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脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンの構造基盤と動的挙動の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H03197
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関静岡県立大学

研究代表者

原 幸大  静岡県立大学, 薬学部, 准教授 (80729343)

研究分担者 橋本 博  静岡県立大学, 薬学部, 教授 (40336590)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
キーワードX線結晶構造解析 / 染色体凝縮 / コンデンシン / HEAT-kleisin相互作用
研究開始時の研究の概要

本研究の目的は、脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンのnon-SMCサブユニットの結晶構造を高分解能で決定すると共に、ヌクレオソームやSMCサブユニットとの複合体を再構成し、SAXS、Cryo-EMにより動的挙動を解析する。また、染色体の再構成系を用いた構造機能相関解析を通して、菌類のモデルでは説明できない脊椎動物特有の染色体凝縮の作用機序を原子レベルで明らかにすることにある。染色体凝縮の機能不全はがんや小頭症を引き起こすことから、その分子メカニズムを理解することで抗がん剤創薬が期待できる。

研究成果の概要

本研究では脊椎動物の染色体凝縮を担うコンデンシンの特異的サブユニットに着目し、SMCサブユニットによる動的構造変化を制御し、染色体凝縮における2種類のコンデンシンの機能的役割の差異を生み出すメカニズムの解明を目指した。具体的には、コンデンシンI・IIのnon-SMCサブユニット(CAP-G/D2-H、CAP-G2/D3-H2)のX線やクライオEMによる構造解析を目指した。(1) CAP-G-H-DNA複合体の結晶化、(2) CAP-D2-H組換えタンパク質の安定性評価、(3) CAP-G2-H2のクライオEM測定、(4) CAP-D3-H2発現系の構築とその評価について報告する。

研究成果の学術的意義や社会的意義

これまでSMC複合体の様々な部分構造が報告され、リング構造の形成やその開閉制御機構に関する理解が進んだ。一方で、HEATリピートサブユニットが原核生物型には存在せず、真核生物型だけに何故存在するのか、染色体動態をどのように制御しているのかは不明な点が多い。脊椎動物のコンデンシンI・IIはnon-SMCサブユニットが異なるだけで染色体の軸構造とループ領域の作り分けをどのようにして可能にするのか知ることは興味深く、真核生物が長大なゲノムDNAをどのように折りたたみ制御しているのかを知るための一助となる。さらに染色体凝縮過程を標的とした新規抗がん剤や抗菌剤の創出など、産業活用につながる。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (49件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 5件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (35件) (うち国際学会 5件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Structural basis for intra- and intermolecular interactions on RAD9 subunit of 9-1-1 checkpoint clamp implies functional 9-1-1 regulation by RHINO2024

    • 著者名/発表者名
      Hara Kodai、Tatsukawa Kensuke、Nagata Kiho、Iida Nao、Hishiki Asami、Ohashi Eiji、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 300 号: 3 ページ: 105751-105751

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2024.105751

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Uncommon arrangement of self-resistance allows biosynthesis of de novo purine biosynthesis inhibitor that acts as immunosuppressor2023

    • 著者名/発表者名
      Sato, M., Sakano, S., Nakahara, M., Tamura, Y., Hara, K., Hashimoto, H., Tang, Y., Watanabe, K.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 145 号: 49 ページ: 26883-26889

    • DOI

      10.1021/jacs.3c09600

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The 9-1-1 DNA clamp subunit RAD1 forms specific interactions with clamp loader RAD17, revealing functional implications for binding-protein RHINO2023

    • 著者名/発表者名
      Hara Kodai、Hishiki Asami、Hoshino Takako、Nagata Kiho、Iida Nao、Sawada Yukimasa、Ohashi Eiji、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 4 ページ: 103061-103061

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.103061

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structure of the sliding DNA clamp from the Gram-positive anaerobic bacterium <i>Clostridioides difficile</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Hishiki Asami、Okazaki Sumire、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 173 号: 1 ページ: 13-20

    • DOI

      10.1093/jb/mvac079

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for molecular interactions on the eukaryotic DNA sliding clamps PCNA and RAD9-RAD1-HUS12022

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto Hiroshi、Hara Kodai、Hishiki Asami
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 172 号: 4 ページ: 189-196

    • DOI

      10.1093/jb/mvac053

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a DNA aptamer that binds to the complementarity-determining region of therapeutic monoclonal antibody and affinity improvement induced by pH-change for sensitive detection2022

