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脂肪肝進行の時系列トランスオミクス解析による理解

研究課題

研究課題/領域番号 20H03237
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関九州大学

研究代表者

久保田 浩行  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (40376603)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2022年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
キーワードシステム生物学 / 脂肪肝 / トランスオミクス解析 / マルチオミクス解析 / 肥満 / 肝臓 / システムバイオロジー / トランスオミクス
研究開始時の研究の概要

脂肪肝はインスリン抵抗性や非アルコール性脂肪肝炎・肝ガンの原因である。これまでに食餌性肥満誘導マウス(DIOマウス)を用いて複数のオーム階層の網羅的な解析が行われてきた。しかし、これらの研究の殆どが単一階層の解析であり、対象サンプルとの2点間比較である。そこで本研究ではエピゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボロームのデータを取得し、多階層に跨るネットワークを同定する。同定したネットワークを基に数理モデルを作成し、肥満を制御することを目指す。

研究成果の概要

食餌性肥満と通常食マウスの肝臓から得た5階層7種のオームデータに対して、数理的手法、統計的手法、データベースを駆使し多階層ネットワークを構築した。これらの結果から、全ての階層において、多くの分子が2つの異なるタイミングで変動していることを見出した。同時に、数理解析の結果から階層間の制御も2つのタイミングに行われていることが分かった。これらの結果は、脂肪肝の進行が2段階で変化していることを示している。さらに、得られたネットワークを基に代謝経路の特徴を抽出し、経路間のメタレベルでの制御も明らかにすることが出来た。本研究により、肥満に伴う脂肪肝進行の全体像の端緒が明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生命現象は全て多階層に跨るネットワークに制御されているため、生命現象の全体像を明らかにするには、この多階層ネットワークを明らかにする必要がある。本研究で開発したトランスオミクス解析の手法は階層を繋げるのみならず、階層間の制御に関与する他の制御の寄与とタイミングも明らかにすることができた。本手法により、今後のオミクス研究に新たな方法と視点を与えられると期待される。また、肥満に伴う脂肪肝の進行が、2段階によって変容するという知見は、肥満の状態に応じた対応(治療)が必要であることを意味しており、治療への応用も期待できる。本研究の手法と結果は、他の疾患の理解にも貢献すると期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Comparison of hepatic responses to glucose perturbation between healthy and obese mice based on the edge type of network structures2023

    • 著者名/発表者名
      Ito Yuki、Uda Shinsuke、Kokaji Toshiya、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Suzuki Yutaka、Kuroda Shinya、Kubota Hiroyuki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 4758-4758

    • DOI

      10.1038/s41598-023-31547-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states.2022

    • 著者名/発表者名
      Kokaji T, Eto M, Hatano A, Yugi K, Morita K, Ohno S, Fujii M, Hironaka KI, Ito Y, Egami R, Uematsu S, Terakawa A, Pan Y, Maehara H, Li D, Bai Y, Tsuchiya T, Ozaki H, Inoue H, Kubota H, Suzuki Y, Hirayama A, Soga T, Kuroda S.
    • 雑誌名

      Sci Rep

      巻: 12 号: 1 ページ: 13719-13719

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17964-9

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multi-omics-based label-free metabolic flux inference reveals obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism2022

    • 著者名/発表者名
      Uematsu Saori、Ohno Satoshi、Tanaka Kaori Y.、Hatano Atsushi、Kokaji Toshiya、Ito Yuki、Kubota Hiroyuki、Hironaka Ken-ichi、Suzuki Yutaka、Matsumoto Masaki、Nakayama Keiichi I.、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 25 号: 2 ページ: 103787-103787

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.103787

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Four features of temporal patterns characterize similarity among individuals and molecules by glucose ingestion in humans2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Suguru、Karasawa Yasuaki、Fujii Masashi、Hironaka Ken-ichi、Uda Shinsuke、Kubota Hiroyuki、Inoue Hiroshi、Sumitomo Yohei、Hirayama Akiyoshi、Soga Tomoyoshi、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 8 号: 1 ページ: 6-6

