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放射光と中性子の連携利用による電子伝達タンパク質の精密構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K06523
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関京都大学

研究代表者

三木 邦夫  京都大学, 理学研究科, 名誉教授 (10116105)

研究分担者 藤橋 雅宏  京都大学, 理学研究科, 助教 (10397581)
玉田 太郎  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学領域, グループリーダー(定常) (50391248)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
キーワード電子伝達タンパク質 / 精密構造解析 / 中性子線回折 / 放射光X線回折 / 電荷密度解析
研究開始時の研究の概要

タンパク質の反応メカニズムをその電子構造にもとづいて理解することを目的として,放射光と中性子線を連携利用した電子伝達タンパク質の高分解能精密構造解析を行い,その方法論の確立と汎用化を目指す.光合成電子伝達系や肝ミクロソーム電子伝達系ではたらくタンパク質を対象に,タンパク質の機能に直結する電子構造を明らかにする構造解析技術を確立して,それぞれのタンパク質が担う化学反応の直接的な理解を深める.

研究実績の概要

電子伝達タンパク質を対象に,放射光X線と中性子線の併用によって,両者の特徴を活かして融合させた高分解能・高精度の精密構造解析を行い,それぞれのタンパク質での電子伝達機構に直接かかわる水素原子や外殻電子の挙動を明らかにすることを目指した.
光合成細菌で反応中心複合体への電子伝達を担う高電位鉄イオウタンパク質(HiPIP)については,これまで得られた中性子回折データを用いた精密化を行った.構造精密化プログラム,SHELXLを用いて水素原子を含めた構造精密化を行い,0.9A分解能の中性子構造を明らかにした.また,同一結晶を用いて,SPring-8のBL41XUにおいて波長0.35AでのX線回折データ測定を行い,0.56A分解能のX線データの取得に成功した.これらの結果,タンパク質中の水素原子の分極を明らかにして,このタンパク質の重要な機能である酸化還元反応の新たな側面を理解することが可能になった.
肝ミクロソームの電子伝達系ではたらくNADH-シトクロムb5還元酵素(b5R)については,論文作成に向けて酸化還元タンパク質におけるヒドリドおよびプロトン移動反応について研究動向を調査し,b5Rにおける移動反応に重要な立体構造の要因を検証した.また,b5Rの電子伝達パートナーであるシトクロムb5については,酸化型の良質な大型結晶を得ることに成功し,研究用原子炉JRR-3における中性子回折実験を行い,1.8A分解能の回折点を確認することができた.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

コロナ禍の影響による当初計画からの遅れは,回折データ測定などについて,研究計画の実施方法の修正なども行った結果,概ね取り戻すことができた.

今後の研究の推進方策

当初の研究計画を遂行して,研究目的を達成できるよう,実験内容の修正,調整も行って,円滑に研究を推進する.

報告書

(4件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Hanazono Yuya、Hirano Yu、Takeda Kazuki、Kusaka Katsuhiro、Tamada Taro、Miki Kunio
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 20 ページ: 2276-2276

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn2276

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Revisiting the Concept of Peptide Bond Planarity in an Iron-sulfur Protein by Neutron Structure Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Hanazono, Y. Hirano, K. Takeda, K. Kusaka, T. Tamada, and K. Miki
    • 雑誌名

      Sci. Adv. (掲載確定)

      巻: 8

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ペプチド結合の非平面性の解明:高分解能中性子結晶構造解析による新視点2024

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ,第15回MLFシンポジウム,第41回PFシンポジウム(茨城県水戸市,水戸市民会館)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystallographic Study of Primary Processes of Bacterial Photosynthesis2023

    • 著者名/発表者名
      K. Miki
    • 学会等名
      Symposium: Membrane Proteins and More (Max Planck Institute of Biophysics, Frankfurt am Main, Germany)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Fine structure analysis of protein: Unraveling molecular details through ultra-high-resolution X-ray and neutron crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Hanazono, Y. Hirano, N. Ito, T. Tamada, and K. Miki
    • 学会等名
      The 18th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences - Molecular Homeostasis and Intractable Diseases (Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 還元型NADH-シトクロムb5還元酵素の結晶構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      日本結晶学会2023年度年会(山口県宇部市,宇部市文化会館・山口大学常盤キャンパス)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能立体構造解析から得られたタンパク質中のペプチド結合における新しい描像2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      量子生命科学会第4回大会(神戸市東灘区,神戸大学百年記念館六甲ホール/ハイブリッド開催)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析により明らかになるペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会(つくば市,筑波国際会議場/ハイブリッド開催)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析によるペプチド結合の平面性の再検討2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会(函館市,函館アリーナ/函館市民会館)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子結晶構造解析によるペプチド結合平面性の再検証2022

    • 著者名/発表者名
      平野 優,花園祐矢,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本中性子科学会年会(千葉市美浜区,幕張メッセ国際会議場)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造から明らかになったペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野 優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      日本結晶学会2022年度年会(西宮市,関西学院大学西宮上ケ原キャンパス)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] NADH-シトクロムb5還元酵素反応系における高精度立体構造解析の現状2021

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      量子生命科学会第3回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 蛋白質科学/構造生物学/蛋白質結晶学の20年2021

    • 著者名/発表者名
      三木邦夫
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会創立20周年記念シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] NADH-シトクロムb5還元酵素反応系の結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      日本結晶学会2021年度年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] High-resolution structure of an electron-transfer protein by neutron crystallography2021

    • 著者名/発表者名
      Y. Hanazono, Y. Hirano, K. Takeda, K. Kusaka T. Tamada, and K. Miki
    • 学会等名
      The 4th International Forum on Quantum Metrology and Sensing (IFQMS), a joint-program with the International Symposium on Quantum Science, Technology and Innovation (Quantum Innovation 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] High-resolution Structure Analysis of NADH-Cytochrome b5 Reductase2020

    • 著者名/発表者名
      Y. Hirano, K. Kurihara, K. Kusaka, A. Ostermann, S. Kimura, K. Miki, T. Tamada
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会(札幌市,オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能立体構造解析で迫る酸化還元酵素の反応機構2020

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] NADHシトクロムb5還元酵素の結晶構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      日本結晶学会2020年度年会(つくば市,オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 量子構造生物学の創成を目指した酸化還元タンパク質の高精度立体構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      平野 優,栗原和男,日下勝弘,Andreas Ostermann,木村成伸,三木邦夫,玉田太郎
    • 学会等名
      量子生命科学会第2回大会(オンライン開催)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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