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小分子結合ペプチドの分子進化工学的スクリーニング探索とバイオイメージングへの応用

研究課題

研究課題/領域番号 20J22783
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分国内
審査区分 小区分27040:バイオ機能応用およびバイオプロセス工学関連
研究機関山梨大学

研究代表者

山本 美月  山梨大学, 医工農学総合教育部, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2020-04-24 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
2,800千円 (直接経費: 2,800千円)
2022年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2021年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2020年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワードDirected evolution / SELEX / PUREシステム / cDNAディスプレイ / 蛍光ラベリング / 部位特異的ラベリング / 反応性ペプチドタグ / ノックダウン / ジベンゾシクロオクチン
研究開始時の研究の概要

バイオイメージングは生体分子の動態をリアルタイムに画像として解析できる技術である。
その中心的存在の蛍光タンパク質は優れた特性がある一方、低分子蛍光プローブと比較すると不十分な蛍光特性と巨大なタグサイズによる標的タンパク質の機能阻害の問題点が存在する。これに対して、小分子を介して標的タンパク質に光学特性の高い非タンパク質性蛍光プローブを修飾させる小分子結合タンパク質タグが開発されたが、依然タグサイズの問題は解決されていない。本研究では、分子進化工学的スクリーニング探索により小分子に結合する低分子量の新規ペプチドタグを開発し、小分子蛍光プローブによるバイオイメージングへの応用を行う。

研究実績の概要

これまでに、PURE(Polypeptide synthesis Using Recombinant Elements)システムにより調製した数兆種類のcDNAディスプレイ型ペプチドタグライブラリーからのSELEXスクリーニングにより同定した新規小分子結合ペプチドタグについて、動物細胞内に発現させた合成小分子反応性ペプチドタグ融合タンパク質を、蛍光プローブで修飾した合成小分子で処理し、蛍光顕微鏡観察を行なった結果、合成小分子反応性ペプチドタグに特異的に蛍光ラベルがされていること、複数種類の動物細胞株(HEK293、COS-7、HeLa等)内で蛍光ラベル・イメージングが可能であること、様々なタンパク質(核局在GFP、チューブリン、ヒストン等)を蛍光ラベル・イメージング可能であること、複数種類の蛍光プローブ(青色クマリン、緑色フルオレセイン、赤色TMR、近赤外SiR等)で蛍光ラベル・イメージング可能であることが判明していた。そこで更に、動物細胞内に発現させた合成小分子反応性ペプチドタグ融合タンパク質を、ユビキチンリガーゼ結合リガンドで修飾した合成小分子で処理し、蛍光顕微鏡観察や免疫ブロッティング、発光測定による解析を行なった結果、様々なタンパク質(GFP、核局在GFP、アクチン、チューブリン、ヒストン、ルシフェラーゼ等)の分解誘導によるノックダウンが可能であること、複数種類の動物細胞株(HEK293、COS-7、HeLa等)内で分解誘導によるノックダウンが可能であることが判明した。
本研究成果は、日本農芸化学会2023年度大会および第74回日本生物工学会大会の学会で成果発表を行なっている。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(3件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (14件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] In vitro display evolution of unnatural peptides spontaneously cyclized via intramolecular nucleophilic aromatic substitutions2022

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Takumi、Ando Takehiro、Takamori Yukio、Fuji Daisuke、Sato Masashi、Vedi Santhana、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 58 号: 34 ページ: 5237-5240

    • DOI

      10.1039/d2cc00584k

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discovery of IL-5-binding unnatural cyclic peptides from multiple libraries by directed evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Fuji Daisuke、Ando Takehiro、Sato Masashi、Vedi Santhana、Takamori Yukio、Yokoyama Takumi、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 610 ページ: 188-195

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.04.043

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Artificial aptamer that inhibits interleukin-23/interleukin-23 receptor interaction discovered via SELEX2022

    • 著者名/発表者名
      Takamori Yukio、Ando Takehiro、Sato Masashi、Vedi Santhana、Fuji Daisuke、Yokoyama Takumi、Tsukamoto Keita、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 614 ページ: 17-21

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.05.012

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A human epidermal growth factor receptor 3/heregulin interaction inhibitor aptamer discovered using SELEX2022

    • 著者名/発表者名
      Yokoyama Takumi、Ando Takehiro、Iwamoto Rina、Fuji Daisuke、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 553 ページ: 148-153

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.03.076

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Directed evolution of dibenzocyclooctyne-reactive peptide tags for protein labeling2021

    • 著者名/発表者名
      Ando Takehiro、Takamori Yukio、Yokoyama Takumi、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 534 ページ: 27-33

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.12.002

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In?vitro display evolution of IL-6R-binding unnatural peptides ribosomally initiated and cyclized with m-(chloromethyl)benzoic acid2021

    • 著者名/発表者名
      Takamori Yukio、Ando Takehiro、Fuji Daisuke、Yokoyama Takumi、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 535 ページ: 47-53