    • 著者名/発表者名
      Saito Taro、Shimizu Yutaka、Tsukakoshi Kaori、Abe Koichi、Lee Jinhee、Ueno Kinuko、Asano Ryutaro、Jones Brian V.、Yamada Tomohiro、Nakano Tatsuki、Tong Jiaxing、Hishiki Asami、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Sode Koji、Toyo’oka Toshimasa、Todoroki Kenichiro、Ikebukuro Kazunori
    • 雑誌名

      Biosensors and Bioelectronics

      巻: 203 ページ: 114027-114027

    • DOI

      10.1016/j.bios.2022.114027

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A2022

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: - 号: 7 ページ: 1434-1442

    • DOI

      10.1002/prot.26324

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preparation, crystallization, and X-ray data collection of archaeal oligopeptide permease A2021

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Hideshi、Kamei Nanami、Konishi Keijiro、Hara Kodai、Ishikawa Yoshinobu、Matsui Ikuo、Forterre Patrick、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Crystallography Reports

      巻: 66 ページ: 1300-1305

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic mechanism and endo-to-exo selectivity reversion of an octalin-forming natural Diels?Alderase2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Michio、Kishimoto Shinji、Yokoyama Mamoru、Jamieson Cooper S.、Narita Kazuto、Maeda Naoya、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Tsunematsu Yuta、Houk Kendall N.、Tang Yi、Watanabe Kenji
    • 雑誌名

      Nature Catalysis

      巻: 4 号: 3 ページ: 223-232

    • DOI

      10.1038/s41929-021-00577-2

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] コンデンシンIにおけるHEAT-kleisin相互作用の構造生物学的研究2020

    • 著者名/発表者名
      原 幸大、橋本 博
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 92 号: 6 ページ: 801-805

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920801

    • NAID

      40022454250

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2020-12-25
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Specialized Flavoprotein Promotes Sulfur Migration and Spiroaminal Formation in Aspirochlorine Biosynthesis2020

    • 著者名/発表者名
      Tsunematsu Yuta、Maeda Naoya、Sato Michio、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Watanabe Kenji、Hertweck Christian
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 1 ページ: 206-213

    • DOI

      10.1021/jacs.0c08879

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and Functional Analyses of a Spiro-Carbon-Forming, Highly Promiscuous Epoxidase from Fungal Natural Product Biosynthesis2020

    • 著者名/発表者名
      Matsushita Takuma、Kishimoto Shinji、Hara Kodai、Hashimoto Hiroshi、Watanabe Kenji
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 59 号: 51 ページ: 4787-4792

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00896

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inactive dimeric structure of the protease domain of stomatin operon partner protein2020

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Hideshi、Suzuki Kana、Hara Kodai、Matsui Ikuo、Hashimoto Hiroshi
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      巻: 76 号: 6 ページ: 515-520

    • DOI

      10.1107/s2059798320005021

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 液-液相分離を介したクロマチン構造と機能の制御2020

    • 著者名/発表者名
      野澤 竜介、原 幸大、丁 大橋
    • 雑誌名

      生物工学会誌

      巻: 98 ページ: 241-245

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Tyroshine phenol-lyase阻害剤3,5-dihydroxybenzoic acid経口摂取はマウス糞便フェノール量を減少させる2024

    • 著者名/発表者名
      小林琢磨
    • 学会等名
      日本農芸化学会2024年度大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] チェックポイントクランプのRAD1サブユニットを介したクランプローダーとの相互作用の構造生物学的解明2023

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      第27回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] DNA損傷チェックポイントを制御する9-1-1の分子内相互作用と活性化因子RHINOとの相互作用解析2023

    • 著者名/発表者名
      松林志歩
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 染色体構築に必須のコヒーシン制御サブユニットの調製と結晶化2023

    • 著者名/発表者名
      高橋柚子
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] テンプレートスイッチを促進するSHPRHのペプチドとPCNAの結晶学的研究2023

    • 著者名/発表者名
      長谷川椋司
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Clostridioides difficile由来スライディングクランプとDNAポリメラーゼとの相互作用に関する構造基盤2023

    • 著者名/発表者名
      菱木麻美
    • 学会等名
      令和5年 (2023年) 度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Clostridioides difficile由来DnaNとDNA合成酵素の相互作用解析2023

    • 著者名/発表者名
      岡﨑菫
    • 学会等名
      PPF2023 第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 損傷乗り越えDNA合成に関わるREV1のPIP-box配列の同定とPCNAとの相互作用2023

    • 著者名/発表者名
      星野尚也
    • 学会等名
      PPF2023 第20回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] チェックポイントクランプ9-1-1のRAD1サブユニットとクランプローダーのRAD17サブユニットとの相互作用に関する構造生物学的研究2023

