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高リスク型ゲノム構造によるゲノム蛋白群の動的集合と機能制御

研究課題

研究課題/領域番号 20K06560
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43030:機能生物化学関連
研究機関山陽小野田市立山口東京理科大学

研究代表者

川上 広宣  山陽小野田市立山口東京理科大学, 薬学部, 准教授 (50403952)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード染色体複製 / ORC / 機能構造解析 / DNA結合 / 高次複合体形成 / Cdc6 / 非典型DNA / 機能制御 / 高リスク型DNA / DNA結合蛋白 / ゲノミクス解析 / ゲノム構造 / 制御
研究開始時の研究の概要

細胞内イベントと共役してゲノムから特異的構造が生じ、ゲノム不安定化を招く。ゲノム不安定化を抑える分子機構は複数知られるが、特異的構造についての理解は不十分な点が多い。本計画は、特異的ゲノム構造による新機能の仮説を追究する。出芽酵母複製開始蛋白ORCに関する独自の構造情報ならびに、ORCが上述の構造と結合・共役する予備的知見に基づいて生化学・遺伝学・インフォマティクスを併用した解析を行い、ゲノム上の特異的構造に呼応したORC等の動的な連係制御機構を解明する。

研究成果の概要

複製開始タンパクORCの非典型DNA構造による制御を詳細に解析し、非典型DNA構造とORCとの結合特異性や、制御に関する特異的核酸構造に関する新たな知見を見出した。並行して、ORCの一本鎖結合能を試験管内で詳細に解明する生化学的手法を開発し、一本鎖結合能に関する知見を得た。ORCの遺伝学的に相互作用する遺伝子の探索を行い、その過程でゲノムクローン内の複数の遺伝子がORCの最大サブユニットOrc1と直接的または間接的に協調して出芽酵母細胞の増殖阻害に関わることを示唆する知見を得た。ORCのゲノミクス的な共局在部位(Genes Cells 2019)を精査し、新たなin silicoの知見も得た。

研究成果の学術的意義や社会的意義

代表者独自のORC解析基盤を発展させることで、ORCのDNA結合能に関する特性や機能構造に加え、細胞内における結合能に関する新概念や発展性を示唆する可能性が提起された。これらの成果は、蛋白質とDNAとの結合メカニズムや制御という根本的問題の理解において重要な内容を含むことに加え、当該メカニズムの普遍性と多様性の理解をもたらすものと思われる。以上を踏まえ、当初の目的を十分達成することができたと判断した。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Single-stranded DNA recruitment mechanism in replication origin unwinding by DnaA initiator protein and HU, an evolutionary ubiquitous nucleoid protein2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Ryusei、Ozaki Shogo、Kawakami Hironori、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 12 ページ: 6286-6306

    • DOI

      10.1093/nar/gkad389

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 新型コロナウイルスの基礎知識2020

    • 著者名/発表者名
      川上広宣、篠原久明
    • 雑誌名

      スマイルエイジング強化月間応援サポーターリーフレット、山陽小野田市薬剤師会

      巻: N/A ページ: 2-3

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 出芽酵母ORCの一本鎖結合・制御動態の解明に向けて2023

    • 著者名/発表者名
      岡﨑夢歩、小畑綾夏、島田瞭大、片山勉、堀江一郎、篠原久明、川上広宣(発表者)
    • 学会等名
      第27回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ORC結合性ssDNAの出芽酵母細胞内からの精製2023

    • 著者名/発表者名
      岡村康平、井山浩気、上松大佑、服部祐里香、堀江一郎、篠原久明、川上広宣
    • 学会等名
      九州大学西風塾研究合宿2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母の増殖を相加的に制御するゲノム断片2023

    • 著者名/発表者名
      岡﨑夢歩、小畑綾夏、島田瞭大、堀江一郎、篠原久明、川上広宣
    • 学会等名
      九州大学西風塾研究合宿2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 出芽酵母ORCを正負に制御する遺伝子の遺伝学的探索2023

    • 著者名/発表者名
      小畑綾夏、岡﨑夢歩、島田瞭大、堀江一郎、篠原久明、川上広宣
    • 学会等名
      九州大学西風塾研究合宿2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 細菌種に高度に保存されたHUタンパク質はDnaA複合体の形成に依存して複製起点に結合しDUE開裂を進める2023

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾﨑省吾、川上広宣、片山勉
    • 学会等名
      第27回 DNA 複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 老化モデルマウスにおいて加齢に伴い骨髄由来免疫抑制細胞が増加する2023

    • 著者名/発表者名
      徳本裕乃、畠山瑞生、前田真奈、上園帆風、森永真衣、嶋本顕、清水孝彦、川上広宣、篠原久明、堀江一郎
    • 学会等名
      第40回日本薬学会九州山口支部大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ヒト骨髄由来免疫抑制細胞の分化特性と薬物応答性2023

    • 著者名/発表者名
      濵﨑莉恵、中村雪菜、上園帆風、畠山瑞生、上原巧、福島弘人、川上広宣、篠原久明、堀江一郎
    • 学会等名
      第40回日本薬学会九州山口支部大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Dexamethasoneはヒト骨髄由来免疫抑制細胞の顆粒球型分化を促進する2023

