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クライオ電子顕微鏡による膜輸送体の動的機構解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H03216
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関横浜市立大学

研究代表者

西澤 知宏  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (80599077)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2022年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2021年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2020年度: 7,670千円 (直接経費: 5,900千円、間接経費: 1,770千円)
キーワードクライオ電子顕微鏡 / 膜タンパク質 / 輸送体 / 構造生物学 / 膜輸送体 / ポリアミン / 神経変性疾患
研究開始時の研究の概要

膜輸送体は、脂質膜を越えて物質を伝搬することで細胞の恒常性維持や細胞間でのコミュニケーションなどに関わる。これらの輸送体は、基質結合部位が細胞内外に開いた二つの異なる状態を含む、複数の中間体を遷移することで機能する。したがって、その輸送機構を理解するためには、動的挙動を含めた解析が必要である。本研究では、クライオ電子顕微鏡と、高速読み出しが可能な電子直接検出器を駆使することで、膜輸送体がはたらく過程を動画として描写することで、これらの分子がどのようにして膜を越えて物質輸送を行うのかを理解することを目的としている。

研究成果の概要

膜輸送体は、脂質膜を越えた輸送を行うだけでなく、外界の環境の変化などに応じてその輸送活性を変化させることで、ヒトを含む生命活動において、多くの必須な役割を持つ。本研究では、クライオ電子顕微鏡による構造解析によって複数の膜輸送体の構造解析を行い、その分子機構の解明を行った。特に、P型輸送体ファミリーに属するポリアミン輸送体ATP13A2に関しては、輸送サイクルにおける複数中間体の構造から、他のP型輸送体には見られない独自の仕組みを持つことを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ATP13A2はリソソームではたらくポリアミン輸送体であり、細胞外からのポリアミン取り込み経路において重要な役割を持つ。ATP13A2はパーキンソン病の原因遺伝子としても同定されており、これは老化にともなって細胞内のポリアミン合成が減少すると、ATP13A2のはたらきが相対的に重要になるためであると考えられている。今回の研究から、ATP13A2はNTDと呼ばれる独自のドメインが脂質と相互作用して、特定のコンフォメーションを安定化することで、輸送活性を制御していることが示された。これらの成果は、将来的には、ATP13A2を標的とした、新たなパーキンソン病の治療薬の開発などへつながる可能性がある。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of thermostabilized prestin provide mechanistic insights underlying outer hair cell electromotility2022

    • 著者名/発表者名
      Futamata Haon、Fukuda Masahiro、Umeda Rie、Yamashita Keitaro、Tomita Atsuhiro、Takahashi Satoe、Shikakura Takafumi、Hayashi Shigehiko、Kusakizako Tsukasa、Nishizawa Tomohiro、Homma Kazuaki、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 6208-6208

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34017-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insights into inhibitory mechanism of human excitatory amino acid transporter EAAT22022

    • 著者名/発表者名
      Kato Takafumi、Kusakizako Tsukasa、Jin Chunhuan、Zhou Xinyu、Ohgaki Ryuichi、Quan LiLi、Xu Minhui、Okuda Suguru、Kobayashi Kan、Yamashita Keitaro、Nishizawa Tomohiro、Kanai Yoshikatsu、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4714-4714

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32442-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP2022

    • 著者名/発表者名
      Park JH, Iwamoto M, Yun JH, Uchikubo-Kamo T, Son D, Jin Z, Yoshida H, Ohki M, Ishimoto N, Mizutani K, Oshima M, Muramatsu M, Wakita T, Shirouzu M, Liu K, Uemura T, Nomura N, Iwata S, Watashi K, Tame JRH, Nishizawa T, Lee W, Park SY.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 606 号: 7916 ページ: 1027-1031

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04857-0

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of thylakoid-located voltage-dependent chloride channel VCCN12022

    • 著者名/発表者名
      Hagino Tatsuya、Kato Takafumi、Kasuya Go、Kobayashi Kan、Kusakizako Tsukasa、Hamamoto Shin、Sobajima Tomoaki、Fujiwara Yuichiro、Yamashita Keitaro、Kawasaki Hisashi、Maturana Andr?s D.、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 2505-2505

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30292-w

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM of the ATP11C flippase reconstituted in Nanodiscs shows a distended phospholipid bilayer inner membrane around transmembrane helix 22022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hanayo、Hayashida Kenichi、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 1 ページ: 101498-101498

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.101498

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM reveals mechanistic insights into lipid-facilitated polyamine export by human ATP13A2.2021

    • 著者名/発表者名
      Tomita, A., Daiho, T., Kusakizako, T., Yamashita, K., Ogasawara, S., Murata, T., Nishizawa, T. and Nureki, O.
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 81 号: 23 ページ: 4799-4809

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2021.11.001

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gastric proton pump with two occluded K+ engineered with sodium pump-mimetic mutations2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Kazuhiro、Yamamoto Kenta、Irie Katsumasa、Nishizawa Tomohiro、Oshima Atsunori
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 5709-5709

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26024-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of gating modulation of Kv4 channel complexes.2021

    • 著者名/発表者名
      Kise Y, Kasuya G, Okamoto HH, Yamanouchi D, Kobayashi K, Kusakizako T, Nishizawa T, Nakajo K, Nureki O.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 599 号: 7883 ページ: 158-164

    • DOI

      10.1038/s41586-021-03935-z

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transport Cycle of Plasma Membrane Flippase ATP11C by Cryo-EM2020

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hanayo、Nishizawa Tomohiro、Segawa Katsumori、Nureki Osamu、Fujiyoshi Yoshinori、Nagata Shigekazu、Abe Kazuhiro
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 号: 13 ページ: 108208-108208

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.108208

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Consensus mutagenesis approach improves the thermal stability of system xc- transporter, xCT, and enables cryo‐EM analyses2020

    • 著者名/発表者名
      Oda Kazumasa、Lee Yongchan、Wiriyasermkul Pattama、Tanaka Yoko、Takemoto Mizuki、Yamashita Keitaro、Nagamori Shushi、Nishizawa Tomohiro、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 29 号: 12 ページ: 2398-2407

    • DOI

      10.1002/pro.3966

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 「non-conventional」なP型ATPase輸送体の基質認識機構2023

    • 著者名/発表者名
      西澤知宏
    • 学会等名
      日本薬学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クライオ電顕で見えてくるトランスポーターとリガンドの相互作用2023

    • 著者名/発表者名
      西澤知宏
    • 学会等名
      日本医学総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Protein Dynamics Visualized by Cryo-EM2022

    • 著者名/発表者名
      西澤知宏
    • 学会等名
      日本生化学大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によって見えてきた P4-ATPaseによる脂質輸送メカニズム2020

    • 著者名/発表者名
      西澤知宏
    • 学会等名
      第15回トランスポーター研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin2020

    • 著者名/発表者名
      西澤知宏
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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