• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

色素分解酵素DyPを利用した環境汚染物質の分解・環境浄化システムの構築

研究課題

研究課題/領域番号 20K05700
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37010:生体関連化学
研究機関北海道大学

研究代表者

内田 毅  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (30343742)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード環境浄化 / 色素分解 / 酵素 / ヘム / 過酸化水素 / 大腸菌 / 環境汚染物質 / タンパク質工学
研究開始時の研究の概要

DyPは過酸化水素を利用し、アントラキノン系の色素を分解する酵素であり、環境浄化酵素としての利用が期待されるが、pH 4付近でしか活性がないため、応用利用が困難である。そこで、活性部位を中心にアミノ酸変異を導入し、中性のpHでも機能するように改変する。さらに、基質結合部位を適切に設計することにより、アントラキノン系以外の合成色素やダイオキシン、抗生物質などの環境負荷の大きな化合物の分解が可能なようにする。また、酵素の安定化を高めるために、メソポーラスシリカなどの無機材料に固定化する。最終的には、DyPを微生物に強制発現させることにより、微生物を利用した環境浄化システムを構築する。

研究成果の概要

DyP (Dye-decolorizing peroxidase) はペルオキシダーゼというタンパク質の一種で、過酸化水素を利用し、アントラキノン系の色素を分解するヘム酵素であることから、環境浄化酵素としての利用が期待された。至適pHが4と低いことが実用化へのハードルとなっていたことから、立体構造と反応機構解析をもとにアミノ酸置換を導入し、中性pHで色素を分解できるように変換し、試験管内では中性で色素分解を可能にした。培養した大腸菌で色素を分解する場合、DyPでは活性中心であるヘムを含まず発現するので、ヘムがタンパク質に共有結合で結合しているシトクロムcを色素分解酵素に変換することに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

DyP (Dye-decolorizing peroxidase) はペルオキシダーゼというタンパク質の一種で、過酸化水素を利用し、アントラキノン系の色素を分解するヘム酵素であることから、環境浄化酵素としての利用が期待された。至適pHが4と低いことが実用化へのハードルとなっていたことから、立体構造と反応機構解析をもとにアミノ酸置換を導入し、中性pHで色素を分解できるように変換し、試験管内では中性で色素分解を可能にした。培養した大腸菌で色素を分解する場合、DyPでは活性中心であるヘムを含まず発現するので、ヘムがタンパク質に共有結合で結合しているシトクロムcを色素分解酵素に変換することに成功した。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Converting cytochrome <i>c</i> into a DyP-like metalloenzyme2022

    • 著者名/発表者名
      Omura Issei、Ishimori Koichiro、Uchida Takeshi
    • 雑誌名

      Dalton Transactions

      巻: 51 号: 33 ページ: 12641-12649

    • DOI

      10.1039/d2dt02137d

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metal Sensing by a Glycine?Histidine Repeat Sequence Regulates the Heme Degradation Activity of PM0042 from <i>Pasteurella multocida</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Uchida Takeshi、Ota Kazuki、Tatsumi Akinobu、Takeuchi Syota、Ishimori Koichiro
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 61 号: 34 ページ: 13543-13553

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.2c02172

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme binding to cold shock protein D, CspD, from Vibrio cholerae2022

    • 著者名/発表者名
      Nam Dayeon、Motegi Wataru、Ishimori Koichiro、Uchida Takeshi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 624 ページ: 151-156

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.07.074

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Radical transfer but not heme distal residues is essential for pH dependence of dye-decolorizing activity of peroxidase from Vibrio cholerae2021

    • 著者名/発表者名
      Uchida, T., Omura, I., Umetsu, S., Ishimori, K.
    • 雑誌名

      J. Inorg. Biochem.

      巻: 219 ページ: 111422-111422

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2021.111422

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 電子伝達タンパク質シトクロムcの難分解性色素分解酵素への変換2022

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      生命金属科学シンポジウム2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 鉄イオンが活性化するパスツレラ菌由来ヘム分解酵素2022

    • 著者名/発表者名
      辰巳 晶信 、大田 一喜、竹内 祥太、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      生命金属科学シンポジウム2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 難分解性色素を効率的に分解可能なシトクロムcの設計と創製2022

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      生命金属科学 夏の合宿
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] パスツレラ菌由来ヘム分解酵素の鉄イオンによる活性制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      辰巳 晶信 、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      生命金属科学 夏の合宿
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] コレラ菌由来ペルオキシダーゼ VcDyP におけるヘムを分解しない脱鉄反応2022

    • 著者名/発表者名
      吉村 遥香、石森 浩一郎 、内田 毅
    • 学会等名
      第55回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 環境浄化を目指した難分解性色素分解酵素の設計と創製2022

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第55回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 鉄イオンが活性化するパスツレラ菌由来ヘム分解酵素2022

    • 著者名/発表者名
      辰巳 晶信、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第55回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Converting Cytochrome c_into a DyP-like Enzyme2022

    • 著者名/発表者名
      Issei Omura, Koichiro Ishimori, Takeshi Uchida
    • 学会等名
      The 10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] コレラ菌由来色素分解ペルオキシダーゼによるヘムを分解しない脱鉄機構2021

    • 著者名/発表者名
      梅津 彩加、佐々木 美穂、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 電子伝達タンパク質シトクロムcを用いた色素分解酵素の創製2021

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第54回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 環境浄化を目的としたシトクロムcの色素分解酵素への転換2021

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      生命金属科学 夏の合宿
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Improving dye-degradation activity of dye-decolorizing peroxidase at neutral pH2021

    • 著者名/発表者名
      Issei Omura, Koichiro Ishimori and Takeshi Uchida
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] コレラ菌転写調節因子Furの機能制御機構とニッケル取り込みシステムの新たな役割2021

    • 著者名/発表者名
      村西 和佳、内田 毅、石森 浩一郎
    • 学会等名
      2020年度日本生物物理学会北海道支部-東北支部合同例会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] ヘム生合成系酵素フェロキラターゼのヘム結合による活性制御2020

    • 著者名/発表者名
      中村 結奈、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 難分解性色素を分解可能なシトクロムc の設計と創製2020

    • 著者名/発表者名
      大村 翼世、石森 浩一郎、内田 毅
    • 学会等名
      第53回酸化反応討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 発表論文からpickup

    • URL

      https://wwwchem.sci.hokudai.ac.jp/~stchem/pickup/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi