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クライオ電子顕微鏡による V型ATPaseの回転機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H03231
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関京都産業大学

研究代表者

横山 謙  京都産業大学, 生命科学部, 教授 (70271377)

研究分担者 光岡 薫  大阪大学, 超高圧電子顕微鏡センター, 教授 (60301230)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2022年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2021年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2020年度: 7,280千円 (直接経費: 5,600千円、間接経費: 1,680千円)
キーワードATP / V-ATPase / ATP synthase / molecular motor / CryoEM / bioenergetics / structure biology / 回転分子モーター / クライオ電子顕微鏡 / 単粒子解析 / ATP合成酵素 / 生体エネルギー変換 / ATP 合成酵素 / 構造解析
研究開始時の研究の概要

V型ATPase (V-ATPase) は、膜横断的なプロトン移動と、ATPの合成もしくは分解をエネルギー共役させる回転分子モータータンパク質である。クライオ EM による単粒子解析は、結晶化条件に拘束されることなく、そのため V-ATPase が働いている様々な溶液条件での構造を得ることを可能とする。さらに構造のクラス分けにより、同じ溶液条件で取りうる複数構造を決定することもできる。飽和ATP濃度条件、加水分解が遅くなる条件、ATP 濃度を低くした ATP 結合待ち条件での構造を明らかにし、触媒サイクルと構造変化の対応付けをすることで、回転触媒機構による ATP合成反応の全容を明らかにする。

研究成果の概要

生命には回転することで働く回転分子モータータンパク質が存在する。生命のエネルギー通貨である ATP(アデノシン三リン酸)の生産や、イオンの輸送を通して細胞の恒常性を支える重要な膜タンパク質である。
我々は、回転分子モータータンパク質である V/A-ATPaseが回転する様子を、クライオ電子顕微鏡により撮影(スナップショット)し、スナップショットをつなぎ合わせることで、V/A-ATPaseの回転を再現し、ATPを燃料として回転する仕組みを明らかにした。今まで提唱されてきたモデルをバージョンアップし、自然が作り出した驚異的な分子機械の仕組みを知ることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により、ATPで駆動する分子モータータンパク質の仕組みに関する重要な知見を得ることができた。また、ユニサイト触媒の分子基盤、定常状態へと移行する過程を解明することができた。このナノサイズで機能する分子機械の仕組みを理解することで、将来のナノマシーンの駆動部に応用できる人工分子モータータンパク質設計への応用が期待される。
同じ方法で、他のタンパク質の仕組みを解明することが可能であり、今回の研究は、新しいタンパク質研究の世界を切り開く先駆けになる。

報告書

(4件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Cryo-EM analysis of V/A-ATPase intermediates reveals the transition of the ground-state structure to steady-state structures by sequential ATP binding2023

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Atsuko、Kishikawa Jun-ichi、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 2 ページ: 102884-102884

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.102884

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of ATP hydrolysis dependent rotation of bacterial ATP synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Nakano Atsuki、Kishikawa Jun-ichi、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-023-39742-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rotary mechanism of V/A-ATPases?how is ATP hydrolysis converted into a mechanical step rotation in rotary ATPases?2023

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Ken
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 10

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1176114

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis of unisite catalysis of bacterial F0F1-ATPase2022

    • 著者名/発表者名
      Nakano Atsuki、Kishikawa Jun-ichi、Nakanishi Atsuko、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 1 号: 3

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac116

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural snapshots of V/A-ATPase reveal the rotary catalytic mechanism of rotary ATPases2022

    • 著者名/発表者名
      Kishikawa J.、Nakanishi A.、Nakano A.、Saeki S.、Furuta A.、Kato T.、Mistuoka K.、Yokoyama K.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 1213-1213

    • DOI

      10.1038/s41467-022-28832-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanical inhibition of isolated Vo from V/A-ATPase for proton conductance2020

    • 著者名/発表者名
      Kishikawa Jun-ichi、Nakanishi Atsuko、Furuta Aya、Kato Takayuki、Namba Keiichi、Tamakoshi Masatada、Mitsuoka Kaoru、Yokoyama Ken
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 9 ページ: 1-20

    • DOI

      10.7554/elife.56862

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるプロトン駆動力下でのATP合成酵素の構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      中野敦樹
    • 学会等名
      第49回日本生体エネルギー研究会討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] FoF1-ATPaseの非触媒部位の機能2023

    • 著者名/発表者名
      小林廉、中野敦樹、横山謙
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Molecular mechanism of rotary ATP synthases revealed by Cryo-snapshot2023

    • 著者名/発表者名
      横山 謙
    • 学会等名
      Tokyo ATPase miniworkshop  東京大学 本郷キャンパス
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ATP合成酵素の残された謎2023

    • 著者名/発表者名
      横山 謙
    • 学会等名
      第49回日本生体エネルギー研究会討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 好熱菌FoF1の動的構造解析によって回転機構を明らかにする。2022

    • 著者名/発表者名
      中野敦樹、中西温子、岸川淳一、横山謙
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会 名古屋大学
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 構造スナップショットで解き明かすV 型ATPase の回転機構2022

    • 著者名/発表者名
      横山謙
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会 名古屋大学
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural intermediates in rotary V/A-ATPase from initial to steady state visualized by time-resolved cryo-electron microscopy.2021

    • 著者名/発表者名
      中西温子、岸川淳一、西澤知宏、光岡薫、横山謙
    • 学会等名
      第 59 回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡によるATP合成酵素の回転機構の解明2021

    • 著者名/発表者名
      中野敦樹、中西温子、岸川淳一、横山謙
    • 学会等名
      第 94 回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡を用いた単粒子解析によるATPγS存在下V/A-ATPaseの中間体構造2021

    • 著者名/発表者名
      佐伯詩織、岸川淳一、中西温子、中野敦樹、横山謙
    • 学会等名
      第94回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] タンパク質の構造解析手法と In silico スクリーニングへの応用事例2023

    • 著者名/発表者名
      横山 謙、岸川淳一
    • 総ページ数
      10
    • 出版者
      (株)技術情報協会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] ようこそ 生体膜エネルギー研へ

    • URL

      http://www.cc.kyoto-su.ac.jp/~yokoken/index-j.htm

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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