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ミクロ神経細胞ネットワークの広域非一様性の原理解明

研究課題

研究課題/領域番号 20H04257
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分61040:ソフトコンピューティング関連
研究機関京都大学

研究代表者

下野 昌宣  京都大学, 医学研究科, 准教授 (30552137)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 採択後辞退 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2021年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2020年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
キーワードネットワーク / 脳 / ビックデータ / 皮質 / 非一様 / Network / Deep Neural Nework / Cortex / nonuniformity / data generation / Artificial Intelligence / Multielectrode recording / Immunostaining / ミクロとマクロ / 全脳 / 細胞 / コネクトーム / 電気活動 / 神経 / モデリング / 多細胞 / 法則
研究開始時の研究の概要

脳は極めて非一様な組織であるとの認識は古くからある。しかし、脳広域で、細胞以下の解像度での非一様性を反映したビックデータの取得と分析は、今こそ世界が凌ぎを削っている最中である。とりわけ、高等動物から機能的な多神経細胞間の相互作用ネットワークの非一様性を、脳広域で観察した例はない。本研究では、申請者がこれまでに準備した技術を総動員して、マウスの脳領域”内”の(細胞密度を超えて)1000個以上の細胞間相互作用ネットワークのパターンを反映したデータを、20程度の脳領域から取得し、それらのパターンの非一様性(相対的な相同性と相違性)を体系的に説明するルールの解明を目指す。

研究実績の概要

私たちは、脳や神経データを体系的に取得するwet系の実験と、ネットワーク科学や人工知能の技術を活用したdry系の解析を両面として進める、新たな研究の展開を試みてまいりました。以下に成果をリストします。(1) 一つの脳皮質領域の神経細胞ネットワークに対してネットワークサイエンス解析を行い、抑制細胞がネットワークのハブ的位置づけにあることを明らかとしました。この知見は、神経科学に極めて原理的なものですが、広く評価されたことはありませんでした。(2) 上と同じデータを用いて、オートエンコーダという人工ニューラルネットワークの一種を適用して、トポロジー的特徴を自動的に抽出・解釈する技術を開発し、人では直感的に分からないデータの傾向を明らかとしました。具体的には、複数のトポロジーのブレンドが、その非一様性を効果的に説明することを明らかとしました。(3) 1の方法の実験の適用域を拡張し、12個の脳領域のトポロジーを幅広く比較しました。その結果、前頭部が他領域と比べて、極めて特殊な内部での接続構造を有していることを明らかとしました。(4) 時系列を取り扱うことのできる深層神経ネットワークの一種を、複数領域のデータに適用し、神経活動のスパイクデータを生成することに成功しました。この研究により、異なる脳領域間でも神経活動の相互生成が可能であることが判明しました。(5) 3の分析を、精神疾患モデルマウスの前頭部のデータに適用し、健常群と疾患群の差異を明らかとしました。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初計画していた領域間の比較は完了し、そのデータに対して、計画当初には用意していなかったデータ生成の手法を適用する事で、未踏の展開が進んだため。

今後の研究の推進方策

極めて重要な展開を用意しているが、公開はできない段階である。5の成果に関して、今後まとめてゆく必要がある。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Deep neural generation of neuronal spikes2023

    • 著者名/発表者名
      Nakajima Ryota、Shirakami Arata、Tsumura Hayato、Matsuda Kouki、Nakamura Eita、Shimono Masanori
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 1 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1101/2023.03.05.531237

    • NAID

      130008105365

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Whole brain evaluation of cortical micro-connectomes2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuda Kouki、Shirakami Arata、Nakajima Ryota、Akutsu Tatsuya、Shimono Masanori
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 1 ページ: 1-20

    • DOI

      10.1101/2022.10.05.510240

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Inhibitory neurons exhibit high controlling ability in the cortical microconnectome2021

    • 著者名/発表者名
      Kajiwara Motoki、Nomura Ritsuki、Goetze Felix、Kawabata Masanori、Isomura Yoshikazu、Akutsu Tatsuya、Shimono Masanori
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 17 号: 4 ページ: 1008846-1008846

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1008846

    • NAID

      120007026450

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Neural network embedding of functional microconnectome2021

    • 著者名/発表者名
      Shirakami Arata、Hase Takeshi、Yamaguchi Yuki、Shimono Masanori
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 1 ページ: 1-22

    • DOI

      10.1101/2021.10.19.464982

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
  • [学会発表] Whole brain comparison of effective cortical micro-connectome.2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuda K., Shirakami A., Nakajima R., Yamaguchi Y., Shimono M.
    • 学会等名
      Organization for Computational Neuroscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Network properties of the medial prefrontal cortex altered by chronic social stress in mice.2022

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Y., Hase T., Shirakami A., Shinohara R., Kitaoka S., Furuyashiki T., Shimono M.
    • 学会等名
      Organization for Computational Neuroscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Whole brain comparison of functional microconnectome2022

    • 著者名/発表者名
      Shimono M.
    • 学会等名
      Network Neuroscience2022
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Whole brain comparison of E/I categorized informatic microconnectome and the application.2022

    • 著者名/発表者名
      Shimono M.
    • 学会等名
      CNS*2022 Workshop on Methods of Information Theory in Computational Neuroscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Deep neural embedding of neuronal connectivity.2021

    • 著者名/発表者名
      Shirakami A., Shimono M.
    • 学会等名
      Organization for Computational Neuroscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of clinical symptoms based on global cortical thinning patterns in Parkinson's disease.2021

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi S., Shimono M.
    • 学会等名
      Organization for Computational Neuroscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of clinical symptoms based on global cortical thinning patterns in Parkinson's disease.2021

    • 著者名/発表者名
      Saeko Kikuchi, Masanori Shimono
    • 学会等名
      organization for computational neuroscience 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Deep neural embedding of neuronal connectivity.2021

    • 著者名/発表者名
      Arata Shirakami, Masanori Shimono
    • 学会等名
      organization for computational neuroscience 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 神経接続データのニューラルネットワーク埋め込み2021

    • 著者名/発表者名
      白上新, 鳥羽拓馬, 中本勲, 長谷武志, 下野 昌宣
    • 学会等名
      日本生体医工学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] パーキンソン病における皮質広域での菲薄化パターンに基づいた広範な臨床症状の予測2021

    • 著者名/発表者名
      菊池紗瑛子, 白上新, 下野昌宣
    • 学会等名
      日本生体医工学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://shimono-u.net/

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-12-25  

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