    • 著者名/発表者名
      橋本博
    • 学会等名
      第87回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] DNA clamp構造生物学研究の新展開2023

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      東京農業大学大学院講義細胞分子機能科学(バイオ専攻)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural basis for genome modality of DNA mismatch repair2022

    • 著者名/発表者名
      Kodai Hara
    • 学会等名
      Genome modality Understanding physical properties of the genome
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ディフィシル菌由来スライディングクランプの構造生物学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      菱木麻美
    • 学会等名
      令和4年(2022)度 日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ディフィシル菌由来スライディングクランプの結晶構造2022

    • 著者名/発表者名
      菱木麻美
    • 学会等名
      第95回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 損傷チェックポイントに関与する一本鎖結合タンパク質RPA70N末端ドメインの構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      片山智徳
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部 合同学術大会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Clasdobotryum属真菌が生産するFR901483に対する自己耐性機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      坂野桜子
    • 学会等名
      第9回食品薬学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Clasdobotryum属真菌が生産するFR901483に対する自己耐性機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      坂野桜子
    • 学会等名
      日本生薬学会第68年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] CAP-G2-H2-DNA複合体の共結晶化に向けたDNAとの相互作用解析2022

    • 著者名/発表者名
      矢島聡
    • 学会等名
      第68回日本薬学会東海支部総会・大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Crystallization for structural analysis of DNA polymerase β and PCNA involved in base excision repair2022

    • 著者名/発表者名
      Fuya Suzuki
    • 学会等名
      第22回 日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] DNAポリメラーゼβとPCNAの相互作用解明に向けた構造生物学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木楓也
    • 学会等名
      第86回日本生化学会中部支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ディフィシル菌由来スライディングクランプのX線結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      岡﨑菫
    • 学会等名
      2021年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] シミ・そばかすの原因タンパク質のX線結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      東京農業大学大学院講義
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural basis for genome modality of DNA mismatch repair2021

    • 著者名/発表者名
      Kodai Hara
    • 学会等名
      Genome modality Understanding physical properties of the genome
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Crystallization of condensin II subcomplex CAP-G2-H2 and DNA complex2021

    • 著者名/発表者名
      So Yajima
    • 学会等名
      The 26th Shizuoka forum on health and longevity
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] GATA4 dimerization may be a target for heart failure therapy2021

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Shimizu
    • 学会等名
      Basic Cardiovascular Sciences Scientific Sessions 2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] GATA4 dimerization is important for transcriptional regulation and may be a target for heart failure therapy.2021

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Shimizu
    • 学会等名
      The 5th JCS Council Forum on Basic Cardio Vascular Research
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ディフィシル菌由来スライディングクランプの結晶学的研究2021

    • 著者名/発表者名
      岡﨑菫
    • 学会等名
      令和3年(2021)度 日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 転写因子STAT3の脱リン酸化を阻害するTRIM59の調製と結晶化2021

    • 著者名/発表者名
      松浦咲季
    • 学会等名
      第85回日本生化学会中部支部例会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Cladobotryum属真菌が生産するFR901483に対する自己耐性機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      中原実玖
    • 学会等名
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] FR901483産生菌における自己耐性機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      中原実玖
    • 学会等名
      日本生薬学会第67回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] コンデンシンIサブコンプレックスとDNAの複合体の結晶化2021

    • 著者名/発表者名
      矢島聡
    • 学会等名
      日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部 合同学術大会2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 脊椎動物特有の染色体凝縮の解明に向けたコンデンシンII制御サブユニットとDNAの複合体の調製と結晶化2021

    • 著者名/発表者名
      矢島聡
    • 学会等名
      PPF2020/2021 第18回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNA損傷チェックポイントに関わる9-1-1とFEN1の複合体の構造解析に向けた調製2021

    • 著者名/発表者名
      永田季穂
    • 学会等名
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 染色体凝縮を担うコンデンシンIIの制御サブユニットの結晶化に向けた調製2021

    • 著者名/発表者名
      矢島聡
    • 学会等名
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 転写因子STAT3の脱リン酸化を阻害するTRIM59の調製と結晶化2021

    • 著者名/発表者名
      松浦咲季
    • 学会等名
      第67回 日本薬学会東海支部総会・大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 抗がん剤抵抗性の獲得に関わるDNA修復タンパク質の構造と阻害剤2020

    • 著者名/発表者名
      原幸大
    • 学会等名
      東京農業大学 細胞分子機能特論2(ZOOM)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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