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海洋環境下のサンゴ-褐虫藻共生系のゲノム基盤の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H03235
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関東京大学

研究代表者

新里 宙也  東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70524726)

研究分担者 山下 洋  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(長崎), 主任研究員 (00583147)
鈴木 豪  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(長崎), 主任研究員 (30533319)
將口 栄一  沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, グループリーダー (90378563)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2022年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2021年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2020年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
キーワードサンゴ / 褐虫藻 / 共生 / 遺伝子 / ゲノム
研究開始時の研究の概要

サンゴ礁は、地球上で最も生物多様性の豊かな生態系の一つである。サンゴ礁を形成する造礁サンゴは、細胞内の共生藻類と密接な相利共生関係を築いている。サンゴと藻類の共生関係の崩壊である白化現象が頻発し、世界中でサンゴ礁が減少を続けている一方、サンゴ礁の基盤となるサンゴ-藻類の共生メカニズムやその成立・維持の分子機構は、未だ多くが謎のままである。本研究は、実際の海の中でのサンゴと藻類の共生関係が、どのように成立・維持機構されているのか、異なる共生様式を持つサンゴの比較ゲノムや自然界のサンゴと藻類の共生関係を反映した実験システム、分子生物学的手法を駆使し、正確に理解することを目指す。

研究成果の概要

刺胞動物である造礁サンゴは、褐虫藻と呼ばれる単細胞藻類を細胞内に共生させ、両者は相利共生関係を築いている。地球上で最も生物多様性の豊かな海洋生態系であるサンゴ礁は、共生する褐虫藻から莫大な栄養を得たサンゴが基盤となり支えている。しかし地球温暖化が進行する現在、その共生関係の崩壊である白化現象が世界中で報告されている。しかしサンゴと褐虫藻の共生関係が、どのように成立・維持されているのか、遺伝子レベルでは十分解明されていない。本研究では、実際の自然界で褐虫藻との共生に働くサンゴの遺伝子の特定と、サンゴと褐虫藻、さらには海洋生物の共生メカニズム解明のためのゲノム基盤の整備を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ミドリイシ属サンゴから単離された株を含む、由来の異なる複数の褐虫藻培養株を感染させ、それぞれの株に対するサンゴの遺伝子発現応答を比較することで、本来の共生相手である褐虫藻との共生に関わる遺伝子群を効率的に絞り込むことに成功した。毎世代ごとに環境中から褐虫藻を獲得する水平伝播型と、親から褐虫藻を受け継ぐ垂直伝播型の両方の共生様式を示すサンゴのゲノム解読や、他の海洋共生生物のゲノムを解読し、海洋生物の共生メカニズムを解明するためのゲノム基盤を整備することができた。

報告書

(4件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 4件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 16件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Genomic Data Reveal Diverse Biological Characteristics of Scleractinian Corals and Promote Effective Coral Reef Conservation2024

    • 著者名/発表者名
      Shinzato Chuya、Yoshioka Yuki
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 16 号: 2 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1093/gbe/evae014

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genes possibly related to symbiosis in early life stages of Acropora tenuis inoculated with Symbiodinium microadriaticum2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Yuki、Chiu Yi-Ling、Uchida Taiga、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s42003-023-05350-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genomic and transcriptomic analyses illuminate the molecular basis of the unique lifestyle of a tubeworm, <i>Lamellibrachia satsuma</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Uchida Taiga、Yoshioka Yuki、Yoshida Yu、Fujie Manabu、Yamaki Ayuta、Sasaki Akira、Inoue Koji、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 30 号: 4

    • DOI

      10.1093/dnares/dsad014

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic analysis of a reef‐building coral, <i>Acropora digitifera</i> , reveals complex population structure and a migration network in the Nansei Islands, Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya Kojin、Zayasu Yuna、Nakajima Yuichi、Arakaki Nana、Suzuki Go、Satoh Noriyuki、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: 31 号: 20 ページ: 5270-5284

