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大規模励起状態ダイナミクスの開発及び光活性イエロータンパク質への実践的応用

研究課題

研究課題/領域番号 20K05436
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関東邦大学

研究代表者

吉川 武司  東邦大学, 薬学部, 准教授 (10754799)

研究分担者 西村 好史  早稲田大学, 理工学術院, 次席研究員(研究院講師) (10778103)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード密度汎関数強束縛法 / 光活性イエロータンパク質 / 円錐交差構造 / is-trans異性化 / cis-trans異性化 / プロトン移動 / 光受容タンパク質 / 光反応サイクル
研究開始時の研究の概要

本研究では、シグナル伝達系の代表的な光受容タンパク質である光活性イエロータンパク質(PYP)の光異性化過程に着目し、その光励起により誘起されるプロトン移動ダイナミクスの全容解明を目指す。令和2年度は、大規模励起状態ダイナミクスを可能とするための理論基盤構築とPYPの基底状態における構造の解析を行う。令和3年度はPYP光異性化反応における励起状態ダイナミクスの解析をする。令和4年度はPYP光反応サイクルの反応機構の解明を行う。

研究成果の概要

光活性イエロータンパク質の光異性化過程の解明のために、分割統治密度汎関数強束縛分子動力学法を励起状態へと拡張し、大規模励起状態ダイナミクス法の基盤を確立した。さらに、活性中心であるp-クマル酸の反応サイクルにおける光異性化やプロトン移動に関する検証を行った。活性中心の周辺残基による効果がプロトン移動・光異性化の障壁に対して寄与を持つことが示唆された。また、円錐交差(CI)構造の電子状態を解析するために凍結起動近似を用いたエネルギー成分の分解を行い、CI構造へと推移するための支配因子の解明も行った。その支配因子を利用し、より容易なCI構造探索を可能とした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で開拓された理論的手続きをさらに発展させることにより、他の生体分子例えば光化学系IIの光合成に応用することにより、励起・プロトン移動・電子移動・水分解が複雑に共役した光エネルギー変換機構の解明に繋がる可能性を秘めている。これにより、太陽光エネルギーを原動力とする自然界の2つのエネルギー変換機構を包括的に解明することが可能となり、再生エネルギーの観点から近年重要視されている太陽光バイオ電池の開発に資する。さらに、本研究によって築かれる理論的基盤は、生体分子系に限らず有機エレクトロルミネッセンス材料等への適用も期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (42件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 13件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (28件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Iridium-Catalyzed Branch-Selective Hydroalkylation of Simple Alkenes with Malonic Amides and Malonic Esters2023

    • 著者名/発表者名
      Sawano Takahiro、Ono Masaki、Iwasa Ami、Hayase Masaya、Funatsuki Juri、Sugiyama Ayumu、Ishikawa Eri、Yoshikawa Takeshi、Sakata Ken、Takeuchi Ryo
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 88 号: 3 ページ: 1545-1559

    • DOI

      10.1021/acs.joc.2c02599

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations2023

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 158 号: 5 ページ: 054106-054106

    • DOI

      10.1063/5.0132573

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enabling large-scale quantum path integral molecular dynamics simulations through the integration of Dcdftbmd and i-PI codes2023

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 158 号: 16 ページ: 164101-164101

    • DOI

      10.1063/5.0147535

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of Propargylic Substituents on Enantioselectivity and Reactivity in Ruthenium-Catalyzed Propargylic Substitution Reactions: A DFT Study2022

    • 著者名/発表者名
      Sakata Ken、Uehara Yuuri、Kohara Shiona、Yoshikawa Takeshi、Nishibayashi Yoshiaki
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 7 号: 41 ページ: 36634-36642

    • DOI

      10.1021/acsomega.2c04645

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantum Algorithm of the Divide-and-Conquer Unitary Coupled Cluster Method with a Variational Quantum Eigensolver2022

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa Takeshi、Takanashi Tomoya、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 18 号: 9 ページ: 5360-5373

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.2c00602

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enantioselectivity in Ruthenium‐Catalyzed Propargylic Substitution Reactions of Propargylic Alcohols with Acetone: A DFT Study2021

    • 著者名/発表者名
      Sakata Ken、Goto Yui、Yoshikawa Takeshi、Nishibayashi Yoshiaki
    • 雑誌名