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.11.123

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In?vitro display evolution of the PURE system-expressed TNFα-binding unnatural cyclic peptide containing an N-methyl-d-amino acid2021

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto Keita、Ando Takehiro、Fuji Daisuke、Yokoyama Takumi、Takamori Yukio、Horiuchi Daisuke、Iwamoto Rina、Yamamoto Mizuki、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 534 ページ: 519-525

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.11.050

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In?vitro selection generates RNA aptamer that antagonizes PCSK9?LDLR interaction and recovers cellular LDL uptake2021

    • 著者名/発表者名
      Ando Takehiro、Yamamoto Mizuki、Yokoyama Takumi、Horiuchi Daisuke、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 131 号: 3 ページ: 326-332

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.10.009

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] <i>In vitro</i> selection of an RNA aptamer yields an interleukin-6/interleukin-6 receptor interaction inhibitor2021

    • 著者名/発表者名
      Ando Takehiro、Yamamoto Mizuki、Takamori Yukio、Tsukamoto Keita、Fuji Daisuke、Kawakami Takashi
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 5 ページ: 1170-1174

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa124

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 新規小分子結合ペプチドタグの開発と生細胞内タンパク質イメージングおよびノックダウンへの応用2022

    • 著者名/発表者名
      山本美月、安東丈洋、高守幸男、Vedi Santhana、佐藤将、横山匠、冨士大輔、川上隆史
    • 学会等名
      第74回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 新規小分子結合ペプチドタグの同定:生細胞内タンパク質の蛍光イメージングおよびノックダウンへの応用2022

    • 著者名/発表者名
      山本美月、安東丈洋、高守幸男、横山匠、Vedi Santhana、王桐、冨士大輔、川上隆史
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 新規HaloTag代替ペプチドタグの生細胞内タンパク質イメージングとノックダウン法への応用2022

    • 著者名/発表者名
      安東丈洋、山本美月、高守幸男、Vedi Santhana、佐藤将、横山匠、冨士大輔、川上隆史
    • 学会等名
      第74回日本細胞生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アレルギー性疾患治療のための新規ペプチド阻害剤の探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      冨士大輔、横山匠、安東丈洋、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      第73回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 血管新生阻害のための新規VEGFR2/VEGF間相互作用阻害剤の探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      横山匠、安東丈洋、堀内大輔、冨士大輔、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      第73回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 免疫チェックポイント阻害のための新規PD-1/PD-L1間相互作用阻害剤の探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      安東丈洋、横山匠、岩本莉奈、冨士大輔、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      第73回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] PUREシステムとmRNAディスプレイ法を用いた新規VEGFR2/VEGF間相互作用阻害剤の探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      横山匠、安東丈洋、堀内大輔、冨士大輔、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会第15回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] PUREシステムとmRNAディスプレイ法を用いた新規PD-L1/PD-1間相互作用阻害剤の探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      安東丈洋、横山匠、岩本莉奈、冨士大輔、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会第15回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] PUREシステムとmRNAディスプレイ法、遺伝暗号拡張技術によるアレルギー性疾患治療のための非天然環状ペプチドの分子進化2021

    • 著者名/発表者名
      冨士大輔、横山匠、安東丈洋、高守幸男、佐藤将、Vedi Santhana、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      第58回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Discovery of HER3/HRG inhibitors by SELEX and functional analysis for cancer treatment2021

    • 著者名/発表者名
      Santhana Vedi, Takehiro Ando, Takumi Yokoyama, Yukio Takamori, Daisuke Fuji, Mizuki Yamamoto, and Takashi Kawakami
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] がん免疫療法治療薬開発のための新規ペプチド阻害剤のPUREシステムとmRNAディスプレイ法を用いた探索と機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      安東丈洋、Vedi Santhana、横山匠、高守幸男、冨士大輔、山本美月、川上隆史
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] PUREシステムとcDNAディスプレイ法による細胞内タンパク質のイメージングと制御のための小分子結合ペプチドタグの分子進化2020

    • 著者名/発表者名
      山本美月、安東丈洋、川上隆史
    • 学会等名
      第57回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] PUREシステムとcDNAディスプレイ法を用いた新規小分子結合ペプチドタグの開発と細胞内タンパク質蛍光イメージングへの応用2020

    • 著者名/発表者名
      山本美月、安東丈洋、高守幸男、堀内大輔、横山匠、川上隆史
    • 学会等名
      第72回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Imaging and manipulating proteins in living mammalian cells by small-molecule-binding peptide tags2020

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Yamamoto, Takehiro Ando, Takumi Yokoyama, Daisuke Horiuchi, Yukio Takamori, Shinji Masui, and Takashi Kawakami
    • 学会等名
      JAACT2020
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] ペプチド医薬品開発のための新規ペプチド環状化法の開発と非天然型環状ペプチドSELEX への応用2022

    • 著者名/発表者名
      高守幸男、冨士大輔、安東丈洋、横山匠、佐藤将、ベディサンタナ、山本美月、川上隆史
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-07-07   更新日: 2024-03-26  

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