    • DOI

      10.1111/mec.16665

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparative genomics highlight the importance of lineage-specific gene families in evolutionary divergence of the coral genus, Montipora2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Yuki、Suzuki Go、Zayasu Yuna、Yamashita Hiroshi、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      BMC Ecology and Evolution

      巻: 22 号: 1 ページ: 71-71

    • DOI

      10.1186/s12862-022-02023-8

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolutionary History of DMSP Lyase-Like Genes in Animals and Their Possible Involvement in Evolution of the Scleractinian Coral Genus, Acropora2022

    • 著者名/発表者名
      Chiu Yi-Ling、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Frontiers in Marine Science

      巻: 9

    • DOI

      10.3389/fmars.2022.889866

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Larval transcriptomic responses of a stony coral, Acropora tenuis, during initial contact with the native symbiont, Symbiodinium microadriaticum2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 2854-2854

    • DOI

      10.1038/s41598-022-06822-3

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Whole-Genome Sequencing Highlights Conservative Genomic Strategies of a Stress-Tolerant, Long-Lived Scleractinian Coral, Porites australiensis Vaughan, 19182021

    • 著者名/発表者名
      Chuya Shinzato, Takeshi Takeuchi, Yuki Yoshioka, Ipputa Tada, Miyuki Kanda, Cedric Broussard, Akira Iguchi, Makoto Kusakabe, Frederic Marin, Noriyuki Satoh, Mayuri Inoue
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 13 号: 12 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1093/gbe/evab270

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Color morphs of the coral, <i>Acropora tenuis</i>, show different responses to environmental stress and different expression profiles of fluorescent-protein genes2021

    • 著者名/発表者名
      Satoh Noriyuki、Kinjo Koji、Shintaku Kohei、Kezuka Daisuke、Ishimori Hiroo、Yokokura Atsushi、Hagiwara Kazutaka、Hisata Kanako、Kawamitsu Mayumi、Koizumi Koji、Shinzato Chuya、Zayasu Yuna
    • 雑誌名

      G3 Genes|Genomes|Genetics

      巻: 11 号: 2

    • DOI

      10.1093/g3journal/jkab018

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Novel Mitochondrial DNA Markers for Scleractinian Corals and Generic-Level Environmental DNA Metabarcoding2021

    • 著者名/発表者名
      Shinzato Chuya、Narisoko Haruhi、Nishitsuji Koki、Nagata Tomofumi、Satoh Noriyuki、Inoue Jun
    • 雑誌名

      Frontiers in Marine Science

      巻: 8 ページ: 1-9

    • DOI

      10.3389/fmars.2021.758207

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Can Acropora tenuis larvae attract native Symbiodiniaceae cells by green fluorescence at the initial establishment of symbiosis?2021

    • 著者名/発表者名
      Yamashita H, Koike K, Shinzato C, Jimbo M, Suzuki G
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 16 号: 6 ページ: e0252514-e0252514

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0252514

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A New Dinoflagellate Genome Illuminates a Conserved Gene Cluster Involved in Sunscreen Biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi Eiichi、Beedessee Girish、Hisata Kanako、Tada Ipputa、Narisoko Haruhi、Satoh Noriyuki、Kawachi Masanobu、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 13 号: 2

    • DOI

      10.1093/gbe/evaa235

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Correlation between Organelle Genetic Variation and RNA Editing in Dinoflagellates Associated with the Coral Acropora digitifera2020

    • 著者名/発表者名
      Shoguchi Eiichi、Yoshioka Yuki、Shinzato Chuya、Arimoto Asuka、Bhattacharya Debashish、Satoh Noriyuki
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 12 号: 3 ページ: 203-209

    • DOI

      10.1093/gbe/evaa042

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] De novo transcriptome assembly from the gonads of a scleractinian coral, Euphyllia ancora: molecular mechanisms underlying scleractinian gametogenesis2020

    • 著者名/発表者名
      Chiu Yi-Ling、Shikina Shinya、Yoshioka Yuki、Shinzato Chuya、Chang Ching-Fong
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 21 号: 1

