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クエン酸生産糸状菌を基盤とした遺伝子置換技術の開発と有用有機酸生産菌の育種

研究課題

研究課題/領域番号 20J12091
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分38020:応用微生物学関連
研究機関早稲田大学

研究代表者

吉岡 育哲  早稲田大学, 理工学術院, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2020-04-24 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
2021年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2020年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
キーワードクエン酸発酵 / クロコウジカビ / ゲノム編集(CRISPR/Cas9) / ミトコンドリア有機酸輸送系 / 遺伝子置換 / 代謝工学的育種 / Aspergillus tubingensis / trans-アコニット酸 / citric acid / CRISPR/Cas9 / filamentous fungi / gene replacement / genome editing / mitochondria / transporter
研究開始時の研究の概要

本研究では、クエン酸高生産糸状菌(カビ)Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223Lを宿主として大規模かつ高効率な遺伝子置換法を開発し、クエン酸生産機構の解明および有用有機酸生産菌の育種へ応用する。
はじめにCRISPR/Cas9システムによるゲノム編集を用いた遺伝子の高効率置換法を開発する。さらに、クエン酸生産の場であるミトコンドリアに局在する有機酸輸送体遺伝子を網羅的に解析して「クエン酸生産に寄与する重要な輸送体」を同定する。以上の結果を用いて、ゲノム編集で輸送体遺伝子を適切に改変することで有用有機酸trans-アコニット酸の生産菌を創製する。

研究実績の概要

本研究では、クエン酸高生産糸状菌(カビ)である Aspergillus tubingensis WU-2223L を宿主としてゲノム編集を駆使し、クエン酸生産機構の解明および生産機構の適切な改変(利用)による有用有機酸生産菌の育種を目的としている。本年度では、前年度に明らかにしたクエン酸高生産に主たる寄与をするミトコンドリアのクエン酸輸送体遺伝子cocAを標的として「クエン酸生産の抑制」と「アコニット酸生産の促進」を指向した代謝工学的育種を実施した。
「アコニット酸生産の促進」としてA. terreusの有するcis-アコニット酸輸送体遺伝子を遺伝子置換法によりcocA遺伝子座に挿入(置換)すると、クエン酸生産量は親株と比較して約60%減少し、親株には認められない「アコニット酸の菌体外への蓄積」が確認された。すなわち、ミトコンドリア輸送系の置換によりアコニット酸の蓄積の促進とクエン酸生産の抑制に成功した。一方、排出されたアコニット酸の生産量は1 g/L未満とクエン酸のそれ(60 g/L)と比較して低収量であった。そこでクエン酸(アコニット酸の前駆体)のさらなる菌体内への蓄積による収量増加を狙い、既知のクエン酸輸送体遺伝子cexAをノックアウトしたところクエン酸の生産量は90%以上激減したが、trans-アコニット酸の生成量も約50%減少した。また対照的に、cexAの高発現によりクエン酸およびtrans-アコニット酸の収量が増大することも見出し、すなわちクエン酸排出タンパクCEXAにはtrans-アコニット酸の排出活性があるという世界初の知見を得た。
以上より、本年度ではクエン酸生産菌を宿主にミトコンドリアの改変を通じた「クエン酸生産の抑制」および「有用有機酸生産へ代謝の転換(=生産の促進)」が可能であることを、trans-アコニット酸生産菌の育種を実例に示すことができた。

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Constitutive production of aconitate isomerase by Pseudomonas sp. WU-0701 in relation to trans-aconitic acid assimilation2021

    • 著者名/発表者名
      Takiguchi Arisa、Yoshioka Isato、Oda Yunosuke、Ishii Yoshitaka、Kirimura Kohtaro
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 131 号: 1 ページ: 47-52

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.09.003

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 1)Rapid and marker-free gene replacement in citric acid-producing Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L by the CRISPR/Cas9 system-based genome editing technique using DNA fragments encoding sgRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka, I. and Kirimura, K.
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: in press 号: 6 ページ: 579-588

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2021.01.011

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 3)Draft genome sequence of Aspergillus tubingensis WU-2223L, a citric acid-producing filamentous fungus belonging to Aspergillus section Nigri2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshioka, I., Takahashi, H., Kusuya, Y., Yaguchi, T., and Kirimura, K.
    • 雑誌名

      Microbiology Resource Announcements

      巻: 9 号: 33

    • DOI

      10.1128/mra.00702-20

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ゲノムおよび代謝産物の分析に基づくクエン酸高生産菌 Aspergillus tubingensis WU-2223L のマイコトキシン非生産性の検証2022

    • 著者名/発表者名
      柴田朗、吉岡育哲、中川博之、桐村光太郎
    • 学会等名
      農芸化学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クエン酸高生産糸状菌 Aspergillus tubingensis (A. niger) WU-2223L の育種を目的とした CRISPR/Cas9 システムを利用した遺伝子置換法の開発2021

    • 著者名/発表者名
      吉岡育哲、桐村光太郎
    • 学会等名
      生物工学会2021年大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] クエン酸高生産菌Aspergillus tubingensis WU-2223L のドラフトゲノムの決定2021

    • 著者名/発表者名
      吉岡 育哲、高橋 弘喜、楠屋 陽子、矢口 貴志、桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度仙台大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム編集システムを用いたクエン酸生産糸状菌におけるミトコンドリア局在型クエン酸輸送体遺伝子ノックアウト株の作製と性能評価2021

    • 著者名/発表者名
      大浦 智之、吉岡 育哲、脇本 紗梨、桐村 光太郎
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度仙台大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-07-07   更新日: 2024-03-26  

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