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アクティブマターの集団運動における実効的なアクティブストレスの理解

研究課題

研究課題/領域番号 20K03874
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関東北大学

研究代表者

義永 那津人  東北大学, 材料科学高等研究所, 准教授 (90548835)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードアクティブマター / 非平衡物理 / 生物物理 / 自己駆動粒子 / 非線形ダイナミックス / 集団運動 / 流体力学 / ソフトマター / 拡散係数
研究開始時の研究の概要

アクティブマターは、内部にエネルギー源を持った粒子が自己駆動するメカニズムや、多数の自己駆動粒子が示す集団運動の解明を目指す分野である。これらの現象は多岐にわたり、大腸菌の集団運動のような生命現象から、Janus粒子と呼ばれる異なった性質の表面を持つ粒子でも、自己駆動粒子の集団運動が観測されている。本研究では、アクティブマターの構成方程式はどのように表現されるか。マクロな方程式に現れる係数の計算手法、物理的意味、そして直感的な値の大小を推測するための枠組みを構築する。

研究成果の概要

本研究ではactive matterの集団運動の解析を理論と数値シミュレーションを用いて行った。特に、自発的に運動する粒子の微視的なダイナミックスからどのようにマクロな量を結びつけるのかについて注目して研究を行った。まず、細菌の集団運動で、高密度中のアクティブ粒子の実効的な拡散係数と外力に対するマクロな応答について、粒子濃度依存性について、数値シミュレーションによる計算と平均場による解析を行った。また、実験結果とも定性的によい一致を得ることができた。また、機械学習を用いて、粒子のダイナミックスから粗視化を行って、マクロな方程式の係数を推定する研究も行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

アクティブマターは、非平衡状態でエネルギーを消費し環境に散逸しながら秩序を持った集団運動を実現するシステムである。平衡系とは異なり、アクティブマターには自由エネルギーのような最小化するものが一般には存在しないため、自由エネルギーを積分することによってマクロな支配方程式を得ることは困難である。本研究では、ダイナミックスからどのようにマクロな方程式の係数を得ることができるのかについて理解を深めるために行った。本研究で行ったような機械学習の手法と組み合わせてマクロな方程式が系統的に導出できるようになれば、階層性のある現象についての理論的・計算科学的解析手法が広がるのではないかと考えている。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 19件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] ブリストル大学(英国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Inverse problems of inhomogeneous fracture toughness using phase-field models2023

    • 著者名/発表者名
      Gao Yueyuan、Yoshinaga Natsuhiko
    • 雑誌名

      Physica D: Nonlinear Phenomena

      巻: 448 ページ: 133734-133734

    • DOI

      10.1016/j.physd.2023.133734

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multimolecular Competition Effect as a Modulator of Protein Localization and Biochemical Networks in Cell‐Size Space2023

    • 著者名/発表者名
      Nishikawa Saki、Sato Gaku、Takada Sakura、Kohyama Shunshi、Honda Gen、Yanagisawa Miho、Hori Yutaka、Doi Nobuhide、Yoshinaga Natsuhiko、Fujiwara Kei
    • 雑誌名

      Advanced Science

      巻: 11 号: 6 ページ: 2308030-2308030

    • DOI

      10.1002/advs.202308030

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Collective gradient sensing by swimming bacteria without clustering2022

    • 著者名/発表者名
      Kai Tatsuro、Abe Takahiro、Yoshinaga Natsuhiko、Nakamura Shuichi、Kudo Seishi、Toyabe Shoichi
    • 雑誌名

      bioarxiv

      巻: - ページ: 516991-516991

    • DOI

      10.1101/2022.11.17.516991

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Bayesian modeling of pattern formation from one snapshot of pattern2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshinaga Natsuhiko、Tokuda Satoru
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 106 号: 6 ページ: 065301-065301

    • DOI

      10.1103/physreve.106.065301

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Formation and fluctuation of two-dimensional dodecagonal quasicrystals2022

    • 著者名/発表者名
      Lieu Uyen Tu、Yoshinaga Natsuhiko
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 18 号: 39 ページ: 7497-7509

    • DOI

      10.1039/d2sm00798c

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mode selection mechanism in traveling and standing waves revealed by Min wave reconstituted in artificial cells2022

    • 著者名/発表者名
      Takada Sakura、Yoshinaga Natsuhiko、Doi Nobuhide、Fujiwara Kei
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 23

    • DOI

      10.1126/sciadv.abm8460

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inverse design of two-dimensional structure by self-assembly of patchy particles2022

    • 著者名/発表者名
      Uyen Tu Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 雑誌名

      Journal of Chemcial Physics

      巻: 156 号: 5 ページ: 054901-054901

    • DOI

      10.1063/5.0072234

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Bayesian Modelling of Pattern Formation from One Snapshot of Pattern2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 雑誌名

      arXiv

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Topological defects of dipole patchy particles on a spherical surface2020

    • 著者名/発表者名
      Uyen Tu Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 16 号: 33 ページ: 7667-7675

    • DOI

      10.1039/d0sm00103a

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Conformational equilibrium of MinE regulates the allowable concentration ranges of a protein wave for cell division2020

    • 著者名/発表者名
      Shunshi Kohyama, Kei Fujiwara, Natsuhiko Yoshinaga, Nobuhide Doi
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 12 号: 22 ページ: 11960-11970

    • DOI

      10.1039/d0nr00242a

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Reinforcement learning for dynamic control of self-assembly of quasicrystals from patchy particles2024

    • 著者名/発表者名
      Uyen Tu Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      APS March Meeting 2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Estimation of continuum models for (active) soft materials and data-driven coarse-graining2023

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      New statistical physics in living matter: non equilibrium states under adaptive control at Isaac Newton Institute for Mathematical Sciences
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bayesian Model Selection of PDEs for Pattern Formation2023

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      the 10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM2023), Minisymposium "Multiscale Pattern Formation"
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction-diffusion models for Min oscillations: wave instability in a confined space2023

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      Complex motile matter - from single agents to collective behaviors
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Estimation of continuum and discrete models for quasicrystal formation2023

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      the 15th International Confernce on Quasicrystals
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inverse design of two-dimensional dodecagonal quasicrystal structure by patchy particles2023

    • 著者名/発表者名
      Uyen Tu Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      STATPHYS28
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Learning hydrodynamic equations from microscopic Langevin simulations of self-propelled particles dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Bappaditya Roy and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      STATPHYS28
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inverse Design of Two-dimensional Dodecagonal Quasicrystal Structure by Patchy Particles2023

    • 著者名/発表者名
      Uyen Tu Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      ISMC2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Learning hydrodynamic equations from microscopic Langevin simulations of self-propelled particles dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Bappaditya Roy and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      CCP2023 - 34th IUPAP Conference on Computational Physics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model Selection of Nonlinear PDEs for Pattern Formation2022

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      SIAM Conference on Mathematics of Data Science (MDS22)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bayesian Model Selection of Partial Differential Equations for Pattern Formation2022

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      WCCM-APCOM 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bayesian Modelling of Phase-Field Crystal Models for Targeted Crystalline Patterns2022

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      American Physical Society March Meeting 2022, Chicago, USA (hybrid)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inverse Design of Two-dimensional Self-assembly of Patchy Particles2022

    • 著者名/発表者名
      Uyen T Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      American Physical Society March Meeting 2022, Chicago, USA (hybrid)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model Selection of Phase-Field Crystal Models for Targeted Crystalline Patterns2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      Materials Research Meeting 2021, Yokohama, Japan (hybrid meeting)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Inverse design of two-dimensional self-assembly of patchy particles2021

    • 著者名/発表者名
      Uyen T Lieu and Natsuhiko Yoshinaga
    • 学会等名
      Materials Research Meeting 2021, Yokohama, Japan (hybrid meeting)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Bayesian Inference of Phase-Field Crystal Models for Target Crystalline Patterns2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      Meeting of the International Research Network: Open space between aperiodic order and physics & chemistry of materials
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model Selection of PDE for Pattern Formation2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      25th International Congress of Theoretical and Applied Mechanics (ICTAM 2020+1), Milano, Italy (online)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model Selection of Phase-Field Crystal Models for Targeted Crystalline Patterns2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      E-MRS 2021 Spring, Virtual Conference
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Model Selection of PDE for Pattern Formation2021

    • 著者名/発表者名
      Natsuhiko Yoshinaga and Satoru Tokuda
    • 学会等名
      25th International Congress of Theoretical and Applied Mechanics (ICTAM 2020+1), Milano, Italy
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ベイズ推定を用いた目的の相分離パターンの支配方程式の推定2021

    • 著者名/発表者名
      義永那津人、徳田悟
    • 学会等名
      日本物理学会第76回年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] ホームページ

    • URL

      http://www.wpi-aimr.tohoku.ac.jp/~yoshinaga/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] 研究代表者による研究内容に関するwebページ

    • URL

      http://www.wpi-aimr.tohoku.ac.jp/~yoshinaga/

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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