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代謝における酵素集合体の液滴による再現と制御

研究課題

研究課題/領域番号 20J21734
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関筑波大学

研究代表者

浦 朋人  筑波大学, 理工情報生命学術院, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2020-04-24 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2022年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2021年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2020年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
キーワード液-液相分離 / 酵素活性化 / 酵素連続反応
研究開始時の研究の概要

細胞内は多種類の分子が高濃度存在する環境にも関わらず、何百もの酵素反応が混線せずに秩序立って進む。酵素集合体は、この緻密な酵素反応の制御において重要なはたらきを担うことが示唆されている。しかし、酵素集合体の形成機構や機能の物理化学的な理解は為されていない。本研究では、生体分子が可逆的に集合・分散する液-液相分離現象に着目し、試験管内で酵素集合体の再現と酵素反応への影響を調査する。

研究実績の概要

本年度は、昨年度に引き続き、L-乳酸酸化酵素が液滴内で約1桁活性化する現象について詳細な調査を進めた。動的光散乱法および顕微鏡観察を組み合わせた調査により、塩濃度に応じて液滴のサイズが数十ナノメートルから数マイクロメートルまで変化することを発見した。この液滴のサイズの塩濃度依存性を利用して塩濃度を変化させながら酵素活性測定を行ったところ、液滴のサイズが小さいほど酵素活性化効果が高いことを明らかにした。以上の結果と、昨年度までに得られていた1) 液滴内での酵素の反応速度論パラメータの変化と2) 酵素の高次構造の変化の結果をまとめた論文が発表および口頭発表を行った。
液滴は細胞内を区画化する集合体であり、様々な反応との関連が明らかにされている。これらの研究では、試験管内で目的のタンパク質を含む液滴を形成させ分析して得られた知見から細胞内の液滴の形成機構や機能に言及している。観察を容易にするために数十マイクロメートル程度の液滴を試験管内で作製する例も多いが、本来細胞内を区画化する液滴の挙動を理解するために、細胞と同程度かそれ以上の大きさの液滴を分析することに対して疑問もあがっている。本年度の成果は、液滴のサイズが酵素の活性を変化させることを示した点で意義がある。また液滴形成の前駆体として数百ナノメートルサイズの集合体の存在が他の研究でも報告されはじめており、今後はこのサイズの集合体の検出やダイナミクスの調査が細胞内の液滴の役割の理解において重要になるだろう。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Activation of L-lactate oxidase by the formation of enzyme assemblies through liquid?liquid phase separation2023

    • 著者名/発表者名
      Tomoto Ura, Ako Kagawa, Nanako Sakakibara, Hiromasa Yagi, Naoya Tochio, Takanori Kigawa, Kentaro Shiraki, Tsutomu Mikawa
    • 雑誌名

      Sci. Rep.

      巻: 13 号: 1 ページ: 1435-1435

    • DOI

      10.1038/s41598-023-28040-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic behavior of liquid droplets with enzyme compartmentalization triggered by sequential glycolytic enzyme reactions2021

    • 著者名/発表者名
      Ura Tomoto、Tomita Shunsuke、Shiraki Kentaro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 93 ページ: 12544-12547

    • DOI

      10.1039/d1cc04596b

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 液滴による酵素反応の制御2022

    • 著者名/発表者名
      浦朋人
    • 学会等名
      量子生命科学会 第4回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 液-液相分離と酵素反応2022

    • 著者名/発表者名
      浦朋人
    • 学会等名
      第1回 META body研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 液滴によるL-乳酸酸化酵素の活性化2021

    • 著者名/発表者名
      浦朋人、香川亜子、八木宏昌、栃尾尚哉、木川隆則、美川務、 白木賢太郎
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵素反応と連動した液滴の動的挙動2021

    • 著者名/発表者名
      浦朋人、香川亜子、八木宏昌、栃尾尚哉、木川隆則、美川務、 白木賢太郎
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵素連続反応と連動した液滴の動的挙動2021

    • 著者名/発表者名
      浦朋人、冨田峻介、白木賢太郎
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Liquid droplet enhances enzyme activity of L lactate oxidase2021

    • 著者名/発表者名
      Ura Tomoto
    • 学会等名
      RIKEN BDR SYMPOSIUM 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 酵素連続反応と 液 液相分離2020

    • 著者名/発表者名
      浦朋人、白木賢太郎
    • 学会等名
      第 6 回蛋白質工学研究会ワークショップ『蛋白質医薬における相分離現象の理解と産業利用可能性』
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 相分離生物学の全貌2020

    • 著者名/発表者名
      白木賢太郎 編
    • 出版者
      東京化学同人
    • ISBN
      9784807913466
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-07-07   更新日: 2024-03-26  

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