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機能性核酸アプタマーを用いたタンパク質間相互作用の汎用計測・制御法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20H02769
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分34020:分析化学関連
研究機関熊本大学

研究代表者

井原 敏博  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 教授 (40253489)

研究分担者 勝田 陽介  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 准教授 (50632460)
北村 裕介  熊本大学, 大学院先端科学研究部(工), 助教 (80433019)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2021年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2020年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワードRNAアプタマー / タンパク質間相互作用 / PPI / GFP / 進化分子工学 / アプタマー / アントラセン光二量化 / 発光性希土類錯体 / 競合反応 / 核酸コンジュゲート / 光制御 / 希土類錯体 / DNAサーキット
研究開始時の研究の概要

極めて多様で複雑なタンパク質間相互作用(PPI)の研究に対応できる汎用の研究法の開発が望まれている。本研究では標的タンパク質に結合して関連するPPIと競合する核酸アプタマーを選択的に取得し、そのアプタマーを用いた標的PPIの新規 a)モニタリング、および b)可逆的制御法を提案する。DNA/RNAは化学合成が可能であるので安価であり、化学修飾により多様な機能を付与することが可能である。核酸化学を利用したPPI研究へのアプローチは前例がない。学術的価値は極めて高く、汎用の新規化学的アプローチによるPPI研究のさらなる活性化に資することができる。

研究成果の概要

タンパク質間相互作用(PPI)の研究の重要性は広く認識されており、この極めて多様で複雑な研究対象に対応できる汎用の研究法の開発が望まれている。本研究では標的タンパク質に結合して関連するPPIと競合する核酸アプタマーを取得し、標的PPIの可逆的制御法を提案する。取得した核酸アプタマーのスプリットGFP(モデルタンパク質)の再構成に与える影響を観察した。
アプタマーのKiは、μMオーダーであった。これらのアプタマーは細胞中で発現させ、同じ細胞中に共発現させたスプリットGFPの再構成も強く阻害することを確認することができた。この阻害能はアプタマーの相補鎖を導入することで可逆的に中和することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヒトの場合、約3万のタンパク質が存在し、その複合体は65万以上と言われているが、その主役である多くのタンパク質は未だその機能が解明されていない。疾病の原因となるタンパク質間相互作用(PPI)が特定できれば、そのPPIを調整することがその治療に繋がるため特定のPPIを阻害するタイプの分子を取得することが殆どの製薬の目標となっている。核酸アプタマーはいわゆる中分子のサイズであり、小分子にはできない浅く広いPPI面に結合することが可能である。本研究では試験管中だけでなく細胞中においてもアプタマーで標的PPIを阻害できたこと、さらに、アプタマーの相補鎖により阻害を中和できることを示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 1件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] RNA Aptamer-based Approach to Inhibiting Split-GPT Reconstruction and the Loss of Inhibitory Activity Using Complementary RNA2023

    • 著者名/発表者名
      T. Kamura, Y. Katsuda, Y. Fuchigami, Y. Itsuki, Y. Kitamura, T. Sakurai, T. Ozawa, T. Ihara
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. J.

      巻: 96 号: 3 ページ: 241-246

    • DOI

      10.1246/bcsj.20220331

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fabrication of Three-dimensionally Deformable Metal Structures Using Precision Electroforming2022

    • 著者名/発表者名
      S. Kumamoto, S. Fukuyama, S. Nagano, K. Yasuda, Y. Kitamura, M. Iwatsuki, H. Baba, T. Ihara, Y. Nakanishi, Y. Nakashima
    • 雑誌名

      Micromachines

      巻: 13 号: 7 ページ: 1046-1046

    • DOI

      10.3390/mi13071046

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Small molecule-based detection of non-canonical RNA G-quadruplex structures that modulate protein translation2022

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Katsuda, Shin-ichi Sato, Maimi Inoue, Hisashi Tsugawa, Takuto Kamura, Tomoki Kida, Rio Matsumoto, Sefan Asamitsu, Norifumi Shioda, Shuhei Shiroto, Yoshiki Oosawatsu, Kenji Yatsuzuka, Yusuke Kitamura, Masaki Hagihara, Toshihiro Ihara and Motonari Uesugi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 50 号: 14 ページ: 8143-8153

    • DOI

      10.1093/nar/gkac580

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Catalytic Amplification of Electrochemical Signal in Homogeneous Solution Using an Entropy-driven DNA Circuit2021

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Keisuke Yoshimura, Ryo Kuramoto, Yousuke Katsuda, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 37 号: 3 ページ: 533-537

    • DOI

      10.2116/analsci.20SCN04

    • NAID

      130007996267

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2021-03-10
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of cancer cells in whole blood using a dynamic deformable microfilter and a nucleic acid aptamer2021

    • 著者名/発表者名
      Fukuyama Soichiro、Kumamoto Seitaro、Nagano Seiya、Hitotsuya Shoma、Yasuda Keiichiro、Kitamura Yusuke、Iwatsuki Masaaki、Baba Hideo、Ihara Toshihiro、Nakanishi Yoshitaka、Nakashima Yuta
    • 雑誌名

      Talanta

      巻: 228 ページ: 122239-122239

    • DOI

      10.1016/j.talanta.2021.122239

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cysteine hydropersulfide inactivates β-lactam antibiotics to form ring opened carbothioic S-acids in bacteria.2021

    • 著者名/発表者名
      Ono, K., Kitamura, Y., Zhang, T., Tsutsuki, H., Rahman, A., Akaike, T., Ihara, T., Sawa, T.
    • 雑誌名

      ACS Chem Biol.

