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植物の細胞リプログラミングを制御する分子機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H03284
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分44030:植物分子および生理科学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

杉本 慶子  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (30455349)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2020年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
キーワード細胞リプログラミング / 器官再生 / 植物ホルモン / ストレス応答 / シロイヌナズナ
研究開始時の研究の概要

傷害ストレスは細胞リプログラミングを誘導し、器官再生を促進するが、その分子機構は断片的にしか理解されていない。本研究ではストレス応答に関与する転写因子の下流標的遺伝子を同定し、機能を解析することで、傷害ストレスがいかに細胞リプログラミングを誘導するかを解明する。またシロイヌナズナの葉肉プロトプラストからの再生系を用いて、傷害誘導性の転写制御ネットワークが最終分化した細胞からのリプログラミングにも関与するかどうかを検証し、植物細胞の分化転換機構の包括的な理解を進める。

研究成果の概要

傷害ストレスは細胞リプログラミングを誘導し、器官再生を促進するが、その分子機構は断片的にしか理解されていない。本研究では傷害応答性の細胞リプログラミングを制御する転写制御機構の解明を進めることを目的とした。まず、組織培養系を用いて細胞リプログラミングに関与する傷害シグナル受容後初期の転写制御ネットワークの一部を明らかにした。また、こうした傷害誘導性の転写ネットワークがSUMO化を介した翻訳後修飾機構によって負に制御されることが分かった。さらに、葉肉プロトプラストの培養系を用いてこれらの制御因子の最終分化細胞からのリプログラミングにも関与することを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

CRISPR-Cas9法等のゲノム編集技術が急速に発展するなかでも、多くの有用植物において形質転換後の再生効率の低さが品質向上技術確立の大きなボトルネックになっている。本研究は細胞リプログラミングの新たな制御機構を明らかにするものであり、再生しにくい植物の再生効率を向上させるための分子組織培養法の確立に貢献することが期待される。また、分化した植物体細胞のリプログラミングを定量的に評価する実験系を始めて立ち上げたことで、分化細胞からのリプログラミングを制御する分子機構を解明することを可能にした点に本研究の学術的意義がある。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (24件) (うち国際共著 15件、 査読あり 22件、 オープンアクセス 17件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 9件、 招待講演 10件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] VIB-UGent(ベルギー)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] VIB-UGENT(ベルギー)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] VIB(ベルギー)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Cytokinin signaling promotes root hair growth by directly regulating RSL4 expression2023

    • 著者名/発表者名
      Takatsuka Hirotomo、Sasaki Anna、Takahashi Naoki、Shibata Michitaro、Sugimoto Keiko、Tanaka Maho、Seki Motoaki、Umeda Masaaki
    • 雑誌名

      Journal of Experimental Botany

      巻: - 号: 12 ページ: 3579-3594

    • DOI

      10.1093/jxb/erad091

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Arabidopsis histone H3 lysine 9 methyltransferases KYP/SUVH5/6 are involved in leaf development by interacting with AS1-AS2 to repress KNAT1 and KNAT22023

    • 著者名/発表者名
      Hung Fu-Yu、Feng Yun-Ru、Hsin Kuan-Ting、Shih Yuan-Hsin、Chang Chung-Han、Zhong Wenjian、Lai You-Cheng、Xu Yingchao、Yang Songguang、Sugimoto Keiko、Cheng Yi-Sheng、Wu Keqiang
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 6 号: 1 ページ: 219-219

    • DOI

      10.1038/s42003-023-04607-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] How do plants reprogramme the fate of differentiated cells?2023

    • 著者名/発表者名
      Morinaka Hatsune、Sakamoto Yuki、Iwase Akira、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 74 ページ: 102377-102377

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2023.102377

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Mechanisms of Plant Regeneration from Differentiated Cells: Approaches from Historical Tissue Culture Systems2022

    • 著者名/発表者名
      Morinaka Hatsune、Coleman Duncan、Sugimoto Keiko、Iwase Akira
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 64 号: 3 ページ: 297-304

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac172

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] MYB3R-SCL28-SMR module with a role in cell size control negatively regulates G2 progression in <i>Arabidopsis</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Takatsuka Hirotomo、Nomoto Yuji、Yamada Kesuke、Mineta Keito、Breuer Christian、Ishida Takashi、Yamagami Ayumi、Sugimoto Keiko、Nakano Takeshi、Ito Masaki
    • 雑誌名

      Plant Signaling &amp; Behavior

      巻: e2153209 号: 1 ページ: 1-5

    • DOI

      10.1080/15592324.2022.2153209

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Auxin-Induced WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX13 Mediates Asymmetric Activity of Callus Formation upon Cutting2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Hayato、Hashimoto Naoki、Kawai Satomi、Yumoto Emi、Shibata Kyomi、Tameshige Toshiaki、Yamamoto Yuma、Sugimoto Keiko、Asahina Masashi、Ikeuchi Momoko
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 64 号: 3 ページ: 305

