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アカメは“いま”何個体いるのか?―マルチコホートCKMR法による個体数推定

研究課題

研究課題/領域番号 20H03012
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分39060:生物資源保全学関連
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

高橋 洋  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産大学校, 准教授 (90399650)

研究分担者 中山 耕至  京都大学, 農学研究科, 助教 (50324661)
橋口 康之  大阪医科薬科大学, 医学部, 講師 (70436517)
秋田 鉄也  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (60625507)
武島 弘彦  福井県立大学, 海洋生物資源学部, 客員研究員 (50573086)
小関 右介  大妻女子大学, 家政学部, 准教授 (00513772)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2022年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2020年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワード遺伝的多様性 / 個体数推定
研究開始時の研究の概要

本研究は,脊椎動物の中で最も遺伝的多様性が低く,生活史の多くが不明である“幻の魚”アカメについて,遺伝資源の保全・管理の根幹をなすパラメータである現在の有効集団サイズ(Ne)を明らかすることを目的とする。そのために,複数年級群からサンプリングされた当歳魚の血縁関係に基づく新たな遺伝的標識再捕法の理論を構築し,それに基づいてアカメが現在何個体いるのかを推定する。得られた結果に基づき,定量的採集が困難な海洋生物の保全に新たな道筋を示すとともに,国と県で異なる本種の保全策の統一に役立つ情報を得る。

研究成果の概要

本研究は,脊椎動物の中で最も遺伝的多様性が低く,生活史の多くが不明である“幻の魚”アカメについて,遺伝資源の保全・管理の根幹をなすパラメータである現在の有効集団サイズ(Ne)を明らかすることを目的とした。そのために,複数年級群からサンプリングされた当歳魚の血縁関係に基づく新たな遺伝的標識再捕(CKMR)の理論を構築し,それに基づいて現在のNeを推定した。全ゲノムシーケンスデータから年級群間の半兄弟関係ペア数を推定し,CKMRによりNe推定を行ったところ,対象期間の成魚数は489-1263個体の範囲と推定された。またその過程で,推定精度向上に必要な生態学的情報などの洗い出しも行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

種の個体数は遺伝資源の保全・管理に必須のパラメータであるにもかかわらず,多くの種,特に成体の定量的採集の困難な海洋生物においては,その推定は極めて困難である。本研究は,脊椎動物中最も遺伝的多様性が低く,“幻の魚”と呼ばれる大型魚アカメについて,成魚の採集によらない,遺伝標識再捕(CKMR)法に基づく個体数推定を行い,研究期間中の成魚個体数を一定の精度で明らかにした。本研究で実践された個体数推定法およびそのための理論構築は,定量的採集が困難な海洋生物の保全・管理に新たな道筋を示すとともに,アカメの極めて低い遺伝的多様性の謎を解明し,国と県で統一されていない保全策にも一石を投ずると期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 5件、 査読あり 18件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Genotyping of two congeneric bitterling fish species by nuclear SNP markers and the detection of hybridization in a sympatric region2023

    • 著者名/発表者名
      Hata Hiroki、Taniguchi Rintaro、Yamashita Naoki、Hashiguchi Yasuyuki、Nakajima Jun、Takeyama Tomohiro
    • 雑誌名

      Ecological Research

      巻: - 号: 4 ページ: 571-582

    • DOI

      10.1111/1440-1703.12387

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The detailed population genetic structure of the rare endangered latid fish akame Lates japonicus with extremely low genetic diversity revealed from single-nucleotide polymorphisms2023

    • 著者名/発表者名
      Naito Takuya、Nakayama Kouji、Takeshima Hirohiko、Hashiguchi Yasuyuki、Akita Tetsuya、Yamasaki Yo Y.、Mishina Tappei、Takeshita Naohiko、Nagano Atsushi J.、Takahashi Hiroshi
    • 雑誌名

      Conservation Genetics

      巻: online 号: 4 ページ: 1-13

    • DOI

      10.1007/s10592-023-01517-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Recent reduction of genetic diversity in markless form of the red-spotted masu salmon Oncorhynchus masou ishikawae in the Ono River, Kyushu, Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Kitanishi Shigeru、Kondou Takuya、Takahashi Hiroshi、Takeshita Naohiko、Nagata Shingo、Edo Kaneaki
    • 雑誌名

      Conservation Genetics

      巻: - 号: 4 ページ: 489-499

    • DOI

      10.1007/s10592-023-01515-4

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolution of the noncoding features of sea snake mitochondrial genomes within Elapidae2022

    • 著者名/発表者名
      Xiaokaiti Xiakena、Hashiguchi Yasuyuki、Ota Hidetoshi、Kumazawa Yoshinori
    • 雑誌名

      Genes

      巻: 13 号: 8 ページ: 1470-1470

    • DOI

      10.3390/genes13081470

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ancient Admixture in Freshwater Halfbeaks of the Genus Nomorhamphus in Southeast Sulawesi2022

