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理論構築とゲノム解析から種分化の謎を解き明かす

研究課題

研究課題/領域番号 20J21760
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分45020:進化生物学関連
研究機関総合研究大学院大学

研究代表者

坂本 貴洋  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2020-04-24 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2022年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2021年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2020年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワード集団遺伝学 / 種分化 / 局所適応 / 性染色体 / 表現型可塑性 / 数理モデル / 確率過程 / マラーのラチェット / 性選択
研究開始時の研究の概要

1つの種が複数の種が分かれる種分化の過程で、DNA配列がどのように変化するのかを、数理モデルによって明らかにする。現在、さまざまな種のDNA配列が解析され、種分化の過程の解明が試みられている。しかし、種分化過程の違いによって、DNA配列上に残される痕跡がどのように異なるのかは十分に分かっておらず、このことは種分化過程の推定を妨げてきた。種分化過程とDNA上の痕跡の関係を理論的に明らかにし、この問題を解決したい。

研究実績の概要

本研究では、1つの種が複数の種に分かれるプロセスである種分化に注目し、DNA配列がどのように変化することで種分化が起きるのか、数理モデルを用いて明らかにすることを目的とした。まず、種分化の際に重要な自然選択と性選択を同時に受ける形質(magic trait)に注目し、その進化のプロセスを数学的な解析とシミュレーションにより明らかにした。
次に、種分化への寄与が示唆されている性染色体の進化に注目した。性染色体進化の初期段階にある魚類や両生類などの分類群では、しばしば近縁種間で性決定遺伝子や性染色体が異なっており、性決定遺伝子が遷移している。しかし、このような遷移がいつ可能で、どのような痕跡をゲノム上に残すかは分かっていなかった。そこで、遷移のメカニズムの一つとして有力視されている性拮抗選択(sexually antagonistic selection)に注目し、新しい性決定遺伝子への遷移の確率が自然選択のパラメータにどのように依存するのかを調べた。また、遷移後に残るDNA上の多型のパターンについても調べた。また、性染色体の後期段階に注目した研究も行った。進化の後期段階にあるY染色体では、組み換えが起こらず、他の染色体より有害変異を溜めこみやすい。しかし、近年のゲノム解析により、Y染色体では遺伝子重複が多数起きており、遺伝子変換と呼ばれる重複遺伝子間のDNAのやりとりが頻繁に起こっていることが分かってきた。そこで、遺伝子変換を取り入れたモデルを構築し、これがY染色体上の有害変異の蓄積にどう影響するのかを調べた。
また、表現型可塑性の進化に注目した研究を行った。表現型可塑性によって複数の環境へ適応した集団が、それぞれの局所環境に専門化すれば、種分化につながる。その初期段階として、不連続な表現型可塑性がどのように進化するのかについて、シミュレーションを用いて調べた。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Muller’s ratchet of the Y chromosome with gene conversion2022

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Takahiro、Innan Hideki
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: 220 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1093/genetics/iyab204

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Establishment process of a magic trait allele subject to both divergent selection and assortative mating2020

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto T. and Innan H.
    • 雑誌名

      Theoretical Population Biology

      巻: 135 ページ: 9-18

    • DOI

      10.1016/j.tpb.2020.07.001

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Establishment of a new sex-determining allele driven by sexually antagonistic selection2020

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto T. and Innan H.
    • 雑誌名

      G3 Genes|Genomes|Genetics

      巻: 11 号: 1 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1093/g3journal/jkaa031

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 遺伝子変換を考慮したY染色体の劣化ダイナミクス2022

    • 著者名/発表者名
      坂本貴洋、印南秀樹
    • 学会等名
      第24回 日本進化学会年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 性拮抗選択によって駆動される性決定遺伝子座の遷移2021

    • 著者名/発表者名
      ○坂本貴洋、印南秀樹
    • 学会等名
      第93回 日本遺伝学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2020-07-07   更新日: 2024-03-26  

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