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哺乳類ゲノムに内在化したレトロウイルス由来の遺伝子の進化メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K06775
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分45020:進化生物学関連
研究機関東海大学

研究代表者

中川 草  東海大学, 医学部, 准教授 (70510014)

研究分担者 坂口 翔一  大阪医科薬科大学, 医学部, 助教 (20815279)
宮沢 孝幸  京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 准教授 (80282705)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード内在性レトロウイルス / 分子進化 / 比較ゲノム / 新規遺伝子 / 哺乳類 / ゲノム進化 / レトロトランスポゾン / 膜タンパク質 / 膜融合 / 進化モデル / 受容体 / 細胞融合 / レトロウイルス / 新規機能遺伝子 / 胎盤
研究開始時の研究の概要

ウイルスゲノムが宿主ゲノムに水平伝播した配列(EVE)が、宿主で機能遺伝子となった場合の進化モデルを構築する。EVE由来の遺伝子は、類似の機能をもっていても、動物の系統ごとに由来となるウイルスが異なることが多い。宿主で新規機能を獲得しているEVE由来の遺伝子が、進化の過程で別のEVE由来の配列に置き換わるためである(バトンパス仮説)。その要因は、EVE由来の遺伝子と宿主の感染受容体の関係が重要であると考えた。本仮説を検証するために、哺乳類の胎盤形成に関与するEVE由来の遺伝子と相互作用する宿主受容体について、ウイルス学実験により同定し、大規模に分子進化解析を行う。

研究成果の概要

内在性レトロウイルスに由来する遺伝子の進化解析を目標とした。ヒトなどの胎盤形成に関わるsyncytin-2をモデルとして着目し、新世界ザルの12種のゲノム配列を探索した結果、3種ではナンセンス変異によってORFが短くなっていることがわかり、フサオマキザルでは短くなっていなくてもいくつものアミノ酸変異が膜融合活性を下げていることが分かった。2種の単孔類のゲノム配列を解析し、400アミノ酸以上コードするレトロウイルス膜タンパク質由来する配列が、カモノハシでは2配列しかなかったものの、ハリモグラでは121配列も存在し、特に膜融合活性をもつものもあることがわかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究成果は、レトロウイルス由来の遺伝子はダイナミックに進化しており、たとえ長さが変わっていなくてもその活性などは種によって大きく異なる可能性が示唆された。これはおそらく他のレトロウイルス由来の遺伝子などが関わっている可能性が強く示唆されるため、そのような種ではどのような遺伝子が関わっているのかなどは更に検討する必要があると考える。また、胎盤発生と膜融合活性をもつ配列の獲得は密接に関わると考えられていたが、我々の研究成果は単純な因果関係ではなく、必要条件なのかもしれないが、少なくとも十分条件ではないことを明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Potentially reduced fusogenicity of syncytin‐2 in New World monkeys2023

    • 著者名/発表者名
      Shoji Hiyori、Kitao Koichi、Miyazawa Takayuki、Nakagawa So
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio

      巻: 13 号: 3 ページ: 459-467

    • DOI

      10.1002/2211-5463.13555

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic evolution of retroviral envelope genes in egg-laying mammalian genomes2023

    • 著者名/発表者名
      Kitao Koichi、Shoji Hiyori、Miyazawa Takayuki、Nakagawa So
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: - 号: 5

    • DOI

      10.1093/molbev/msad090

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Convergent evolution of antiviral machinery derived from endogenous retrovirus truncated envelope genes in multiple species2022

    • 著者名/発表者名
      三宅在子, Minh Ha Ngoa, Shelly Wulandaria, 下島正幸, 中川草, 川崎純菜, 西垣一男
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(PNAS)

      巻: 119 号: 26 ページ: 2114441119-2114441119

    • DOI

      10.1073/pnas.2114441119

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Monotreme-specific conserved putative proteins derived from retroviral reverse transcriptase2022

    • 著者名/発表者名
      Kitao Koichi、Miyazawa Takayuki、Nakagawa So
    • 雑誌名

      Virus Evolution

      巻: 8 号: 2 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1093/ve/veac084

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Systematic Identification of Endogenous Retroviral Protein-Coding Genes Expressed in Canine Oral Malignant Melanoma2021

    • 著者名/発表者名
      Kitao Koichi、Sumiyoshi Aoi、Nakagawa So、Matsumoto Yuki、Mizuno Takuya、Miyazawa Takayuki
    • 雑誌名

      Frontiers in Virology

      巻: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.3389/fviro.2021.785678

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An ancient retroviral RNA element hidden in mammalian genomes and its involvement in co-opted retroviral gene regulation2021

    • 著者名/発表者名
      Kitao Koichi、Nakagawa So、Miyazawa Takayuki
    • 雑誌名

      Retrovirology

      巻: 18 号: 1 ページ: 36-36

    • DOI

      10.1186/s12977-021-00580-2

    • NAID

      120007168543

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] HERV-derived ERVPb1 is conserved in Simiiformes, exhibiting expression in hematopoietic cell lineages, including macrophages.2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuzawa A, Lee J, Nakagawa S, Itoh J, Ueda M, Mitsuhashi S, Kochi Y, Kaneko-Ishino T, Ishino F
    • 雑誌名