    • DOI

      10.1038/s41540-022-00213-0

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle2021

    • 著者名/発表者名
      Egami Riku、Kokaji Toshiya、Hatano Atsushi、et al.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 号: 3 ページ: 102217-102217

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102217

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An extensive and dynamic trans-omic network illustrating prominent regulatory mechanisms in response to insulin in the liver2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki Fumiko、Uda Shinsuke、Yamauchi Yukiyo、Matsumoto Masaki、Soga Tomoyoshi、Maehara Kazumitsu、Ohkawa Yasuyuki、Nakayama Keiichi I.、Kuroda Shinya、Kubota Hiroyuki
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 36 号: 8 ページ: 109569-109569

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2021.109569

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Selective Regulation of the Insulin-Akt Pathway by Simultaneous Processing of Blood Insulin Pattern in the Liver2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kubota
    • 雑誌名

      Methods of Mathematical Oncology

      巻: 1 ページ: 203-213

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity2020

    • 著者名/発表者名
      Kokaji Toshiya、Hatano Atsushi、Ito Yuki、et al.
    • 雑誌名

      Science Signaling

      巻: 13 号: 660 ページ: 1236-1236

    • DOI

      10.1126/scisignal.aaz1236

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-Cell Information Analysis Reveals That Skeletal Muscles Incorporate Cell-to-Cell Variability as Information Not Noise2020

    • 著者名/発表者名
      Wada Takumi、Hironaka Ken-ichi、Wataya Mitsutaka、Fujii Masashi、Eto Miki、Uda Shinsuke、Hoshino Daisuke、Kunida Katsuyuki、Inoue Haruki、Kubota Hiroyuki、Takizawa Tsuguto、Karasawa Yasuaki、Nakatomi Hirofumi、Saito Nobuhito、Hamaguchi Hiroki、Furuichi Yasuro、Manabe Yasuko、Fujii Nobuharu L.、Kuroda Shinya
    • 雑誌名

      Cell Reports

      巻: 32 号: 9 ページ: 108051-108051

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2020.108051

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Trans-omic analysis of obesity revealed time-dependent regulation across multiple omic layer.2022

    • 著者名/発表者名
      Kubota H.
    • 学会等名
      Hot Spring Harbor International Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Trans-omic analysis of inulin response in the liver.2022

    • 著者名/発表者名
      2.Matsuzaki F., Uda S., Yamauchi Y., Matumoto M., Soga T., Maehara K., Ohkawa Y., Nakayama K. I., Kuroda S., Kubota H.
    • 学会等名
      Hot Spring Harbor International Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] トランスオミクス解析による生命現象の理解2022

    • 著者名/発表者名
      久保田浩行
    • 学会等名
      最先端バイオインフォマティクス研究ミニシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トランスオミクス解析を用いた疾患の理解2021

    • 著者名/発表者名
      久保田 浩行
    • 学会等名
      日本脳卒中学会学術集会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Selective regulation of the Insulin-AKT pathway by simultaneous processing of blood insulin pattern in the liver.2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroyuki Kubota
    • 学会等名
      Fusion of Mathematics and Biology
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Comparison of hepatic responses to glucose perturbation between normal and obese mice using edge ontology.2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Ito, Shinsuke Uda, Toshiya Kokaji, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Yutaka Suzuki, Shinya Kuroda and Hiroyuki Kubota
    • 学会等名
      Fusion of Mathematics and Biology
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] 遺伝学の百科事典2022

    • 著者名/発表者名
      久保田浩行
    • 総ページ数
      690
    • 出版者
      丸善出版
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 疾患原因遺伝子・タンパク質の解析技術と創薬/診断技術への応用2022

    • 著者名/発表者名
      松﨑芙美子 久保田浩行
    • 総ページ数
      530
    • 出版者
      技術情報協会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] レディオミクス入門2021

    • 著者名/発表者名
      2.久保田浩行
    • 総ページ数
      338
    • 出版者
      オーム社
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 医薬品開発におけるオミクス解析技術2020

    • 著者名/発表者名
      久保田浩行
    • 総ページ数
      181
    • 出版者
      情報機構
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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