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低次元複合微生物系モデルにおける逆問題解析の展開

研究課題

研究課題/領域番号 20K03750
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分12040:応用数学および統計数学関連
研究機関島根大学

研究代表者

齋藤 保久  島根大学, 学術研究院理工学系, 准教授 (30402241)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2024年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
キーワードケモスタット微分方程式 / 複合微生物系 / 振動的共存 / 逆問題解析
研究開始時の研究の概要

数学の力量を最大限に活用し、21世紀の微生物学・応用微生物学の進むべき方向に風穴を開ける。そのために、複合微生物系の発現する機能は実測される一方、その内部構造の全貌は明らかできないという難点を数学の逆問題と捉える。そして、少数種類の微生物相互作用系の解明が複合微生物系の機能利用のための最も確実な道筋であろうとの信念のもと、2種類あるいは3種類の不確かな内部構造を有する複合微生物系を、実際の微生物動態と定性的にも定量的にも合致するケモスタット微分方程式を用いてモデル化し、解のふるまいから内部構造を同定する逆問題解析を展開して行く。

研究実績の概要

少数種類のなす不確かな内部構造をもつ複合微生物系を、実際の微生物動態と定性的にも定量的にも合致するケモスタット微分方程式でモデル化し、解のふるまいから内部構造を同定する数学ー逆問題解析―を展開する本研究課題において、実施4年度目における研究実績は以下に記す通りである。
昨年度に引き続き、Ralstonia sp. P-10株、Comanioans testosterone R2株、及びLaB-08の3菌株が形成する複合微生物系において、各菌の単一微生物系としてのフェノール分解能と増殖速度に関する実測値、及びそれらの複合微生物系としてのフェノール分解能と菌ごとの増殖速度に関する実測値をもとに、同系の内部構造を逆問題的視点から解き明かす研究を行った。同3菌株の複合微生物系のおいて、数学、実験、数値シミュレーションのより深い洞察のもと、昨年度の成果以上に、同系の内部構造を明らかにできた。また、さらに新しく研究協力者(京都大学)が加わり、上述の研究から派生的に生まれた微生物間の相互作用ネットワークに関する研究も行った。同成果は論文にまとめ、2023年12月、微生物生態学の分野の国際誌Microbes and environmentsに受理され掲載済である。そして、これらの研究をベースに、同3菌株とは異なるHaB-30とLaB-06の2菌株が形成する複合微生物系に対し、研究協力者(静岡大学)の研究室で得られた興味深い実験成果を踏まえ、それの内部構造を明らかにする研究にも着手した。同2種の営みを実測に基づいて微分方程式でモデル化し、定常状態の漸近安定性条件等から、起こりうる定常状態の制限に成功した。今後、これに数値シミュレーションを逐次的、相補的に組み合わせながら、HaB-30とLaB-06の2菌株のなす不確かな内部構造を同定する数学ー逆問題解析―を展開して行く所存である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当年度は、昨年度に新たに加わった研究協力者(大学院生)の博士の学位取得にかかった年度だったため、本研究課題の実施初年度から取り組んでいる研究に関し、(昨年度の研究成果を論文執筆中の内容に、当該年度の研究成果を上書きする等の更新もあって)論文投稿までに予想外に時間がかかっていることが難点であるが、昨年度以上に、集中して研究協力者と対面で打ち合わせする機会も設けることができたことが本研究課題の進捗が順調である一因であると考えられる。今後さらなる進展のために、より質的、量的に充実した研究打合せをしつつ、研究成果を出して行きたい。

今後の研究の推進方策

実施初年度から継続して取り組み、実施3年度目と4年度目に、飛躍的に進展することができたRalstonia sp. P-10株、Comanioans testosterone R2株、及びLaB-08の3菌株(3次元複合微生物系モデル)に関する研究成果を論文に仕上げ、トップクラスの国際誌に掲載させる。また、同3菌株とは異なるHaB-30とLaB-06の2菌株が形成する複合微生物系に対し、研究協力者(静岡大学)の研究室で得られた「2種が定常的で安定な共生関係をなす」という興味深い実験成果を踏まえ、それの内部構造を明らかにする研究に磨きをかける。数学と数値シミュレーションを逐次的、相補的に組み合わせながら、HaB-30とLaB-06の2菌株のなす不確かな内部構造を同定する数学ー逆問題解析―を展開して行く所存である。

報告書

(4件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Stable States of a Microbial Community Are Formed by Dynamic Metabolic Networks with Members Functioning to Achieve Both Robustness and Plasticity2024

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Honjo, Kenshi Suzuki, Junya Katai, Yosuke Tashiro, Tomo Aoyagi, Tomoyuki Hori, Takashi Okada, Yasuhisa Saito, Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 39 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME23091

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Backward bifurcation and permanence of a disease-severity-structured epidemic model with treatment2023

    • 著者名/発表者名
      Hiromu Gion, Yasuhisa Saito
    • 雑誌名

      Studies in Applied Mathematics

      巻: 150 号: 4 ページ: 1026-1045

    • DOI

      10.1111/sapm.12563

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 感染症流行モデルにおける疾患の重症度、治療容量、及び後退分岐2024

    • 著者名/発表者名
      齋藤保久
    • 学会等名
      ポストコロナ時代における人口動態と社会変化の見通しに資する研究講演会(国立社会保障・人口問題研究所)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 微生物間相互作用に着目した数理モデルによる異属三菌株共存機構の予測2023

    • 著者名/発表者名
      本荘 雅宏、鈴木 研志、齋藤 保久、武田 和宏、木村 元彦、石澤 秀紘、田代 陽介、二又 裕之
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会 2023年大会(岡山理科大学)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 不完全代謝補完システムは複合微生物系の機能的恒常性を可能にする2023

    • 著者名/発表者名
      池田麗、本荘雅宏、高橋宣博、三本麗華、齋藤保久、岡田崇、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第36回浜松大会・アジア微生物生態シンポジウム第13回浜松大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 数理モデルを用いた基質競合菌株の動的共存状態における微生物間相互作用の理解2023

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第36回浜松大会・アジア微生物生態シンポジウム第13回浜松大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 疾患の重症度を考慮した感染症流行モデルにおける治療容量と後退分岐2023

    • 著者名/発表者名
      齋藤保久
    • 学会等名
      熊本大学応用解析セミナー(熊本大学)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物的防除に関する微分方程式とその性質2023

    • 著者名/発表者名
      齋藤保久
    • 学会等名
      松江数理科学ワークショップ(島根大学)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 複合系の好適制御のために:Dry & Wet 解析から見えてきた三菌株の安定的共存系の仕組み2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      生物工学会中部支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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