    • DOI

      10.1186/s12864-020-07113-9

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Whole-Genome Transcriptome Analyses of Native Symbionts Reveal Host Coral Genomic Novelties for Establishing Coral?Algae Symbioses2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Zayasu Yuna、Tada Ipputa、Kanda Miyuki、Satoh Noriyuki、Shoguchi Eiichi、Shinzato Chuya
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 13 号: 1 ページ: 1-18

    • DOI

      10.1093/gbe/evaa240

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Eighteen Coral Genomes Reveal the Evolutionary Origin of Acropora Strategies to Accommodate Environmental Changes2020

    • 著者名/発表者名
      Shinzato Chuya、Khalturin Konstantin、Inoue Jun、Zayasu Yuna、Kanda Miyuki、Kawamitsu Mayumi、Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Satoh Noriyuki
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 38 号: 1 ページ: 16-30

    • DOI

      10.1093/molbev/msaa216

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] シャコガイのゲノム解読と網羅的遺伝子発現解析による共生関連遺伝子の探索2024

    • 著者名/発表者名
      内田大賀, 島田剛,山下洋, 藤江学, 將口栄一, 新里宙也
    • 学会等名
      日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ウスエダミドリイシの初期生活期における共生関連遺伝子2023

    • 著者名/発表者名
      善岡祐輝、Yi-Ling Chiu、内田大賀 、山下洋、鈴木豪、新里宙也
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Evolutionary strategy of the coral Montipora2023

    • 著者名/発表者名
      善岡祐輝、新里宙也
    • 学会等名
      第25回日本進化学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] サンゴ-褐虫藻共生系の分子機構:異なる褐虫藻に対する宿主の遺伝子応答から探る2022

    • 著者名/発表者名
      善岡祐輝, 新里宙也
    • 学会等名
      第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会合同大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 共生開始時におけるウスエダミドリイシの異なる褐虫藻株に対する遺伝子発現応答の網羅的比較2022

    • 著者名/発表者名
      善岡 祐輝,山下 洋,鈴木 豪,新里 宙也
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ナガレハナサンゴにおける蛍光タンパク質遺伝子の独自進化2022

    • 著者名/発表者名
      内田 大賀,識名 信也,新里 宙也
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] サツマハオリムシのゲノム解析と組織別トランスクリプトーム解析による共生関連遺伝子の探索2022

    • 著者名/発表者名
      内田大賀, 善岡祐輝, 新里宙也
    • 学会等名
      第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会 合同大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ハマサンゴ,その「コンサバ」なゲノム戦略2021

    • 著者名/発表者名
      新里宙也,竹内猛,善岡祐輝,多田一風太,神田美幸,井口亮,日下部誠,佐藤矩行,井上麻夕里
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会24回大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Using genomics to reveal novel insights into coral biology2021

    • 著者名/発表者名
      Chuya Shinzato
    • 学会等名
      Genome Concept Centennial Conference
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] サツマハオリムシの全ゲノム解読と遺伝子予測2021

    • 著者名/発表者名
      吉田悠、善岡祐輝、八巻鮎太、佐々木章、井上広滋、新里宙也
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 有藻性サンゴ、ミドリイシ属の種判別遺伝子マーカー開発の取組み2021

    • 著者名/発表者名
      村山昌、座安佑奈、鈴木豪、新里宙也
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 18種のミドリイシ科サンゴの全ゲノム解読が明らかにする,ミドリイシ属の環境適応戦略2020

    • 著者名/発表者名
      新里宙也、Konstantin Khalturin 、井上潤、座安佑奈、神田美幸、川満真由美、善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、佐藤矩行
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会第23回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 造礁サンゴ、コユビミドリイシのゲノムワイドSNPを用いた、南西諸島における集団構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      土屋考人、座安佑奈、中島祐一、鈴木豪、佐藤矩行、新里宙也
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会第23回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 高精度な比較ゲノムを可能とするミドリイシ科サンゴからの遺伝子モデル構築2020

    • 著者名/発表者名
      善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、新里宙也
    • 学会等名
      日本サンゴ礁学会第23回大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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