    • 著者名/発表者名
      Nofrianto Andy B.、Lawelle Sjamsu A.、Mokodongan Daniel F.、Masengi Kawilarang W. A.、Inomata Nobuyuki、Hashiguchi Yasuyuki、Kitano Jun、Sumarto Bayu K. A.、Kakioka Ryo、Yamahira Kazunori
    • 雑誌名

      Zoological Science

      巻: 39 号: 5 ページ: 453-458

    • DOI

      10.2108/zs220023

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Estimating contemporary migration numbers of adults based on kinship relationships in iteroparous species2022

    • 著者名/発表者名
      Akita Tetsuya
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources

      巻: 22 号: 8 ページ: 3006-3017

    • DOI

      10.1111/1755-0998.13682

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Local Adaptation and the Evolution of Genome Architecture in Threespine Stickleback2022

    • 著者名/発表者名
      Qiushi Li、Dorothea Lindtke、Carlos Rodriguez-Ramirez、Ryo Kakioka、Hiroshi Takahashi、Atsushi Toyoda、Jun Kitano、Rachel L. Ehrlich、Joshua Chang Mell、Sam Yeaman
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 14(6) 号: 6

    • DOI

      10.1093/gbe/evac075

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Effect of salinity on nest building behaviour in the nine‐spined stickleback <i>Pungitius sinensis</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Machida Yoshiyasu、Takahashi Hiroshi、Tsuruta Tetsuya、Goto Akira
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology

      巻: 102 号: 2 ページ: 516-519

    • DOI

      10.1111/jfb.15264

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 水温と塩分がアカメ未成魚の摂餌と成長に及ぼす影響2021

    • 著者名/発表者名
      竹下直彦・近藤卓哉・池田 至・高橋 洋・永田新悟・星野和夫
    • 雑誌名

      水産大学校研究報告

      巻: 70 ページ: 27-34

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interploidy gene flow involving the sexual-asexual cycle facilitates the diversification of gynogenetic triploid Carassius fish2021

    • 著者名/発表者名
      Mishina Tappei、Takeshima Hirohiko、Takada Mikumi、Iguchi Kei’ichiro、Zhang Chunguang、Zhao Yahui、Kawahara-Miki Ryouka、Hashiguchi Yasuyuki、Tabata Ryoichi、Sasaki Takeshi、Nishida Mutsumi、Watanabe Katsutoshi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 22485-22485

    • DOI

      10.1038/s41598-021-01754-w

    • NAID

      120007169935

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fine‐scale phylogeography of coastal fishes in the South China Sea: Possible roles of biological traits and geography2021

    • 著者名/発表者名
      Muto Nozomu、Kakioka Ryo、Ghaffar Mazlan Abd、Quan Nguyen Van、Vilasri Veera、Traifalgar Rex F. M.、Babaran Ricardo P.、Muto Fumihito、Takeshima Hirohiko、Motomura Hiroyuki、Ishikawa Satoshi
    • 雑誌名

      Journal of Biogeography

      巻: 48 号: 11 ページ: 2785-2800

    • DOI

      10.1111/jbi.14239

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Difficulty in sex identification of two local populations of red-spotted masu salmon using two salmonid male-specific molecular markers2021

    • 著者名/発表者名
      Ueda Rui、Takeshima Hirohiko、Sato Takuya
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 69 号: 2 ページ: 275-279

    • DOI

      10.1007/s10228-021-00837-y

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] First report of natural hybridization between two yellowtails, Seriola quinqueradiata and S. lalandi.2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Takahashi, Taiki Kurogoushi, Ryo Shimoyama, Hiroyuki Yoshikawa
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 68 号: 1 ページ: 139-144

    • DOI

      10.1007/s10228-020-00752-8

    • NAID

      40022462106

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nearly unbiased estimator of contemporary Ne/N based on kinship relationships2020

    • 著者名/発表者名
      Akita Tetsuya
    • 雑誌名

      Ecology and Evolution

      巻: 10 号: 19 ページ: 10343-10352

    • DOI

      10.1002/ece3.6421

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Vertical distribution of larval Pacific bluefin tuna, Thunnus orientalis, in the Japan Sea2020

    • 著者名/発表者名
      Kodama Taketoshi、Ohshimo Seiji、Tawa Atsushi、Furukawa Seishiro、Nohara Kenji、Takeshima Hirohiko、Chiba Satoru N.、Ishihara Taiki、Sawai Etsuro、Kawazu Masanori、Okazaki Makoto、Ono Tsuneo、Suzuki Nobuaki
    • 雑誌名

      Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography

      巻: 175 ページ: 104785-104785

    • DOI

      10.1016/j.dsr2.2020.104785

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ecosystem size predicts the probability of speciation in migratory freshwater fish2020

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki Yo Y.、Takeshima Hirohiko、Kano Yuichi、Oseko Naoharu、Suzuki Toshiyuki、Nishida Mutsumi、Watanabe Katsutoshi
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: - 号: 16 ページ: 3071-3083

    • DOI

      10.1111/mec.15415

    • NAID

      120006843524

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The distribution and early growth of juvenile Pacific bluefin tuna Thunnus orientalis around Sado Island in the eastern Sea of Japan2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Hiroshige、Kodama Taketoshi、Suzuki Nobuaki、Mochizuki Yosuke、Ashida Hiroshi、Sato Takuya、Takeshima Hirohiko、Nohara Kenji
    • 雑誌名

