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ゲノム編集システムを利用した高効率クエン酸生産糸状菌の育種

研究課題

研究課題/領域番号 20H02906
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分38020:応用微生物学関連
研究機関早稲田大学

研究代表者

桐村 光太郎  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (90195412)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
13,520千円 (直接経費: 10,400千円、間接経費: 3,120千円)
2022年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2021年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2020年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
キーワードアスペルギルス属糸状菌 / クエン酸排出タンパク / クエン酸発酵 / ゲノム解析 / ゲノム編集 / マイコトキシン(カビ毒) / ミトコンドリア局在型有機酸輸送体 / 代謝工学 / Aspergillus niger / Aspergillus tubingensis / クロコウジカビ / マイコトキシン / citric acid production / CRISPR/Cas9 / genome editing / transporters / citric acid / organic acid transport / mitochondria / Aspergillus tubingensis
研究開始時の研究の概要

本研究では、クエン酸高生産糸状菌(カビ)であるAspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223Lを宿主としてCRISPR/Cas9システムを用いたゲノム編集法を確立し、有機酸生産菌の育種に利用する。クエン酸生産の場であるミトコンドリアに局在する有機酸輸送体および細胞膜の有機酸輸送体の機能をゲノム編集を用いて効率的かつ網羅的に解析する。また、それらの自在な遺伝子改変による最適な輸送系の再構築を通じてクエン酸超高生産菌や有用有機酸生産菌を創製する。

研究成果の概要

クエン酸高生産糸状菌におけるクエン酸生産機構の解明を目指し、ミトコンドリアの有機酸輸送体およびサイトゾルのクエン酸排出タンパク遺伝子の機能解析を行った。具体的には、種々の輸送体遺伝子の網羅的な機能解析を可能とする新規ゲノム編集法を開発し、クエン酸生産に寄与するミトコンドリアの輸送体遺伝子を見出した他、クエン酸自体の輸送を担う2種の遺伝子を特定した。また、クエン酸排出タンパク遺伝子を高発現させることで高効率な生産菌の育種にも成功した。さらにクエン酸生産菌の安全性の検証法の確立や新規クエン酸高生産菌のゲノム解析も行った。以上より、工業的クエン酸生産菌に関する育種の基盤技術の整備を成し遂げた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

クエン酸はSDGsの観点から生産・利用が推奨されるバイオベース有機酸の一種であり、その工業的発酵にはアスペルギルス属糸状菌が用いられている。クエン酸の需要は近年さらに増加しており、生産菌の育種(改良)は極めて重要である。本研究では、ミトコンドリアでの有機酸の輸送機構および細胞内からのクエン酸排出機構に基づく新規な育種法の指針を示した。また、クエン酸発酵という特異な微生物機能に対する新たな知見を得たことは学術的研究としても意義深い。さらに、本研究では工業的クエン酸発酵菌のリソースの拡大や安全性の評価法を確立している。以上に鑑みて、本研究はクエン酸の工業発酵の将来的な拡大に貢献する成果を挙げた。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (10件)

  • [雑誌論文] Draft Genome Sequence of Aspergillus lacticoffeatus WU-2020, a Citric Acid Producer Suitable for Solid Culture That Belongs To Aspergillus Section <i>Nigri</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Isato、Takahashi Hiroki、Kusuya Yoko、Yaguchi Takashi、Shibata Akira、Kirimura Kohtaro
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 12 号: 1

    • DOI

      10.1128/mra.01093-22

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] クエン酸高生産菌<i>Aspergillus tubingensis</i>(<i>A. niger</i>)WU-2223Lのマイコトキシン非生産性:ゲノム配列情報と代謝産物の解析に基づく生物的安全性の検証2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Isato、Nakagawa Hiroyuki、Kirimura Kohtaro
    • 雑誌名

      マイコトキシン

      巻: 72 号: 2 ページ: 75-83

    • DOI

      10.2520/myco.72-2-3

    • ISSN
      0285-1466, 1881-0128
    • 年月日
      2022-07-31
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノム編集システムを利用した有機酸輸送系の改変による高効率クエン酸生産糸状菌の育種2022