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac146

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transcriptional activation of auxin biosynthesis drives developmental reprogramming of differentiated cells2022

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Yuki、Kawamura Ayako、Suzuki Takamasa、Segami Shoji、Maeshima Masayoshi、Polyn Stefanie、De Veylder Lieven、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 34 号: 11 ページ: 4348-4365

    • DOI

      10.1093/plcell/koac218

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Trihelix transcription factors GTL1 and DF1 prevent aberrant root hair formation in an excess nutrient condition2022

    • 著者名/発表者名
      Shibata Michitaro、Favero David S.、Takebayashi Ryu、Takebayashi Arika、Kawamura Ayako、Rymen Bart、Hosokawa Yoichiroh、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 235 号: 4 ページ: 1426-1441

    • DOI

      10.1111/nph.18255

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Topoisomerase VI participates in an insulator-like function that prevents H3K9me2 spreading2022

    • 著者名/発表者名
      Meteignier Louis-Valentin、Lecampion Cecile、Velay Florent、Vriet Cecile、Dimnet Laura、Rougee Martin、Breuer Christian、Soubigou-Taconnat Ludivine、Sugimoto Keiko、Barneche Fredy、Laloi Christophe
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 27

    • DOI

      10.1073/pnas.2001290119

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A hierarchical transcriptional network activates specific CDK inhibitors that regulate G2 to control cell size and number in Arabidopsis2022

    • 著者名/発表者名
      Nomoto Yuji、Takatsuka Hirotomo、Yamada Kesuke、Suzuki Toshiya、Suzuki Takamasa、Huang Ying、Latrasse David、An Jing、Gombos Magdolna、Breuer Christian、Ishida Takashi、Maeo Kenichiro、Imamura Miyu、Yamashino Takafumi、Sugimoto Keiko、Magyar Zolt?n、B?gre L?szl?、Raynaud C?cile、Benhamed Moussa、Ito Masaki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 1660-1660

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29316-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] SUPPRESSOR OF PHYTOCHROME B-4 #3 reduces the expression of PIF-activated genes and increases expression of growth repressors to regulate hypocotyl elongation in short days2022

    • 著者名/発表者名
      Jacques Caitlin N.、Favero David S.、Kawamura Ayako、Suzuki Takamasa、Sugimoto Keiko、Neff Michael M.
    • 雑誌名

      BMC Plant Biology

      巻: 22 号: 1 ページ: 399-399

    • DOI

      10.1186/s12870-022-03737-z

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Warm Temperature Promotes Shoot Regeneration in <i>Arabidopsis thaliana</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Lambolez Alice、Kawamura Ayako、Takahashi Tatsuya、Rymen Bart、Iwase Akira、Favero David S、Ikeuchi Momoko、Suzuki Takamasa、Cortijo Sandra、Jaeger Katja E、Wigge Philip A、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: ー 号: 5 ページ: 618-634

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac017

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Plant development meets climate emergency ? it's time to plant an apple tree2022

    • 著者名/発表者名
      Sugimoto Keiko、Nowack Moritz K.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 65 ページ: 102175-102175

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2022.102175

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] High temperature perception in leaves promotes vascular regeneration and graft formation in distant tissues2022

    • 著者名/発表者名
      Serivichyaswat Phanu T.、Bartusch Kai、Leso Martina、Musseau Constance、Iwase Akira、Chen Yu、Sugimoto Keiko、Quint Marcel、Melnyk Charles W.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 149 号: 5

    • DOI

      10.1242/dev.200079

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 4-phenylbutyric acid promotes plant regeneration as an auxin by being converted to phenylacetic acid via an IBR3-independent pathway2022

    • 著者名/発表者名
      Iwase A, Takebayashi A, Aoi Y, Favero DS, Watanabe S, Seo M, Kasahara H, Sugimoto K
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology

      巻: in press

    • NAID

      130008161269

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] WIND transcription factors orchestrate wound-induced callus formation, vascular reconnection and defense response in Arabidopsis2021

    • 著者名/発表者名
      Iwase A, Kondo Y, Laohavisit A, Takebayashi A, Ikeuchi M, Matsuoka K, Asahina M, Mitsuda N, Shirasu K, Fukuda H, Sugimoto K
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 232 号: 2 ページ: 734

    • DOI

      10.1111/nph.17594

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fifteen compelling open questions in plant cell biology2021

