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環境に対応して機能を変えるホモ多量体酵素の動的構造変化の解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K06509
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関横浜市立大学

研究代表者

池上 貴久  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (20283939)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワード解糖系 / GAPDH / アロステリック効果 / ホモ多量体 / NMR / GPADH / 四次構造 / Moon-lighting 蛋白質 / 神経変性疾患 / Moon-lighting蛋白質 / 核磁気共鳴
研究開始時の研究の概要

グリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)は解糖系に必須の酵素であるが、酸化還元状態などの状況に応じて、異なる相手分子と臨機応変に相互作用し種々の異なる機能を発揮することが知られている。申請者は、いつもはホモ四量体であるGAPDHがサブユニット数も含む四次構造を変化させることによって多機能性を発揮しているのではないかと考え、その新たな概念としてのアロステリック効果をNMR, native-MS, AUC などの物理的計測法を用いて解明する。

研究成果の概要

解糖系の酵素であるグリセルアルデヒド3リン酸脱水素酵素(GAPDH)は、4つの同じサブユニットが集まったホモ四量体である。GAPDH は、生体が老化して酸化ストレスにさらされた際に、本来の機能とは異なる別の機能をもつ蛋白質に変身するため、moon-lighting protein と呼ばれている。この変化の仕組みを NMR と thermal shift assay, 分析ゲル濾過で解析した結果、機能の変化はサブユニット数の変化に起因することが示唆された。特に NAD がない状態で ATP が存在した時にそれが顕著であった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

GAPDH は生化学的に長らく研究されてきた分子であり、従来よりサブユニット分裂が機能変化に関与する可能性が示唆されてきた。しかし、決定的な証拠はなく、議論の的となっていた。本研究では、分析ゲル濾過による分子レベルの解析とNMRによる原子レベルの解析を組み合わせることで、このサブユニット分裂を原子レベルで実証した。このサブユニット分裂は、老化や酸化ストレスによって引き起こされる。またGAPDH は、アルツハイマー病やパーキンソン病の発症に関わる分子との相互作用も報告されており、重要な役割をもつことが示唆されている。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 3件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] 1H, 13C and 15N backbone resonance assignments of hepatocyte nuclear factor-1-beta (HNF1β) POUS and POUHD2024

    • 著者名/発表者名
      Hokazono Sayaka、Imagawa Eri、Hirano Daishi、Ikegami Takahisa、Oishi Kimihiko、Konuma Tsuyoshi
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 18 号: 1 ページ: 59-63

    • DOI

      10.1007/s12104-024-10168-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Interaction modes of human orexin 2 receptor with selective and nonselective antagonists studied by NMR spectroscopy2024

    • 著者名/発表者名
      Imamura Kayo、Akagi Ken-Ichi、Miyanoiri Yohei、Tsujimoto Hirokazu、Hirokawa Takatsugu、Ashida Hideo、Murakami Kaori、Inoue Asuka、Suno Ryoji、Ikegami Takahisa、Sekiyama Naotaka、Iwata So、Kobayashi Takuya、Tochio Hidehito
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 32 号: 3 ページ: 352-361

    • DOI

      10.1016/j.str.2023.12.008

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Analysis of the homodimeric structure of a D‐Ala‐D‐Ala metallopeptidase, VanX, from vancomycin‐resistant bacteria2024

    • 著者名/発表者名
      Konuma Tsuyoshi、Takai Tomoyo、Tsuchiya Chieko、Nishida Masayuki、Hashiba Miyu、Yamada Yudai、Shirai Haruka、Motoda Yoko、Nagadoi Aritaka、Chikaishi Eriko、Akagi Ken‐ichi、Akashi Satoko、Yamazaki Toshio、Akutsu Hideo、Ikegami Takahisa
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 33 号: 6

    • DOI

      10.1002/pro.5002

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biophysical insights into the dimer formation of human Sirtuin 22024

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Noa、Konuma Tsuyoshi、Ikegami Takahisa、Akashi Satoko
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 33 号: 5

    • DOI

      10.1002/pro.4994

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CPMG pulse sequence for relaxation dispersion that cancels artifacts independently of spin states2023