    • 著者名/発表者名
      桐村 光太郎
    • 雑誌名

      IFO Research Communications

      巻: 36 ページ: 51-51

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 1)Rapid and marker-free gene replacement in citric acid-producing Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L by the CRISPR/Cas9 system-based genome editing technique using DNA fragments encoding sgRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka, I. and Kirimura, K.
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: in press 号: 6 ページ: 579-588

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.01.011

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Constitutive production of aconitate isomerase by Pseudomonas sp. WU-0701 in relation to trans-aconitic acid assimilation2021

    • 著者名/発表者名
      Takiguchi Arisa、Yoshioka Isato、Oda Yunosuke、Ishii Yoshitaka、Kirimura Kohtaro
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 131 号: 1 ページ: 47-52

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.09.003

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 3)Draft genome sequence of Aspergillus tubingensis WU-2223L, a citric acid-producing filamentous fungus belonging to Aspergillus section Nigri2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka, I., Takahashi, H., Kusuya, Y., Yaguchi, T., and Kirimura, K.
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 33

    • DOI

      10.1128/mra.00702-20

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 代謝産物とゲノム解析ゲノムに基づいたクエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lのカビ毒非生産の検証2023

    • 著者名/発表者名
      吉岡育哲、中川博之、桐村光太郎
    • 学会等名
      日本マイコトキシン学会第88回学術講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 固体培養に適したクエン酸高生産糸状菌Aspergillus lacticoffeatus WU-2020 のゲノム配列の決定2022

    • 著者名/発表者名
      柴田朗、吉岡育哲、高橋弘喜、矢口貴志、桐村光太郎
    • 学会等名
      第74回(2022年)日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 糸状菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lにおけるクエン酸排出タンパク遺伝子cexAの高発現によるメタノール効果非依存性のクエン酸高生産2022

    • 著者名/発表者名
      吉岡育哲、岡村隼杜、桐村光太郎
    • 学会等名
      第74回(2022年)日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] クエン酸高生産糸状菌 Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L の育種を目的とした CRISPR/Cas9 システムを利用した遺伝子置換法の開発2021

    • 著者名/発表者名
      吉岡 育哲, 桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本生物工学会大会 (沖縄、オンライン開催) 講演要旨集 G2H1 (0310),p. 103, 2021年10月.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Xanthomonas campestris WU-9701由来グルコース転移酵素XgtAの固定化および Ethyl &#61537;-D-glucopyranosideの選択的生産への応用2021

    • 著者名/発表者名
      曹 偉, 神戸 友美, 石井 義孝, 桐村 光太郎
    • 学会等名
      第73回 (2021年) 日本生物工学会大会 (沖縄、オンライン開催) 講演要旨集 G2H4 (0113), p. 122, 2021年10月.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Xanthomonas campestris WU-9701由来グルコース転移酵素XgtAによるalkyl α-D-glucopyranosidesの酵素的生産2021

    • 著者名/発表者名
      曹 偉, 渡邊 理沙, 石井 義孝, 桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会 (京都) 講演要旨集 3C05-03, 2022年3月
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ゲノムおよび代謝産物の分析に基づくクエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223Lのマイコトキシン非生産性の検証2021

    • 著者名/発表者名
      柴田 朗, 吉岡 育哲, 中川 博之, 桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会 (京都) 講演要旨集 4B02-11, 2022年3月.
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223L のドラフトゲノムの決定(Draft genome sequencing of Aspergillus tubingensis WU-2223L, a citric acid hyperproducer)2021

    • 著者名/発表者名
      吉岡 育哲、高橋 弘喜、楠屋 陽子、矢口 貴志、桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム編集システムを用いたクエン酸生産糸状菌におけるミトコンドリア局在型クエン酸輸送体遺伝子ノックアウト株の作製と性能評価(Properties of knock-out strains generated by the genome editing system in relation to genes encoding mitochondrial organic acid transporter proteins in citric acid-producing Aspergillus tubingensis WU-2223L)2021

    • 著者名/発表者名
      大浦 智之、吉岡 育哲、脇本 紗梨、桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] III 型PKS を利用したmethylmalonyl-CoA からの新規多置換芳香族化合物の合成(Synthesis of novel polysubstituted aromatic compounds from methylmalonyl-CoA by a type III polyketide synthase)2021

    • 著者名/発表者名
      飯塚 恭平、石井 義孝、桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会(仙台)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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