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染色体複製サイクル再構成系の高度化で探るゲノム機能

研究課題

研究課題/領域番号 20H03238
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関立教大学

研究代表者

末次 正幸  立教大学, 理学部, 教授 (00363341)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2020年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
キーワードDNA複製 / ゲノム動態 / 複製サイクル再構成系 / 試験管内再構成 / ボトムアップ合成生物学 / 複製サイクル / 転写翻訳 / 染色体 / 複製 / 転写 / 翻訳 / 大腸菌 / 再構成 / ゲノム / 再構成生物学 / 染色体複製 / 長鎖DNA
研究開始時の研究の概要

大腸菌染色体複製のサイクルを再構成した複製サイクル再構成系では、ゲノムサイズの環状DNA分子の指数的な増幅が達成される。大腸菌をモデルとした研究では、複製系以外にも転写・翻訳、DNA修復、組換え、複製周期制御など、ゲノムにまつわる多くのシステムが試験管内再構成されている。本研究ではこれらシステムを複製サイクル再構成系に融合し、ゲノム動態の統合的な再現を目指す。システムだけでなくゲノム自体を試験管内に取り出しての再現も進める。試験管内に高度に再現されたゲノム動態に対し、従来細胞を対象に用いられてきたオミックス的解析手法を適用し、新しいアプローチでゲノム機能に迫る。

研究成果の概要

我々が独自に開発した大腸菌染色体複製のサイクルを再構成した複製サイクル再構成系(RCR)では、ゲノムサイズの環状DNA分子の指数的な増幅が達成される。大腸菌をモデルとした研究では、複製系以外にも転写・翻訳、DNA修復、組換え、複製周期制御など、ゲノムにまつわる多くのサブシステムが個別に試験管内再構成されている。そこで本研究ではこれらサブシステムを複製サイクル再構成系に融合し、ゲノム動態を統合的に再現する系を構築した。またシステムだけでなくメガサイズスケールのゲノム(染色体)自体を試験管内に取り出してRCRにより増幅する検討も実施し、2-Mbの分断染色体の全長増幅にも至った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

複製サイクル再構成系(RCR)は、セルフリーで環状DNAを増幅する技術として、世界的に注目されており、本技術を基盤とするオリシロジェノミクス社はモデルナ社に買収されたことでも脚光を浴びた。本研究でアップグレードされた複製サイクル再構成系は、DNAを基盤とするバイオ創薬への展開が期待される。また、複製を皮切りに、細胞内のゲノム動態を試験管内で、より近似していく試みは、分子生物学の新しいアプローチとして生命の理解に繋がっていくものである。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 1件、 招待講演 8件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Enzymatic Supercoiling of Bacterial Chromosomes Facilitates Genome Manipulation2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Hironobu、Osaku Ayane、Sakane Yuto、Yoshida Koki、Yamada Kayoko、Nara Seia、Mukai Takahito、Su’etsugu Masayuki
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 11 号: 9 ページ: 3088-3099

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00353

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] In vitro amplification of whole large plasmids via transposon-mediated oriC insertion2021

    • 著者名/発表者名
      Nara, S. and Su'etsugu, M.
    • 雑誌名

      BioTechniques

      巻: 71 号: 4 ページ: 528-533

    • DOI

      10.2144/btn-2021-0068

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Grand scale genome manipulation via chromosome swapping in Escherichia coli programmed by three one megabase chromosomes2021

    • 著者名/発表者名
      Yoneji, T., Fujita, H., Mukai, T., and Su'etsugu, M.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 49 号: 15 ページ: 8407-8414

    • DOI

      10.1093/nar/gkab298

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Amplification of Over 100 kbp DNA from Single Template Molecules in Femtoliter Droplets2021

    • 著者名/発表者名
      Ueno,H., Sawada,H., Soga,N., Sano,M., Nara,S., Tabata,K.V., Su’etsugu, M., Noji,H.
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 10 号: 9 ページ: 2179-2186

    • DOI

      10.1021/acssynbio.0c00584

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 第22回 OriCiro Genomicsのセルフリー長鎖環状DNA合成技術2021

    • 著者名/発表者名
      末次 正幸
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 57 号: 3 ページ: 218-220

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.57.3_218

    • NAID

      130007993278

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Overcoming the Challenges of Megabase-Sized Plasmid Construction in Escherichia coli2020

    • 著者名/発表者名
      Mukai Takahito、Yoneji Tatsuya、Yamada Kayoko、Fujita Hironobu、Nara Seia、Su’etsugu Masayuki
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 9 号: 6 ページ: 1315-1327

    • DOI

      10.1021/acssynbio.0c00008

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 大腸菌染色体複製サイクルの試験管内再構成と合成生物学2020

    • 著者名/発表者名
      SU’ETSUGU Masayuki
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 60 号: 5 ページ: 284-287

    • DOI

      10.2142/biophys.60.284

    • NAID

      130007919207

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] In vitro統合再構成で紐解く細菌ゲノムの自己複製原理2022

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] In vitro再構成で明らかになってきた複製・転写・翻訳の協調的進行2022

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      日本遺伝学会 第94回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA メチル化による大腸菌染色体複製サイクル再構成系の制御2022

    • 著者名/発表者名
      加納 巧希、末次 正幸
    • 学会等名
      第16回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 人工ゲノム合成における DNA 配列エラーの解析2022

    • 著者名/発表者名
      小山拓也、末次正幸
    • 学会等名
      第16回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体複製と転写翻訳の協調的進行2022

    • 著者名/発表者名
      奈良聖亜、末次正幸
    • 学会等名
      第16回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 人工ゲノムのセルフリー合成2021

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      バイオインダストリー協会 発酵と代謝研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌のメガサイズゲノムの合成と移植の技術2021

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      第73回 日本生物工学会大会 シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] なぜ今、合成生物学なのか2021

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      日本科学哲学会第54回大会 特別講演
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] メガサイズ染色体のバクテリア細胞への出し入れおよび増幅の技術2021

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会ワークショップ「細胞核を造る」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌ゲノムの分断化とポータブル化2021

    • 著者名/発表者名
      向井崇人、末次正幸
    • 学会等名
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌サブ染色体の他細胞への移植2021

    • 著者名/発表者名
      吉田光輝、向井崇人、末次正幸
    • 学会等名
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌ゲノムの試験管内複製2021

    • 著者名/発表者名
      藤田裕寛、末次正幸
    • 学会等名
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 複製遺伝子群をコードする環状DNAを鋳型にしたセントラルドグマの試験管内再構成2021

    • 著者名/発表者名
      川上直貴、長谷部友憲、高田啓、末次正幸
    • 学会等名
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体複製再構成系と転写・翻訳系との協調2021

    • 著者名/発表者名
      奈良聖亜、末次正幸
    • 学会等名
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] メガスケールのDNA合成技術とその応用2021

    • 著者名/発表者名
      末次正幸
    • 学会等名
      第2回 東京理科大学総合研究院合成生物学研究部門シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Masayuki Su'etsugu2021

    • 著者名/発表者名
      In vitro amplification of mega-sized circular DNA and its applications
    • 学会等名
      I2BCParisSaclay virtual seminar
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 研究室webページ

    • URL

      https://www2.rikkyo.ac.jp/web/sue-lab/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 末次研究室HP

    • URL

      https://www2.rikkyo.ac.jp/web/sue-lab/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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