| 研究課題/領域番号 |
20K06587
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43040:生物物理学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
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| キーワード | nucleosome sliding / all-atom MD simulation / string method / twist defects / nucleosome / molecular dynamics / chromatin remodeling / MD simulation / all-atom |
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| 研究開始時の研究の概要 |
2020: 1. Setting up the supercomputing facilities needed during the project. 2. Performing all-atom simulation tests to identify the most suitable parameters for the production simulation runs.
2021: 3. Performing the production runs of nucleosome sliding. 4. Analyzing the data. 5. Presenting the preliminary results at an international conference in Japan.
2022: 6. Performing additional simulations and data analysis. 7. Submitting an article describing our findings to a peer-reviewed journal. 8. Presenting our work at an international conference outside Japan.
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| 研究成果の概要 |
私たちの核内の DNA はタンパク質に包まれてヌクレオソームと呼ばれる複合体を形成しており、その構造と動態は遺伝情報の処理に大きな影響を与えます。 本研究では、ヌクレオソームの分子動力学を個々の原子レベルで可視化するコンピューターシミュレーションを実行しました。 私たちのシミュレーションにより、DNAへのアクセスを制御する重要なプロセスであるゲノムに沿ったヌクレオソームの運動の分子機構が明らかになり、ヌクレオソーム内のタンパク質-DNA相互作用の高い可塑性が強調されました。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
Chromosomes inside our nucleus are not just a passive containers of genetic information: their structure and dynamics have great effect on many cellular processes. Our research used computer simulations to reveal how subtle molecular motions of chromosomes control the access to the genetic material.
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