAを標的とする蛍光インジケータ: モノメチンシアニン色素チアゾールオレンジの機能評価とFIDアッセイへの適用2021

    • 著者名/発表者名
      伊東良子, 佐藤雄介, 寺前紀夫, 西澤精一
    • 雑誌名

      分析化学

      巻: 70 号: 3 ページ: 149-157

    • DOI

      10.2116/bunsekikagaku.70.149

    • NAID

      130008027528

    • ISSN
      0525-1931
    • 年月日
      2021-03-05
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spectroscopic, Thermodynamic and Kinetic Analysis of Selective Triplex Formation by Peptide Nucleic Acid with Double-stranded RNA over its DNA Counterpart2021

    • 著者名/発表者名
      Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      Biopolymers

      巻: 113 号: 1

    • DOI

      10.1002/bip.23474

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Deep-red fluorogenic cyanine dyes carrying amino group-terminated side chain for the improved RNA detection and nucleolar RNA imaging2021

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Yugo Igarashi, Michiyuki Suzuki, Kei Higuchi, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      RSC Adv.

      巻: 11 号: 56 ページ: 35436-35439

    • DOI

      10.1039/d1ra05872j

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Small Molecule-PNA Oligomer Conjugates for rRNA A-site at neutral pH for FID Assays2020

    • 著者名/発表者名
      En Ting Tabitha Lee, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 56 号: 95 ページ: 14976-14979

    • DOI

      10.1039/d0cc06084d

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RNA解析・生細胞イメージングのための深赤色蛍光色素2020

    • 著者名/発表者名
      西澤精一、佐藤雄介
    • 雑誌名

      ぶんせき

      巻: 11 ページ: 450-454

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 三重鎖形成ペプチド核酸プローブによるRNA二重鎖構造検出2022

    • 著者名/発表者名
      西澤精一
    • 学会等名
      第39回無機・分析化学コロキウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Design of Thiazole Orange Base Surrogate- carrying PNA conjugate with Small Molecule for Strong Binding towards the Promoter Region of Influenza A Virus (IAV) RNA2022

    • 著者名/発表者名
      Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yuki Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      みちのく分析科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] カチオン性オリゴペプチドを基盤とした核小体 RNA イメージングプローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木理志、佐藤雄介、富樫奈央、西澤精一
    • 学会等名
      みちのく分析科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Synthesis and Evaluation of Thiazole Orange Derivatives for Nucleolar RNA Imaging in Living Cells2022

    • 著者名/発表者名
      He Mengmeng, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      みちのく分析科学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A型インフルエンザRNAプロモーター領域を標的とした三重鎖形成性PNAを基盤とする蛍光プローブの設計と応用2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤雄介、三浦弘真、田邊貴昭、西澤精一
    • 学会等名
      バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] カチオン性オリゴペプチドを基盤としたリボソームRNAイメージングプローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木理志、佐藤雄介、富樫奈央、西澤精一
    • 学会等名
      バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] カチオン性短鎖ペプチドを基盤とした核小体RNAイメージングプローブの合成と機能評価2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木理志、佐藤雄介、富樫奈央、西澤精一
    • 学会等名
      日本分析化学会第71年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 生命現象を分子レベルで解明するための ケミカルプローブの創成と応用2022

    • 著者名/発表者名
      西澤精一
    • 学会等名
      日本分析化学会北海道支部講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Designing Probes for Fluorescent Indicator Displacement Assays Targeting RNA2021

    • 著者名/発表者名
      Lee En Ting Tabitha
    • 学会等名
      第38回無機・分析化学コロキウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生細胞RNAイメージング・検出プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      西澤精一
    • 学会等名
      日本分析化学会第70年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] カチオン性ペプチドを基盤としたRNA検出プローブの合成と機能評価2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
    • 学会等名
      日本分析化学会第70年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Design of Thiazole Orange Base Surrogate-carrying PNA Conjugated with Small Molecule for Strong Binding toward the Promoter Region of Influenza A Virus (IAV) RNA2021

    • 著者名/発表者名
      Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      ASIAN CONFERENCE ON ANALYTICAL SCIENCES 2021 (ASIANALYSIS XV)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Small Molecule-PNA Oligomer Conjugates for rRNA A-site at Neutral pH for FID Assays2021

    • 著者名/発表者名
      En Ting Tabitha Lee, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      ASIAN CONFERENCE ON ANALYTICAL SCIENCES 2021 (ASIANALYSIS XV)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Effect of the linker length of Thiazole Orange Base Surrogate in the Peptide Nucleic Acid-DPQ Conjugate on the Binding and Fluorescence Sensing of the Promoter Region of Influenza A Virus RNA2021

    • 著者名/発表者名
      Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      The 5th Symposium for the Core Research Clusters for Material Science and Spintronics and The 4th Symposium on International Joint Graduated Program in Materials Science
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Design of Binder with Enhanced Binding Affinity for the Promoter Region of Influenza A Virus (IAV) RNA2021

    • 著者名/発表者名
      Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      The 5th Symposium for the Core Research Clusters for Material Science and Spintronics and The 4th Symposium on International Joint Graduated Program in Materials Science
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Small molecule-PNA oligomer conjugates for rRNA A-site at neutral pH for FID assays2021

    • 著者名/発表者名
      En Ting Tabitha Lee, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      ISNAC2021 第48回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第5回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Design of bright yellow fluorogenic probes based on benzo[c,d]indole-containing cyanine dyes for RNA imaging in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Kei Higuchi, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      ISNAC2021 第48回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第5回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Fluorescence sensing of influenza A virus RNA promoter by thiazole orange base surrogate-carrying PNA conjugated with small molecule2021

    • 著者名/発表者名
      Hiromasa Miura, Takaaki Tanabe, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • 学会等名
      ISNAC2021 第48回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第5回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [備考] A型インフルエンザウイルスRNAと結合して蛍光検出する分子プローブを開発

    • URL

      https://www.tohoku.ac.jp/japanese/2022/05/press20220523-04-flu.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] RNA検出用蛍光色素及びその使用方法2021

    • 発明者名
      西澤精一, 佐藤雄介, 芳野幸奈, 富樫奈央, 樋口啓
    • 権利者名
      西澤精一, 佐藤雄介, 芳野幸奈, 富樫奈央, 樋口啓
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 取得年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] ウイルスRNAの複製と転写を阻害する複合体2020

    • 発明者名
      佐藤雄介, 西澤精一, 田邊貴昭ら
    • 権利者名
      佐藤雄介, 西澤精一, 田邊貴昭ら
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2020-129884
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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