      Fisheries Science

      巻: 86 号: 6 ページ: 1019-1028

    • DOI

      10.1007/s12562-020-01470-w

    • NAID

      40022414247

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide patterns of divergence and introgression after secondary contact between Pungitius sticklebacks2020

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki Yo Y.、Kakioka Ryo、Takahashi Hiroshi、Toyoda Atsushi、Nagano Atsushi J.、Machida Yoshiyasu、M?ller Peter R.、Kitano Jun
    • 雑誌名

      Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences

      巻: 375 号: 1806 ページ: 20190548-20190548

    • DOI

      10.1098/rstb.2019.0548

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 遺伝的多様性の評価・モニタリングの展開と課題-ポスト2020生物多様性枠組に向けて2023

    • 著者名/発表者名
      秋田鉄也
    • 学会等名
      第70回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝的要因によると思われるヒラメ稚魚の無眼側黒化2023

    • 著者名/発表者名
      後藤千佳・中山耕至・加藤文仁・村田照之・田川正朋
    • 学会等名
      令和5年度日本水産学会春期大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ゼニタナゴのドラフトゲノム決定及び食性関連遺伝子群の解析2022

    • 著者名/発表者名
      橋口康之・斉藤憲治
    • 学会等名
      2022年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 家系生態学:ゲノム情報から近年の生態情報を抽出して希少種保全に貢献する2022

    • 著者名/発表者名
      秋田鉄也
    • 学会等名
      令和4年度 水産育種研究会 定例シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Determinism and contingency in the genetic basis of parallel armor plate evolution of sticklebacks2022

    • 著者名/発表者名
      Yo Yamasaki, Tomoyuki Kokita, Koki Kato, Asato Irifune, Mitsuki Kuroda, Hiroshi Takahashi, Yoshiyasu Machida, Asano Ishikawa, Mikiko Tanaka, Seiichi Mori, Atsushi Toyoda, Jun Kitano
    • 学会等名
      Congress of the European Society for Evolutionary Biology
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] キタノトミヨにおける卵サイズの遺伝基盤の解明2022

    • 著者名/発表者名
      梁田椋也・楠永 楓・高橋 洋
    • 学会等名
      2022年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 日本産トラフグ属魚類全11種(Takifugu spp.)の種・雑種判別マーカーの開発2022

    • 著者名/発表者名
      高橋 洋・柿岡 諒
    • 学会等名
      2022年度日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 森と川のつながりが維持するアマゴの生活史多様性:野外操作実験とゲノム解析の融合へ2022

    • 著者名/発表者名
      上田るい, 金岩稔, 照井慧, 瀧本 岳, 武島弘彦, 勝村啓史, 橋口康之, 山﨑 曜, 佐藤拓哉
    • 学会等名
      第69回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] メバル属魚類の接合後隔離と形態分化にかかわる遺伝領域の探索2021

    • 著者名/発表者名
      武藤望生・柿岡 諒・永野 惇・坪井健人・清水祐大・猪瀬周・清水洋平・川崎琢真・高橋 洋
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The genetic basis of egg size variation in ninespine stickleback, Pungitius pungitius2021

    • 著者名/発表者名
      Ryoya Yanada, Kaede Kusunaga, Hiroshi Takahashi
    • 学会等名
      26th Joint International Symposium between National Fisheries University and Pukyong National University
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 硬骨魚類における嗅覚受容体遺伝子の多様性:生活史との関連に着目して2021

    • 著者名/発表者名
      橋口康之
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 魚類におけるフェロモン受容体OR114の起源と分子進化2021

    • 著者名/発表者名
      橋口康之・井上順治・中島 淳
    • 学会等名
      日本魚類学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 近親標識法による集団間の移動個体数推定2021

    • 著者名/発表者名
      秋田鉄也
    • 学会等名
      第37回個体群生態学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Multiple paths to the same goal: the repeated use of hotspot genes for convergent plate reduction in sticklebacks2021

    • 著者名/発表者名
      Yo Yamasaki, Tomoyuki Kokita, Koki Kato, Asato Irifune, Mitsuki Kuroda, Hiroshi Takahashi, Yoshiyasu Machida, Asano Ishikawa, Mikiko Tanaka, Seiichi Mori, Atsushi Toyoda, Jun Kitano
    • 学会等名
      The 68th Annual Meeting of the Ecological Society of Japan (ESJ67)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] AFLP法による種同定に基づく九州北部海域のメバル複合種群の計数形質2021

    • 著者名/発表者名
      安武由矢・高橋 洋・望岡典隆
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Molecular diagnostic methods for identifying pufferfish species and their hybrid to prevent pufferfish poisoning2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Takahashi
    • 学会等名
      The 35th Annual Meeting of the Korean Society of Food Hygiene and Safety
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] Fish Diversity of Japan: Evolution, Zoogeography, and Conservation2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Takahashi他著,Yoshiaki Kai他編
    • 総ページ数
      454
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811674273
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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