    • 著者名/発表者名
      上園帆風、畠山瑞生、中村雪菜、濱崎莉恵、川上広宣、篠原久明、堀江一郎
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 老化モデルマウスにおいて加齢に伴い骨髄由来免疫抑制細胞が増加する2023

    • 著者名/発表者名
      畠山瑞生,上園帆風,前田真奈,德本裕乃,嶋本顕,清水孝彦,川上広宣,篠原久明,堀江一郎
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 出芽酵母ORC を制御する因子の探索システムの確立2022

    • 著者名/発表者名
      小畑 綾夏、岡﨑 夢歩、島田 瞭大、篠原 久明、川上 広宣
    • 学会等名
      九州大学西風塾研究発表会2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌染色体の複製開始機構において複製起点が一本鎖へと開裂される普遍分子メカニズムの探究2022

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星 、尾﨑省吾、川上広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第95回日本生化学大会シンポジウム3S09m「生化学で切り拓くDNA複製、修復、染色体構造の制御メカニズム」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリア界における染色体複製起点の開裂反応の共通原理:核様体タンパク質HUとDnaAに依存した複製起点開裂の分子機構2022

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾崎省吾、川上広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会(口頭部門研究賞)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Mechanisms for bacterial origin unwinding mediated by DnaA and HU, a ubiquitous nucleoid-associated protein2022

    • 著者名/発表者名
      Ryusei Yoshida, Shogo Ozaki, Hironori Kawakami, Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      NIG international symposium 2022: chromosome replication in the new era - old and new questions in life science
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 小畑綾夏、岡﨑夢歩、篠原久明、川上広宣2021

    • 著者名/発表者名
      出芽酵母ORCの機能分化スイッチを標的としたマルチコピーサプレッサーの探索
    • 学会等名
      令和3年度九州大学西風塾研究発表会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始制御を支える動的なタンパク質複合体とDNA構造変化2021

    • 著者名/発表者名
      片山 勉, 三善 賢弥, 吉田 竜星, 盧 楚元, 李 藍楊, 興梠 和真, 辰本 優香, 伊藤 孝輔, 川上 広宣, 加生 和寿, 尾崎 省吾
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会シンポジウム1AS-04「DNA構造ダイナミクスを基盤とするゲノム複製と維持の生物種を超えた共通原理」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製と細胞周期制御を支えるタンパク質高次複合体のダイナミクス2021

    • 著者名/発表者名
      片山 勉、吉田竜星、三善賢弥、盧楚元、辰本優香、李藍楊、伊藤孝輔、川上広宣、加生和寿、尾崎省吾
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会シンポジウム2S12a「染色体の多様な機能を支えるタンパク質高次複合体」
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] バクテリア界に高度に保存される核様体形成因子HUタンパク質とDnaAによる染色体複製起点開裂の分子メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      吉田竜星、尾﨑省吾、川上広宣、片山勉
    • 学会等名
      第26回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌種に高度に保存されたHUによる染色体複製起点oriCの二重鎖開裂促進機構の解析2021

    • 著者名/発表者名
      吉田 竜星、尾崎 省吾、川上 広宣、片山 勉
    • 学会等名
      第15回日本ゲノム微生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 一本鎖DNAと出芽酵母における複製開始蛋白との連係機構2020

    • 著者名/発表者名
      川上 広宣、栗原 拓也、川畑 健太、千々布 壮陽、村岡 龍哉、大橋 英治、荒木 弘之、釣本 敏樹、片山 勉
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会シンポジウム2S07e「ゲノム反応中間体としての非B型核酸:その構造と生物学的意義」(オーガナイザー:川上広宣、正井久雄)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular mechanisms of specific nucleoid proteins in regulations for the replication initiation of the Escherichia coli chromosome2020

    • 著者名/発表者名
      Tsutomu Katayama, Kenya Miyoshi, Ryusei Yoshida, Chuyuan Lu, Yuka Tatsumoto, Lanyang Li, Kazuma Korogi, Kosuke Ito, Kazutoshi Kasho, Hironori Kawakami, Mariko Nagata, Shogo Ozaki
    • 学会等名
      Workshop #3AW-18 “Frontiers of nucleoid DNA replication and quality control”, the 43rd. Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 配列非特異的なDNA結合因子HUによる複製起点oriCの二重鎖開裂機構の生化学・遺伝学的解析2020

    • 著者名/発表者名
      吉田 竜星、尾崎 省吾、川上 広宣、片山 勉
    • 学会等名
      日本遺伝学会第92回大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 川上 広宣|山陽小野田市立山口東京理科大学

    • URL

      http://www.socu.ac.jp/departments/faculty/hironori-kawakami.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] 川上 広宣 (Hironori Kawakami) - マイポータル - researchmap

    • URL

      https://researchmap.jp/read0091781/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] Hironori Kawakami - Google Scholar Citations

    • URL

      https://scholar.google.co.jp/citations?user=Cij641QAAAAJ

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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