    • 著者名/発表者名
      Roeder Adrienne H K、Otegui Marisa S、Dixit Ram、Anderson Charles T、Faulkner Christine、Zhang Yan、Harrison Maria J、Kirchhelle Charlotte、Goshima Gohta、Coate Jeremy E、Doyle Jeff J、Hamant Olivier、Sugimoto Keiko、Dolan Liam、Meyer Heather、Ehrhardt David W、Boudaoud Arezki、Messina Carlos
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 34 号: 1 ページ: 72-102

    • DOI

      10.1093/plcell/koab225

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Transcriptome Dynamics of Epidermal reprogramming during direct shoot regeneration in Torenia fournieri2021

    • 著者名/発表者名
      Hatsune Morinaka, Akihito Mamiya, Hiroaki Tamaki, Akitoshi Iwamoto, Takamasa Suzuki, Ayako Kawamura, Momoko Ikeuchi, Akira Iwase, Tetsuya Higashiyama, Keiko Sugimoto, Munetaka Sugiyama
    • 雑誌名

      Plant & Cell Physiology

      巻: 62 号: 8 ページ: 1335-1354

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab101

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Spatial transcriptional signatures define margin morphogenesis along the proximal-distal and medio-lateral axes in tomato (Solanum lycopersicum) leaves2020

    • 著者名/発表者名
      Martinez Ciera C、Li Siyu、Woodhouse Margaret R、Sugimoto Keiko、Sinha Neelima R
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 33 ページ: 44-65

    • DOI

      10.1093/plcell/koaa012

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular pathways regulating elongation of aerial plant organs: a focus on light, the circadian clock, and temperature2020

    • 著者名/発表者名
      Favero David S.、Lambolez Alice、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 105 号: 2 ページ: 392-420

    • DOI

      10.1111/tpj.14996

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Common Mechanisms of Developmental Reprogramming in Plants-Lessons From Regeneration, Symbiosis, and Parasitism2020

    • 著者名/発表者名
      Ichihashi Yasunori、Hakoyama Tsuneo、Iwase Akira、Shirasu Ken、Sugimoto Keiko、Hayashi Makoto
    • 雑誌名

      Frontiers in Plant Science

      巻: 11 ページ: 1084-1084

    • DOI

      10.3389/fpls.2020.01084

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] How do plants transduce wound signals to induce tissue repair and organ regeneration?2020

    • 著者名/発表者名
      Ikeuchi Momoko、Rymen Bart、Sugimoto Keiko
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 57 ページ: 72-77

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2020.06.007

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The SUMO E3 ligase SIZ1 negatively regulates shoot regeneration2020

    • 著者名/発表者名
      Duncan Coleman, Ayako Kawamura, Momoko Ikeuchi, David Seth Favero, Alice Lambolez, Bart Rymen, Akira Iwase, Takamasa Suzuki, Keiko Sugimoto
    • 雑誌名

      Plant Physiology

      巻: 184 号: 1 ページ: 330-344

    • DOI

      10.1104/pp.20.00626

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 傷口からの再生 : 植物の細胞リプログラミング2020

    • 著者名/発表者名
      池内桃子、杉本慶子
    • 雑誌名

      遺伝 : 生物の科学

      巻: 5 ページ: 568-573

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Epigenetic control of cellular reprogramming in plant regeneration2022

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia Conference, Awaji, Japan
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Control of cell reprogramming in plant regeneration2022

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      FASEB meeting, Boston, USA
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] How do plants feel the damage to protect and rebuild themselves?2022

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      EMBO Workshop, Montpellier, France
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Control of cell reprogramming in plant regeneration2022

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Israeli Center for Genome Editing, online
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 植物の傷害修復応答2021

    • 著者名/発表者名
      杉本 慶子
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 植物の環境レジリエンスを支える傷害修復機構2021

    • 著者名/発表者名
      杉本 慶子
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Control of cellular reprogramming in plant regeneration.2021

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Triangle Plant Molecular Biology Consortium at North Carolina Biotechnology Center
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Control of cellular reprogramming in plant regeneration.2021

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Plant Regeneration Workshop
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Control of cellular reprogramming in plant regeneration2020

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Japan Society of Developmental Biologists, September 2020 online
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Control of cellular reprogramming in plant regeneration2020

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      Sainsbury Laboratory Symposium 2020 on Pluripotency in Plant Development online
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular mechanism of cellular reprogramming in plants2020

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sugimoto
    • 学会等名
      ASPB Plantae virtual seminar series, April 2020 online
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] Cell Function Research Team

    • URL

      http://cellfunction.riken.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書
  • [備考] 細胞機能研究チーム

    • URL

      http://cellfunction.riken.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [産業財産権] 植物の再生効率を向上する新技術2020

    • 発明者名
      杉本慶子
    • 権利者名
      杉本慶子
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-054721
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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