      Int J Med Sci

      巻: 22 号: 9 ページ: 4504-4504

    • DOI

      10.3390/ijms22094504

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Nanopore direct RNA sequencing detects DUX4-activated repeats and isoforms in human muscle cells2021

    • 著者名/発表者名
      Mitsuhashi Satomi、Nakagawa So、Sasaki-Honda Mitsuru、Sakurai Hidetoshi、Frith Martin C、Mitsuhashi Hiroaki
    • 雑誌名

      Human Molecular Genetics

      巻: in press 号: 7 ページ: 552-563

    • DOI

      10.1093/hmg/ddab063

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Expression of ERV3-1 in leukocytes of acute myelogenous leukemia patients2021

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa S, Kawashima M, Miyatake Y, Kudo K, Kotaki R, Ando K, Kotani A.
    • 雑誌名

      Gene

      巻: 773 ページ: 145363-145363

    • DOI

      10.1016/j.gene.2020.145363

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Comprehensive genomic analysis reveals dynamic evolution of endogenous retroviruses that code for retroviral-like protein domains.2020

    • 著者名/発表者名
      Ueda, M.T., Kryukov, K., Mitsuhash, S, Mitsuhash, H, Imanishi, T, Nakagawa, S.
    • 雑誌名

      Mobile DNA

      巻: 11 号: 1 ページ: 29-29

    • DOI

      10.1186/s13100-020-00224-w

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Identification of conserved endogenous retroviral genes in monotremes (egg-laying mammals)2022

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kitao, Takayuki Miyazawa, So Nakagawa
    • 学会等名
      ISEGB2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 筋細胞の融合にかかわる内在性レトロウイルス由来の新規遺伝子2022

    • 著者名/発表者名
      上田真保子、小野悠介、隅山健太、三橋里美、三橋弘明、中川草
    • 学会等名
      日本進化学会年大会 第24回沼津大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 単孔類ハリモグラのゲノムにみられるレトロウイルスの活発な内在化2022

    • 著者名/発表者名
      北尾晃一、早川卓志、宮沢孝幸、中川草
    • 学会等名
      日本進化学会年大会 第24回沼津大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 新世界ザルで明らかになった syncytin 遺伝子の機能多様性とウイルス由来遺伝子の進化モデルの構築2022

    • 著者名/発表者名
      庄司日和、北尾晃一、宮沢孝幸、中川草
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Open reading frameが保存されたLINEレトロトランスポゾン座位の同定2022

    • 著者名/発表者名
      北尾晃一、宮沢孝幸、中川草
    • 学会等名
      日本遺伝学会第94回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Endogenous retroviruses in egg-laying mammals and the fusogenic property of an envelope protein in echidna2022

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kitao, Shoji Hiyori, Takayuki Miyazawa, So Nakagawa
    • 学会等名
      6th Uppsala Transposon Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 大規模シークエンスデータ解析が明らかにするRNAウイルスの生態系2022

    • 著者名/発表者名
      中川草
    • 学会等名
      日本微生物生態学会 第35回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 卵生哺乳類ゲノムに内在化したレトロウイルス由来のエンベロープタンパク質の細胞融合活性2022

    • 著者名/発表者名
      北尾晃一、庄司日和、宮沢孝幸、中川草
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ウイルスから獲得した胎盤形成遺伝子syncytinの新世界ザルにおける機能比較2021

    • 著者名/発表者名
      庄司日和、北尾晃一、宮沢孝幸、中川草.
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Nanopore direct RNA sequencing detects novel DUX4-activated repeats and isoforms in human muscle cells.2021

    • 著者名/発表者名
      Satomi Mitsuhashi, So Nakagawa, Mitsuru Sasaki-Honda, Hidetoshi Sakurai, Martin C. Frith and Hiroaki Mitsuhashi.
    • 学会等名
      第44回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] An RNA element, SPRE, found in endogenous retroviral syncytin genes.2021

    • 著者名/発表者名
      Koichi Kitao, So Nakagawa, Takayuki Miyazawa.
    • 学会等名
      5th Uppsala Transposon Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 哺乳類の内在性レトロウイルスに見いだされたRNAシスエレメントの研究2021

    • 著者名/発表者名
      北尾晃一、中川草、宮沢孝幸
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 受容体の配列解析によるウイルス由来遺伝子syncytinの進化モデルの検証.2021

    • 著者名/発表者名
      庄司日和、北尾晃一、宮沢孝幸、中川草
    • 学会等名
      日本遺伝学会第93回大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 大量シークエンスデータを活用したウイルス進化研究 新型コロナウイルスを含めて2020

    • 著者名/発表者名
      中川草
    • 学会等名
      日本進化学会第22回大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 哺乳類ゲノムに内在するウイルス様配列の進化と機能2020

    • 著者名/発表者名
      上田真保子、Kirill Kryukov、三橋里美、三橋弘明、 中川草
    • 学会等名
      日本進化学会第22回大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒトゲノムで機能を獲得したHERV由来配列の探索2020

    • 著者名/発表者名
      松沢歩、李知英、中川草、三橋里美、高地雄太、石野(金児)知子、石野史敏
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会年会 (MBSJ2020)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 哺乳類ゲノムに内在化するウイルスに由来する配列2020

    • 著者名/発表者名
      中川草
    • 学会等名
      第43回 日本分子生物学会年会 (MBSJ2020)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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