      Chemistry An Asian Journal

      巻: 16 号: 22 ページ: 3760-3766

    • DOI

      10.1002/asia.202100984

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trajectory Surface Hopping Approach to Condensed-Phase Nonradiative Relaxation Dynamics Using Divide-and-Conquer Spin-Flip Time-Dependent Density-Functional Tight Binding2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Uratani, Takeshi Yoshikawa, and Hiromi Nakai
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 17 号: 3 ページ: 1290-1300

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.0c01155

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 動的分極率による励起状態計算へ向けた量子アルゴリズムqUCC-LR開発2021

    • 著者名/発表者名
      TAKANASHI Tomoya、YOSHIKAWA Takeshi、NAKAI Hiromi
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 20 号: 4 ページ: 140-143

    • DOI

      10.2477/jccj.2022-0007

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fast Nonadiabatic Molecular Dynamics via Spin-Flip Time-Dependent Density-Functional Tight-Binding Approach: Application to Nonradiative Relaxation of Tetraphenylethylene with Locked Aromatic Rings2020

    • 著者名/発表者名
      Uratani Hiroki、Morioka Toshiki、Yoshikawa Takeshi、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 16 号: 12 ページ: 7299-7313

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.0c00936

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finite-temperature-based time-dependent density-functional theory method for static electron correlation systems2020

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa Takeshi、Doi Toshiki、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 152 号: 24 ページ: 244111-244111

    • DOI

      10.1063/1.5144527

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spin-flip approach within time-dependent density functional tight-binding method: Theory and applications2020

    • 著者名/発表者名
      Mayu Inamori, Takeshi Yoshikawa, Yasuhiro Ikabata, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 41 号: 16 ページ: 1538-1548

    • DOI

      10.1002/jcc.26197

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unveiling controlling factors of the S0/S1 minimum energy conical intersection (2): Application to penalty function method2020

    • 著者名/発表者名
      Mayu Inamori, Yasuhiro Ikabata, Takeshi Yoshikawa, Hiromi Nakai
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 152 号: 14 ページ: 144108-144108

    • DOI

      10.1063/1.5142592

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Large-Scale Molecular Dynamics Simulation for Ground and Excited States Based on Divide-and-Conquer Long-Range Corrected Density-Functional Tight-Binding Method2020

    • 著者名/発表者名
      Komoto Nana、Yoshikawa Takeshi、Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 16 号: 4 ページ: 2369-2378

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.9b01268

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hierarchical parallelization of divide‐and‐conquer density functional tight‐binding molecular dynamics and metadynamics simulations2020

    • 著者名/発表者名
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 41 号: 19 ページ: 1759-1772

    • DOI

      10.1002/jcc.26217

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] シリルアルキノールのタンデム型脱水-環化反応に関する量子化学的検討2023

    • 著者名/発表者名
      青木 心呂, 篠木 政孝, 平田 修都, 吉川 武司, 坂田 健, 沖津 貴志, 矢倉 隆之, 波多野 学
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] B(C6F5)3触媒を用いたトロポンの逆電子要請型ディールス・アルダー反応に関する量子化学的研究2023

    • 著者名/発表者名
      坂田 健, 鈴木 彩梨奈, 杉本 翼, 吉川 武司
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 全電子数保存条件と非整数占有数を用いた分割統治型時間依存結合摂動法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      西村 龍星, 吉川 武司, 坂田 健, 中井 浩巳
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 塩化亜鉛触媒とグリニャール反応剤を用いるニトリルへのアルキル付加反応の理論的研究2023

    • 著者名/発表者名
      椿 紗穂里, 梅澤 美帆, 吉川 武司, 坂田 健, 桑野 葵咲, 飛鳥居 里穂, 永吉 絢子, 星原 遥花, 平田 翼, 波多野 学
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 塩化亜鉛触媒とグリニャール反応剤を用いるニトリルへのアルキル付加反応2023

    • 著者名/発表者名
      波多野 学, 桑野 葵咲, 飛鳥居 里穂, 永吉 絢子, 星原 遥花, 平田 翼, 梅澤 美帆, 椿 紗穂里, 吉川 武司, 坂田 健
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 量子的分子動力学計算プログラムDCDFTBMDの開発状況と最近の応用事例2023

    • 著者名/発表者名
      西村 好史
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光活性イエロータンパク質の光異性化過程に対する量子的分子動力学シミュレーション2022

    • 著者名/発表者名
      石田賢亮, 西村好史, 吉川武司, 中井浩巳
    • 学会等名
      第36回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Chirgwin-Coulson weight法を用いた配置解析法の開発とその応用: 四電子励起配置までの拡張2022

