| 研究課題/領域番号 |
20J22659
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 審査区分 |
小区分40030:水圏生産科学関連
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
手良村 知功 東京大学, 農学生命科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2022年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2021年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
2020年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
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| キーワード | 種多様性 / 深海魚 / DNAバーコーディング / ゲノムワイドSNP解析 / 全ゲノム解析 / 遺伝的多様性 / 深海性魚類 / ギンザメ科 / 隠蔽種 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
日本近海の水深200m以深には多く深海性魚類が生息し，重要な水産有用種や食用資源としての開拓が進んでいる種が多く含まれている．しかし，日本近海の深海性魚類の種多様性・遺伝的多様性に関する研究は少なく，水産学的にも生物学的にもそれらの解明が急務である．本研究は日本近海産深海性魚類を網羅的に収集し，その種多様性を形態学的解析とミトコンドリアDNAおよび核DNA解析によって明らかにする．さらに，日本各地から得られた代表的な深海性魚種について集団構造解析をゲノムワイドSNPマーカーに基づいて行い，それぞれの種の生態や繁殖単位，過去の集団動態など，深海性魚類の保全管理に重要な情報を収集する．
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| 研究実績の概要 |
申請研究は日本近海の深海性魚類の種多様性解明に向けた2つの研究を行った．まず，一つは日本近海の深海性魚類における種多様性を，従来の形態学的解析とミトコンドリアDNAのCOI領域によるDNAバーコーディングとMIG-seq法によるゲノムワイドSNP解析によって再評価した．その結果，48科115種のCOI領域を用いたミトコンドリアDNA（mtDNA）のDNAバーコーディングによって各種の種内変異を調査し，4種について隠蔽種が含まれることを示した．そして，MIG-seq法を用いたゲノムワイドSNP解析によって，4隠蔽種の核DNAにおける遺伝的な分化の有無と形態的な特徴について調査した．その結果，いずれの種もmtDNA，核DNA，形態のそれぞれに違いが見られたため，これらが未記載種であることを明らかにした．
もう一つは，日本各地から得られた代表的な深海性魚種を対象とした集団構造解析やゲノム解析を行なうことで，日本の深海域における魚種多様性の特徴を記載した．まず，11科11種のMIG-seq法による種内のゲノムワイドSNP解析を行った．その結果，5種について台湾―日本間における遺伝的な分化が生じていることが明らかになった．この5種のうち，日本近海における種レベルの固有性が高いギンザメに注目し，近縁種8種とともに全ゲノム配列を読み取った．これら合計9種のゲノム配列とDNAデータベースに登録されている国外産種の配列から系統解析を実施した結果，既存の分類で知られている2つの属（ギンザメ属とアカギンザメ属）はそれぞれ単系統群を形成せず，それらとは異なる4つの系統に分けられる可能性が示された．そして，この4系統全てが分布する海域は世界的にも日本近海だけであることも示された．このことから，日本近海はギンザメ科魚類の種多様性・系統的多様性の高いホットスポットであることが明らかになった．
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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