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Xist RNA核内動態の生細胞解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K06484
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関東京工業大学

研究代表者

佐藤 優子  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (70435882)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワードクロマチン / エピジェネティクス / ライブイメージング / 長鎖ノンコーディングRNA / X染色体不活性化 / Xist / XCI / RNA / Live cell imaging / Chromatin
研究開始時の研究の概要

ヒトやマウスの性染色体は雄XY、雌XXで構成されており、雌の細胞には2本のX染色体が存在する。分化した雌細胞では片方のX染色体をほぼ全域で不活性することで遺伝子量の補正を行っている。このX染色体不活性化は、不活性化X染色体上のXist遺伝子の発現産物であるXist RNAが引き金として働いていることが分かっている。本研究では、最近新たに開発したXist RNAに対する生細胞プローブを使って、Xist RNAの細胞の中での動きを調べて不活性化機構を明らかにすることを目的とする。この研究の成果は、長鎖非コードRNAによるクロマチン制御の普遍的メカニズムの理解につながることが期待できる。

研究成果の概要

不活性X染色体をもつマウスMC12細胞に、Xist RNAに対するプローブを導入して生細胞動態を観察した。また、不活性X染色体に高度に濃縮されるH3K27me3のライブイメージングにより、不活性染色体領域の細胞周期を通じた変化を検出した。さらに、gRNA-dCas9システムを用いたX染色体領域の可視化と組み合わせ、クロマチン領域の動態には、転写がエピジェネティクス修飾よりも影響を及ぼすことを明らかにした。この結果は、ユークロマチンおよびヘテロクロマチンドメイン動態の比較からも裏付けられた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞核内のXist RNA、不活性X染色体、および抑制性ヒストン修飾の局在や変化は、これまで主に固定細胞を用いて検出されてきており、生細胞内動態を調べた報告はまだない。変化のタイミングに注目する場合、同一細胞内での経時的変化の観察が不可欠であり、ライブイメージング技術が求められていた。また、細胞を固定する過程で細胞核やクロマチン構造が変化する可能性は否定できない。本研究で開発した生細胞プローブを用いることで、高解像度の時間・空間分解能の解析が可能となり、クロマチン研究にとどまらず細胞生物学に広く貢献することが期待できる。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 5件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] Actin filaments accumulated in the nucleus and remain in the vicinity of condensing chromosomes during prophase in zebrafish early embryo2023

    • 著者名/発表者名
      Oda Haruka、Sato Yuko、Kawashima Shigehiro A.、Fujiwara Yusuke、Palfy Mate、Wu Edlyn、Vastenhouw Nadine L.、Kanai Motomu、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Biology Open

      巻: 12 号: 5

    • DOI

      10.1242/bio.059783

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Organization of transcription and 3D genome as revealed by live-cell imaging2023

    • 著者名/発表者名
      Ochiai Hiroshi、Ohishi Hiroaki、Sato Yuko、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Current Opinion in Structural Biology

      巻: 81 ページ: 102615-102615

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2023.102615

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nanog organizes transcription bodies2023

    • 著者名/発表者名
      Kuznetsova Ksenia、Chabot No?mie M.、Ugolini Martino、Wu Edlyn、Lalit Manan、Oda Haruka、Sato Yuko、Kimura Hiroshi、Jug Florian、Vastenhouw Nadine L.
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 33 号: 1 ページ: 164-173.e5

    • DOI

      10.1016/j.cub.2022.11.015

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity2022

    • 著者名/発表者名
      Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7672-7672

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35286-2

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Intra Q-body: an antibody-based fluorogenic probe for intracellular proteins that allows live cell imaging and sorting2022

    • 著者名/発表者名
      Dai Yancen、Sato Yuko、Zhu Bo、Kitaguchi Tetsuya、Kimura Hiroshi、Ghadessy Farid J.、Ueda Hiroshi
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 13 号: 33 ページ: 9739-9748

    • DOI

      10.1039/d2sc02355e

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe.2022

    • 著者名/発表者名
      Uchino S, Ito Y, Sato Y, Handa T, Ohkawa Y, Tokunaga M, Kimura H.
    • 雑誌名

      J Cell Biol.

      巻: 221 号: 2 ページ: 1-23

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Imaging transcription elongation dynamics by new technologies unveils the organization of initiation and elongation in transcription factories2022

    • 著者名/発表者名
      Kimura Hiroshi、Sato Yuko
    • 雑誌名

      Current Opinion in Cell Biology

      巻: 74 ページ: 71-79

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2022.01.002

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiplexed Imaging of Posttranslational Modifications of Endogenous Proteins in Live Cells2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Yuko、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2350 ページ: 31-41

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1593-5_3

    • ISBN
      9781071615928, 9781071615935
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Behavior of Inactive X During the Cell Cycle as Revealed by H3K27me3-Specific Intracellular Antibody2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Yuko、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2329 ページ: 237-247

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1538-6_17

    • ISBN
      9781071615379, 9781071615386
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Live-cell imaging probes to track chromatin modification dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Yuko、Nakao Masaru、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Microscopy

      巻: 70 号: 5 ページ: 415-422

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfab030

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] H4K20me1 and H3K27me3 are concurrently loaded onto the inactive X chromosome but dispensable for inducing gene silencing2021

    • 著者名/発表者名
      Tjalsma Sjoerd J D、Hori Mayako、Sato Yuko、Bousard Aurelie、Ohi Akito、Raposo Ana Claudia、Roensch Julia、Le Saux Agnes、Nogami Jumpei、Maehara Kazumitsu、Kujirai Tomoya、Handa Tetsuya、Bages‐Arnal Sandra、Ohkawa Yasuyuki、Kurumizaka Hitoshi、da Rocha Simao Teixeira、Zylicz Jan J、Kimura Hiroshi、Heard Edith
    • 雑誌名

      EMBO reports

      巻: 22 号: 3

    • DOI

      10.15252/embr.202051989

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualizing transcription sites in living cells using a genetically encoded probe specific for the elongating form of RNA polymerase II2021

    • 著者名/発表者名
      Uchino Satoshi、Ito Yuma、Sato Yuko、Handa Tetsuya、Ohkawa Yasuyuki、Tokunaga Makio、Kimura Hitoshi
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: 441582-441582

    • DOI

      10.1101/2021.04.27.441582

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] ヒストン修飾ライブイメージングによるクロマチンドメイン動態の解析2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤優子、木村宏
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chromatin mobility of X-linked loci and its epigenetic regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Yuko Sato, Yuma Ito, Satoshi Uchino, Makio Tokunaga, Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生細胞プローブを用いた不活性化X染色体動態と転写制御の解析2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤優子、内野哲志、伊藤由馬、前原一満、大川恭行、徳永万喜洋、木村宏
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Chromatin mobility of X-linked loci and its transcription regulation2021

    • 著者名/発表者名
      Yuko Sato, Satoshi Uchino, Hiroshi Kimura
    • 学会等名
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Xist RNAの生細胞動態解析2021

    • 著者名/発表者名
      佐藤優子、木村宏
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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