      巻: 16 号: 4 ページ: 731-739

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00027

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Electrochemical Molecular Beacon for Nucleic Acid Sensing in a Homogeneous Solution2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke KITAMURA, Kotaro MISHIO, Pelin ARSLAN, Boui IKEDA, Chiharu IMOTO, Yousuke KATSUDA, Toshihiro IHARA
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 8 ページ: 959-964

    • DOI

      10.2116/analsci.19P456

    • NAID

      130007886432

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-08-10
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Xylitol Separation from a Polyol Mixture Using Lanthanide Ion-loaded Resins2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Rika Shobu, Hirotaka Matsuura, Akinori Jyo, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 6 ページ: 769-773

    • DOI

      10.2116/analsci.19N032

    • NAID

      130007853445

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-06-10
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A RuO<sub>2</sub> Nanosheet as a Novel Quencher-free Platform for the Detection of Nucleic Acids in a Homogeneous Solution2020

    • 著者名/発表者名
      KITAMURA Yusuke、TANIGUCHI Takaaki、TSUTSUMI Miwako、NURDIWIJAYANTO Leanddas、MATSUO Tomoya、KATSUDA Yousuke、IHARA Toshihiro
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 36 号: 4 ページ: 397-400

    • DOI

      10.2116/analsci.20C004

    • NAID

      130007830180

    • ISSN
      0910-6340, 1348-2246
    • 年月日
      2020-04-10
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic formation of luminescent lanthanide complexes using an entropy-driven DNA circuit2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Yukina Azuma, Yousuke Katsuda, Toshihiro Ihara
    • 雑誌名

      Chemical communications

      巻: 56 号: 27 ページ: 3863-3863

    • DOI

      10.1039/d0cc00602e

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Detection of prostate-specific antigen in semen using DNA aptamers: an application of nucleic acid aptamers in forensic body fluid identification2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Satoh, Seiya Kouroki, Yusuke Kitamura, Toshihiro Ihara, Kazutoshi Matsumura, Susumu Iwase
    • 雑誌名

      Analytical methods

      巻: 12 号: 21 ページ: 2703-2703

    • DOI

      10.1039/d0ay00371a

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A dynamically deformable microfilter for selective separation of specific substances in microfluidics2020

    • 著者名/発表者名
      Seitaro Kumamoto, Kenshiro Nakatake, Souichiro Fukuyama, Keiichiro Yasuda, Yusuke Kitamura, Masaaki Iwatsuki, Hideo Baba, Toshihiro Ihara, Yoshitaka Nakanishi, Yuta Nakashima
    • 雑誌名

      Biomicrofluidics

      巻: 14 号: 6 ページ: 064113-064113

    • DOI

      10.1063/5.0025927

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] G-quadruplexes in mRNA: A key structure for biological function2020

    • 著者名/発表者名
      Kamura Takuto、Katsuda Yousuke、Kitamura Yusuke、Ihara Toshihiro
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 526 号: 1 ページ: 261-266

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.02.168

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cooperative recognition of a repetitive sequence through consecutive formation of triplex and duplex structures2019

    • 著者名/発表者名
      Kitamura Yusuke、Nagai Koki、Furuzono Tomohiro、Katsuda Yousuke、Ihara Toshihiro
    • 雑誌名

      Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids

      巻: 39 号: 1-3 ページ: 97-108

    • DOI

      10.1080/15257770.2019.1679833

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] RNA高次構造変化に伴う新規核酸医薬技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      勝田陽介、嘉村匠人、木田朋輝、北村裕介、佐藤慎一、萩原正規、井原敏博
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第16年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 新規パーキンソン病治療薬開発に向けたStaple核酸による遺伝子発現制御2022

    • 著者名/発表者名
      五木結愛、勝田陽介、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第16年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 人工核酸型Staple核酸の遺伝子発現抑制に基づく心肥大の進行阻害評価2022

    • 著者名/発表者名
      木田朋輝、勝田陽介、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会 第7回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] RNA特殊構造構築技術を基盤とした肺動脈性肺高血圧症治療薬の開発2022

    • 著者名/発表者名
      嘉村匠人、勝田陽介、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会 第7回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Staple核酸の技術拡張および課題克服法2022

    • 著者名/発表者名
      勝田陽介、嘉村匠人、木田朋輝、嘉藤美来、成原千沙、北村裕介、井原敏博
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会 第7回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 連鎖的な核酸の鎖交換反応を利用した血中循環腫瘍細胞の高感度検出法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元駿平、荒谷知弥、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、 勝田陽介、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      第71回 高分子討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗EpCAMアプタマー修飾金フィルターを用いたCTCの捕捉2022

    • 著者名/発表者名
      林榛菜、北村裕介、中島雄太、安田敬一郎、岩槻政晃、熊本清太郎、勝田陽介、中西義孝、馬場秀夫、井原敏博
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 次世代型核酸医薬を志向した RNA hacking 技術による in vivo 遺伝 子発現抑制 -心肥大モデルマウスを利用したフェノタイプ解析-2022

    • 著者名/発表者名
      嘉村匠人、勝田陽介、中村太志、辻田賢一、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] DNAサーキットによる自発的発光増幅を利用した血 中循環腫瘍細胞の簡易検出2022

    • 著者名/発表者名
      阪元駿平、北村裕介、荒谷知弥、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、勝田陽介、馬場秀夫、 中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第71年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Detection of circulating tumor cells using anti-EpCAM aptamer2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kitamura, Shunpei Sakamoto, Haruna Hayashi, Yuta Nakashima, Keiichiro Yasuda, Masaaki Iwatsuki, Seitaro Kumamoto, Yousuke Katsuda, Hideo Baba, Toshihiro Ihara
    • 学会等名
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核酸医薬への応用を目指したStaple XNAsによる標的遺伝子発現制御2021

    • 著者名/発表者名
      木田朋耀、勝田陽介、嘉村匠人、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of a nucleic acid medicine based on the formation of RNA G-quadruplex structure2021

    • 著者名/発表者名
      T. Kamura, Y. Katsuda, T. Nakamura, K. Tsujita, Y. Kitamura, M. Hagihara, S. Sato, T. Ihara
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第6回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した腫瘍細胞の高感度検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、勝田陽介、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      第70回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸医薬への応用を指向したStaple XNAsによる標的遺伝子発現抑制2021

    • 著者名/発表者名
      木田朋輝、勝田陽介、北村裕介、萩原正規、佐藤慎一、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した血中循環腫瘍細胞の検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、中島雄太、岩槻政晃、安田敬一郎、熊本清太郎、勝田陽介、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNAコンジュゲートの光二量化を利用した二本鎖DNAの特異的認識2021

    • 著者名/発表者名
      西村健人、北村裕介、勝田陽介、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Non-canonical ruleにより形成されたNon-canonical structureの発見2021

    • 著者名/発表者名
      松本理緒、勝田陽介、佐藤慎一、北村裕介、萩原正規、上杉志成、井原敏博
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用した発光シグナルの増幅と血中循環腫瘍細胞の検出2021

    • 著者名/発表者名
      北村裕介、阪元峻平、勝田陽介、中島雄太、安田敬一郎、岩槻正晃、馬場秀夫、中西義孝、井原敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第70年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Regulation of DNAzyme activity and gene expression by structure control of relevant DNA/RNA2021

    • 著者名/発表者名
      T. Ihara, T. Kamura, H. Ohura, Y. Kitamura, S. Sato, M. Hagihara, Y. Katsuda
    • 学会等名
      Asian Conference on Analytical Sciences 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Next generation nucleic-acid medicine that suppresses gene expression by the induction of RNA structure2021

    • 著者名/発表者名
      T. Kida, Y. Katsuda, T. Kamura, Y. Kitamura, M. Hagihara, S. Sato, T. Ihara
    • 学会等名
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核酸化学に基づいて生命現象を診る・制御する2020

    • 著者名/発表者名
      井原敏博
    • 学会等名
      2020年 日本化学会九州支部秋期研究発表会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内microRNAの高感度検出を目的とした新規リボスイッチの開発2020

    • 著者名/発表者名
      吉田 翔;勝田 陽介;北村 裕介;佐藤 慎一;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ルテニウム-白金複合錯体を鋳型特異的に放出するDNAプローブの合成とその遺伝子解析への応用2020

    • 著者名/発表者名
      小嶋 美鈴;北村 裕介;勝田 陽介;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 核酸の連鎖的鎖交換反応を利用したシグナル増幅型腫瘍細胞検出法の開発2020

    • 著者名/発表者名
      北村 裕介;工藤 悠暉;勝田 陽介;中島 雄太;安田 敬一郎;熊本 清太郎;岩槻 政晃;馬場 秀夫;中西 義孝;井原 敏博
    • 学会等名
      日本分析化学会第69年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] アントラセン光二量化反応を利用した鎖乗り換え型三本鎖核酸の形成2020

    • 著者名/発表者名
      小嶋 美鈴;西村 健人;北村 裕介;勝田 陽介;井原 敏博
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] RNA高次構造の分割と再構成による新規リボスイッチの設計2020

    • 著者名/発表者名
      吉田 翔;勝田 陽介;佐藤 慎一;北村 裕介;井原 敏博
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 核酸科学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      日本核酸化学会(分担執筆)
    • 総ページ数
      576
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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