    • 著者名/発表者名
      Konuma Tsuyoshi、Kurita Jun-ichi、Ikegami Takahisa
    • 雑誌名

      Journal of Magnetic Resonance

      巻: 352 ページ: 107489-107489

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2023.107489

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] GAS41 promotes H2A.Z deposition through recognition of the N terminus of histone H3 by the YEATS domain2023

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Masaki、Takase Shohei、Konuma Tsuyoshi、Noritsugu Kota、Sekine Saaya、Ikegami Takahisa、Ito Akihiro、Umehara Takashi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 120 号: 43

    • DOI

      10.1073/pnas.2304103120

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ベクトルモデルはどのぐらい信じてよいのか?2023

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 雑誌名

      NMR学会誌

      巻: 13 ページ: 32-40

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemical conformation of the essential glutamate site of the c-ring within thermophilic bacillus FoF1-ATP synthase determined by solid-state NMR based on its isolated c-ring structure.2022

    • 著者名/発表者名
      Todokoro, Y., Kang, S.J., Suzuki, T., Ikegami, T., Kainosho, M., Yoshida, M., Fujiwara, T., Akutsu, H.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 144 号: 31 ページ: 14132-14139

    • DOI

      10.1021/jacs.2c03580

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger.2022

    • 著者名/発表者名
      Hata K, Kobayashi N, Sugimura K, Qin W, Haxholli D, Chiba Y, Yoshimi S, Hayashi G, Onoda H, Ikegami T, Mulholland CB, Nishiyama A, Nakanishi M, Leonhardt H, Konuma T, Arita K
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 50 号: 21 ページ: 12527-12542

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1082

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Sensitivity enhancement by sequential data acquisition for 13C-direct detection NMR2021

    • 著者名/発表者名
      Furuita Kyoko、Sugiki Toshihiko、Takamuku Mika、Hattori Yoshikazu、So Masatomo、Kawata Yasushi、Ikegami Takahisa、Fujiwara Toshimichi、Kojima Chojiro
    • 雑誌名

      Journal of Magnetic Resonance

      巻: 322 ページ: 106878-106878

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2020.106878

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of higher plant heme oxygenase-1 and its mechanism of interaction with ferredoxin2021

    • 著者名/発表者名
      Tohda Rei、Tanaka Hideaki、Mutoh Risa、Zhang Xuhong、Lee Young-Ho、Konuma Tsuyoshi、Ikegami Takahisa、Migita Catharina T.、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 296 ページ: 100217-100217

    • DOI

      10.1074/jbc.ra120.016271

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The structure of SeviL, a GM1b/asialo-GM1 binding R-type lectin from the mussel Mytilisepta virgata2020

    • 著者名/発表者名
      Kamata Kenichi、Mizutani Kenji、Takahashi Katsuya、Marchetti Roberta、Silipo Alba、Addy Christine、Park Sam-Yong、Fujii Yuki、Fujita Hideaki、Konuma Tsuyoshi、Ikegami Takahisa、Ozeki Yasuhiro、Tame Jeremy R. H.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 22102-22102

    • DOI

      10.1038/s41598-020-78926-7

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 核磁気共鳴 NMR で飲み物を味わう2020

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 雑誌名

      化学と教育(日本化学会)

      巻: 68 ページ: 504-507

    • NAID

      130008123226

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 解糖系moonlighting蛋白質GAPDHの環境変化に対応した立体構造変化の解析2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木陽茉梨, 牧山ユキ, 元田容子, 小沼剛, 池上貴久
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 多機能性タンパク質 GAPDH の立体構造変化と相互作用の解析2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木陽茉梨、牧山ニコレユキ、元田容子、小沼 剛、池上貴久
    • 学会等名
      NMR 討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of the homodimeric structure of a D-Ala-D-Ala metallopeptidase, VanX, from vancomycin-resistant bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 学会等名
      The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] AX3スピン系は訳分からないけど、やはり「メチル基」様様2022

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 学会等名
      第61回NMR討論会チュートリアルコース
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Methods of uniform or site-specific deuteration of proteins and their applications to NMR analyses2022

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 学会等名
      J-PARC Workshop 2022 Deuterium Science Entering a New Phase
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] CPMG pulse sequence that cancels artifacts independently of spin states for relaxation dispersion2021

    • 著者名/発表者名
      池上貴久
    • 学会等名
      22nd International Society of Magnetic Resonance Conference
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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