    • 著者名/発表者名
      吉川 武司, 池本 拓夢, 坂田 健
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 触媒的アンモニア酸化反応におけるルテニウム触媒の置換基効果に関する量子化学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      坂田 健, 吉川 武司, 矢野 資, 西林 仁昭
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] N-スルホニル-1-アザ-1,3,-ブタジエンにおける逆電子要請型ディールズ-アルダー反応の量子化学的検討2022

    • 著者名/発表者名
      呉友維, 吉川武司, 坂田健
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2022年春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アルキノールの脱水-求電子的環化反応の理論的研究2022

    • 著者名/発表者名
      青木心呂. 吉川武司, 吉川遼, 湯田靜, 沖津貴志, 波多野学, 坂田健
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2022年春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ルイス酸触媒を用いたトロポンの逆電子要請型ディールズ-アルダー反応に関する量子化学的検討2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木彩梨奈, 杉本翼, 吉川武司, 坂田健
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2022年春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光学活性硫黄架橋二核ルテニウム触媒を用いたプロパルギル位置換反応における不斉発現機構に関する DFT 計算2022

    • 著者名/発表者名
      坂田 健, 後藤 優衣, 上原 悠莉, 小原 汐菜, 吉川 武司, 西林 仁昭
    • 学会等名
      第24回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Recently added features in DCDFTBMD program2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Nishimura, H. Nakai
    • 学会等名
      New Horizons in Scientific Software: THE NEW COLLABORATIVE PLATFORM GOES LIFE (NHISS2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] スピン対称性を満足するスピン反転時間依存密度汎関数強束縛法2022

    • 著者名/発表者名
      吉川武司、浦谷浩輝、大野陸、坂田健、中井浩巳
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 光学活性硫黄架橋二核ルテニウム触媒を用いた不斉プロパルギル位置換反応に関する量子化学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      坂田健、後藤優衣、吉川武司、西林仁昭
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] イリジウム触媒によるマロン酸アミドを用いた単純アルケンへのヒドロアルキル化反応の反応機構2022

    • 著者名/発表者名
      澤野卓大、小野真輝、岩佐安美、吉川武司、坂田健、武内亮
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] シリルアルキノールのタンデム型脱水-環化反応2022

    • 著者名/発表者名
      沖津貴志、吉川遼、湯田 靜、青木心呂、吉川武司、坂田健、波多野学
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 動的分極率による励起状態計算へ向けた量子アルゴリズムqUCC-LR開発2021

    • 著者名/発表者名
      高梨倫哉, 吉川武司, 中井浩巳
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2021年秋季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] スピン反転凍結軌道解析を用いた円錐交差構造における支配因子の理論的解明とその応用2021

    • 著者名/発表者名
      吉川武司,五十幡康弘,中井浩巳,小川賢太郎,坂田健
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2021年春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] スピン反転法に基づく凍結軌道解析を用いたS0/S1円錐交差構造の理論的解明2021

    • 著者名/発表者名
      吉川武司,五十幡康弘,中井浩巳,小川賢太郎,坂田健
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 富岳での大規模計算に向けた量子分子動力学シミュレーションプログラムDCDFTBMDの高度化2021

    • 著者名/発表者名
      西村好史,中井浩巳
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] DCDFTBMDプログラムによる励起状態ダイナミクス研究への展開2021

    • 著者名/発表者名
      中井 浩巳,西村 好史,吉川 武司,浦谷 浩輝,五十幡 康弘,河本 奈々,稲森 真由
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治型励起状態計算に基づく非断熱分子動力学法:凝縮系における無輻射失活過程への展開2021

    • 著者名/発表者名
      浦谷浩輝、森岡俊貴、吉川武司、中井浩巳
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Recent developments in divide-and-conquer density functional tight-binding method2021

    • 著者名/発表者名
      Yoshifumi Nishimura, Takeshi Yoshikawa, Hiromi Nakai
    • 学会等名
      Pacifichem2020
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Spin-flip型密度汎関数強束縛法のダイナミクスシミュレーションへの拡張及び光活性タンパク発色団の光異性化への応用2021

    • 著者名/発表者名
      森岡俊貴, 浦谷浩輝,吉川武司, 中井浩巳
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治型励起状態計算に基づく凝縮系非断熱分子動力学シミュレーション手法の開発と応用2020

    • 著者名/発表者名
      浦谷浩輝, 森岡俊貴, 吉川武司, 中井浩巳
    • 学会等名
      第34回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学・メタダイナミクス計算の階層的並列化2020

    • 著者名/発表者名
      西村好史,中井浩巳
    • 学会等名
      第34回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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